2009年12月27日日曜日

怒涛の年末が終わった・・・

・・やっと終わりましたよ。



もう体ズタボロ。





でも全部終わらせることが出来てよかった。




今年は今まで生きてきて一番忙しい年末だったと思う。





とりあえず、今日実家に帰ったら、泥のように眠りたい。

まじきつい

あと三時間でMac pro の整備を終わらせなければならない。



クリーンインストールは終わったが主要なプログラムがインストールできてない。



徹夜である。



はあ・・・・・・

2009年12月26日土曜日

作業用BGM独論

そもそも、作業用BGMとはその名の通りBack Ground Music であり、音楽はあくまで作業中の空間を補完するものであって、それ自体が主役となってはいけないのである。


つまり、作業用BGMは作業する当人を作業に没頭させるための効果を持つものであり、そしてそれは背景の一部であり、裏方であり、決してこちらが能動的に「聴く」ものであってはならない。しかしながら、どういった音楽が作業用BGMとしてベストであるかというのは個人の嗜好に大きく反映されるので、一概には何とも言えない。


よって、ここでは僕自身が勝手に思う作業用BGMの美学?を展開させてもらうことにする。


まず、「作業用BGM」の定義としては上に述べた通りであるが、それによって定義された作業用BGMは更に下記の条件によってランク付けすることができる。


・一つの作業中(たとえそれが何時間かかっても)それが終わるまでずっとエンドレスで繰り返し聞くことができる。 >ー 俺的作業用 良 BGM

・さらに、その動作(繰り返し聞きまくる)を複数日繰り返しても飽きない >ー 俺的作業用 優良 BGM

・数週間後、数ヶ月後経た後も、作業するときに用いるBGMとして候補に残り続けることができる。(勿論上記の条件をその都度繰り返すことができる) >ー 俺的作業用 超優良 BGM


・上記すべての条件を満たした上で、作業で何か行き詰まったとき、あるいは本気で作業するときにはこれを使うぜ、といった扱いに昇格されるもの >ー 俺的作業用 神 BGM



それではもっと具体的には一体どのようなBGMが神となり得るのか、という事項に移ろう。


これには様々な細かい条件があり、以下にその詳細を記すことにする。


一つ、歌詞は極力ないものであること。(あってもすごく少ないか、何言ってるか分かんない*ただし叫び声などは論外*ものでも可)

  ・これについては説明する余地はない。作業中に人の言葉など妨害以外の何者でもない。但し、映画やラジオなどの台詞についてはこの類いではなく、それはまた別の機会に作業用映画独論として展開させてもらおう。


一つ、曲自体の長さは6〜10分くらいがベストである。


  ・あまりにも短すぎる曲では、リピートをどうしても意識してしまい、それは飽きが早くなるという危険性に直結してしまう。ある程度曲が続き、気づいたらリピートしていたという程度がちょうどいい。


一つ、なるべくスローペースで曲の一部分だけ異様に盛り上がる類いのものでないこと。


  ・1曲を分解するとおおまかには「入り」、「サビまでのメロディ」、「サビ」、「終わり」のパートに分かれる。例えばサビの部分だけいやにノリのいい曲だと、どうしてもその瞬間を意識してしまう。それ以外が自分的にあまりよくないメロディならばなおさらである。そしてこれは音楽を「聴いて」しまっていることに他ならない。


一つ、(上記の条件と矛盾するかもしれないが)作業へのモチベーションをあげたままにしてくれるもの。


  ・これが一番大事である。ノリノリになる必要はないが作業用BGMとは作業へのストレスを曲に乗ることである程度抑制する作用を伴っていなければならない。



以上である。


長々と書き連ねたが、何がいいたいかというと、


新しく買った睡蓮の柘榴って曲久々神クラスきたんじゃねコレ? ということである。


この曲はHELLSINGの挿入曲で「・・・ゆきます。・・・ゆきます! ベルナドット隊長!」のシーンで流れた曲(分かる人は分かる)


この曲は上記の条件に一致する(若干歌詞はあるが)。


っていうかね、あのシーンが神だったのよ。そいでセラス嬢が隊長の血を吸った瞬間流れたこの曲の歌いだしが「あなたを刻んで確かめたい」だよ!?


鳥肌が立ったわ。



今日明日のコーディングはこいつとゆくと決めた。


とりあえずKami様のプログラムは並列処理含め完成したので、今日はもう寝る。

2009年12月25日金曜日

酒でもかっ食らって頑張りましょうかね

昨日も書いたが、今日明日はまさにタイムリミットとの戦いである。


なんとか全ての仕事を終わらせて、必要な解析を全てかけた上で帰省したい。




だから俺に休みなどないのである。



今日もまた大学に舞い戻って研究室で夜を越す予定。



自宅には飯と風呂、そして最近作業用BGMがマンネリ化してきたから新しい曲の補充にのみ帰る。





真夜中のコーディングにBGM(それも優良曲クラス以上)は必要不可欠である。





あとはテンションの問題。そろそろアルコールが要るか?






世の中には一日ひとつソフトウェアを書き、かつそれを30日続けた人がいるというが、自分は連続3日目ではやくも疲れが見え始めてきた。まだまだ未熟である。








新しく補充した睡蓮のNEW アルバムに期待する。

うわあああああああああああああああああ!

俺の・・・俺のぺヤング大盛りがあああああああああ!!!




(ヒント: シャカシャカッ → アチッ! → ツルっ → ベッシャアア!)





あああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああ

2009年12月24日木曜日

メリークリスマス俺

書いてみるとなんて寂しいタイトルなんだ!


世間では暖かい家の中で一家でテレビでも見ながらケン○ッキーやケーキを食べているのであろうこの時間でも、僕は寒くてLB培地の生々しいにおいの充満する実験室で今までコーディングである。


ようやく今Kami様に頼まれたプログラムが一応の完成となったところである。



まあ楽しいからいいんだけどね。



今はとても充実しているからわびしいという気持ちもあまり湧かないが、もっと年を取ってくるとだれか隣にいてほしいなあと切実に思うようになるのだろうか?(だんだんチャンスもなくなっていくしね)



しかしながら、今年のクリスマスはそんなこといってらんない位忙しいのである。

明日一日で残りのプログラミングを終わらせ、Macの改造へと着手しなければならない。


なんだか頭がくらくらしてきた。




せめて酒でも買って帰ろう。



余談だが、名言(迷言)かどうかは分からないが、流行語という意味では僕がこの研究室に入ってから最も多く聞いたのは↓





ファァックオオォォオオオオォォォオオオオフ!!!!!! (憎しみを込めて)




である。




このような暴言が飛び交う若々しい研究室に入れて僕は幸せである。




今年の迷言・名言集

2009年も押し詰まってきた。ということで、今年のメイ言集を募集します。

とりあえずさきほどD308で話していて、候補に挙がったのは、

  ・ぜったいまけねぇ

  ・バツイチ、子持ち(メイ言ではないか?)

  ・自由研究

  ・もみしだきゃいいやん

  ・ハクロビる

でした。あと思いついたのは、

  ・ナイルレッドで染めてみたら?

  ・業績になるでしょ

とかも外せませんね。

他に無いかな?

危ない危ない

10395本の網羅的解析だと時間とメモリが半端じゃないぞどうしようといながい先生と話していたら






non-homogeneousモデルの有効性を検証するだけだから4taxaでよくね?






という提案が飛び出した。




俺も先生も その発想はなかったwww みたいになった。





よく考えればそれが一番理にかなっているのにね。危うく泥沼に突撃するところだった。






まあこれであとはコードを変えて仕上げればおしまいである。

仕事納めに向けて

今日も学校にお泊まりでコーディングである。


目を覚ますために寒空の中歩いて研究室まできた。クリスマスイヴに何やってるんだろうね、俺?





とりあえず今やる予定が立っているものはちゃんと年内に終わらせておきたい。そんで年末年始は遊んで暮らすんだ!




やるのは三つ。


8taxaのシミュレーションをいろんなマシンでかけられるよう設定をもっと自由にできるようプログラミング。あとメモリ食いも半端じゃないので一つ一つの結果を順次出力するようにする。


kami様に頼まれたプログラム。これは年末年始の間にチャビィさんにがんばってもらう。


あとMac OSのクリーンインストール。これは金曜日、土曜日にやる予定。



ちょっと一晩がんばったくらいでは終わる量ではないから、ちゃんと睡眠は取らないとな。



二時くらいになったらリフレッシュルームで6時間くらい眠るか。

2009年12月22日火曜日

いやいやいやいやいや

taxaを増やして網羅的解析をやるスクリプトは書いた。



これは思っていたより簡単な作業だったが、問題はそのあと、




時間が圧倒的に足りないのである




今まで通り1000bp*100replicatesでやると半端じゃない時間がかかる。

1replicatesでの解析(それも途中)しかやってないので詳しくは分からんが、全部終わるのは軽く月単位は越えちゃうだろう。(!?)





そんなもんはやってられないので、なんとか設定(replicatesの数や配列長)を変えて時間短縮しなければ・・・!

バチバチの実の静電気人間

こう書いてみると何気に自然系だしちょっとカッコいい気がするわけがないorz




最近やたらバチバチが溜まっているのである。





触るものみなバチィッてなる。





金属製のものに触る時は最大限注意しなければならない。






みなさん僕に近づくときは気をつけてくださいね。

2009年12月21日月曜日

あの赤い服着て白ヒゲ生えた老人(冬に活躍)

もうすぐクリスマス。
子供のころは心躍った季節も、今や財布とにらめっこという世知辛い季節。
うちには子供が2人とネコが2匹と嫁さんがいる。意味はわかるな?

