2009年12月27日日曜日

怒涛の年末が終わった・・・

・・やっと終わりましたよ。



もう体ズタボロ。





でも全部終わらせることが出来てよかった。




今年は今まで生きてきて一番忙しい年末だったと思う。





とりあえず、今日実家に帰ったら、泥のように眠りたい。

まじきつい

あと三時間でMac pro の整備を終わらせなければならない。



クリーンインストールは終わったが主要なプログラムがインストールできてない。



徹夜である。



はあ・・・・・・

2009年12月26日土曜日

作業用BGM独論

そもそも、作業用BGMとはその名の通りBack Ground Music であり、音楽はあくまで作業中の空間を補完するものであって、それ自体が主役となってはいけないのである。


つまり、作業用BGMは作業する当人を作業に没頭させるための効果を持つものであり、そしてそれは背景の一部であり、裏方であり、決してこちらが能動的に「聴く」ものであってはならない。しかしながら、どういった音楽が作業用BGMとしてベストであるかというのは個人の嗜好に大きく反映されるので、一概には何とも言えない。


よって、ここでは僕自身が勝手に思う作業用BGMの美学?を展開させてもらうことにする。


まず、「作業用BGM」の定義としては上に述べた通りであるが、それによって定義された作業用BGMは更に下記の条件によってランク付けすることができる。


・一つの作業中(たとえそれが何時間かかっても)それが終わるまでずっとエンドレスで繰り返し聞くことができる。 >ー 俺的作業用 良 BGM

・さらに、その動作(繰り返し聞きまくる)を複数日繰り返しても飽きない >ー 俺的作業用 優良 BGM

・数週間後、数ヶ月後経た後も、作業するときに用いるBGMとして候補に残り続けることができる。(勿論上記の条件をその都度繰り返すことができる) >ー 俺的作業用 超優良 BGM


・上記すべての条件を満たした上で、作業で何か行き詰まったとき、あるいは本気で作業するときにはこれを使うぜ、といった扱いに昇格されるもの >ー 俺的作業用 神 BGM



それではもっと具体的には一体どのようなBGMが神となり得るのか、という事項に移ろう。


これには様々な細かい条件があり、以下にその詳細を記すことにする。


一つ、歌詞は極力ないものであること。(あってもすごく少ないか、何言ってるか分かんない*ただし叫び声などは論外*ものでも可)

  ・これについては説明する余地はない。作業中に人の言葉など妨害以外の何者でもない。但し、映画やラジオなどの台詞についてはこの類いではなく、それはまた別の機会に作業用映画独論として展開させてもらおう。


一つ、曲自体の長さは6〜10分くらいがベストである。


  ・あまりにも短すぎる曲では、リピートをどうしても意識してしまい、それは飽きが早くなるという危険性に直結してしまう。ある程度曲が続き、気づいたらリピートしていたという程度がちょうどいい。


一つ、なるべくスローペースで曲の一部分だけ異様に盛り上がる類いのものでないこと。


  ・1曲を分解するとおおまかには「入り」、「サビまでのメロディ」、「サビ」、「終わり」のパートに分かれる。例えばサビの部分だけいやにノリのいい曲だと、どうしてもその瞬間を意識してしまう。それ以外が自分的にあまりよくないメロディならばなおさらである。そしてこれは音楽を「聴いて」しまっていることに他ならない。


一つ、(上記の条件と矛盾するかもしれないが)作業へのモチベーションをあげたままにしてくれるもの。


  ・これが一番大事である。ノリノリになる必要はないが作業用BGMとは作業へのストレスを曲に乗ることである程度抑制する作用を伴っていなければならない。



以上である。


長々と書き連ねたが、何がいいたいかというと、


新しく買った睡蓮の柘榴って曲久々神クラスきたんじゃねコレ? ということである。


この曲はHELLSINGの挿入曲で「・・・ゆきます。・・・ゆきます! ベルナドット隊長!」のシーンで流れた曲(分かる人は分かる)


この曲は上記の条件に一致する(若干歌詞はあるが)。


っていうかね、あのシーンが神だったのよ。そいでセラス嬢が隊長の血を吸った瞬間流れたこの曲の歌いだしが「あなたを刻んで確かめたい」だよ!?


