2009年11月30日月曜日

年齢

今年の春にDを取り、そのままつくばに流れ着いて既に9カ月が過ぎた。




早い、まじはえ~。気づけば冬じゃないっすか。
このまま気づけばミソジ?
それは避けたい。なぜなら、、、

気づけばミソジ=気づけば学振PD終了
だから。

そしてそのころ上の娘は5歳、下のは4歳、、、あれ?ヤバくね?

2009年11月29日日曜日

the 力技

undefしようがメモリリークは解消されない。




と思ったらサンプル数を激減して生成するプロセス数だけは膨大にするというテストをすると、全プロセス終了時にはちゃんとメモリ解放してやがる。


ということは、子プロセスの生成時に確保されたメモリ領域は全仮想プロセスが終了するまで解放されないということかな? このシミュレーションでは最大3600の子プロセスを生み出しているからさすがにぶっ飛ぶと。そういうことかいな。





それなら子プロセスの生成数をいくつかに分割すりゃいいんじゃないか?





なんたるちから技。でもやってみよ。

しかし、メモリの確保や開放は、Perlではあんまり気にするものではない。

perlfaqより










するんですけどおおおおおおおおおおおおおおおおおおおおお?!









あと、さっきの悪あがきが失敗した場合、perlの最新版を利用するというてもあることに今更ながら気がついた。


もしそれでも失敗したときは・・・・・まだなんかあるだろう。悪あがきは無限にできるのである。

プログラミングに暇なし

結局この時間までやってしまった。やりだすと止まらないんだよね。




メモリリークの解決についてだが、もしかすると子プロセスの終了時にexitするだけでは変数のメモリが解放されないんじゃないかと思い、子プロセスで宣言したすべての変数(特にファイルを読み込んで内容を要素として格納する配列など)にundefをかけることにした。


膨大な数宣言したすべての変数をいちいちundefするのは相当にめんどくさいが、これが多分最後のあがきである。



今やり終わって解析を始めた。勝負だ。

2009年11月28日土曜日

やっぱ駄目

プログラムを書き直したけどやっぱり止まった。メモリリークが解消されていないんだろうね。



こうなるともう外部コマンドで呼び出してるRAxMLとかindel-seq-genとかを疑うことになるけど、それは俺の能力ではどうしようもない。




このまんまじゃアミノ酸の解析ができんじゃないの。




早急にメモリを増設する必要があるな。メモリの上限さえ増やしてしまえばまあ応急処置にはなるやろ。

2009年11月27日金曜日

おふくろさん弁当のコストパフォーマンスがハンパない件について

コーディングが終わって帰宅。

夕食はおふくろさん弁当のおかずである。ご飯は家で炊いてるのでおかずだけもらう。こうすると安くすむ。


日替わりのおかずと唐揚げ4こと野菜コロッケひとつで280円。・・・・280円?!




こんなんで店の利益が出るのか? まあ俺は腹いっぱい食べれて安上がりなのでいいけど。

作業用BGM

今日は一日中コーディング。メモリリークを解決するコードを書くことと、このプログラムをモジュールなしに動かすこと、あと見た目をもっと整理することが目的。主要な機能はsubにまとめる。(今までは狂ったようにif if if if if if if if if if if してた)





おかげで目が疲れた。途中でやめられなくなるからいつもやりすぎてしまう。





研究室に誰もいなくなったので作業用BGMを流しながら作業するが、JAM_Projectはミステイクだった。



アツすぎて逆に作業できないよ



作業用BGMっていっても実際に使えるのは限られる。いかに作業へのモチベーションを上げ、かつ作業の邪魔をしない音楽を探すのはすんごい難しい。


人それぞれ、自分だけのこだわり作業用BGMというのがあるんやろうね。



ちなみに自分の the best of 作業用BGMは 「deadangle」である。
これはある推理ゲーム(と言いたい)に使われている曲だが、自分にとってはもう麻薬みたいなものである。