クリスマスを数日後に控えた日曜日、我が家のサンタは1歳の物心ついていない娘を連れて「良い明日」へ向かう。そこには有名なおもちゃ屋が入っているのだ。
昼過ぎにおもちゃ屋に入り、「たしかこんなんがいいとか言ってたよな~(あんまり覚えていない)」と探し、「良い明日」を出たのが午後3時半。あれ?この空白の2時間強はなんだ?
その間に、ベビーカーを巧みに操り、同様におもちゃを探すオバハンたちの間をすり抜け、おもちゃ選んで、レジに並んで(長蛇)、嫁さんのピアスも選んで、、、

サンタは12月24日の夜中に活躍すると子どもたちは信じて疑わない。しかし、サンタがリアルに活躍するのはその一週間前だ!若干足が棒ですもの。。。

P.S.
どうでもいいが、アン〇ンマン系のおもちゃ高ーよ(注:あくまでもイメージ)。
上の娘が物心ついていないころ、「何かキャラを好きになってくれれば、プレセント選びも困らなくていいよね☆」なんて出来心で見せたDVDがあだとなった。仕方ないので下の子の分で調整した(スマン!)。まだ子供のいない学生であるSIやHKよ、後々の出費を考え、子供には安上がりなキャラを好きにならせることをお勧めする。あっ、Mっちゃんは別ね。

2009年12月20日日曜日

かっこいい。。。

レギオンのガレキはないのだろうかと思っていたけど、二、三製作されているようだ。



特にこの造型工房パオのレギオンはカッコいい。



製作者の工夫もあるだろうけど、海洋堂のに比べて頭が小さく、きちんと上がっている。


レギオンは設定資料ではもっと頭が小さかったんだが、スーツアクターが入る関係上どうしても実物は頭をでかくしなければならなかったらしい。


海洋堂のレギオンはその点も忠実に再現されているが、なんか頭が下がってしょんぼりしてていまいち迫力がない。


ただ、こっちのもエッグチャンバーあたりの毛はいらんような気がするが。。。



こっちのは色は青白系だが、俺としてはブラウン系の方が錆びた金属感があって好きかな。



でもかっこいいなあ。どっかに売られてないかなぁ。

学校にお泊まり

久しぶりにリフレッシュルームに泊まった。

この前徹夜して死にそうになったので、今度はちゃんと仮眠をとることにした。


温かい恰好して自前の毛布と枕を使ったらそこそこ気持ちいい睡眠は取ることができた。



おかげで4taxaのコードの改善は終わった。



相対置換速度の値をもうちょっと計画的に変え直すと、なんとアミノ酸の組成をもっとATrichな方向にふれさせることができた。



その分今までの設定だと(それでもアピコとかよりましだが)アーティファクトの推定数が跳ね上がったので、もう少し調整することにする。


別にぶっ飛んだ値を示してもいいだろうけど、塩基のときと同じようにある程度現実的(であるように感じる)結果を出して、これでも設定は現実にある配列よりはましなんですよ~、といった方が説得力があるように思う。




まだ書かなければいけないコードもあるので、今日も頑張ってカキカキするぞ。

2009年12月19日土曜日

名言が台無し

名言の途中に「〜」を入れると小物になる



数々の名言が台無しだwww



最近こういうので笑うのが多くなったな。



それにしても彼らの才能は尊敬に値する。



が、なぜその才能を世のために使わないんだ?

数ハンパねえwww

taxaを増やしてやる網羅的解析の解析の数



(8taxaの有根系統樹すべて)*(PhyML,nhPhyML)*(コントロール、組成をかえた場合*2)*(replicates)*(どの枝の組成をかえるか)

=10395*2*3*100*7*2=87318000


おおおおおおおおおおおおおおおおおおおおおお

明日はコーディング日和~

特に研究以外にすることがない土日というのも貴重だ(さびしいか?)




今日はnhPhyMLに時間を取られたから、明日は研究室でガンガン音楽をかけながらコーディングしよう。

2009年12月18日金曜日

nhPhyloBayes最新版

九月頃にリリースされていた。これでMacOSXでも使えるかと思いきや、makeした直後にエラーではじかれた。



コンパイルのバグを取り除いたらしいのだが、いったいどこをどう変えたのかぜひともお教え頂きたい。しかもインストールについてのREADMEがファイルにもWebにもないとはどういうことだ。(旧バージョンにはある)




この作者とは絶対に仲良くなれない気がする。





仕方がないからnhPhyMLをつかうことにする。

酔っぱらっても解析はする

とても眠いが早くデータをあげて論文を書くためには一分一秒も惜しい。




というわけで深夜の実験室で眠気と戦いながら解析。




細かな調整と明日やるコーディングの計画を練る。


アミノ酸の組成はもっと平坦にできるようなので、まだがんばる。




今日の作業用BGMはKomm,susser Todである。


EOEで流れたこの曲は軽いトラウマであるので、眠い頭にはちょうどいい。



別に曲がおどろおどろしいとかではない。むしろ明るい曲調といえる(拍手まで入っている)。



が、この祝福されるような曲の中で登場人物は皆溶けて死んでいくし、主人公は発狂するのである。



それが脳内再生されて、ああああああってなる。




果たして新劇場版はどのような終わりを迎えるのだろう。。。

2009年12月17日木曜日

ミーティング疲れた・・・

あれだけの量だと話すほうも大変疲れる。集まってくださった皆様有難うございました。







追加で用意するデータはすぐに揃えられそうなのでよかった。








年明けには論文書き始められるかなあ・・・







一仕事終わったので、今日は気持ちよく飲み食い出来そうだ。

2009年12月16日水曜日

なまじプレーヤーがいいと・・・

CDから取り込んだ音楽は問題ないが、webから落としてきた音楽を聴くときに雑音が入ることがある。
元のファイルは他人がエンコードしたものだから多分その影響だろうが、スピーカで聞くときにはあまり気にならないのにヘッドフォンを通すと聴くに堪えないものになる。(特に低音)




ドンっ(ジジッ)




バンっ(ザリッ)






ドォーン(ブツッ)








・・・耳を掻き毟りたくなる。




なので、今まで集めた曲を探してレンタルしてきた。いっぱいあるが当日返却なので急いで取り込まねば。

寝ちゃった

社長椅子で寝てしまった。




昼飯食った後だし、徹夜の疲れがまだ残っているから意識がシャットダウンしてしまった。





しかし気持ちいいなあの椅子。



皮だから少しすべるが。

2009年12月15日火曜日

旅の写真など・・・























ずっと前からアップしようとしてできなかった写真を載せてみました。

ドイツの学会 ☆9月終わりの出来事☆

上左から
・大聖堂から見た芝生
・とても有名なかたにポスターをアピールしている様子(顔、これくらいならセーフ?)
・マラソンを身を乗り出してみる大人たち

下の写真
・かわいくて思わず。このビール、かなり美味しかったです♪


続いて・・・・














北海道の学会 ☆9月の初め☆
学会っぽい写真がないのは気にしない!

左から
・羊の肉はどこに行ったらいいでしょう?
・この後、この熊にはやんちゃな26歳が乗ることになります・・・
・北海道と言えば、やっぱりこれですね☆

残すところ4か月もありませんが、またいい写真あったら載せていきます♪

ちなみに私も卒業単位足りてました。よかったよかった。。。。

結局徹夜した

久しぶりにやった・・・





なんとか仕上げることはできたが、体ガタガタ。めまいがしてきた。






やり始めると止まらないんだよなあ・・・

2009年12月14日月曜日

卒業できました

やっと成績が出た。



卒業に必要な単位の授業にDがついてた時は冷や汗がでたが、一学期でなんとかBをとっておいたので単位を貰うことが出来た。橋本先生の助けを借りていてよかった。これで卒業に必要な単位は確保したはず。





これで卒業研究の方にもっと時間を割くことが出来る。






今日でデータは全て揃ったので、今は内輪ミーティング用の資料を作成している。今日一杯で出来るかな?







kami様から依頼されたシミュレーションのプログラミングも早くやりたい。





Perlで書けば今までのコードの転用ですぐ出来るだろうけど、勉強としてPythonとかでも書いてみたい。たぶんそんなに変わんないだろうけど、今のうちからいろんな言語に触れておくのは将来何かしら役に立つ・・・と思う。






にしても体がバキバキである。やっぱ運動不足はつらいな。






肉が食いてぇ

2009年12月13日日曜日

めっさ疲れた

今日部活の納会テニス大会があった。



引退した身なのでOBとして試合に参加。






やっぱり半年間運動から離れていると体が重い。




頭で思っていることに足がついていかない。





そんで今筋肉痛で体ギシギシ。風呂入ってストレッチしないと・・・







でも楽しかった。来年からどっか社会人のクラブで休日やりたいなあ。

2009年12月12日土曜日

金曜日の夜より土曜日の深夜へ

NW-A845の音質が半端じゃない。




進化学会の振り込みが来たので思い切って買ってみた。が、雨の中チャリンコ漕いでヤマダ電機までいった買いがあった。(ちなみにつくばで家電買うなら大型店では多分ここが一番いい。価格、対応両方で。・・・蛇足だが〇丸はクソ)




ノイズキャンセリングはイヤホンも変えたからその効果は正直分からないが、音のクリアさや低音域の迫力、臨場感(スピーカと比べて)がびっくりするぐらい変わった。




前評判から音質ではこれが一番と聞いていたが、実際に聞いてみると今まで聞いていた曲が生まれ変わったかのよう。




しかもパソコン上の曲がファイルのD&Dで転送できる。これでもうあのクソ重たいSonicStageともおさらばだ。






そんで今はそいつで音楽を聴きながら土日にやる解析のコマンドを打ち込んでいる。






意外とこういった時間は好き。・・・眠いが。








頼んでいたユキヒョウとメモリも届いていたので、シミュレーションデータをまとめ終わったらOSのクリーンインストールとメモリ増設をやろうかな。

2009年12月11日金曜日

なるほどと思った名言

こんなのがあった。









              「ハードルは高ければ高いほどくぐりやすい」









ある意味感心した。







へ理屈だと言われればそれまでだが、物事をこんな風にも考えられる人間になりたい。

間違えた

96mmじゃなくて86.6mmだった。次点は85.9mm。失礼しました。








進化学会の振り込みもやっと来た。



あとは成績だが、まだ出ない。



早くしてくれ。

2009年12月10日木曜日

ついに96mm台か・・・

本屋で立ち読みしたBE-KUWAによると、国産オオクワガタのギネスがついに96mm台に更新されたとのこと、次点でも95.7mmらしい。





自分が実際にオオクワガタを飼育していた中学生のころはまだ最大でも94mmクラスで、幻の95mm台といわれていたと思う。95mm台が出ても羽化不良とかで翅が飛び出していたり、ものすごく短命だったりしていた。






今ではその壁も越えられちゃったんだねー・・・







自分も趣味ながらもある程度本格的にやってたものなので、ちょっと感傷に浸ってしまった。


添加剤で幼虫飼育すると大きい個体が得られるけれど、その分不良個体の出現数も増えるんだよね。だから俺は菌糸ビンで飼育していた。


産卵から大事に時間をかけて育てた個体がビンの中で蛹室を作り、触ったら崩れそうなくらい脆い蛹が一夜で羽化し、まだ出来立てほやほやの白い成体の姿を見たときの感動は今でも忘れない。




初めて完璧な成体を取り出すことに成功したときは嬉しかったなあ。







まあ、冬場の適度な気温と湿度を求めて風呂場に菌糸ビンを陳列した際には非常にキモチワルイと家族から総ブーイングを食らったが。








またやってみたいな。今度はオウゴンオニクワガタとか育てたい。

2009年12月9日水曜日

成績が

まだ出ない・・・





っかしいなあ。今日出ると聞いたんだがなあ。








俺の卒業がかかっているんだ、早くだせ。








そういえば明日は第二木曜日だからもしかしたら進化学会の出張費の明細書が送られてくるかも。そうしたら金曜日に振り込まれるんだが。





研究室の他の人は先月もらえたのに俺はまだ・・・

そうですかやっぱり下っ端は最後ですかでも一緒に出したのに今回来なかったらそりゃ不公平でしょもしそうなら文句言ってや(ry





そして新たな解析をかけるために寒い中やってきたのにまだ終わってない・・・
明日朝来てかけなきゃ。






いろんなことが待ち遠しい今日この頃

Peer review Process

カナダの知り合いがおもしろいビデオを送って来た。

http://www.youtube.com/watch?v=-VRBWLpYCPY

何度か論文を投稿した人ならよくわかるとおもう。

僕のツボは"ope access journals"のクダリ(大体3:12)だった。

2009年12月8日火曜日

裏技(?)使った

記念すべき100個目の投稿がkami様の激ネガティヴなぼやきとなってしまったので、代わりとして僕は成功した話を。


(kami様お疲れ様です! 今度柳仙で溜まったものを思う存分吐きだしてください!)





