2009年10月31日土曜日

充実した休日

今日は午前中自宅で飼育しているカメのフィルターを買うためにグランステージのペットショップへ。

さすがつくば周辺では(唯一)最大規模の店だけあって、生き物もたくさんいた。

 とりあえず一時間ほど物色。特に昆虫と両生類爬虫類関連を見て回った。レッドイグアナはまだ売れてないらしく、前見たときよりちょっと大きくなってた。小学生の子が質問してきたので、軽く生物学類の知識を披露した。たぶんよく分かんなかっただろうけど、女の子なのにイグアナ見て「かわいい」とは将来が非常に有望である。

 見た中ではヨロイトカゲが無骨で怪獣チックでかっこよかった。スリムなフォルムとあのギザギザ鱗がナイス。テンション上がりました。将来ああいうの飼いたいなあ・・・


 四時からは総合A棟であったつくば進化生態学セミナーに参加。社会性ダニにおける共同トイレの形成と血縁選択及び同種殺しについて。血縁選択のところはあんまよく聞いてなかったけど、共同トイレは単に巣内の衛生を保つということだけ話されていたが、戦略的価値という点で糞のにおいを頼りに来る捕食者ダニを誘導し侵入経路を限定することで巣の防御効率が上がるんじゃないかなあと思った。ああいうトンネル状の通路では敵がご丁寧に入口から入ってきたら迎撃もしやすいのだが、脇腹狙われたら終わりだからね。

 共同トイレ形成の種間多様性を考慮しても理屈に合う仮説なので、試してみる価値はあると思う。



 そして今は実験室でコーディング。先日届いたオルタのOSTを聞きながらスクリプトを書く。ゲームの方が一言で表せば「魂」と言えるほど素晴らしい出来だったので衝動買いしたものだが、BGMもやはり至高の一品である。いいスクリプトが書けそうだ。




 だがkami様のタンパク実験のため室温が外気温より低いという状況。ちと寒い。あまり長居はしないでおこう。




 最後に、カナがまた途中で止まってた。並列処理化してもやはり6コアは無理だったか。高スペックなのか低スペックなのかよく分からん。


とりあえず軟弱者めと言ってやりたい。


4コアくらいが限界だろうか・・・

2009年10月30日金曜日

銀染!

昨日精製し終えたタンパク質や精製の際のflow-throughをSDS-PAGE後銀染色してみた。
精製サンプルは薄いがシングルバンドで見えたのでよしとしよう。
銀染を選択したことは我ながら正解だった。これをCBBでやっていたら時間はかかるわ、バンドは見えないわで散々な週末になるところだった(実験の女神よ、ありがとう)。

来週から再現性をとったり、ある物質とのinteractionを見たりしていく。
活性残っててくれよ~。

P.S.
K大時代に指導していた後輩が見事学振DC1を引き当てた。PDとは難易度が違うな~と感じると同時に、D取った後の出口小さくしてどうすんだ、とも感じた。
なにはともあれおめでとう、K野。

横浜理研


昨日は基盤Aの打合せで鶴見の理研へ行ってきました。

タンパク3000プロジェクトの遺産であるNMRたちです。そのころは50台くらいあったそうです。

NMRがある棟は建材からの磁気などを極力減らすため木造で、おしゃれな山小屋にいるような感じ。

帰りは駅近くの炉端焼き、いろいろと美味しゅうございました。

筑波には10時過ぎに到着、帰宅したら結構疲れていました。

2009年10月29日木曜日

memo::Perlによる複数並列処理プログラム

現在実行しているプログラムでは大体20分で1/70が終わっていた。

バグがなければ一日程で計算が終了するだろう。

従来のやり方だとこの規模の計算を終えるのに一週間ほど(それも途中でマナカナが止まらなければの話)かかっていたので、この差は歴然と言える。ってか速えなおい・・・




忘れないうちに並列処理のやり方だけメモっておくので、プログラムに困った人(とくに後々再び同じことしようとして忘れて焦ってるオレ)はぜひ活用していただきたい。




必要なモジュール。

・Parallel::ForkManager
http://search.cpan.org/~dlux/Parallel-ForkManager-0.7.5/ForkManager.pm