鳥肌が立ったわ。



今日明日のコーディングはこいつとゆくと決めた。


とりあえずKami様のプログラムは並列処理含め完成したので、今日はもう寝る。

2009年12月25日金曜日

酒でもかっ食らって頑張りましょうかね

昨日も書いたが、今日明日はまさにタイムリミットとの戦いである。


なんとか全ての仕事を終わらせて、必要な解析を全てかけた上で帰省したい。




だから俺に休みなどないのである。



今日もまた大学に舞い戻って研究室で夜を越す予定。



自宅には飯と風呂、そして最近作業用BGMがマンネリ化してきたから新しい曲の補充にのみ帰る。





真夜中のコーディングにBGM(それも優良曲クラス以上)は必要不可欠である。





あとはテンションの問題。そろそろアルコールが要るか?






世の中には一日ひとつソフトウェアを書き、かつそれを30日続けた人がいるというが、自分は連続3日目ではやくも疲れが見え始めてきた。まだまだ未熟である。








新しく補充した睡蓮のNEW アルバムに期待する。

うわあああああああああああああああああ!

俺の・・・俺のぺヤング大盛りがあああああああああ!!!




(ヒント: シャカシャカッ → アチッ! → ツルっ → ベッシャアア!)





あああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああ

2009年12月24日木曜日

メリークリスマス俺

書いてみるとなんて寂しいタイトルなんだ!


世間では暖かい家の中で一家でテレビでも見ながらケン○ッキーやケーキを食べているのであろうこの時間でも、僕は寒くてLB培地の生々しいにおいの充満する実験室で今までコーディングである。


ようやく今Kami様に頼まれたプログラムが一応の完成となったところである。



まあ楽しいからいいんだけどね。



今はとても充実しているからわびしいという気持ちもあまり湧かないが、もっと年を取ってくるとだれか隣にいてほしいなあと切実に思うようになるのだろうか?(だんだんチャンスもなくなっていくしね)



しかしながら、今年のクリスマスはそんなこといってらんない位忙しいのである。

明日一日で残りのプログラミングを終わらせ、Macの改造へと着手しなければならない。


なんだか頭がくらくらしてきた。




せめて酒でも買って帰ろう。



余談だが、名言(迷言)かどうかは分からないが、流行語という意味では僕がこの研究室に入ってから最も多く聞いたのは↓





ファァックオオォォオオオオォォォオオオオフ!!!!!! (憎しみを込めて)




である。




このような暴言が飛び交う若々しい研究室に入れて僕は幸せである。




今年の迷言・名言集

2009年も押し詰まってきた。ということで、今年のメイ言集を募集します。

とりあえずさきほどD308で話していて、候補に挙がったのは、

  ・ぜったいまけねぇ

  ・バツイチ、子持ち(メイ言ではないか?)

  ・自由研究

  ・もみしだきゃいいやん

  ・ハクロビる

でした。あと思いついたのは、

  ・ナイルレッドで染めてみたら?

  ・業績になるでしょ

とかも外せませんね。

他に無いかな?

危ない危ない

10395本の網羅的解析だと時間とメモリが半端じゃないぞどうしようといながい先生と話していたら






non-homogeneousモデルの有効性を検証するだけだから4taxaでよくね?






という提案が飛び出した。




俺も先生も その発想はなかったwww みたいになった。





よく考えればそれが一番理にかなっているのにね。危うく泥沼に突撃するところだった。






まあこれであとはコードを変えて仕上げればおしまいである。

仕事納めに向けて

今日も学校にお泊まりでコーディングである。


目を覚ますために寒空の中歩いて研究室まできた。クリスマスイヴに何やってるんだろうね、俺?





とりあえず今やる予定が立っているものはちゃんと年内に終わらせておきたい。そんで年末年始は遊んで暮らすんだ!




やるのは三つ。


8taxaのシミュレーションをいろんなマシンでかけられるよう設定をもっと自由にできるようプログラミング。あとメモリ食いも半端じゃないので一つ一つの結果を順次出力するようにする。


kami様に頼まれたプログラム。これは年末年始の間にチャビィさんにがんばってもらう。


あとMac OSのクリーンインストール。これは金曜日、土曜日にやる予定。



ちょっと一晩がんばったくらいでは終わる量ではないから、ちゃんと睡眠は取らないとな。



二時くらいになったらリフレッシュルームで6時間くらい眠るか。

2009年12月22日火曜日

いやいやいやいやいや

taxaを増やして網羅的解析をやるスクリプトは書いた。



これは思っていたより簡単な作業だったが、問題はそのあと、




時間が圧倒的に足りないのである




今まで通り1000bp*100replicatesでやると半端じゃない時間がかかる。

1replicatesでの解析(それも途中)しかやってないので詳しくは分からんが、全部終わるのは軽く月単位は越えちゃうだろう。(!?)