配列生成でアミノ酸配列の組成を変えるのは塩基に比べて難しい。これはアミノ酸のほうがパラメータが多いから当然のことであるが、塩基と同じように置換モデルの頻度パラメータを変えるだけではうまく制御できなかった。





更に、iSG v2.0ではsubtreeで置換モデルを変える際自作のGENERALモデルは使えない。





なので、iSGをコンパイルするときに読み込まれる置換モデルのパラメータそのものを弄り、JTTとか既存のモデルの名で勝手に作った置換モデルを使うことが出来るようにした。





その結果アミノ酸組成もだいぶコントロールできるようになった。


subtreeで使用するモデルでは馬鹿にしてるとしか思えないハチャメチャな遷移確率行列を使用しているが、出てきた配列のアライメントを見ても問題はないようだから、これでこの問題は解決。








これでプログラムはついに完成。あとはデータを取るだけ。




ほんとに長かったなあ・・・

あとちょっと

もう少しで書きあがる、というところまで来た。
yinagaiさんにはかなりお世話していただいて、
テンションを無理やり上げてもらって、
ここまで来れた。


しかし正直、何が、とは言わないが、溜まっている。
この虚無感と

腹立たしさと、

何とも言えない矛盾。その正体は、
せっかく書いたのだから通ってくれると嬉しい半面、

「もし通ったら本気でやらなあかんのと違う?」

という不安。





そしてその答えは、2ヶ月後。

書類いろいろ

そういう時期になってきた。

ここ数年、年末・年度末になると常にこんな感じだったとふと思い出した。
なぜなら自分がモロに真っ只中だからだ。

これまでに2~3の申請書を書き、提出した。残るdeathクワークはあと1つだけ。


コイツがやっかいだ。
だが分量が多いわけでは決してない。
関係者が多くて意見の取りまとめに苦労しているわけでもない。




やる気が全く出ないんだ。



とりあえず今からセミナーに出るとしよう。
そんなこんなで機嫌が悪いので、誰かの発表をたたき切ろうかな。

2009年12月7日月曜日

容量が足らん

CDから音楽を取り込む時はMP3よりATRACフォーマットでロスレス圧縮する方が若干音が良くなるようである。(特に重低音域が)



ただ最大ビットレートでエンコードしたときに後者は前者に比べファイルサイズが馬鹿みたいに大きくなる。2GBのウォークマンじゃ全く入りきらない・・・





Webから取ってくるときもダウンローダでビットレートの調整ができない(Cravingとか)から、圧縮しないでダウンロードして後でエンコーダでmp3の最大ビットレートとサンプル周波数で圧縮するが(もとのファイルが非可逆圧縮されてたら無駄だけど)、これもまたファイル容量が馬鹿にならない。






今のプレイヤーも3年目で電池もカツカツになってきたから買い換えようかなあ。

も、ちょい

データを取るためのプログラムがほぼ完成した。



簡単なテストも終わったので、あとは本格的なデータを取るだけ。



塩基の組成はほぼ完ぺきにコントロールできたが、アミノ酸がちょっと甘いので、これを改善したらデータ取りに入る。






やっぱデバッグはクッソ手間がかかるなあ。

2009年12月4日金曜日

運動

部活をやめて以降まともな運動をしておらず、その一方で食欲が減退する気配が一向にないので段々肉がついてきた。筋肉が脂肪に変わっていっているのもあるだろう。更に冬だし。





運動がしたいが時間がない。
というわけなので最近手軽な運動として研究室まで歩いて出勤?するというのを始めた。



家から学校まで大体20~25分なので有酸素運動にはちと足らんが往復するからいいだろう。






買い物とかあるときにはめんどくさいんだけどね。

今も解析が終わるのを待つ間にカスミまで行って夕飯の材料を買ってきた。今日は豚肉野菜炒めポン酢がけ。







それで研究室に帰ってきたらまだ解析終わってねえしorz





あと30分くらいかかりそう。ハラ減った・・・

kana-memの調子がおかしい

同一のデータセット数(ただしマナはアミノ酸300aa,カナは塩基配列1000bp)でやってるのにメモリ消費量がカナのほうが圧倒的に多い。1200回解析が終わったところでメモリ消費量がマナ600MB,カナ2000MB・・・




塩基配列のほうが解析自体は簡単な筈なんだが?






あと途中で変なプログラムが管理者権限で走り出してメモリをアホみたいに食っていく。






早くクリーンインストールしたいな・・・







っていうか落ちるギリギリだし! 耐えろー!

2009年12月3日木曜日

かっこ良すぎて鼻血でそう

昭和ギドラのガレキが来た。




大きさ、リアルさともに申し分ない。一生もんの宝物だ。



平成ギドラは西洋のドラゴンのようなイメージだが、昭和ギドラは「龍」といった感じ。


鱗は一枚一枚丁寧かつ鋭い質感があるし、色も写真で見たときよりもピカピカしてなくてどっしりとした鈍い金色。その存在感はまさに「ゴジラ最大のライバル」に相応しい。







個人的には昭和ギドラはレギオンと並んで最強怪獣のひとつであろうと思う。これで活躍した時期が黒歴史真っ只中でなければねえ(ガイガンともに)









そういえば今日のアクセス数がやたら多いんだが、どうしたんだろう?

あがー

なんかを解決しようとするとまたなんか問題点が出てくる・・・




下の方法ではseparate modelでの解析になるから結局partitionごとに出力されるtreeはbranch lengthが全体の結果のトポロジーで最適化されたものが出てくる。



つまり、アーティファクトの発生数は0か100しか検出できない。





これじゃ100個配列生成してる意味がないんだよ!!!!!!









結局PhyMLでの解析に戻した。落ちないといいけど・・・





早くメモリ来てくれ~

結局RAxMLっていう

PhyMLを使っても根本的な解決策にはならなかった。




どうしようかなと思ってRAxMLのマニュアルをもう一度見ていて思いついた。





RAxMLはmultiple data setの解析は出来ない(単純に4taxa * 500aa * 100ファイルっていう意味で)けれど、一つのファイルをパーティションに区切ってそいつらを各々に解析してパーティションごとにMLtreeを出力することができる。

よって、isgv2.0で生成した配列100セットを全てsequencialにつなげて、擬似的に4taxa*50000aaの配列ファイルを作り、それを100個のパーティションに区切る方法をとった。



この方法で最新版のRAxMLを使ったらなんとメモリリークが起きない。一回のメモリはかなり食うけど終了時にそれをちゃんと吐きだしている!!(じゃなんでごく普通の単純な解析はリークするんだよとツッコミたかったが)






長き戦いもようやく終局へと至ったわけである。



これでようやくデータがとれるよ。あ~あ~あ~

女神再来!

最近実験やそのデータがフラットだ。と感じていた。
事実あまりdirectに論文の図表につながる結果は出ていなかった。

「冬は肌も乾燥してくるし、そういう時期かもね。しゃーない、しゃーない。」
と自分を慰めつつもため息は漏れる。
Mっちゃんからも「先輩口からなんか漏れ出てますよ?」との指摘。
論文も進まんしな~。

その矢先。
実験の女神が!

以前(パターン青の集い: おひさし~!)でも書いたが、現在の僕の仕事の一つにある機能をshareしていると思われる2つの遺伝子の真核生物内における分布を調べる、というものがある。機能が同じなら一つで事足りるのだろう。大抵どちらか一方の遺伝子しかもっていない。しかしごく稀に両方持っている真核生物もいる。そのような生物(ここではBと仮称)を再び見つけたのだ。

前回見つけた時は「歓喜、歓喜、歓喜!」と気分はアゲアゲ↑だったのだが、今回僕は大人だ。
かなり冷静に「、、、B、こいつもか、ふーん(やっぱり)。」

というのも以前からBが2つ持っているかもというのは予想していて、すでに一つ目は塩基配列を決定していた。もう一つあるはず、と数カ月粘ってやっと取れたわけである。そのため若干精根尽き果てた感があり、ここからテンション上げるには年を取りすぎた。子供ももうすぐ3歳だし。

明日僕のスーパーバイザーに報告する。前回彼は「Fu〇k'in stupid!!!」とよくわからないことを叫びつつ喜びを露わにしていたが、さて今回は、、、
近頃書類が気に疲れているようだし、42歳の体がどう反応するか見ものである。

そんなこんなでポスドクの日々は進んでいきます。

2009年12月2日水曜日

Red Magicの記述言語

「すべてがFになる」を久しぶりにパラパラめくってみた。



やっぱりC言語だろうか?




この本を読んだのは大学二年のときで、丁度三学に潜入してプログラミングに四苦八苦していたときだった。






自分がまさにリアルタイムで使っていたインクリメント演算子がトリックに使われているのを知ったときの感動は今でも忘れない。






「すべてがFになる」はPSで出てるサウンドノベルの方もおもしろかったな。阿保剛の電子的な音楽と真賀田四季博士の声がグッド。まさかあの人がやってるとは。ミュウからこれまで幅が広いね。








今思ってみると疑問だが、あのトリックはデバッグの段階で引っかからなかったんだろうか?
セキュリティの重要な個所にあんな意味不明なif文があったら警戒するとおもうんだが。




・・・やっぱり天才が作ったものをわざわざ時間を浪費してデバッグなんかしなかったんだろうかね。

うぐう

TreefinderもRAxMLよりはましだがメモリが蓄積していってる模様。今の自分のデータサイズを考えるとこいつも使えない。



現在はPhyML3.0のmultiple data set 設定で生成した配列100個を一気に解析する方法で試している。相変わらずメモリリークは起きるが上記二つよりはるかにマシ。これならアミノ酸解析でも(単発なら)いけると思う。複数ジョブをかけるのはまず無理っぽい。




なんで系統解析ソフトはメモリを食いっぱなしにするのしかないんだろうね? indel-seq-genはその辺ちゃんとしてるのに、それともこれも計算量の問題だろうか。まあこのシミュレーションでは少なくともindel-seq-genは致命的な問題にならないだろう。これは替えがきかないのでよかった。




他にもいろいろソフトを試してみる予定。PAUP*,PAMLあたりかねえ。。。

むしろ悪化した

最新版を試したら余計ひどくなった。

オノレ

お前かよ!!!!

