2009年12月3日木曜日

結局RAxMLっていう

PhyMLを使っても根本的な解決策にはならなかった。




どうしようかなと思ってRAxMLのマニュアルをもう一度見ていて思いついた。





RAxMLはmultiple data setの解析は出来ない(単純に4taxa * 500aa * 100ファイルっていう意味で)けれど、一つのファイルをパーティションに区切ってそいつらを各々に解析してパーティションごとにMLtreeを出力することができる。

よって、isgv2.0で生成した配列100セットを全てsequencialにつなげて、擬似的に4taxa*50000aaの配列ファイルを作り、それを100個のパーティションに区切る方法をとった。



この方法で最新版のRAxMLを使ったらなんとメモリリークが起きない。一回のメモリはかなり食うけど終了時にそれをちゃんと吐きだしている!!(じゃなんでごく普通の単純な解析はリークするんだよとツッコミたかったが)






長き戦いもようやく終局へと至ったわけである。



これでようやくデータがとれるよ。あ~あ~あ~

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