本を読んでても勉強していても様々な場面で流しても全く邪魔にならない。思考に溶け込む音楽である。



こいつを流すのは本気を出すときと決めている。

2009年11月26日木曜日

バイオ情報学研究会

来月17,18日に電気通信大学で研究会があるらしい。



過去のプログラムを見たら面白そうな発表がいくつかあったので、時間を見つけていってみようかな。





理解できるかどうかはわからんけど。

終わった~

期末テストが終わった~



四年なのにテストづくめやったよ・・・




これで卒業できる・・・・・・・・・かな。






卒業に必要な単位よりむしろ線形代数とか集合論とかゲーム理論の勉強を頑張ってた気がする。

うまくいかんもんじゃの~

MBE、BMCシリーズ、ここ数カ月tryしたすべてのjournalでeditor rejectを喰らってしまった。。。
人生初の経験です。

かくなるうえは、、、有害藻類誌か、、、

ここには安易に戻らないと心に決め、最後の砦という位置づけでいたのに、




早速投稿規程に合うように原稿のフォーマットを変えてしまいました。
しばらく頭を冷やすために年内は触れないようにしよう。


移動して1年目の受難。この程度で終わってくれい。


2009年11月25日水曜日

雑感

ここ数日不思議に思うことが、2件ほど。

CRめぞん一刻というのがパチンコの新台で出るらしい。パチンコをしたことないですが、パチンコとめぞん一刻とどんなつながりがあるか全くわかりません。

それに台の中央部分には、響子さんと五代君のキスシーンがあるようなのですが、その絵を見ながらパチンコをして盛り上がるのでしょうか。

2つ目は、ハンカチ王子のこと。なんか将来は政治家希望とか。まだ野球選手としても一人前になっていないのに、野球選手はあきらめたのでしょうか。まだ若いので何でもできるし、彼がどうしようとも自由ですが。

なにがいいかな

MacOS Xを消して何を入れようか思案中。




個人的にはLinuxを入れたい。





なにぶん初めてなのでどのディストリを選ぶかで迷う。






安易にubuntuには走りたくないなあ。楽そうだけど。





CentOSかな? Arch Linuxも勉強するには面白そうだけど、GUIの方がいい人もいるだろう。








う~ん

2009年11月24日火曜日

メモリリーク

原因はこれか!


メモリリークはプログラミングのバグの一種であり、通常プロセス終了時に解放されるメモリが解放されずに確保されたままになることで起きる現象だ。当然、メモリがなくなってしまうとシステムは再起動してしまう。(wikiった)






今の自分のプログラムもこれが起こっている可能性があるな。たぶん複数プロセスの生成時に共有させている変数の循環参照なんかしてるんじゃないかな、そこがアヤシイ。



メモリの消費量を時系列にそってトレースできるようにしてよかった。休日の努力は無駄ではなかったわけだ。

なんにせよこれは今すぐに解決すべき問題である。




プログラムは思ったように動くのではなく、書いたように動く。まさにその通り。痛感いたしました。



また一つ成長するぜぇ。




メモリの増設とOSの書き換えは依然やりたいところではあるけどねー。

申請書から思うこと。

とある申請書Aは書く気がさらさらない。しかし書かなければならない。

また、別の申請書Bはやる気満々。

見る人が見れば何のことかお分かりだろう。





申請書Aには結局2週間かかり、しかも中途半端な出来。一方、申請書Bは3日で済んだ。
結局本人のやる気の問題なんですね。


後輩の育成もこれと同じで、いくら知識や技術を教えても、あまりやる気の無い子には意味がないのでしょう。逆にやる気さえあれば、(今は駄目でも)知識や技術は後からどんどん付いてくる。

うちのラボは後者ばかりが集う場所であり続けてほしい。

ナゾ

時間を重ねるごとにメモリの消費量が増えている。





これが原因だな。

終わってる

また落ちたよ・・・・・・





もうあれじゃね? 一回頭真っ白にしてOS新しく入れたほうがいいんじゃね?