メモリリークの原因はRAxMLでした。



RAxMLだけ並列処理でがんがんかけるプログラムを試したところ、メモリがガンガン消費されていく。




なんだかなあ、こういう結果には帰結したくなかったんだが(自分じゃどうしようもないから)




とりあえずRAxMLの最新版を試した後、駄目だったらTreefinderを使うことにしようかな。。。

2009年12月1日火曜日

改造計画

ヤトロ電子さんに連絡してメモリ増設の見積もりをお願いした。8GBにする予定。



OSのほうはどうもboot campを使ってLinuxを入れても不安定な問題が沢山ありそうなのでやめることにした。




とりあえず今のOSを消して、クリーンインストールでヒョウかユキヒョウを入れようと思う。






メモリリークについてはforkらへんのルーチンを自分で再構築してみた。簡単なテストだとメモリリークは起きない。(厳密にはメモリが増えたり減ったりしながら全体的には増加しているが、前と比べるとそんなに大したことないように思える。これがメモリリークかどうかは不明)

現在本格的な解析を行って検証中である。これで駄目だと正直メモリの増設という手に逃げるしかない。








なんかいいことあるといいなあ。

2009年11月30日月曜日

年齢

今年の春にDを取り、そのままつくばに流れ着いて既に9カ月が過ぎた。




早い、まじはえ~。気づけば冬じゃないっすか。
このまま気づけばミソジ?
それは避けたい。なぜなら、、、

気づけばミソジ=気づけば学振PD終了
だから。

そしてそのころ上の娘は5歳、下のは4歳、、、あれ?ヤバくね?

2009年11月29日日曜日

the 力技

undefしようがメモリリークは解消されない。




と思ったらサンプル数を激減して生成するプロセス数だけは膨大にするというテストをすると、全プロセス終了時にはちゃんとメモリ解放してやがる。


ということは、子プロセスの生成時に確保されたメモリ領域は全仮想プロセスが終了するまで解放されないということかな? このシミュレーションでは最大3600の子プロセスを生み出しているからさすがにぶっ飛ぶと。そういうことかいな。





それなら子プロセスの生成数をいくつかに分割すりゃいいんじゃないか?





なんたるちから技。でもやってみよ。

しかし、メモリの確保や開放は、Perlではあんまり気にするものではない。

perlfaqより










するんですけどおおおおおおおおおおおおおおおおおおおおお?!









あと、さっきの悪あがきが失敗した場合、perlの最新版を利用するというてもあることに今更ながら気がついた。


もしそれでも失敗したときは・・・・・まだなんかあるだろう。悪あがきは無限にできるのである。

プログラミングに暇なし

結局この時間までやってしまった。やりだすと止まらないんだよね。




メモリリークの解決についてだが、もしかすると子プロセスの終了時にexitするだけでは変数のメモリが解放されないんじゃないかと思い、子プロセスで宣言したすべての変数(特にファイルを読み込んで内容を要素として格納する配列など)にundefをかけることにした。


膨大な数宣言したすべての変数をいちいちundefするのは相当にめんどくさいが、これが多分最後のあがきである。



今やり終わって解析を始めた。勝負だ。

2009年11月28日土曜日

やっぱ駄目

プログラムを書き直したけどやっぱり止まった。メモリリークが解消されていないんだろうね。



こうなるともう外部コマンドで呼び出してるRAxMLとかindel-seq-genとかを疑うことになるけど、それは俺の能力ではどうしようもない。




このまんまじゃアミノ酸の解析ができんじゃないの。




早急にメモリを増設する必要があるな。メモリの上限さえ増やしてしまえばまあ応急処置にはなるやろ。

2009年11月27日金曜日

おふくろさん弁当のコストパフォーマンスがハンパない件について

コーディングが終わって帰宅。

夕食はおふくろさん弁当のおかずである。ご飯は家で炊いてるのでおかずだけもらう。こうすると安くすむ。


日替わりのおかずと唐揚げ4こと野菜コロッケひとつで280円。・・・・280円?!




こんなんで店の利益が出るのか? まあ俺は腹いっぱい食べれて安上がりなのでいいけど。

作業用BGM

今日は一日中コーディング。メモリリークを解決するコードを書くことと、このプログラムをモジュールなしに動かすこと、あと見た目をもっと整理することが目的。主要な機能はsubにまとめる。(今までは狂ったようにif if if if if if if if if if if してた)





おかげで目が疲れた。途中でやめられなくなるからいつもやりすぎてしまう。





研究室に誰もいなくなったので作業用BGMを流しながら作業するが、JAM_Projectはミステイクだった。



アツすぎて逆に作業できないよ



作業用BGMっていっても実際に使えるのは限られる。いかに作業へのモチベーションを上げ、かつ作業の邪魔をしない音楽を探すのはすんごい難しい。


人それぞれ、自分だけのこだわり作業用BGMというのがあるんやろうね。



ちなみに自分の the best of 作業用BGMは 「deadangle」である。
これはある推理ゲーム(と言いたい)に使われている曲だが、自分にとってはもう麻薬みたいなものである。



本を読んでても勉強していても様々な場面で流しても全く邪魔にならない。思考に溶け込む音楽である。



こいつを流すのは本気を出すときと決めている。

2009年11月26日木曜日

バイオ情報学研究会

来月17,18日に電気通信大学で研究会があるらしい。



過去のプログラムを見たら面白そうな発表がいくつかあったので、時間を見つけていってみようかな。





理解できるかどうかはわからんけど。

終わった~

期末テストが終わった~



四年なのにテストづくめやったよ・・・




これで卒業できる・・・・・・・・・かな。






卒業に必要な単位よりむしろ線形代数とか集合論とかゲーム理論の勉強を頑張ってた気がする。

うまくいかんもんじゃの~

MBE、BMCシリーズ、ここ数カ月tryしたすべてのjournalでeditor rejectを喰らってしまった。。。
人生初の経験です。

かくなるうえは、、、有害藻類誌か、、、

ここには安易に戻らないと心に決め、最後の砦という位置づけでいたのに、




早速投稿規程に合うように原稿のフォーマットを変えてしまいました。
しばらく頭を冷やすために年内は触れないようにしよう。


移動して1年目の受難。この程度で終わってくれい。


2009年11月25日水曜日

雑感

ここ数日不思議に思うことが、2件ほど。

CRめぞん一刻というのがパチンコの新台で出るらしい。パチンコをしたことないですが、パチンコとめぞん一刻とどんなつながりがあるか全くわかりません。

それに台の中央部分には、響子さんと五代君のキスシーンがあるようなのですが、その絵を見ながらパチンコをして盛り上がるのでしょうか。

2つ目は、ハンカチ王子のこと。なんか将来は政治家希望とか。まだ野球選手としても一人前になっていないのに、野球選手はあきらめたのでしょうか。まだ若いので何でもできるし、彼がどうしようとも自由ですが。

なにがいいかな

MacOS Xを消して何を入れようか思案中。




個人的にはLinuxを入れたい。





なにぶん初めてなのでどのディストリを選ぶかで迷う。






安易にubuntuには走りたくないなあ。楽そうだけど。





CentOSかな? Arch Linuxも勉強するには面白そうだけど、GUIの方がいい人もいるだろう。








う~ん

2009年11月24日火曜日

メモリリーク

原因はこれか!


メモリリークはプログラミングのバグの一種であり、通常プロセス終了時に解放されるメモリが解放されずに確保されたままになることで起きる現象だ。当然、メモリがなくなってしまうとシステムは再起動してしまう。(wikiった)






今の自分のプログラムもこれが起こっている可能性があるな。たぶん複数プロセスの生成時に共有させている変数の循環参照なんかしてるんじゃないかな、そこがアヤシイ。



メモリの消費量を時系列にそってトレースできるようにしてよかった。休日の努力は無駄ではなかったわけだ。

なんにせよこれは今すぐに解決すべき問題である。




プログラムは思ったように動くのではなく、書いたように動く。まさにその通り。痛感いたしました。



また一つ成長するぜぇ。




メモリの増設とOSの書き換えは依然やりたいところではあるけどねー。

申請書から思うこと。

とある申請書Aは書く気がさらさらない。しかし書かなければならない。

また、別の申請書Bはやる気満々。

見る人が見れば何のことかお分かりだろう。





申請書Aには結局2週間かかり、しかも中途半端な出来。一方、申請書Bは3日で済んだ。
結局本人のやる気の問題なんですね。


後輩の育成もこれと同じで、いくら知識や技術を教えても、あまりやる気の無い子には意味がないのでしょう。逆にやる気さえあれば、(今は駄目でも)知識や技術は後からどんどん付いてくる。

うちのラボは後者ばかりが集う場所であり続けてほしい。

ナゾ

時間を重ねるごとにメモリの消費量が増えている。





これが原因だな。

終わってる

また落ちたよ・・・・・・





もうあれじゃね? 一回頭真っ白にしてOS新しく入れたほうがいいんじゃね?








もう俺は知らん。








ああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああ

2009年11月23日月曜日

nageeeeeeeeee

現在4taxaでの諸々のシミュレーション実験の最終的なデータ収集を行っている。これは多分今週中には終わるものなのでいいが、問題は次の実験である。





taxaをもっと増加させたデータセットでの実験のプログラムを書いたはいいが、必要なデータをそろえるまでにすんごい時間がかかる。



簡単なテストでの所要時間から計算するにマナカナでフルコア使って塩基配列で一週間、アミノ酸では二週間くらいかかるだろう。





さらにこれら二つに対してポジコンも取らねばならず、そうするとかかる時間は・・・・・・・わお。







さすがにそこまでの時間を占有することはできないな・・・





この実験は次にどうするか決めるための予備実験だから、もうちょっとデータサイズを削るかあ。

2009年11月22日日曜日

サラリーマン川柳

おもしろいサラリーマン川柳をみつけました。

第10回サラ川第5位のものです。kamiさまにささげます。

  「知恵を貸せ」 貸したらおしまい 「君がやれ」

今後はお互い気をつけましょう。

2009年11月21日土曜日

Google map でトイレ検索機能

これは。。。。。



ギャグで作ったのか? マジで作ったのか?!