・IPC::Shareable (バグ修正済み ver)
http://rt.cpan.org/Public/Bug/Display.html?id=33489

・Data::Dump
http://search.cpan.org/~gaas/Data-Dump-1.15/lib/Data/Dump.pm

Parallel~は二個以上の子プロセスを生成する際必要である。fork()を駆使してそのようにしてもいいが、こちらを使った方がはるかに簡単。なお、使用する際は各プロセスが同じディレクトリを使わないようにしないと、同じコマンドを実行した際こんがらがることになるので注意。

また、IPC~は子プロセス間で変数を共有したいときに使う。これがないとあとでdumpしたときに空の変数しか出力できない。

Data~で子プロセス間の出力結果を統合する。



以下サンプルコード。

-------------------------------------------------------------

use strict;
use warnings;

use Data::Dump qw(dump);
use IPC::Shareable;
use Parallel::ForkManager;

my $handle = tie my @result, 'IPC::Shareable', undef, { destroy => 1 };  #共有する変数
@result = ();

my $pm = Parallel::ForkManager->new(10); #最大プロセス数

$pm->run_on_start(
sub { my ($pid,$ident)=@_;
print "** $ident started, pid: $pid\n";
}
);

for (my $i = 0; $i <= 100; $i++) {
$pm->start($i) and next;
$handle->shlock;
#子プロセスにやらせる処理をここに
push($result[$i], #結果);  #なんか処理したやつの出力
$handle->shunlock;
$pm->finish($i);
}

$pm->wait_all_children; #全てのプロセス終了まで待機
dump(@result);   #結果を統合

--------------------------------------------------------------


push($result[$i], #結果)とすることで出力されるものの順番を決めている。これがないと子プロセスの終わった順に結果が@resultに格納されるが、こうしておけば各プロセスの結果にはfor文の「何番目か」という情報があるので、forの順番に@resultに格納されていく。


他、詳しくはこことか参照
http://perldoc.jp/docs/modules/Parallel-ForkManager-0.7.5/ForkManager.pod






とりあえず今日はここまで、これ以上やるとニューロンがプッツンしちゃいそうなのでやめておく。
また明日からがんばろう。

っっっしゃあああああああああああああああ!!!

とりあえず大きな山は越えた。



スクリプトの純粋な容量としてはまだ1/3くらいだろうが、塩基配列でのシュミレーションへの対応、組成の枝長に対するほぼ連続的な変化、組成変化後の網羅的チェック、推定された各種枝長の誤差のチェック、プロセス全体の並列処理化などの機能をデバッグ含めやり終えたことは非常に大きい。


特にプロセス全体の並列処理化は予想通りマジ難しかった。
子プロセスの複数生成や変数の共有、各プロセスの結果の統合及び順序付けなど(何言ってるか分かんないな)を各種モジュールの活用によって解決した。「車輪は二度作るな」ってね。


これによって、いままでRAxMLによる系統推定の時しか並列処理ができなかったものを各系統樹に対する配列生成から結果のまとめまでの一連のプロセスを並列に行うことに成功。
推定自体に時間がかかる時はRAxML-PTHREADSへのコアの配分を多くし、推定が簡単な塩基配列のときにはRAxML-HPCを使い子プロセスの数を増やせるようにしたので、ケースバイケースで高速化できるようになった。



たぶん3~6倍の速さにはなるだろう。


現在1500bpの塩基配列に対し70*70*100の系統樹のヴァリエーションを作ってテスト中。
ようやくまともなプログラミングが出来た、というところか・・・



目標を達成し自分の思い通りに動いた時のこの「やってやったぜ」感。これがあるからプログラミングはやめられん!














PS さっきまで実験室でtakさんとgamiさんが話してた。なんかキョウダイみたいで微笑ましかった。

どっちが下かはあえて言わないでおこう。

実験=苦行?