もう俺は知らん。








ああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああ

2009年11月23日月曜日

nageeeeeeeeee

現在4taxaでの諸々のシミュレーション実験の最終的なデータ収集を行っている。これは多分今週中には終わるものなのでいいが、問題は次の実験である。





taxaをもっと増加させたデータセットでの実験のプログラムを書いたはいいが、必要なデータをそろえるまでにすんごい時間がかかる。



簡単なテストでの所要時間から計算するにマナカナでフルコア使って塩基配列で一週間、アミノ酸では二週間くらいかかるだろう。





さらにこれら二つに対してポジコンも取らねばならず、そうするとかかる時間は・・・・・・・わお。







さすがにそこまでの時間を占有することはできないな・・・





この実験は次にどうするか決めるための予備実験だから、もうちょっとデータサイズを削るかあ。

2009年11月22日日曜日

サラリーマン川柳

おもしろいサラリーマン川柳をみつけました。

第10回サラ川第5位のものです。kamiさまにささげます。

  「知恵を貸せ」 貸したらおしまい 「君がやれ」

今後はお互い気をつけましょう。

2009年11月21日土曜日

Google map でトイレ検索機能

これは。。。。。



ギャグで作ったのか? マジで作ったのか?!





「これで外出時の急な腹痛もOK!」みたいなこと書かれてたが、本気で作ったのだとしたら極限状態の人間の心理を完全にはかり間違えている。




そもそも、臨界スレスレのヤヴァイ状況で端末をパカッと開いてGoogleにポチッとアクセスしてそいでもって「つくば トイレ」などと打って検索するほどの余裕があるとお思いか?



間違って自分と遠いところのトイレを検索してしまったときの精神的ダメージによる状況の悪化は計り知れないだろうが。




死線を彷徨っている人間がそんなエレガントな真似できるはずがない。




Googleは天才の集まりということを聞いたことがあるが、天才は何を考えているんだか分からん。

ブラインド タッチ

ちょっよためしてみや



↑ ちょっと試してみた結果。撃沈





難しいなあ。どうやってコツをつかむんだろう?

これが一発撮り・・・だと・・・?

nikoniko よりsm4936989




さすが千葉さん。尊敬に値する名演技である。よくこれだけの長台詞を・・・




自分のなかで五本指に入る声優(俳優)sugeeeのシーンだ。(ちなみに一番は古畑の緒方拳と田村正和がやった実験室でのやりとり。ノーカットであそこまでやるドラマはこれ以外にみたことがない)


押井作品の超絶長台詞は相変わらず声優泣かせだよなあ。

こういう場合静止画と口パクありだとどっちがやりやすいのかな? 口パクありだと途中からズレそうだし、静止画だと尺の取り方で難儀しそう。






ミニパト買おうかなあ。

2009年11月20日金曜日

メンテナンス

どうも電源を分けただけでは双子のゴキゲンは取れないらしい。




とりあえず定番のフリーソフトを入れてみることにする。







macだとよう分からん。











テスト勉強(四年なのに・・・)明けなのでテンションもあまり高くない。まあこういうのは好きなので、今日はコーディングはお休みしてこちらに時間を割こう。

2009年11月18日水曜日

ネタなのか?

リフレッシュルームでの食い物関係のトラブルが何故か全部おれのせいにされる。







いやそりゃ確かに常人より食うけども。






ちゃんとわきまえるところはわきまえてるんだよ・・・?







遠慮しなくていい時だけ全力出してるだけだよ?









お菓子もお土産とか飲み会の残り物とかひっそりと供給してるんだよ?













もうちょっと控えようかな。

大物

今日、とある大物(体も地位も)がfuck'inなことを言っていた。

その内容は伏せておこう。しかしこれだけは言っておきたい。



「俺はあなたに雇われていない」


しかし言えなかった。大物だったのと、たぶん呆れてしまっていたから。





あと15年もたてば、今の彼の年齢になる。そのとき自分が周りの若手に同じことをしていないように心がけていこうと思う。そのときもまだポスドクかもしれないけど。。。

2009年11月17日火曜日

戦利品

廃品作業をしていたらどっかのラボが捨てた社長椅子があった。



どこも壊れてないし破けてもない。座り心地もすごくいいのに捨てられるのはもったいない。





・・・ということでありがたく頂戴させていただいた。




目の前で持っていってもお咎めなしだったのでいいだろう(?)








