2009年11月7日土曜日

なんだ簡単じゃん

暇だったのでtaxaを増やしたときの尤度比較をどうしようか考えてみた。


同一データに別々のconstraintをかけてそれらのMLtreeの尤度を比較して云々とか考えていたら、んなことしなくてもコマンド一発で全て解決とRAxMLのマニュアルに。まぬけ




ちょっと試しにやってみたらすごい簡単。ファイルを一個用意すればいいし、出力ファイルもスクリプト的にすごく分かりやすい構造をしていた。これなら各系統樹の尤度をファイルから抽出するなんて訳ない。




すぐにドラフトが思い浮かんだので取りかかることにする。この実験ではLBの位置や本数を変えたときに尤度がどう推移するかを調べたいと思っている。枝長や組成の変異なんかは4taxaでさんざんやったのでいいだろうとおもうが・・・



これらの設定もTree fileをいじくるだけで済むことなので、あとはインターフェイスの部分をどうコントロールするかを工夫するだけだ。

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