約1年半ぶりくらいにタンパク質の解析を始めている。
いわゆる生化学実験というやつ。

今はリコンビナントタンパク質をin vitroで合成して精製中。

精製中はいいのだが、この手の実験は始まると止められない。
昼飯は先ほど握り飯とカップめんを強引に胃に収め、終了。おそらく食事(ここでは胃に食べ物が入ること、と定義する)の実質時間は5分もないだろう。

PCRとかDNAの実験だったらいつ止めてもかまわないので飯は好きな時に食える。まあそれでも「もうちょっとやってから、、、」とか考えて結局遅い昼飯になるけど。

正直生化学はしんどい。でもDNAだけでは想像にすぎないことも生化学は証明し、「想像」を「事実」へと変える力があるのだ、


と、信じて今も精製頑張ってます。
カップめんの早食いで口の中ヤケド中。

ねちがえた

リフレッシュルームで寝たら首寝違えた・・・


全然リフレッシュ出来てない。



今度は布団だけじゃなくて枕も持ってこよう。

2009年10月28日水曜日

やったるで

やっぱり作業を中断しながらチマチマとコーディングしていくのは性に合わない!


やりたいことを忘れないうちに、やるなら一気にガッとやりたい。



ということなので、今日は泊まり込みでコーディングすることに決定。別に家でも出来るけど、こっちの方が集中できるしモチベーションがあがる。



丁度密林に頼んでいたサントラが届いたので、ガンガン鳴らしながらやることにする。



その前準備として自分のノートをパワーアップ。

フリーソフトの導入によって仮想デスクトップを実現した。これにより、コーディング専用の画面とブラウジングその他もろもろの作業を行う画面を瞬時に切り替えることが出来るようになった。これでウィンドウをいちいち整理しながらコーディングする必要がなくなる。ヤッタネ。



目標は大規模taxaによる拡張シミュレーションを除く全てのルーチンを完成させること。頑張るぞ!

Rejected!

論文をBMC Evol Biolに投稿してから3週間ほど放っておかれ、

1週間ほどEditorial assessmentを受けた結果、

昨日rejectのメールが来ました。。。何故だ?

疑問1
これまでの知見からimprovementがないというが、ちゃんと読みました?
疑問2
Editor rejectに何週間かかってんだ?


こんなこと日常茶飯事なんでしょうけど、いいかげんこの子(論文)からオサラバしたい。こいつに何カ月かけたんだか。早く世に出ておくれ。

う~~ん

PROCOVのコンパイルがうまくいかない・・・



FORTRAN用のコンパイラg77を入れてスピードアップのための線形代数関連計算高速化ツール(BLAS+LAPACK)の導入まではうまくいったが、肝心のプログラムのコンパイルが途中でエラーしてしまう。



というかREADMEの通りにやってるのにうまくいかないとはドウイウコトデスカ?

俺にどうしろと?




あと上手くコンパイル出来ても計算過程でちゃんとBLASとの連携ができているかわかんないかも・・・

MacProの問題点

うちのMacPro、マナ、カナ、hanky、pankyは8コアですが、全コアを使ったヘビーな解析をすると無断でリブートしたり、電源が切れるという困った癖があります。

今日業者の人に聞いたのですが、どうもMacProの8コアをフルフル使って科学計算すると、どこかの時点で電力不足?になり勝手に止まるらしいです。

でも200ボルトの電源に突っ込むわけにもいかず、結局8コアを一気に使った計算はできないのか…

8コアの意味がないじゃん

2009年10月27日火曜日

今日の感想

今日の感想は、

「PCRとかシークエンス程度の実験をケチってはいけない」

ということです。混ぜて機械にかけるだけだし、数サンプル泳動するのも10サンプルとか泳動するのも手間は変わらないよ。

あの生き物はちょろっと実験して、何かわかるほど甘い生物ではないのでは?