濡れてたからアルコールでごしごししてやって、マナカナのところに置いてみた。






・・・いい椅子。

と、思ったら

やることが出来た。




どうもIPC::ShareableとData::Dumpの組み合わせに問題があるようで、変数のDumpが上手く出来ていない。何千とあるサンプルのうち2,30個ほどが「ランダム」にdumpされないのである。




まさかコンピュータが1/10秒程度の瞬間で格納間違いを犯すとでも・・・? んなばかな!






よってこれはモジュールが悪いのだと決定。人の作ったやつだから自分じゃ直せないしする気もない。






なのでやっぱりsortの問題に戻ることになる。







めんどくせえから力技で解決することにする。俗に言う体育会系プログラミングである。

いっぱいいっぱい

ちなみに俺が、じゃない。





電源を入れ替えたので8+8=16コア使えるようになったが、いかんせんやる実験が多すぎるしそれぞれで使うコア数もでかいので上手く回らない。他の人の分も残さないといけないしね。







お金貯めて自分でもクアッドコアのデスクトップマシン買おうかなあ・・・









暇だから試験勉強でもしようかな。

2009年11月16日月曜日

sortが・・・・・・

機械の認識と人間の認識が違うというのを思い知らされた。




そうですよね。1の次は2じゃないですよね。10ですよね。





勉強させていただきましたよ。





そのおかげでコーディングは非常にめんどくさくなりそうですよ。






ハラ減ったからメシ食ってリベンジしよ。






P.S マナカナにニューフェイスAkiを紹介しておきました。上手く付き合ってください。パスワードはデフォなんで早く変えてください。

2009年11月15日日曜日

A3 米国海軍戦術歩行戦闘機 F-14D トムキャット

コーディングテストの結果待ちで暇だったのでサーフィンしてたらボークスから発売される次のA3シリーズの機体がこれとのこと。今まで出た中では一番好き。かっくいー。




数あるロボットの中でも戦術歩行戦闘機(戦術機)に挙げられる特徴として、実際に存在する戦闘機と同じ名前、似たような特性を各機体がもつというものがある。これはこいつらの世界では戦闘機が使い物にならず、その代わりに戦術機というものが開発されたから。その理由は簡単で、相手がレーザーを持ってて超長距離からの撃墜が可能であり、戦闘機とか空飛ぶやつは地平線から顔を出した途端に狙い撃ちされてしまうから。そういう背景があるので、各機体の開発経緯は実際の戦闘機のそれとかなり似通っている。





あと戦術機はレーザーとかビームサーベルとかファ〇ネルとかそんなゴキゲンな兵器を使った派手な個人プレーは行わず、36mm弾を使用して実際の軍隊そのものの戦略、戦術をとる。そんな硬派な点が非常に気に入っている。







このトムキャットも実物と同じ複座型。匍匐飛行による部隊単位での高速一撃離脱戦術(打ち逃げ)を設計理念としている。最古の大型第二世代機。




なんかこう、悪役然とした顔つきがいいね。









・・・という趣味丸出しの文章を書いてたらテストが終わってた。とりあえず上手くいった模様。あとは実験結果がどうなるか。



今回はかなり網羅的な解析を行うので、マナカナにはしばらく頑張ってもらおう。

2009年11月13日金曜日

ポッキーの日

ポッキーの日は私の誕生日です。今年もd308のメンバー、関連する方々からお祝いしていただきました。

みなさまほんとうにありがとうございました。

今後もみなさまと共に「テッペン」を目指し、精一杯頑張る所存であります。

まだテッペンがどこなのか判りませんが…

週末にはとりあえずデザインナイフ、ニッパー、紙やすりなどを買うつもりです。レッドショルダーにしようかなぁ。

   敵の血潮で濡れた肩。
   地獄の部隊と人の言う。
   パルミスの高原、ミヨイテの宇宙に、
   無敵と謳われたメルキア装甲特殊部隊。
   情無用、命無用の鉄騎兵。

あれはマジかっこいいです。

今日(昨日)は柳仙の日

柳仙はd308行きつけの飲み屋。


南大通りのホテルニュー高橋の近くにある。



お店は小さいけどとっても美味しい。



飲み会だが今日の俺の目的は


1、食う

2、食う

3、食う


(4、飲む)




である(笑)



部活をやめると食欲は減退するというが、どうも俺の胃袋君は衰退するということを知らないようである。そしてここのところカップラーメンとおふくろさん弁当のローテーションだったので、久しぶりに大食いした。







焼き鳥、ドライカレー、最高。

2009年11月11日水曜日

ちょwwwwwおまwwwwwwww

マナが俺の目の前で止まりやがったぁぁぁぁっぁぁ!