そんなもんはやってられないので、なんとか設定(replicatesの数や配列長)を変えて時間短縮しなければ・・・!

バチバチの実の静電気人間

こう書いてみると何気に自然系だしちょっとカッコいい気がするわけがないorz




最近やたらバチバチが溜まっているのである。





触るものみなバチィッてなる。





金属製のものに触る時は最大限注意しなければならない。






みなさん僕に近づくときは気をつけてくださいね。

2009年12月21日月曜日

あの赤い服着て白ヒゲ生えた老人(冬に活躍)

もうすぐクリスマス。
子供のころは心躍った季節も、今や財布とにらめっこという世知辛い季節。
うちには子供が2人とネコが2匹と嫁さんがいる。意味はわかるな?

クリスマスを数日後に控えた日曜日、我が家のサンタは1歳の物心ついていない娘を連れて「良い明日」へ向かう。そこには有名なおもちゃ屋が入っているのだ。
昼過ぎにおもちゃ屋に入り、「たしかこんなんがいいとか言ってたよな~(あんまり覚えていない)」と探し、「良い明日」を出たのが午後3時半。あれ?この空白の2時間強はなんだ?
その間に、ベビーカーを巧みに操り、同様におもちゃを探すオバハンたちの間をすり抜け、おもちゃ選んで、レジに並んで(長蛇)、嫁さんのピアスも選んで、、、

サンタは12月24日の夜中に活躍すると子どもたちは信じて疑わない。しかし、サンタがリアルに活躍するのはその一週間前だ!若干足が棒ですもの。。。

P.S.
どうでもいいが、アン〇ンマン系のおもちゃ高ーよ(注:あくまでもイメージ)。
上の娘が物心ついていないころ、「何かキャラを好きになってくれれば、プレセント選びも困らなくていいよね☆」なんて出来心で見せたDVDがあだとなった。仕方ないので下の子の分で調整した(スマン!)。まだ子供のいない学生であるSIやHKよ、後々の出費を考え、子供には安上がりなキャラを好きにならせることをお勧めする。あっ、Mっちゃんは別ね。

2009年12月20日日曜日

かっこいい。。。

レギオンのガレキはないのだろうかと思っていたけど、二、三製作されているようだ。



特にこの造型工房パオのレギオンはカッコいい。



製作者の工夫もあるだろうけど、海洋堂のに比べて頭が小さく、きちんと上がっている。


レギオンは設定資料ではもっと頭が小さかったんだが、スーツアクターが入る関係上どうしても実物は頭をでかくしなければならなかったらしい。


海洋堂のレギオンはその点も忠実に再現されているが、なんか頭が下がってしょんぼりしてていまいち迫力がない。


ただ、こっちのもエッグチャンバーあたりの毛はいらんような気がするが。。。



こっちのは色は青白系だが、俺としてはブラウン系の方が錆びた金属感があって好きかな。



でもかっこいいなあ。どっかに売られてないかなぁ。

学校にお泊まり

久しぶりにリフレッシュルームに泊まった。

この前徹夜して死にそうになったので、今度はちゃんと仮眠をとることにした。


温かい恰好して自前の毛布と枕を使ったらそこそこ気持ちいい睡眠は取ることができた。



おかげで4taxaのコードの改善は終わった。



相対置換速度の値をもうちょっと計画的に変え直すと、なんとアミノ酸の組成をもっとATrichな方向にふれさせることができた。



その分今までの設定だと(それでもアピコとかよりましだが)アーティファクトの推定数が跳ね上がったので、もう少し調整することにする。


別にぶっ飛んだ値を示してもいいだろうけど、塩基のときと同じようにある程度現実的(であるように感じる)結果を出して、これでも設定は現実にある配列よりはましなんですよ~、といった方が説得力があるように思う。




まだ書かなければいけないコードもあるので、今日も頑張ってカキカキするぞ。

2009年12月19日土曜日

名言が台無し

名言の途中に「〜」を入れると小物になる



数々の名言が台無しだwww



最近こういうので笑うのが多くなったな。



それにしても彼らの才能は尊敬に値する。



が、なぜその才能を世のために使わないんだ?

