2009年11月8日日曜日

結論

マナカナのキャパシティーについて



一つのジョブをマルチコアで”複数日”やる場合: 6コアが限界。ただし、これもマナカナのその日の体調?やジョブの内容によるため、安全にいきたいなら5 or 4コアが無難。何日かかるかでコアの上限も変わるようなので、ジョブの効率化は必須だろう。





二つ(あるいは複数)のジョブをさらにそれぞれマルチコアで”複数日”やる場合: 3*2コアでは無理。同じ6コア使用でも確実に止まる。2*2くらいが限界であろう。ただし、すぐにプッツンするわけではないので、軽いジョブなら誰かがやってるときに上乗せすることは可能。(しかしそれでフルコア使用とかになると保証はできない)









これが今までの多大な犠牲(強制シャットダウン)によって得られた結論である。






ちなみに、昨日完成したプログラムは問題なく動かせることができたが、実はこれが一番データセットが少なく負荷の軽いジョブであった。taxaをもっと増やせば変わるのだろうけども・・・






実験の結果核酸配列では予想通りの結果が得られた。アミノでも試してみよう。

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