あとほんの10個程度の解析だったのに!! もうすぐだったのに!






なに? 見られて恥ずかしかったの!? 秘密だったの!?









そんで最後に俺に電源ボタンを押せと!? 俺の責任だと!!?









女々しいことしてんじゃねええええええええ!











カナでやんなくてよかった・・・

2009年11月10日火曜日

地雷は踏んだほうがいい

今日得た教訓。というか四年生なんだから踏んでなんぼ。今の時期はそれくらいがいいと思った。




間違ってたらやだな~とか思って言葉を濁したり聞かなかったりするとその分損をする。




どんなバカバカしいことであっても聞くまではそれを実感できない。赤っ恥をかくことになるが、自分が今まで間違いを犯していたこと、自分が無知だったこと、これから何を知るべきなのかを思い知らされることは自分にとって非常に利益が大きい。





自分で調べるのもいいけど聞ける人がすぐ傍にいるならすぐに聞いたほうがよい。
「他人に聞く前に自分で調べろ」は基本的に妄言だと信じているので・・・。他人は本と同じくらい便利な情報ツール。





大学入りたてのときも言われたが、今それを再認識できた。





これからもどんどん地雷を踏んで行こうと思う。誤爆と誘爆には注意したいが。

Lab of Molecular Evolution of Microbes

環境DNAからのクローン解析のデータが上がってきた。
さてどんなものが検出されているか。。。
こういうときの感情はプレゼントをもらったときの箱を開ける瞬間に似ている。

楽しみにして箱(Blast)を開いてみると。。。

「あれ、僕Protistのラボの人間ですよね?」

所属を疑うような結果が。

The highest blast hit is XXX (一応詳細は避ける: Metazoa; Arthropoda; Crustacea; Maxillopoda; Copepoda; Cyclopoida; Cyclopettidae; Paracyclopina)。つまりカイアシ類、ケンミジンコの仲間。

こいつはProtistではない。
が、配列を読んだクローンのほぼ半数以上がこれだった。

なんということだ。




悪いことは続くもんで、石川君が帰り際に動かして行ったマナがフリーズ+再起動をお願いしていた。

2009年11月9日月曜日

そろそろ結果ださないと

スクリプト書くのに夢中だったのであまり結果を出してない。やることが山積もり・・・




やることは設定を考えてコマンド打つだけだから簡単だしすぐ終わるけど、資料を作るのが苦。





ていうか明日プログレスミーティング俺やん。 めんどくs(自重)






今日プログラムに新しく付け加えるやつができたから、それをやりつつ、合間に解析を走らせよう。

2009年11月8日日曜日

結論

マナカナのキャパシティーについて



一つのジョブをマルチコアで”複数日”やる場合: 6コアが限界。ただし、これもマナカナのその日の体調?やジョブの内容によるため、安全にいきたいなら5 or 4コアが無難。何日かかるかでコアの上限も変わるようなので、ジョブの効率化は必須だろう。





二つ(あるいは複数)のジョブをさらにそれぞれマルチコアで”複数日”やる場合: 3*2コアでは無理。同じ6コア使用でも確実に止まる。2*2くらいが限界であろう。ただし、すぐにプッツンするわけではないので、軽いジョブなら誰かがやってるときに上乗せすることは可能。(しかしそれでフルコア使用とかになると保証はできない)









これが今までの多大な犠牲(強制シャットダウン)によって得られた結論である。






ちなみに、昨日完成したプログラムは問題なく動かせることができたが、実はこれが一番データセットが少なく負荷の軽いジョブであった。taxaをもっと増やせば変わるのだろうけども・・・