ISEP資金援助

来夏、日本の古都金沢でInternational Society for Evolutionary Protistologyのannual meetingが行われる。ところが、結構な資金難らしく、良い研究をした若手研究者への旅費援助が困難らしい。

そこで某KI先生から「資金源で何か情報あったら教えて」と言われていたので

・井上科学振興財団
・ライフサイエンス振興財団

の国際集会開催援助の申請について教えたら

「K川(が申請書を俺の代わりに)書くか?」

と言われてしまった。赤字部分は憶測だが。

別にいいっすけど、、、申請通ったら科研Aあたりでご褒美ください。

2009年10月26日月曜日

言い方ひとつで人の印象というのは大分変わるもんだ

そりゃちゃんと予約してたんだし、時間過ぎてまでやってたこちらの方が悪いのだけれど、それにしたってもう少し言い方というものがあるだろう。こっちだってダラダラおしゃべりしてたんじゃないんだから。



きちんと予約してるのだし、生徒のための授業の時間を無駄にしたくない気持ちも分かる。しかしながら、次に何かが控えている事実をあの場にいた全員が知らされていた訳ではないことも分かってほしい。



演者なんかそのいい例で、せっかく遠くから発表をしにきたのに自分が喋っているその最中にいきなり赤の他人が大声で割って入ってきて、「次控えてるんだからもう終わって出てけよ」とか言われて強制終了させられたら、仕方ないこととはいえ嫌な感じしかしないだろう。ていうか自分が逆の立場だったら嫌でしょ?


なんかフォーラムで発表してることなんて見りゃ分かるんだから、そこらへん推し量って5分前くらいに代表者に次控えてるから早く終わるように通達することくらい出来るでしょ?



仮にも人にモノを教えられるくらいエライ人なんだから、そこらへんもスマートな対応をお願いしますよ。


自分の正しさを力技で押し通そうとしても、周りからはドン引きされるだけだと思います。

2009年10月23日金曜日

汚っ!

今日kamiサマとオートクレーブの掃除をしたら、汚水の出ること出ること。

排水管が詰まるほどゴミがたまってて、取り除いたらドス黒い液体がドバッと出てぎゃあああああ! という感じに。

こんな状態で今まで培地とかオートクレーブしてたのか・・・・シャレになんないな。




あと流し台の水道も黄色く濁ってた。これじゃ洗いもんができないやんか!


橋本先生に報告したら一定時間水を流し続けるとそのうち綺麗になるらしいです(?)

勿体ないけど実験器具の衛生のためみなさんそのようにしてください。

PhyMLの再来か!

QmmRAxMLというプログラムを走らせている。
こいつはロングブランチアトラクションに非常に頑健だ、と開発者は主張している。
もし本当なら自分の研究には持って来いなのだが、、、

極めて遅い!

RAxML7.0.4では30分たらずの解析もQmmRAxMLにかかればあら不思議。
なんと6時間もかかってしまう。

たしかに樹形全体の尤度は上がっているが、ブートストラップ値など信頼性に関する基準にどれほど良い影響を与えるかは不明。しかもブートストラップ100回とすると普通に考えて600時間。。。
コアごとに分けてやるか。ただ、そこまでしても多分解像度は出ないんだろうな~。

おひさし~!

最近の実験結果はいまいちフラットで

「データはあるけど、そこから何も結論は出ません」

的なものしかでなかった。。。

けどついに実験の女神が微笑んだ。ある生物はEFLとEF-1a遺伝子を両方持っていることが今日判明。
じつは数週間まえからそうぢゃないかとにらんではいたけど、予感が確信へと変わった瞬間でした。

これがあるから実験は止められない。

2009年10月22日木曜日

お知らせ

D308のみなさまへ

マナカナにTreeViewを入れておきました。
デバイスのMacintosh HDの中のアプリケーションフォルダにTreeviewフォルダがありますので、その中のアプリケーションファイルを自分のどっかのフォルダなりドックなりに入れてください。そのまま動くはずです。






しかしながら、ソースコードをコンパイルしたらエラーメッセージばっかでて四苦八苦していたというのに、実はdmgファイルを解凍して中身全部をスーパーユーザー権限で共有フォルダにコピーすれば一瞬だったという.....