数ハンパねえwww

taxaを増やしてやる網羅的解析の解析の数



(8taxaの有根系統樹すべて)*(PhyML,nhPhyML)*(コントロール、組成をかえた場合*2)*(replicates)*(どの枝の組成をかえるか)

=10395*2*3*100*7*2=87318000


おおおおおおおおおおおおおおおおおおおおおお

明日はコーディング日和~

特に研究以外にすることがない土日というのも貴重だ(さびしいか?)




今日はnhPhyMLに時間を取られたから、明日は研究室でガンガン音楽をかけながらコーディングしよう。

2009年12月18日金曜日

nhPhyloBayes最新版

九月頃にリリースされていた。これでMacOSXでも使えるかと思いきや、makeした直後にエラーではじかれた。



コンパイルのバグを取り除いたらしいのだが、いったいどこをどう変えたのかぜひともお教え頂きたい。しかもインストールについてのREADMEがファイルにもWebにもないとはどういうことだ。(旧バージョンにはある)




この作者とは絶対に仲良くなれない気がする。





仕方がないからnhPhyMLをつかうことにする。

酔っぱらっても解析はする

とても眠いが早くデータをあげて論文を書くためには一分一秒も惜しい。




というわけで深夜の実験室で眠気と戦いながら解析。




細かな調整と明日やるコーディングの計画を練る。


アミノ酸の組成はもっと平坦にできるようなので、まだがんばる。




今日の作業用BGMはKomm,susser Todである。


EOEで流れたこの曲は軽いトラウマであるので、眠い頭にはちょうどいい。



別に曲がおどろおどろしいとかではない。むしろ明るい曲調といえる(拍手まで入っている)。



が、この祝福されるような曲の中で登場人物は皆溶けて死んでいくし、主人公は発狂するのである。



それが脳内再生されて、ああああああってなる。




果たして新劇場版はどのような終わりを迎えるのだろう。。。

2009年12月17日木曜日

ミーティング疲れた・・・

あれだけの量だと話すほうも大変疲れる。集まってくださった皆様有難うございました。







追加で用意するデータはすぐに揃えられそうなのでよかった。








年明けには論文書き始められるかなあ・・・







一仕事終わったので、今日は気持ちよく飲み食い出来そうだ。

2009年12月16日水曜日

なまじプレーヤーがいいと・・・

CDから取り込んだ音楽は問題ないが、webから落としてきた音楽を聴くときに雑音が入ることがある。
元のファイルは他人がエンコードしたものだから多分その影響だろうが、スピーカで聞くときにはあまり気にならないのにヘッドフォンを通すと聴くに堪えないものになる。(特に低音)




ドンっ(ジジッ)




バンっ(ザリッ)






ドォーン(ブツッ)








・・・耳を掻き毟りたくなる。




なので、今まで集めた曲を探してレンタルしてきた。いっぱいあるが当日返却なので急いで取り込まねば。

寝ちゃった

社長椅子で寝てしまった。




昼飯食った後だし、徹夜の疲れがまだ残っているから意識がシャットダウンしてしまった。





しかし気持ちいいなあの椅子。



皮だから少しすべるが。

2009年12月15日火曜日

旅の写真など・・・























ずっと前からアップしようとしてできなかった写真を載せてみました。

ドイツの学会 ☆9月終わりの出来事☆

上左から
・大聖堂から見た芝生
・とても有名なかたにポスターをアピールしている様子(顔、これくらいならセーフ?)
・マラソンを身を乗り出してみる大人たち

下の写真
・かわいくて思わず。このビール、かなり美味しかったです♪


続いて・・・・














北海道の学会 ☆9月の初め☆
学会っぽい写真がないのは気にしない!