実験の結果核酸配列では予想通りの結果が得られた。アミノでも試してみよう。

できた

最後のルーチンであるmulti taxaによるLBAの検証機能のスクリプトも書きあげた。
12taxaでLBの位置を順次変えて尤度比較によるLBAの検証を行う。LBの本数も簡単だが変えられるようにした。


この機能はさらに追加実験が考案されるであろうからまだ付け加えるものがあるだろうが、基本的なプログラムはほぼ完成したといえるだろう。



user treesの尤度比較は今後も使用することになる機能なので、うまく動いたらどっかに保存しとこう。



総容量2500行。行数でプログラムの出来をみるのは愚の骨頂であるが、これだけの容量を書き終えたことはプログラムを書く者としては最初の壁を乗り越えた感がある。まあ依然ド素人レベルなんだけどね。








オレ生物学類なんだよな・・・・・?







構文自体のエラーはデバッグできたが、自分ちのノートではマルチスレッドによる並列処理など到底不可能なので(ていうか動いてくれない)、実際に動かしてその動作を確認するのは明日このプログラムをマナカナに持って行ってからとなる。






楽しみ楽しみ。

2009年11月7日土曜日

なんだ簡単じゃん

暇だったのでtaxaを増やしたときの尤度比較をどうしようか考えてみた。


同一データに別々のconstraintをかけてそれらのMLtreeの尤度を比較して云々とか考えていたら、んなことしなくてもコマンド一発で全て解決とRAxMLのマニュアルに。まぬけ




ちょっと試しにやってみたらすごい簡単。ファイルを一個用意すればいいし、出力ファイルもスクリプト的にすごく分かりやすい構造をしていた。これなら各系統樹の尤度をファイルから抽出するなんて訳ない。




すぐにドラフトが思い浮かんだので取りかかることにする。この実験ではLBの位置や本数を変えたときに尤度がどう推移するかを調べたいと思っている。枝長や組成の変異なんかは4taxaでさんざんやったのでいいだろうとおもうが・・・



これらの設定もTree fileをいじくるだけで済むことなので、あとはインターフェイスの部分をどうコントロールするかを工夫するだけだ。

2009年11月6日金曜日

Euglena ふえた

508から新たに五株もらった。Phacus 二種 Trachelomonas 一種 Strombomonas 一種 未同定 一種

培地は作ったのですぐに植え次ぐ予定。



Phacusのひらひらした枯れ葉のような動きがいい。スクリーンセーバーにしてやりたい。

2009年11月5日木曜日

やるじゃん

5コアでのシミュレーションは無事終了。子プロセスの生成は二重forループの内側でやるのだが、外側for文で内側で生成したプロセス全てが終了するまでforを進めないようにしたのがよかったか?


何にせよ、この程度のデータセットだと所用時間は27時間。苦労してコーディングした甲斐はあったかな。




6コアでももしやいけるか・・・・?





これからもう少し改良を加えた後、multi taxa? でのシミュレーションを想定した設計を始めようと思う。




今はオートクレーブした培地が急冷するに耐えられる温度に下がるまで待っている。ハラ減ったよ~~

2009年11月4日水曜日

海外学振

僕の大学1年からのツレで今イギリスにポスドクとして渡っている男がいる。
彼から約半年ぶりに連絡があり、無事海外学振に通ったそうだ。
彼も僕同様、家族持ち。
僕が通ったわけではないが、本当に良かったと心から思った。

彼の話だと、最近イギリスのビザ制度が変わって、海外学振でビザをとる場合、TOEFLで120満点中110点取らねばならないそうだ。その一方でイギリスの大学に雇われたポスドクの場合、英検3級レベルで良いそうな。

、、、彼は今別の戦いを強いられている。頑張れ!

