2009年12月2日水曜日

うぐう

TreefinderもRAxMLよりはましだがメモリが蓄積していってる模様。今の自分のデータサイズを考えるとこいつも使えない。



現在はPhyML3.0のmultiple data set 設定で生成した配列100個を一気に解析する方法で試している。相変わらずメモリリークは起きるが上記二つよりはるかにマシ。これならアミノ酸解析でも(単発なら)いけると思う。複数ジョブをかけるのはまず無理っぽい。




なんで系統解析ソフトはメモリを食いっぱなしにするのしかないんだろうね? indel-seq-genはその辺ちゃんとしてるのに、それともこれも計算量の問題だろうか。まあこのシミュレーションでは少なくともindel-seq-genは致命的な問題にならないだろう。これは替えがきかないのでよかった。




他にもいろいろソフトを試してみる予定。PAUP*,PAMLあたりかねえ。。。

1 件のコメント:

windowmoon さんのコメント...

PAUP*はアミノ酸非対応。ところでこの症状はOSが悪いとしか思えませんが。