「これで外出時の急な腹痛もOK!」みたいなこと書かれてたが、本気で作ったのだとしたら極限状態の人間の心理を完全にはかり間違えている。




そもそも、臨界スレスレのヤヴァイ状況で端末をパカッと開いてGoogleにポチッとアクセスしてそいでもって「つくば トイレ」などと打って検索するほどの余裕があるとお思いか?



間違って自分と遠いところのトイレを検索してしまったときの精神的ダメージによる状況の悪化は計り知れないだろうが。




死線を彷徨っている人間がそんなエレガントな真似できるはずがない。




Googleは天才の集まりということを聞いたことがあるが、天才は何を考えているんだか分からん。

ブラインド タッチ

ちょっよためしてみや



↑ ちょっと試してみた結果。撃沈





難しいなあ。どうやってコツをつかむんだろう?

これが一発撮り・・・だと・・・?

nikoniko よりsm4936989




さすが千葉さん。尊敬に値する名演技である。よくこれだけの長台詞を・・・




自分のなかで五本指に入る声優(俳優)sugeeeのシーンだ。(ちなみに一番は古畑の緒方拳と田村正和がやった実験室でのやりとり。ノーカットであそこまでやるドラマはこれ以外にみたことがない)


押井作品の超絶長台詞は相変わらず声優泣かせだよなあ。

こういう場合静止画と口パクありだとどっちがやりやすいのかな? 口パクありだと途中からズレそうだし、静止画だと尺の取り方で難儀しそう。






ミニパト買おうかなあ。

2009年11月20日金曜日

メンテナンス

どうも電源を分けただけでは双子のゴキゲンは取れないらしい。




とりあえず定番のフリーソフトを入れてみることにする。







macだとよう分からん。











テスト勉強(四年なのに・・・)明けなのでテンションもあまり高くない。まあこういうのは好きなので、今日はコーディングはお休みしてこちらに時間を割こう。

2009年11月18日水曜日

ネタなのか?

リフレッシュルームでの食い物関係のトラブルが何故か全部おれのせいにされる。







いやそりゃ確かに常人より食うけども。






ちゃんとわきまえるところはわきまえてるんだよ・・・?







遠慮しなくていい時だけ全力出してるだけだよ?









お菓子もお土産とか飲み会の残り物とかひっそりと供給してるんだよ?













もうちょっと控えようかな。

大物

今日、とある大物(体も地位も)がfuck'inなことを言っていた。

その内容は伏せておこう。しかしこれだけは言っておきたい。



「俺はあなたに雇われていない」


しかし言えなかった。大物だったのと、たぶん呆れてしまっていたから。





あと15年もたてば、今の彼の年齢になる。そのとき自分が周りの若手に同じことをしていないように心がけていこうと思う。そのときもまだポスドクかもしれないけど。。。

2009年11月17日火曜日

戦利品

廃品作業をしていたらどっかのラボが捨てた社長椅子があった。



どこも壊れてないし破けてもない。座り心地もすごくいいのに捨てられるのはもったいない。





・・・ということでありがたく頂戴させていただいた。




目の前で持っていってもお咎めなしだったのでいいだろう(?)








濡れてたからアルコールでごしごししてやって、マナカナのところに置いてみた。






・・・いい椅子。

と、思ったら

やることが出来た。




どうもIPC::ShareableとData::Dumpの組み合わせに問題があるようで、変数のDumpが上手く出来ていない。何千とあるサンプルのうち2,30個ほどが「ランダム」にdumpされないのである。




まさかコンピュータが1/10秒程度の瞬間で格納間違いを犯すとでも・・・? んなばかな!






よってこれはモジュールが悪いのだと決定。人の作ったやつだから自分じゃ直せないしする気もない。






なのでやっぱりsortの問題に戻ることになる。







めんどくせえから力技で解決することにする。俗に言う体育会系プログラミングである。

いっぱいいっぱい

ちなみに俺が、じゃない。





電源を入れ替えたので8+8=16コア使えるようになったが、いかんせんやる実験が多すぎるしそれぞれで使うコア数もでかいので上手く回らない。他の人の分も残さないといけないしね。







お金貯めて自分でもクアッドコアのデスクトップマシン買おうかなあ・・・









暇だから試験勉強でもしようかな。

2009年11月16日月曜日

sortが・・・・・・

機械の認識と人間の認識が違うというのを思い知らされた。




そうですよね。1の次は2じゃないですよね。10ですよね。





勉強させていただきましたよ。





そのおかげでコーディングは非常にめんどくさくなりそうですよ。






ハラ減ったからメシ食ってリベンジしよ。






P.S マナカナにニューフェイスAkiを紹介しておきました。上手く付き合ってください。パスワードはデフォなんで早く変えてください。

2009年11月15日日曜日

A3 米国海軍戦術歩行戦闘機 F-14D トムキャット

コーディングテストの結果待ちで暇だったのでサーフィンしてたらボークスから発売される次のA3シリーズの機体がこれとのこと。今まで出た中では一番好き。かっくいー。




数あるロボットの中でも戦術歩行戦闘機(戦術機)に挙げられる特徴として、実際に存在する戦闘機と同じ名前、似たような特性を各機体がもつというものがある。これはこいつらの世界では戦闘機が使い物にならず、その代わりに戦術機というものが開発されたから。その理由は簡単で、相手がレーザーを持ってて超長距離からの撃墜が可能であり、戦闘機とか空飛ぶやつは地平線から顔を出した途端に狙い撃ちされてしまうから。そういう背景があるので、各機体の開発経緯は実際の戦闘機のそれとかなり似通っている。





あと戦術機はレーザーとかビームサーベルとかファ〇ネルとかそんなゴキゲンな兵器を使った派手な個人プレーは行わず、36mm弾を使用して実際の軍隊そのものの戦略、戦術をとる。そんな硬派な点が非常に気に入っている。







このトムキャットも実物と同じ複座型。匍匐飛行による部隊単位での高速一撃離脱戦術(打ち逃げ)を設計理念としている。最古の大型第二世代機。




なんかこう、悪役然とした顔つきがいいね。









・・・という趣味丸出しの文章を書いてたらテストが終わってた。とりあえず上手くいった模様。あとは実験結果がどうなるか。



今回はかなり網羅的な解析を行うので、マナカナにはしばらく頑張ってもらおう。

2009年11月13日金曜日

ポッキーの日

ポッキーの日は私の誕生日です。今年もd308のメンバー、関連する方々からお祝いしていただきました。

みなさまほんとうにありがとうございました。

今後もみなさまと共に「テッペン」を目指し、精一杯頑張る所存であります。

まだテッペンがどこなのか判りませんが…

週末にはとりあえずデザインナイフ、ニッパー、紙やすりなどを買うつもりです。レッドショルダーにしようかなぁ。

   敵の血潮で濡れた肩。
   地獄の部隊と人の言う。
   パルミスの高原、ミヨイテの宇宙に、
   無敵と謳われたメルキア装甲特殊部隊。
   情無用、命無用の鉄騎兵。

あれはマジかっこいいです。

今日(昨日)は柳仙の日

柳仙はd308行きつけの飲み屋。


南大通りのホテルニュー高橋の近くにある。



お店は小さいけどとっても美味しい。



飲み会だが今日の俺の目的は


1、食う

2、食う

3、食う


(4、飲む)




である(笑)



部活をやめると食欲は減退するというが、どうも俺の胃袋君は衰退するということを知らないようである。そしてここのところカップラーメンとおふくろさん弁当のローテーションだったので、久しぶりに大食いした。







焼き鳥、ドライカレー、最高。

2009年11月11日水曜日

ちょwwwwwおまwwwwwwww

マナが俺の目の前で止まりやがったぁぁぁぁっぁぁ!



あとほんの10個程度の解析だったのに!! もうすぐだったのに!






なに? 見られて恥ずかしかったの!? 秘密だったの!?









そんで最後に俺に電源ボタンを押せと!? 俺の責任だと!!?









女々しいことしてんじゃねええええええええ!











カナでやんなくてよかった・・・

2009年11月10日火曜日

地雷は踏んだほうがいい

今日得た教訓。というか四年生なんだから踏んでなんぼ。今の時期はそれくらいがいいと思った。




間違ってたらやだな~とか思って言葉を濁したり聞かなかったりするとその分損をする。




どんなバカバカしいことであっても聞くまではそれを実感できない。赤っ恥をかくことになるが、自分が今まで間違いを犯していたこと、自分が無知だったこと、これから何を知るべきなのかを思い知らされることは自分にとって非常に利益が大きい。





自分で調べるのもいいけど聞ける人がすぐ傍にいるならすぐに聞いたほうがよい。
「他人に聞く前に自分で調べろ」は基本的に妄言だと信じているので・・・。他人は本と同じくらい便利な情報ツール。





大学入りたてのときも言われたが、今それを再認識できた。





これからもどんどん地雷を踏んで行こうと思う。誤爆と誘爆には注意したいが。

Lab of Molecular Evolution of Microbes

環境DNAからのクローン解析のデータが上がってきた。
さてどんなものが検出されているか。。。
こういうときの感情はプレゼントをもらったときの箱を開ける瞬間に似ている。

楽しみにして箱(Blast)を開いてみると。。。

「あれ、僕Protistのラボの人間ですよね?」

所属を疑うような結果が。

The highest blast hit is XXX (一応詳細は避ける: Metazoa; Arthropoda; Crustacea; Maxillopoda; Copepoda; Cyclopoida; Cyclopettidae; Paracyclopina)。つまりカイアシ類、ケンミジンコの仲間。

こいつはProtistではない。
が、配列を読んだクローンのほぼ半数以上がこれだった。

なんということだ。




悪いことは続くもんで、石川君が帰り際に動かして行ったマナがフリーズ+再起動をお願いしていた。

2009年11月9日月曜日

そろそろ結果ださないと

スクリプト書くのに夢中だったのであまり結果を出してない。やることが山積もり・・・




やることは設定を考えてコマンド打つだけだから簡単だしすぐ終わるけど、資料を作るのが苦。





ていうか明日プログレスミーティング俺やん。 めんどくs(自重)






今日プログラムに新しく付け加えるやつができたから、それをやりつつ、合間に解析を走らせよう。

2009年11月8日日曜日

結論

マナカナのキャパシティーについて



一つのジョブをマルチコアで”複数日”やる場合: 6コアが限界。ただし、これもマナカナのその日の体調?やジョブの内容によるため、安全にいきたいなら5 or 4コアが無難。何日かかるかでコアの上限も変わるようなので、ジョブの効率化は必須だろう。





二つ(あるいは複数)のジョブをさらにそれぞれマルチコアで”複数日”やる場合: 3*2コアでは無理。同じ6コア使用でも確実に止まる。2*2くらいが限界であろう。ただし、すぐにプッツンするわけではないので、軽いジョブなら誰かがやってるときに上乗せすることは可能。(しかしそれでフルコア使用とかになると保証はできない)









これが今までの多大な犠牲(強制シャットダウン)によって得られた結論である。






ちなみに、昨日完成したプログラムは問題なく動かせることができたが、実はこれが一番データセットが少なく負荷の軽いジョブであった。taxaをもっと増やせば変わるのだろうけども・・・






実験の結果核酸配列では予想通りの結果が得られた。アミノでも試してみよう。

できた

最後のルーチンであるmulti taxaによるLBAの検証機能のスクリプトも書きあげた。
12taxaでLBの位置を順次変えて尤度比較によるLBAの検証を行う。LBの本数も簡単だが変えられるようにした。


この機能はさらに追加実験が考案されるであろうからまだ付け加えるものがあるだろうが、基本的なプログラムはほぼ完成したといえるだろう。



user treesの尤度比較は今後も使用することになる機能なので、うまく動いたらどっかに保存しとこう。



総容量2500行。行数でプログラムの出来をみるのは愚の骨頂であるが、これだけの容量を書き終えたことはプログラムを書く者としては最初の壁を乗り越えた感がある。まあ依然ド素人レベルなんだけどね。








オレ生物学類なんだよな・・・・・?