左から
・羊の肉はどこに行ったらいいでしょう?
・この後、この熊にはやんちゃな26歳が乗ることになります・・・
・北海道と言えば、やっぱりこれですね☆

残すところ4か月もありませんが、またいい写真あったら載せていきます♪

ちなみに私も卒業単位足りてました。よかったよかった。。。。

結局徹夜した

久しぶりにやった・・・





なんとか仕上げることはできたが、体ガタガタ。めまいがしてきた。






やり始めると止まらないんだよなあ・・・

2009年12月14日月曜日

卒業できました

やっと成績が出た。



卒業に必要な単位の授業にDがついてた時は冷や汗がでたが、一学期でなんとかBをとっておいたので単位を貰うことが出来た。橋本先生の助けを借りていてよかった。これで卒業に必要な単位は確保したはず。





これで卒業研究の方にもっと時間を割くことが出来る。






今日でデータは全て揃ったので、今は内輪ミーティング用の資料を作成している。今日一杯で出来るかな?







kami様から依頼されたシミュレーションのプログラミングも早くやりたい。





Perlで書けば今までのコードの転用ですぐ出来るだろうけど、勉強としてPythonとかでも書いてみたい。たぶんそんなに変わんないだろうけど、今のうちからいろんな言語に触れておくのは将来何かしら役に立つ・・・と思う。






にしても体がバキバキである。やっぱ運動不足はつらいな。






肉が食いてぇ

2009年12月13日日曜日

めっさ疲れた

今日部活の納会テニス大会があった。



引退した身なのでOBとして試合に参加。






やっぱり半年間運動から離れていると体が重い。




頭で思っていることに足がついていかない。





そんで今筋肉痛で体ギシギシ。風呂入ってストレッチしないと・・・







でも楽しかった。来年からどっか社会人のクラブで休日やりたいなあ。

2009年12月12日土曜日

金曜日の夜より土曜日の深夜へ

NW-A845の音質が半端じゃない。




進化学会の振り込みが来たので思い切って買ってみた。が、雨の中チャリンコ漕いでヤマダ電機までいった買いがあった。(ちなみにつくばで家電買うなら大型店では多分ここが一番いい。価格、対応両方で。・・・蛇足だが〇丸はクソ)




ノイズキャンセリングはイヤホンも変えたからその効果は正直分からないが、音のクリアさや低音域の迫力、臨場感(スピーカと比べて)がびっくりするぐらい変わった。




前評判から音質ではこれが一番と聞いていたが、実際に聞いてみると今まで聞いていた曲が生まれ変わったかのよう。




しかもパソコン上の曲がファイルのD&Dで転送できる。これでもうあのクソ重たいSonicStageともおさらばだ。






そんで今はそいつで音楽を聴きながら土日にやる解析のコマンドを打ち込んでいる。






意外とこういった時間は好き。・・・眠いが。








頼んでいたユキヒョウとメモリも届いていたので、シミュレーションデータをまとめ終わったらOSのクリーンインストールとメモリ増設をやろうかな。

2009年12月11日金曜日

なるほどと思った名言

こんなのがあった。









              「ハードルは高ければ高いほどくぐりやすい」









ある意味感心した。







へ理屈だと言われればそれまでだが、物事をこんな風にも考えられる人間になりたい。

間違えた

96mmじゃなくて86.6mmだった。次点は85.9mm。失礼しました。








進化学会の振り込みもやっと来た。



あとは成績だが、まだ出ない。



早くしてくれ。

2009年12月10日木曜日

ついに96mm台か・・・

本屋で立ち読みしたBE-KUWAによると、国産オオクワガタのギネスがついに96mm台に更新されたとのこと、次点でも95.7mmらしい。





自分が実際にオオクワガタを飼育していた中学生のころはまだ最大でも94mmクラスで、幻の95mm台といわれていたと思う。95mm台が出ても羽化不良とかで翅が飛び出していたり、ものすごく短命だったりしていた。






今ではその壁も越えられちゃったんだねー・・・







自分も趣味ながらもある程度本格的にやってたものなので、ちょっと感傷に浸ってしまった。


添加剤で幼虫飼育すると大きい個体が得られるけれど、その分不良個体の出現数も増えるんだよね。だから俺は菌糸ビンで飼育していた。


産卵から大事に時間をかけて育てた個体がビンの中で蛹室を作り、触ったら崩れそうなくらい脆い蛹が一夜で羽化し、まだ出来立てほやほやの白い成体の姿を見たときの感動は今でも忘れない。




