2009年10月23日金曜日

PhyMLの再来か!

QmmRAxMLというプログラムを走らせている。
こいつはロングブランチアトラクションに非常に頑健だ、と開発者は主張している。
もし本当なら自分の研究には持って来いなのだが、、、

極めて遅い!

RAxML7.0.4では30分たらずの解析もQmmRAxMLにかかればあら不思議。
なんと6時間もかかってしまう。

たしかに樹形全体の尤度は上がっているが、ブートストラップ値など信頼性に関する基準にどれほど良い影響を与えるかは不明。しかもブートストラップ100回とすると普通に考えて600時間。。。
コアごとに分けてやるか。ただ、そこまでしても多分解像度は出ないんだろうな~。

1 件のコメント:

S.Ishikawa さんのコメント...

そんな遅いのだと使ってて途中でなんか間違ってたりしたらたまったもんじゃないですね。
MPI対応なんでしょうかね?
そしたら6コアで100時間・・・
まあ我慢できますね。