構文自体のエラーはデバッグできたが、自分ちのノートではマルチスレッドによる並列処理など到底不可能なので(ていうか動いてくれない)、実際に動かしてその動作を確認するのは明日このプログラムをマナカナに持って行ってからとなる。






楽しみ楽しみ。

2009年11月7日土曜日

なんだ簡単じゃん

暇だったのでtaxaを増やしたときの尤度比較をどうしようか考えてみた。


同一データに別々のconstraintをかけてそれらのMLtreeの尤度を比較して云々とか考えていたら、んなことしなくてもコマンド一発で全て解決とRAxMLのマニュアルに。まぬけ




ちょっと試しにやってみたらすごい簡単。ファイルを一個用意すればいいし、出力ファイルもスクリプト的にすごく分かりやすい構造をしていた。これなら各系統樹の尤度をファイルから抽出するなんて訳ない。




すぐにドラフトが思い浮かんだので取りかかることにする。この実験ではLBの位置や本数を変えたときに尤度がどう推移するかを調べたいと思っている。枝長や組成の変異なんかは4taxaでさんざんやったのでいいだろうとおもうが・・・



これらの設定もTree fileをいじくるだけで済むことなので、あとはインターフェイスの部分をどうコントロールするかを工夫するだけだ。

2009年11月6日金曜日

Euglena ふえた

508から新たに五株もらった。Phacus 二種 Trachelomonas 一種 Strombomonas 一種 未同定 一種

培地は作ったのですぐに植え次ぐ予定。



Phacusのひらひらした枯れ葉のような動きがいい。スクリーンセーバーにしてやりたい。

2009年11月5日木曜日

やるじゃん

5コアでのシミュレーションは無事終了。子プロセスの生成は二重forループの内側でやるのだが、外側for文で内側で生成したプロセス全てが終了するまでforを進めないようにしたのがよかったか?


何にせよ、この程度のデータセットだと所用時間は27時間。苦労してコーディングした甲斐はあったかな。




6コアでももしやいけるか・・・・?





これからもう少し改良を加えた後、multi taxa? でのシミュレーションを想定した設計を始めようと思う。




今はオートクレーブした培地が急冷するに耐えられる温度に下がるまで待っている。ハラ減ったよ~~

2009年11月4日水曜日

海外学振

僕の大学1年からのツレで今イギリスにポスドクとして渡っている男がいる。
彼から約半年ぶりに連絡があり、無事海外学振に通ったそうだ。
彼も僕同様、家族持ち。
僕が通ったわけではないが、本当に良かったと心から思った。

彼の話だと、最近イギリスのビザ制度が変わって、海外学振でビザをとる場合、TOEFLで120満点中110点取らねばならないそうだ。その一方でイギリスの大学に雇われたポスドクの場合、英検3級レベルで良いそうな。

、、、彼は今別の戦いを強いられている。頑張れ!

で・・・・・・き・・・・・・・・・・・・た・・・・・・

とりあえず4taxaのシミュレーションプログラムは完成した。デバッグもおそらく問題ない。全ての機能が無事実現されている。簡単な試験を全てのパターンについてやってみる必要がある。




もう・・・つかれた・・・・・・・・・



テンションがヤバい領域にコンニチハしだしているので、これから寝て頭を冷やすことにする・・・・

あともうちょっとおおおおおおおおお

組成を変える枝の一本の枝長を徐々に大きくしていく機能までデバッグせいこおおおおおおおおおお




ねむいいいいいいいいい





がんばれオレぇぇぇぇぇぇぇぇぇぇぇぇ

2009年11月3日火曜日

一旦休憩

 並列処理において子プロセス生成のタイミングとスコープがうまく連動してなかったのでこれを改善した。とりあえずこれでプログラム的には問題がないだろう。上手くいかなかったらやつらの根性が足らんのだ。



 30*30*50のテストには成功したので、60*60*100でも上手くいくと信じている。




 もうひとつのルーチンについては基本骨子は組み上げた。データサイズをどんどん変えていく機能とlong branchの独立制御は組み込んだので、あとは枝をどんどん長くしていく機能と組成をどんどん変えていく機能を足すだけだ。今日中に終わらせてやるぜ。





 上手くいけばmulti taxaによるシミュレーションにも手をだすつもり。


 今日は寒いから、一旦帰って暖かくしてこよう。枕も忘れずに・・・

In theory, theory and practice are the same. In practice, they’re not.

訳: 理論的には、理論と実際は同じものだが、実際はそうではない。

- Yoggi Berra



 プログラミングの格言の一つとして挙げられるもののひとつであるし、コーディングをしていて自分がよく思うことでもある。

 たぶん細かく言えば
 
 「実際の現象に影響する全てのパラメータを実装する理論が存在しない」

 ということなのではないかと思う。


 個人的に気に入っているので、このページの下部の文句に付け加えておいた。



 その他、自分でやってて気をつけているものには、


 「コンピュータはとても高速にとても正確な間違いを犯す。」

 「プログラムは思ったように動くのではない。書いたように動く。」

 「車輪は二度作るな。」

 「一週間前の自分はアカの他人。」

 「真のプログラマは、楽をするためにはどんな苦労も厭わない。」


 なんかがある。




 

 さて、作業のつづきつづき・・・

明日

なに!?

明日(火曜日)が祝日、文化の日だと!?家族サービスだと?!

、、、そういうのは早めにお願いしますよ~。今日Native gel作っちゃったじゃん。。。

文化ってなんだ?

2009年11月2日月曜日

ラクダ本ほしいなあ

 とりあえずシミュレーションで途中でマシンが止まっても大丈夫なようにプログラムを書き換えた。



 変数を増やすと上手く子プロセスが進行しなくなったので、共有する変数の数は変えず、プロセスのある地点でそれまでの結果を抜き出してファイルにまとめられるようにした。とりあえず全プロセスを4つに分け、四段階でファイルのバックアップを取るように設定したので、途中で止まっても上手く再開することが出来るだろう。



 簡単なテストは成功したので、今は60*60*100でシミュレーションを行っている。上手くいったらもう少しパーティション分けを細かくするつもり。3コアでやってんだから落ちないでくれよ~。




 やってみた感想としてはperlは結構便利だな。もっと使いこなせるようになりたい。CGIでも自由にプログラミングが出来ればいいが。



 オライリーから出てるperlのラクダ本がほしいなあ。あれすごく高いけど、バイブルなんだよなあ。

 でも進化学会の旅費が入んないので当分無理。・・・ふう。



 明日もまた泊りがけでコーディングだろう。今度はあんまハードル高くないからいいけど。

マナカナできない子

また止まった・・・



4コアでも止まるとは、どんだけ体力ねえんだよ。



止まったあとちゃっかり「ヤバかったんで自分再起動しておきましたよ」的な、「仕事やりましたよ」的なレポートを残されるのがムカつく。お前に求めてるのはそこじゃねえんだよ・・・

半分しか使ってないんだからちゃんとやってくれよ。


仕事できない癖にできるオーラ出さないでほしい。8コアとか飾りじゃん。





・・・と愚痴はこのくらいにして、解決策を試さなければ。

とりあえず共有する変数を増やすかハッシュにして、マトリクスを大まかに分けそれらのパーティションごとに結果を順次出力するようにして、落ちても途中までの結果が残るようにするとしよう。

2009年10月31日土曜日

充実した休日

今日は午前中自宅で飼育しているカメのフィルターを買うためにグランステージのペットショップへ。

さすがつくば周辺では(唯一)最大規模の店だけあって、生き物もたくさんいた。

 とりあえず一時間ほど物色。特に昆虫と両生類爬虫類関連を見て回った。レッドイグアナはまだ売れてないらしく、前見たときよりちょっと大きくなってた。小学生の子が質問してきたので、軽く生物学類の知識を披露した。たぶんよく分かんなかっただろうけど、女の子なのにイグアナ見て「かわいい」とは将来が非常に有望である。

 見た中ではヨロイトカゲが無骨で怪獣チックでかっこよかった。スリムなフォルムとあのギザギザ鱗がナイス。テンション上がりました。将来ああいうの飼いたいなあ・・・


 四時からは総合A棟であったつくば進化生態学セミナーに参加。社会性ダニにおける共同トイレの形成と血縁選択及び同種殺しについて。血縁選択のところはあんまよく聞いてなかったけど、共同トイレは単に巣内の衛生を保つということだけ話されていたが、戦略的価値という点で糞のにおいを頼りに来る捕食者ダニを誘導し侵入経路を限定することで巣の防御効率が上がるんじゃないかなあと思った。ああいうトンネル状の通路では敵がご丁寧に入口から入ってきたら迎撃もしやすいのだが、脇腹狙われたら終わりだからね。

 共同トイレ形成の種間多様性を考慮しても理屈に合う仮説なので、試してみる価値はあると思う。



 そして今は実験室でコーディング。先日届いたオルタのOSTを聞きながらスクリプトを書く。ゲームの方が一言で表せば「魂」と言えるほど素晴らしい出来だったので衝動買いしたものだが、BGMもやはり至高の一品である。いいスクリプトが書けそうだ。




 だがkami様のタンパク実験のため室温が外気温より低いという状況。ちと寒い。あまり長居はしないでおこう。




 最後に、カナがまた途中で止まってた。並列処理化してもやはり6コアは無理だったか。高スペックなのか低スペックなのかよく分からん。


とりあえず軟弱者めと言ってやりたい。


4コアくらいが限界だろうか・・・

2009年10月30日金曜日

銀染!