初めて完璧な成体を取り出すことに成功したときは嬉しかったなあ。







まあ、冬場の適度な気温と湿度を求めて風呂場に菌糸ビンを陳列した際には非常にキモチワルイと家族から総ブーイングを食らったが。








またやってみたいな。今度はオウゴンオニクワガタとか育てたい。

2009年12月9日水曜日

成績が

まだ出ない・・・





っかしいなあ。今日出ると聞いたんだがなあ。








俺の卒業がかかっているんだ、早くだせ。








そういえば明日は第二木曜日だからもしかしたら進化学会の出張費の明細書が送られてくるかも。そうしたら金曜日に振り込まれるんだが。





研究室の他の人は先月もらえたのに俺はまだ・・・

そうですかやっぱり下っ端は最後ですかでも一緒に出したのに今回来なかったらそりゃ不公平でしょもしそうなら文句言ってや(ry





そして新たな解析をかけるために寒い中やってきたのにまだ終わってない・・・
明日朝来てかけなきゃ。






いろんなことが待ち遠しい今日この頃

Peer review Process

カナダの知り合いがおもしろいビデオを送って来た。

http://www.youtube.com/watch?v=-VRBWLpYCPY

何度か論文を投稿した人ならよくわかるとおもう。

僕のツボは"ope access journals"のクダリ(大体3:12)だった。

2009年12月8日火曜日

裏技(?)使った

記念すべき100個目の投稿がkami様の激ネガティヴなぼやきとなってしまったので、代わりとして僕は成功した話を。


(kami様お疲れ様です! 今度柳仙で溜まったものを思う存分吐きだしてください!)





配列生成でアミノ酸配列の組成を変えるのは塩基に比べて難しい。これはアミノ酸のほうがパラメータが多いから当然のことであるが、塩基と同じように置換モデルの頻度パラメータを変えるだけではうまく制御できなかった。





更に、iSG v2.0ではsubtreeで置換モデルを変える際自作のGENERALモデルは使えない。





なので、iSGをコンパイルするときに読み込まれる置換モデルのパラメータそのものを弄り、JTTとか既存のモデルの名で勝手に作った置換モデルを使うことが出来るようにした。





その結果アミノ酸組成もだいぶコントロールできるようになった。


subtreeで使用するモデルでは馬鹿にしてるとしか思えないハチャメチャな遷移確率行列を使用しているが、出てきた配列のアライメントを見ても問題はないようだから、これでこの問題は解決。








これでプログラムはついに完成。あとはデータを取るだけ。




ほんとに長かったなあ・・・

あとちょっと

もう少しで書きあがる、というところまで来た。
yinagaiさんにはかなりお世話していただいて、
テンションを無理やり上げてもらって、
ここまで来れた。


しかし正直、何が、とは言わないが、溜まっている。
この虚無感と

腹立たしさと、

何とも言えない矛盾。その正体は、
せっかく書いたのだから通ってくれると嬉しい半面、

「もし通ったら本気でやらなあかんのと違う?」

という不安。





そしてその答えは、2ヶ月後。

書類いろいろ

そういう時期になってきた。

ここ数年、年末・年度末になると常にこんな感じだったとふと思い出した。
なぜなら自分がモロに真っ只中だからだ。

これまでに2~3の申請書を書き、提出した。残るdeathクワークはあと1つだけ。


コイツがやっかいだ。
だが分量が多いわけでは決してない。
関係者が多くて意見の取りまとめに苦労しているわけでもない。




やる気が全く出ないんだ。



とりあえず今からセミナーに出るとしよう。
そんなこんなで機嫌が悪いので、誰かの発表をたたき切ろうかな。

2009年12月7日月曜日

容量が足らん

CDから音楽を取り込む時はMP3よりATRACフォーマットでロスレス圧縮する方が若干音が良くなるようである。(特に重低音域が)



ただ最大ビットレートでエンコードしたときに後者は前者に比べファイルサイズが馬鹿みたいに大きくなる。2GBのウォークマンじゃ全く入りきらない・・・





Webから取ってくるときもダウンローダでビットレートの調整ができない(Cravingとか)から、圧縮しないでダウンロードして後でエンコーダでmp3の最大ビットレートとサンプル周波数で圧縮するが(もとのファイルが非可逆圧縮されてたら無駄だけど)、これもまたファイル容量が馬鹿にならない。