俺の一時間をカエセ(愚痴)。

大学や職場は昼寝制度を設けるべきである

前々から実行していたが、食後30分昼寝するだけでその後の作業の効率はグンとあがる。

raxml-HPCからP-THREADSになった感じ。

まず集中力が違う。一つの作業中に次にやるべきことを考えながら手を動かすことができる。

それが自然にできることが集中できているという証拠なんだろうけど。

昼時のクソ眠いときに数学とかプログラミングとかなんて正直やってらんないし、授業に関しても眠さと闘いながらノートとったり授業内容について考察することなんて不可能だし、それならいっそのこと30分くらい思い切って寝たほうがあとあと良い。

誰か昼休み+昼寝休み作ってくんないかなあ。

眠気覚ましに無料でコーヒー一杯サービスとかしてくれたらもう言うことありません。


以上4年生の戯言でした。

書けん悲

書けん悲作成が一段落した。去年ほどのプレッシャーはないが、やはりストレスが溜まる。手伝ってくれたカミサマ、thanks。

ここのところiTuneのリストでもtoolやらNINやらProdigyやらがヘビーローテーション。アグレッシブなヤツでテンションを上げないと、やってられん。

ハチワンダイバーの右角の気持ち、よく分かります。

リハビリに楽しいことしたいけど、明日の午後は学生実習だし、月曜の授業の準備も考えないと。

2009年10月21日水曜日

今日のコーディング

400行くらいまで書いて終了。
容量的には1/3くらいだが、残っているものにはサラピンの状態から自分で作らなきゃいかんルーチンもあるので、道はまだまだ険しい。

明日は組成チェックのシステムを組み込むところからかな?
第一の山場だ。

今日はもう疲れたから帰って寝よ...zzz

Tera padはすばらしい

やっぱりジャンプ機能のあるエディタは使い勝手が良い。
デフォではない機能だけど、いろいろフリーでツールが出てるから自分で好きに拡張できるのも大変便利。
どの文字を目印としてジャンプするかも自分で決められるし一覧も見られるので、長いスクリプトを書くときには重宝する。
一括コメントアウトも出来るし。
現状最強のフリーエディタだと思う。macだとmiかな?

codingは思ったより長引きそうだ。・・・1000行超えるか?
自分の求める機能をより綺麗なスクリプトで実現する練習も兼ねているので、ゆっくり確実にやっていこうと思う。

2009年10月20日火曜日

JAMSTEC訪問

今日はJAMSTECへ。重窒素でラベルした珪藻細胞をもっていったので、そこからクロロフィルを精製してもらう予定です。ってもう精製されてると思いますが。

クロロフィルaとクロロフィルcを分離して、それぞれ解析してくれるそうで、結果が楽しみです。

2009年10月19日月曜日

ユ「むしろ元気になりましたよwww」

日曜日の停電の影響かなんかで培養室の気温が8℃ほど上がったらしかったので心配してうちのユーグレナを見てみると、なぜか逆に元気になっていた。


もらってきた中で唯一元気のなかった株も。金曜日見たときには動いてんのかどうか分からなかったものがグネグネとキモチワルイくらいにすじりもじりしてた。


他のやつもとち狂ったように錐揉み回転しながら泳ぎまくってたし、なんか心配して損した・・・

2009年10月16日金曜日

出鼻をくじかれた

長引いていた私用がやっと終わってプログラムの簡単な設計計画もまとめ終わったから、明日から早速コーディングだ、と思っていたのに。

土日停電・・・だと・・・?

mana kana使えないんじゃ大規模な検証ができんやん!

