2009年12月8日火曜日

裏技(?)使った

記念すべき100個目の投稿がkami様の激ネガティヴなぼやきとなってしまったので、代わりとして僕は成功した話を。


(kami様お疲れ様です! 今度柳仙で溜まったものを思う存分吐きだしてください!)





配列生成でアミノ酸配列の組成を変えるのは塩基に比べて難しい。これはアミノ酸のほうがパラメータが多いから当然のことであるが、塩基と同じように置換モデルの頻度パラメータを変えるだけではうまく制御できなかった。





更に、iSG v2.0ではsubtreeで置換モデルを変える際自作のGENERALモデルは使えない。





なので、iSGをコンパイルするときに読み込まれる置換モデルのパラメータそのものを弄り、JTTとか既存のモデルの名で勝手に作った置換モデルを使うことが出来るようにした。





その結果アミノ酸組成もだいぶコントロールできるようになった。


subtreeで使用するモデルでは馬鹿にしてるとしか思えないハチャメチャな遷移確率行列を使用しているが、出てきた配列のアライメントを見ても問題はないようだから、これでこの問題は解決。








これでプログラムはついに完成。あとはデータを取るだけ。




ほんとに長かったなあ・・・

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