今のプレイヤーも3年目で電池もカツカツになってきたから買い換えようかなあ。

も、ちょい

データを取るためのプログラムがほぼ完成した。



簡単なテストも終わったので、あとは本格的なデータを取るだけ。



塩基の組成はほぼ完ぺきにコントロールできたが、アミノ酸がちょっと甘いので、これを改善したらデータ取りに入る。






やっぱデバッグはクッソ手間がかかるなあ。

2009年12月4日金曜日

運動

部活をやめて以降まともな運動をしておらず、その一方で食欲が減退する気配が一向にないので段々肉がついてきた。筋肉が脂肪に変わっていっているのもあるだろう。更に冬だし。





運動がしたいが時間がない。
というわけなので最近手軽な運動として研究室まで歩いて出勤?するというのを始めた。



家から学校まで大体20~25分なので有酸素運動にはちと足らんが往復するからいいだろう。






買い物とかあるときにはめんどくさいんだけどね。

今も解析が終わるのを待つ間にカスミまで行って夕飯の材料を買ってきた。今日は豚肉野菜炒めポン酢がけ。







それで研究室に帰ってきたらまだ解析終わってねえしorz





あと30分くらいかかりそう。ハラ減った・・・

kana-memの調子がおかしい

同一のデータセット数(ただしマナはアミノ酸300aa,カナは塩基配列1000bp)でやってるのにメモリ消費量がカナのほうが圧倒的に多い。1200回解析が終わったところでメモリ消費量がマナ600MB,カナ2000MB・・・




塩基配列のほうが解析自体は簡単な筈なんだが?






あと途中で変なプログラムが管理者権限で走り出してメモリをアホみたいに食っていく。






早くクリーンインストールしたいな・・・







っていうか落ちるギリギリだし! 耐えろー!

2009年12月3日木曜日

かっこ良すぎて鼻血でそう

昭和ギドラのガレキが来た。




大きさ、リアルさともに申し分ない。一生もんの宝物だ。



平成ギドラは西洋のドラゴンのようなイメージだが、昭和ギドラは「龍」といった感じ。


鱗は一枚一枚丁寧かつ鋭い質感があるし、色も写真で見たときよりもピカピカしてなくてどっしりとした鈍い金色。その存在感はまさに「ゴジラ最大のライバル」に相応しい。







個人的には昭和ギドラはレギオンと並んで最強怪獣のひとつであろうと思う。これで活躍した時期が黒歴史真っ只中でなければねえ(ガイガンともに)









そういえば今日のアクセス数がやたら多いんだが、どうしたんだろう?

あがー

なんかを解決しようとするとまたなんか問題点が出てくる・・・




下の方法ではseparate modelでの解析になるから結局partitionごとに出力されるtreeはbranch lengthが全体の結果のトポロジーで最適化されたものが出てくる。



つまり、アーティファクトの発生数は0か100しか検出できない。





これじゃ100個配列生成してる意味がないんだよ!!!!!!









結局PhyMLでの解析に戻した。落ちないといいけど・・・





早くメモリ来てくれ~

結局RAxMLっていう

PhyMLを使っても根本的な解決策にはならなかった。




どうしようかなと思ってRAxMLのマニュアルをもう一度見ていて思いついた。





RAxMLはmultiple data setの解析は出来ない(単純に4taxa * 500aa * 100ファイルっていう意味で)けれど、一つのファイルをパーティションに区切ってそいつらを各々に解析してパーティションごとにMLtreeを出力することができる。

よって、isgv2.0で生成した配列100セットを全てsequencialにつなげて、擬似的に4taxa*50000aaの配列ファイルを作り、それを100個のパーティションに区切る方法をとった。



この方法で最新版のRAxMLを使ったらなんとメモリリークが起きない。一回のメモリはかなり食うけど終了時にそれをちゃんと吐きだしている!!(じゃなんでごく普通の単純な解析はリークするんだよとツッコミたかったが)






長き戦いもようやく終局へと至ったわけである。



これでようやくデータがとれるよ。あ~あ~あ~

女神再来!

最近実験やそのデータがフラットだ。と感じていた。
事実あまりdirectに論文の図表につながる結果は出ていなかった。

「冬は肌も乾燥してくるし、そういう時期かもね。しゃーない、しゃーない。」
と自分を慰めつつもため息は漏れる。
Mっちゃんからも「先輩口からなんか漏れ出てますよ?」との指摘。
論文も進まんしな~。

その矢先。
実験の女神が!