で・・・・・・き・・・・・・・・・・・・た・・・・・・

とりあえず4taxaのシミュレーションプログラムは完成した。デバッグもおそらく問題ない。全ての機能が無事実現されている。簡単な試験を全てのパターンについてやってみる必要がある。




もう・・・つかれた・・・・・・・・・



テンションがヤバい領域にコンニチハしだしているので、これから寝て頭を冷やすことにする・・・・

あともうちょっとおおおおおおおおお

組成を変える枝の一本の枝長を徐々に大きくしていく機能までデバッグせいこおおおおおおおおおお




ねむいいいいいいいいい





がんばれオレぇぇぇぇぇぇぇぇぇぇぇぇ

2009年11月3日火曜日

一旦休憩

 並列処理において子プロセス生成のタイミングとスコープがうまく連動してなかったのでこれを改善した。とりあえずこれでプログラム的には問題がないだろう。上手くいかなかったらやつらの根性が足らんのだ。



 30*30*50のテストには成功したので、60*60*100でも上手くいくと信じている。




 もうひとつのルーチンについては基本骨子は組み上げた。データサイズをどんどん変えていく機能とlong branchの独立制御は組み込んだので、あとは枝をどんどん長くしていく機能と組成をどんどん変えていく機能を足すだけだ。今日中に終わらせてやるぜ。





 上手くいけばmulti taxaによるシミュレーションにも手をだすつもり。


 今日は寒いから、一旦帰って暖かくしてこよう。枕も忘れずに・・・

In theory, theory and practice are the same. In practice, they’re not.

訳: 理論的には、理論と実際は同じものだが、実際はそうではない。

- Yoggi Berra



 プログラミングの格言の一つとして挙げられるもののひとつであるし、コーディングをしていて自分がよく思うことでもある。

 たぶん細かく言えば
 
 「実際の現象に影響する全てのパラメータを実装する理論が存在しない」

 ということなのではないかと思う。


 個人的に気に入っているので、このページの下部の文句に付け加えておいた。



 その他、自分でやってて気をつけているものには、


 「コンピュータはとても高速にとても正確な間違いを犯す。」

 「プログラムは思ったように動くのではない。書いたように動く。」

 「車輪は二度作るな。」

 「一週間前の自分はアカの他人。」

 「真のプログラマは、楽をするためにはどんな苦労も厭わない。」


 なんかがある。




 

 さて、作業のつづきつづき・・・

明日

なに!?

明日(火曜日)が祝日、文化の日だと!?家族サービスだと?!

、、、そういうのは早めにお願いしますよ~。今日Native gel作っちゃったじゃん。。。

文化ってなんだ?

2009年11月2日月曜日

ラクダ本ほしいなあ

 とりあえずシミュレーションで途中でマシンが止まっても大丈夫なようにプログラムを書き換えた。



 変数を増やすと上手く子プロセスが進行しなくなったので、共有する変数の数は変えず、プロセスのある地点でそれまでの結果を抜き出してファイルにまとめられるようにした。とりあえず全プロセスを4つに分け、四段階でファイルのバックアップを取るように設定したので、途中で止まっても上手く再開することが出来るだろう。



 簡単なテストは成功したので、今は60*60*100でシミュレーションを行っている。上手くいったらもう少しパーティション分けを細かくするつもり。3コアでやってんだから落ちないでくれよ~。




 やってみた感想としてはperlは結構便利だな。もっと使いこなせるようになりたい。CGIでも自由にプログラミングが出来ればいいが。



 オライリーから出てるperlのラクダ本がほしいなあ。あれすごく高いけど、バイブルなんだよなあ。

 でも進化学会の旅費が入んないので当分無理。・・・ふう。



 明日もまた泊りがけでコーディングだろう。今度はあんまハードル高くないからいいけど。

マナカナできない子

また止まった・・・



4コアでも止まるとは、どんだけ体力ねえんだよ。



止まったあとちゃっかり「ヤバかったんで自分再起動しておきましたよ」的な、「仕事やりましたよ」的なレポートを残されるのがムカつく。お前に求めてるのはそこじゃねえんだよ・・・

半分しか使ってないんだからちゃんとやってくれよ。


仕事できない癖にできるオーラ出さないでほしい。8コアとか飾りじゃん。





・・・と愚痴はこのくらいにして、解決策を試さなければ。

とりあえず共有する変数を増やすかハッシュにして、マトリクスを大まかに分けそれらのパーティションごとに結果を順次出力するようにして、落ちても途中までの結果が残るようにするとしよう。