昨日精製し終えたタンパク質や精製の際のflow-throughをSDS-PAGE後銀染色してみた。
精製サンプルは薄いがシングルバンドで見えたのでよしとしよう。
銀染を選択したことは我ながら正解だった。これをCBBでやっていたら時間はかかるわ、バンドは見えないわで散々な週末になるところだった(実験の女神よ、ありがとう)。

来週から再現性をとったり、ある物質とのinteractionを見たりしていく。
活性残っててくれよ~。

P.S.
K大時代に指導していた後輩が見事学振DC1を引き当てた。PDとは難易度が違うな~と感じると同時に、D取った後の出口小さくしてどうすんだ、とも感じた。
なにはともあれおめでとう、K野。

横浜理研


昨日は基盤Aの打合せで鶴見の理研へ行ってきました。

タンパク3000プロジェクトの遺産であるNMRたちです。そのころは50台くらいあったそうです。

NMRがある棟は建材からの磁気などを極力減らすため木造で、おしゃれな山小屋にいるような感じ。

帰りは駅近くの炉端焼き、いろいろと美味しゅうございました。

筑波には10時過ぎに到着、帰宅したら結構疲れていました。

2009年10月29日木曜日

memo::Perlによる複数並列処理プログラム

現在実行しているプログラムでは大体20分で1/70が終わっていた。

バグがなければ一日程で計算が終了するだろう。

従来のやり方だとこの規模の計算を終えるのに一週間ほど(それも途中でマナカナが止まらなければの話)かかっていたので、この差は歴然と言える。ってか速えなおい・・・




忘れないうちに並列処理のやり方だけメモっておくので、プログラムに困った人(とくに後々再び同じことしようとして忘れて焦ってるオレ)はぜひ活用していただきたい。




必要なモジュール。

・Parallel::ForkManager
http://search.cpan.org/~dlux/Parallel-ForkManager-0.7.5/ForkManager.pm

・IPC::Shareable (バグ修正済み ver)
http://rt.cpan.org/Public/Bug/Display.html?id=33489

・Data::Dump
http://search.cpan.org/~gaas/Data-Dump-1.15/lib/Data/Dump.pm

Parallel~は二個以上の子プロセスを生成する際必要である。fork()を駆使してそのようにしてもいいが、こちらを使った方がはるかに簡単。なお、使用する際は各プロセスが同じディレクトリを使わないようにしないと、同じコマンドを実行した際こんがらがることになるので注意。

また、IPC~は子プロセス間で変数を共有したいときに使う。これがないとあとでdumpしたときに空の変数しか出力できない。

Data~で子プロセス間の出力結果を統合する。



以下サンプルコード。

-------------------------------------------------------------

use strict;
use warnings;

use Data::Dump qw(dump);
use IPC::Shareable;
use Parallel::ForkManager;

my $handle = tie my @result, 'IPC::Shareable', undef, { destroy => 1 };  #共有する変数
@result = ();

my $pm = Parallel::ForkManager->new(10); #最大プロセス数

$pm->run_on_start(
sub { my ($pid,$ident)=@_;
print "** $ident started, pid: $pid\n";
}
);

for (my $i = 0; $i <= 100; $i++) {
$pm->start($i) and next;
$handle->shlock;
#子プロセスにやらせる処理をここに
push($result[$i], #結果);  #なんか処理したやつの出力
$handle->shunlock;
$pm->finish($i);
}

$pm->wait_all_children; #全てのプロセス終了まで待機
dump(@result);   #結果を統合

--------------------------------------------------------------


push($result[$i], #結果)とすることで出力されるものの順番を決めている。これがないと子プロセスの終わった順に結果が@resultに格納されるが、こうしておけば各プロセスの結果にはfor文の「何番目か」という情報があるので、forの順番に@resultに格納されていく。


他、詳しくはこことか参照
http://perldoc.jp/docs/modules/Parallel-ForkManager-0.7.5/ForkManager.pod






とりあえず今日はここまで、これ以上やるとニューロンがプッツンしちゃいそうなのでやめておく。
また明日からがんばろう。

っっっしゃあああああああああああああああ!!!

とりあえず大きな山は越えた。



スクリプトの純粋な容量としてはまだ1/3くらいだろうが、塩基配列でのシュミレーションへの対応、組成の枝長に対するほぼ連続的な変化、組成変化後の網羅的チェック、推定された各種枝長の誤差のチェック、プロセス全体の並列処理化などの機能をデバッグ含めやり終えたことは非常に大きい。


特にプロセス全体の並列処理化は予想通りマジ難しかった。
子プロセスの複数生成や変数の共有、各プロセスの結果の統合及び順序付けなど(何言ってるか分かんないな)を各種モジュールの活用によって解決した。「車輪は二度作るな」ってね。


これによって、いままでRAxMLによる系統推定の時しか並列処理ができなかったものを各系統樹に対する配列生成から結果のまとめまでの一連のプロセスを並列に行うことに成功。
推定自体に時間がかかる時はRAxML-PTHREADSへのコアの配分を多くし、推定が簡単な塩基配列のときにはRAxML-HPCを使い子プロセスの数を増やせるようにしたので、ケースバイケースで高速化できるようになった。



たぶん3~6倍の速さにはなるだろう。


現在1500bpの塩基配列に対し70*70*100の系統樹のヴァリエーションを作ってテスト中。
ようやくまともなプログラミングが出来た、というところか・・・



目標を達成し自分の思い通りに動いた時のこの「やってやったぜ」感。これがあるからプログラミングはやめられん!














PS さっきまで実験室でtakさんとgamiさんが話してた。なんかキョウダイみたいで微笑ましかった。

どっちが下かはあえて言わないでおこう。

実験=苦行?

約1年半ぶりくらいにタンパク質の解析を始めている。
いわゆる生化学実験というやつ。

今はリコンビナントタンパク質をin vitroで合成して精製中。

精製中はいいのだが、この手の実験は始まると止められない。
昼飯は先ほど握り飯とカップめんを強引に胃に収め、終了。おそらく食事(ここでは胃に食べ物が入ること、と定義する)の実質時間は5分もないだろう。

PCRとかDNAの実験だったらいつ止めてもかまわないので飯は好きな時に食える。まあそれでも「もうちょっとやってから、、、」とか考えて結局遅い昼飯になるけど。

正直生化学はしんどい。でもDNAだけでは想像にすぎないことも生化学は証明し、「想像」を「事実」へと変える力があるのだ、


と、信じて今も精製頑張ってます。
カップめんの早食いで口の中ヤケド中。

ねちがえた

リフレッシュルームで寝たら首寝違えた・・・


全然リフレッシュ出来てない。



今度は布団だけじゃなくて枕も持ってこよう。

2009年10月28日水曜日

やったるで

やっぱり作業を中断しながらチマチマとコーディングしていくのは性に合わない!


やりたいことを忘れないうちに、やるなら一気にガッとやりたい。



ということなので、今日は泊まり込みでコーディングすることに決定。別に家でも出来るけど、こっちの方が集中できるしモチベーションがあがる。



丁度密林に頼んでいたサントラが届いたので、ガンガン鳴らしながらやることにする。



その前準備として自分のノートをパワーアップ。

フリーソフトの導入によって仮想デスクトップを実現した。これにより、コーディング専用の画面とブラウジングその他もろもろの作業を行う画面を瞬時に切り替えることが出来るようになった。これでウィンドウをいちいち整理しながらコーディングする必要がなくなる。ヤッタネ。



目標は大規模taxaによる拡張シミュレーションを除く全てのルーチンを完成させること。頑張るぞ!

Rejected!

論文をBMC Evol Biolに投稿してから3週間ほど放っておかれ、

1週間ほどEditorial assessmentを受けた結果、

昨日rejectのメールが来ました。。。何故だ?

疑問1
これまでの知見からimprovementがないというが、ちゃんと読みました?
疑問2
Editor rejectに何週間かかってんだ?


こんなこと日常茶飯事なんでしょうけど、いいかげんこの子(論文)からオサラバしたい。こいつに何カ月かけたんだか。早く世に出ておくれ。

う~~ん

PROCOVのコンパイルがうまくいかない・・・



FORTRAN用のコンパイラg77を入れてスピードアップのための線形代数関連計算高速化ツール(BLAS+LAPACK)の導入まではうまくいったが、肝心のプログラムのコンパイルが途中でエラーしてしまう。



というかREADMEの通りにやってるのにうまくいかないとはドウイウコトデスカ?

俺にどうしろと?




あと上手くコンパイル出来ても計算過程でちゃんとBLASとの連携ができているかわかんないかも・・・

MacProの問題点

うちのMacPro、マナ、カナ、hanky、pankyは8コアですが、全コアを使ったヘビーな解析をすると無断でリブートしたり、電源が切れるという困った癖があります。

今日業者の人に聞いたのですが、どうもMacProの8コアをフルフル使って科学計算すると、どこかの時点で電力不足?になり勝手に止まるらしいです。

でも200ボルトの電源に突っ込むわけにもいかず、結局8コアを一気に使った計算はできないのか…

8コアの意味がないじゃん

2009年10月27日火曜日

今日の感想

今日の感想は、

「PCRとかシークエンス程度の実験をケチってはいけない」

ということです。混ぜて機械にかけるだけだし、数サンプル泳動するのも10サンプルとか泳動するのも手間は変わらないよ。

あの生き物はちょろっと実験して、何かわかるほど甘い生物ではないのでは?

ISEP資金援助

来夏、日本の古都金沢でInternational Society for Evolutionary Protistologyのannual meetingが行われる。ところが、結構な資金難らしく、良い研究をした若手研究者への旅費援助が困難らしい。

そこで某KI先生から「資金源で何か情報あったら教えて」と言われていたので

・井上科学振興財団
・ライフサイエンス振興財団

の国際集会開催援助の申請について教えたら

「K川(が申請書を俺の代わりに)書くか?」

と言われてしまった。赤字部分は憶測だが。

別にいいっすけど、、、申請通ったら科研Aあたりでご褒美ください。

2009年10月26日月曜日

言い方ひとつで人の印象というのは大分変わるもんだ

そりゃちゃんと予約してたんだし、時間過ぎてまでやってたこちらの方が悪いのだけれど、それにしたってもう少し言い方というものがあるだろう。こっちだってダラダラおしゃべりしてたんじゃないんだから。



きちんと予約してるのだし、生徒のための授業の時間を無駄にしたくない気持ちも分かる。しかしながら、次に何かが控えている事実をあの場にいた全員が知らされていた訳ではないことも分かってほしい。



演者なんかそのいい例で、せっかく遠くから発表をしにきたのに自分が喋っているその最中にいきなり赤の他人が大声で割って入ってきて、「次控えてるんだからもう終わって出てけよ」とか言われて強制終了させられたら、仕方ないこととはいえ嫌な感じしかしないだろう。ていうか自分が逆の立場だったら嫌でしょ?