以前(パターン青の集い: おひさし~!)でも書いたが、現在の僕の仕事の一つにある機能をshareしていると思われる2つの遺伝子の真核生物内における分布を調べる、というものがある。機能が同じなら一つで事足りるのだろう。大抵どちらか一方の遺伝子しかもっていない。しかしごく稀に両方持っている真核生物もいる。そのような生物(ここではBと仮称)を再び見つけたのだ。

前回見つけた時は「歓喜、歓喜、歓喜!」と気分はアゲアゲ↑だったのだが、今回僕は大人だ。
かなり冷静に「、、、B、こいつもか、ふーん(やっぱり)。」

というのも以前からBが2つ持っているかもというのは予想していて、すでに一つ目は塩基配列を決定していた。もう一つあるはず、と数カ月粘ってやっと取れたわけである。そのため若干精根尽き果てた感があり、ここからテンション上げるには年を取りすぎた。子供ももうすぐ3歳だし。

明日僕のスーパーバイザーに報告する。前回彼は「Fu〇k'in stupid!!!」とよくわからないことを叫びつつ喜びを露わにしていたが、さて今回は、、、
近頃書類が気に疲れているようだし、42歳の体がどう反応するか見ものである。

そんなこんなでポスドクの日々は進んでいきます。

2009年12月2日水曜日

Red Magicの記述言語

「すべてがFになる」を久しぶりにパラパラめくってみた。



やっぱりC言語だろうか?




この本を読んだのは大学二年のときで、丁度三学に潜入してプログラミングに四苦八苦していたときだった。






自分がまさにリアルタイムで使っていたインクリメント演算子がトリックに使われているのを知ったときの感動は今でも忘れない。






「すべてがFになる」はPSで出てるサウンドノベルの方もおもしろかったな。阿保剛の電子的な音楽と真賀田四季博士の声がグッド。まさかあの人がやってるとは。ミュウからこれまで幅が広いね。








今思ってみると疑問だが、あのトリックはデバッグの段階で引っかからなかったんだろうか?
セキュリティの重要な個所にあんな意味不明なif文があったら警戒するとおもうんだが。




・・・やっぱり天才が作ったものをわざわざ時間を浪費してデバッグなんかしなかったんだろうかね。

うぐう

TreefinderもRAxMLよりはましだがメモリが蓄積していってる模様。今の自分のデータサイズを考えるとこいつも使えない。



現在はPhyML3.0のmultiple data set 設定で生成した配列100個を一気に解析する方法で試している。相変わらずメモリリークは起きるが上記二つよりはるかにマシ。これならアミノ酸解析でも(単発なら)いけると思う。複数ジョブをかけるのはまず無理っぽい。




なんで系統解析ソフトはメモリを食いっぱなしにするのしかないんだろうね? indel-seq-genはその辺ちゃんとしてるのに、それともこれも計算量の問題だろうか。まあこのシミュレーションでは少なくともindel-seq-genは致命的な問題にならないだろう。これは替えがきかないのでよかった。




他にもいろいろソフトを試してみる予定。PAUP*,PAMLあたりかねえ。。。

むしろ悪化した

最新版を試したら余計ひどくなった。

オノレ

お前かよ!!!!

メモリリークの原因はRAxMLでした。



RAxMLだけ並列処理でがんがんかけるプログラムを試したところ、メモリがガンガン消費されていく。




なんだかなあ、こういう結果には帰結したくなかったんだが(自分じゃどうしようもないから)




とりあえずRAxMLの最新版を試した後、駄目だったらTreefinderを使うことにしようかな。。。

2009年12月1日火曜日

改造計画

ヤトロ電子さんに連絡してメモリ増設の見積もりをお願いした。8GBにする予定。



OSのほうはどうもboot campを使ってLinuxを入れても不安定な問題が沢山ありそうなのでやめることにした。




とりあえず今のOSを消して、クリーンインストールでヒョウかユキヒョウを入れようと思う。






メモリリークについてはforkらへんのルーチンを自分で再構築してみた。簡単なテストだとメモリリークは起きない。(厳密にはメモリが増えたり減ったりしながら全体的には増加しているが、前と比べるとそんなに大したことないように思える。これがメモリリークかどうかは不明)

現在本格的な解析を行って検証中である。これで駄目だと正直メモリの増設という手に逃げるしかない。








なんかいいことあるといいなあ。