家でやるにも限度があるなあ。自分のノートであんなシミュレーションやったらぶっ飛びそうだ。

飲み会のお知らせ2

先の投稿にもあったように今日の飲み会は百香亭でやるそうです。
6時半に橋本先生のオフィスに集合ということです。

今日の飲み会

今日の飲み会は、百香亭です。柳仙という情報もありましたが、参加者の都合もあるので、大学そばの店です。柳仙はまた次回ということで…

査読進行!が、しかし、、、

昨日BMC論文が「Submitted」から「Editorial assessment」へ変わった。
ようやく進行したか。よかったよかった、、、ってをい!
つまり3週間ほっといたことになるやんけ!

Editorが査読状況の更新をさぼっているだけだと言い聞かせて3週間。

これから

①「論文がこの雑誌にあっているか」の判断(Editorial assessment)
②「レフェリーの決定と査読」(Under review)
③「判定」(Editorial decision)

を経ることになる。先は長い(特に②)。

2009年10月15日木曜日

論文査読

ある論文を、とあるBMC進化生物学誌に投稿してからそろそろ3週間がたつ。

が、、、

オンラインで確認できる審査状況が

「Submitted」

から動かない、、、Editorが状況を更新していないだけか?
嫌な予感がする。

この論文はMBEにサックリと(3日で)切られたものなのでBMCには引っかかってほしいのに。

2009年10月14日水曜日

ユーグレナかわいい

NIESからもらった株4種の植え継ぎをした。
Trachelomonas sp.
Cryptoglena pigra Ehrenberg
Euglena clara Skuja
Euglena mutabilis Schmitz
の4種。
今まで鞭毛運動するやつしか見たことなかったけど、すじりもじり運動するやつとかいきなりピタっととまるやつとかきれいな薄緑色してくるくる回るやつとかいてすごく面白い。
シミュレーションやプログラミングにもそれ独特の楽しさがあるが、顕微鏡覗いていろんな生き物の姿を見るのもまた楽しい。
あとは問題なく殖えるといいけど・・・

株とどいた

環境研よりEuglena 4種の株をもらってきた。
今やってるシミュレーションが最後まで終わった後にこっちを使ったテーマにシフトしようと思うが、前倒しで株だけもらってきた。
まあ暇があったら配列とってみるくらいの配分でいくつもり。
Euglenaは強い子だから培養がやりやすいが、全滅だけはさせないように気をつけよう。

2009年10月13日火曜日

のおおおぉぉぉ

培地のビンを割ってしまった・・・
幸い流し台の中で落っことしたので怪我もなく破片も全部処理することができたのだが・・・
明日株が届くから今日せっかく五種の培地を用意したのに。
もうひとつ最初から作らないといけない・・・
オレのバカヤロウ・・・orz

2009年10月10日土曜日

設定完了

ブログの整備がだいたい終わった。
MEMのHPのデザインに合わせたデザインにしたかったのだけれど、デフォルトであんまいいテンプレートがなかったのでwebから取ってこようとしたら、このブログのシステムに合わないようなフォーマットだったりして難航。
昨日作ったやつを改良しようかなともやってみたけどページ幅変えるのにバックグラウンドの画像の拡大とかサーバーを使わんといかんくなってマジメンドイ。
いろいろやってみてとりあえず今のに落ち着いた。
やっぱシンプルでデカくて見やすいのが一番だね。
もうちょっとHTMLを勉強してからいろいろやろう。

査読結果

「原生生物」から査読結果が帰って来た。ちょろいコメントだが、最近オネェに掲載されたアノ論文を使えとのことで、憂鬱。

2009年10月9日金曜日

2009年9月に参加した学会での様子をアップします。

(注)研究室飲み会のお知らせ

10/16(金)に研究室主催の飲み会を行います。
場所は南大通り近くの柳仙、時間は七時くらいからです。
当研究室に興味のある方はぜひご参加ください。
連絡は研究室メンバーまで。

ブログ規約(改訂)

このブログは筑波大学D308微生物分子進化研究室の様子を知ってもらうためにB4石川の独断により開設したものです。
投稿権はD308(変更可)のみなさま、閲覧権は全ての人々にあります。
その日あった出来事や遠征(学会)先での出来事を投稿しても、掲示板として利用しても用途はなんでもOKです。
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あとは楽しくやりましょう。