なんかフォーラムで発表してることなんて見りゃ分かるんだから、そこらへん推し量って5分前くらいに代表者に次控えてるから早く終わるように通達することくらい出来るでしょ?



仮にも人にモノを教えられるくらいエライ人なんだから、そこらへんもスマートな対応をお願いしますよ。


自分の正しさを力技で押し通そうとしても、周りからはドン引きされるだけだと思います。

2009年10月23日金曜日

汚っ!

今日kamiサマとオートクレーブの掃除をしたら、汚水の出ること出ること。

排水管が詰まるほどゴミがたまってて、取り除いたらドス黒い液体がドバッと出てぎゃあああああ! という感じに。

こんな状態で今まで培地とかオートクレーブしてたのか・・・・シャレになんないな。




あと流し台の水道も黄色く濁ってた。これじゃ洗いもんができないやんか!


橋本先生に報告したら一定時間水を流し続けるとそのうち綺麗になるらしいです(?)

勿体ないけど実験器具の衛生のためみなさんそのようにしてください。

PhyMLの再来か!

QmmRAxMLというプログラムを走らせている。
こいつはロングブランチアトラクションに非常に頑健だ、と開発者は主張している。
もし本当なら自分の研究には持って来いなのだが、、、

極めて遅い!

RAxML7.0.4では30分たらずの解析もQmmRAxMLにかかればあら不思議。
なんと6時間もかかってしまう。

たしかに樹形全体の尤度は上がっているが、ブートストラップ値など信頼性に関する基準にどれほど良い影響を与えるかは不明。しかもブートストラップ100回とすると普通に考えて600時間。。。
コアごとに分けてやるか。ただ、そこまでしても多分解像度は出ないんだろうな~。

おひさし~!

最近の実験結果はいまいちフラットで

「データはあるけど、そこから何も結論は出ません」

的なものしかでなかった。。。

けどついに実験の女神が微笑んだ。ある生物はEFLとEF-1a遺伝子を両方持っていることが今日判明。
じつは数週間まえからそうぢゃないかとにらんではいたけど、予感が確信へと変わった瞬間でした。

これがあるから実験は止められない。

2009年10月22日木曜日

お知らせ

D308のみなさまへ

マナカナにTreeViewを入れておきました。
デバイスのMacintosh HDの中のアプリケーションフォルダにTreeviewフォルダがありますので、その中のアプリケーションファイルを自分のどっかのフォルダなりドックなりに入れてください。そのまま動くはずです。






しかしながら、ソースコードをコンパイルしたらエラーメッセージばっかでて四苦八苦していたというのに、実はdmgファイルを解凍して中身全部をスーパーユーザー権限で共有フォルダにコピーすれば一瞬だったという.....

俺の一時間をカエセ(愚痴)。

大学や職場は昼寝制度を設けるべきである

前々から実行していたが、食後30分昼寝するだけでその後の作業の効率はグンとあがる。

raxml-HPCからP-THREADSになった感じ。

まず集中力が違う。一つの作業中に次にやるべきことを考えながら手を動かすことができる。

それが自然にできることが集中できているという証拠なんだろうけど。

昼時のクソ眠いときに数学とかプログラミングとかなんて正直やってらんないし、授業に関しても眠さと闘いながらノートとったり授業内容について考察することなんて不可能だし、それならいっそのこと30分くらい思い切って寝たほうがあとあと良い。

誰か昼休み+昼寝休み作ってくんないかなあ。

眠気覚ましに無料でコーヒー一杯サービスとかしてくれたらもう言うことありません。


以上4年生の戯言でした。

書けん悲

書けん悲作成が一段落した。去年ほどのプレッシャーはないが、やはりストレスが溜まる。手伝ってくれたカミサマ、thanks。

ここのところiTuneのリストでもtoolやらNINやらProdigyやらがヘビーローテーション。アグレッシブなヤツでテンションを上げないと、やってられん。

ハチワンダイバーの右角の気持ち、よく分かります。

リハビリに楽しいことしたいけど、明日の午後は学生実習だし、月曜の授業の準備も考えないと。

2009年10月21日水曜日

今日のコーディング

400行くらいまで書いて終了。
容量的には1/3くらいだが、残っているものにはサラピンの状態から自分で作らなきゃいかんルーチンもあるので、道はまだまだ険しい。

明日は組成チェックのシステムを組み込むところからかな?
第一の山場だ。

今日はもう疲れたから帰って寝よ...zzz

Tera padはすばらしい

やっぱりジャンプ機能のあるエディタは使い勝手が良い。
デフォではない機能だけど、いろいろフリーでツールが出てるから自分で好きに拡張できるのも大変便利。
どの文字を目印としてジャンプするかも自分で決められるし一覧も見られるので、長いスクリプトを書くときには重宝する。
一括コメントアウトも出来るし。
現状最強のフリーエディタだと思う。macだとmiかな?

codingは思ったより長引きそうだ。・・・1000行超えるか?
自分の求める機能をより綺麗なスクリプトで実現する練習も兼ねているので、ゆっくり確実にやっていこうと思う。

2009年10月20日火曜日

JAMSTEC訪問

今日はJAMSTECへ。重窒素でラベルした珪藻細胞をもっていったので、そこからクロロフィルを精製してもらう予定です。ってもう精製されてると思いますが。

クロロフィルaとクロロフィルcを分離して、それぞれ解析してくれるそうで、結果が楽しみです。

2009年10月19日月曜日

ユ「むしろ元気になりましたよwww」

日曜日の停電の影響かなんかで培養室の気温が8℃ほど上がったらしかったので心配してうちのユーグレナを見てみると、なぜか逆に元気になっていた。


もらってきた中で唯一元気のなかった株も。金曜日見たときには動いてんのかどうか分からなかったものがグネグネとキモチワルイくらいにすじりもじりしてた。


他のやつもとち狂ったように錐揉み回転しながら泳ぎまくってたし、なんか心配して損した・・・

2009年10月16日金曜日

出鼻をくじかれた

長引いていた私用がやっと終わってプログラムの簡単な設計計画もまとめ終わったから、明日から早速コーディングだ、と思っていたのに。

土日停電・・・だと・・・?

mana kana使えないんじゃ大規模な検証ができんやん!

家でやるにも限度があるなあ。自分のノートであんなシミュレーションやったらぶっ飛びそうだ。

飲み会のお知らせ2

先の投稿にもあったように今日の飲み会は百香亭でやるそうです。
6時半に橋本先生のオフィスに集合ということです。

今日の飲み会

今日の飲み会は、百香亭です。柳仙という情報もありましたが、参加者の都合もあるので、大学そばの店です。柳仙はまた次回ということで…

査読進行!が、しかし、、、

昨日BMC論文が「Submitted」から「Editorial assessment」へ変わった。
ようやく進行したか。よかったよかった、、、ってをい!
つまり3週間ほっといたことになるやんけ!

Editorが査読状況の更新をさぼっているだけだと言い聞かせて3週間。

これから

①「論文がこの雑誌にあっているか」の判断(Editorial assessment)
②「レフェリーの決定と査読」(Under review)
③「判定」(Editorial decision)

を経ることになる。先は長い(特に②)。

2009年10月15日木曜日

論文査読

ある論文を、とあるBMC進化生物学誌に投稿してからそろそろ3週間がたつ。

が、、、

オンラインで確認できる審査状況が

「Submitted」

から動かない、、、Editorが状況を更新していないだけか?
嫌な予感がする。

この論文はMBEにサックリと(3日で)切られたものなのでBMCには引っかかってほしいのに。

2009年10月14日水曜日

ユーグレナかわいい

NIESからもらった株4種の植え継ぎをした。
Trachelomonas sp.
Cryptoglena pigra Ehrenberg
Euglena clara Skuja
Euglena mutabilis Schmitz
の4種。
今まで鞭毛運動するやつしか見たことなかったけど、すじりもじり運動するやつとかいきなりピタっととまるやつとかきれいな薄緑色してくるくる回るやつとかいてすごく面白い。
シミュレーションやプログラミングにもそれ独特の楽しさがあるが、顕微鏡覗いていろんな生き物の姿を見るのもまた楽しい。
あとは問題なく殖えるといいけど・・・

株とどいた

環境研よりEuglena 4種の株をもらってきた。
今やってるシミュレーションが最後まで終わった後にこっちを使ったテーマにシフトしようと思うが、前倒しで株だけもらってきた。
まあ暇があったら配列とってみるくらいの配分でいくつもり。
Euglenaは強い子だから培養がやりやすいが、全滅だけはさせないように気をつけよう。

2009年10月13日火曜日

のおおおぉぉぉ

培地のビンを割ってしまった・・・
幸い流し台の中で落っことしたので怪我もなく破片も全部処理することができたのだが・・・
明日株が届くから今日せっかく五種の培地を用意したのに。
もうひとつ最初から作らないといけない・・・
オレのバカヤロウ・・・orz

2009年10月10日土曜日

設定完了

ブログの整備がだいたい終わった。
MEMのHPのデザインに合わせたデザインにしたかったのだけれど、デフォルトであんまいいテンプレートがなかったのでwebから取ってこようとしたら、このブログのシステムに合わないようなフォーマットだったりして難航。
昨日作ったやつを改良しようかなともやってみたけどページ幅変えるのにバックグラウンドの画像の拡大とかサーバーを使わんといかんくなってマジメンドイ。
いろいろやってみてとりあえず今のに落ち着いた。
やっぱシンプルでデカくて見やすいのが一番だね。
もうちょっとHTMLを勉強してからいろいろやろう。

査読結果

「原生生物」から査読結果が帰って来た。ちょろいコメントだが、最近オネェに掲載されたアノ論文を使えとのことで、憂鬱。

2009年10月9日金曜日

2009年9月に参加した学会での様子をアップします。

(注)研究室飲み会のお知らせ

10/16(金)に研究室主催の飲み会を行います。
場所は南大通り近くの柳仙、時間は七時くらいからです。
当研究室に興味のある方はぜひご参加ください。
連絡は研究室メンバーまで。

ブログ規約(改訂)

このブログは筑波大学D308微生物分子進化研究室の様子を知ってもらうためにB4石川の独断により開設したものです。
投稿権はD308(変更可)のみなさま、閲覧権は全ての人々にあります。
その日あった出来事や遠征(学会)先での出来事を投稿しても、掲示板として利用しても用途はなんでもOKです。
例によって特定の個人や団体を誹謗中傷するような言動は一切認めません。
ネタとしていじる場合は個人の責任においてやり過ぎない程度に。
あとは楽しくやりましょう。