2010年12月30日木曜日

名古屋滞在記(1)

昨日から名古屋に帰省中。滞在中のホテルが繁華街にきわめて近いということもあるが、やっぱ街だと実感する。つくばとはちがう。

昨日は味仙へいった。目的は「台湾ラーメン」である。何年かぶりに食べたが激辛で、一口目でトウガラシの破片を吸い込み、むせてしまった。た~ま~し~とは違い、吸い込むものではない。口の中もヒリヒリ(他にどこがヒリヒリになったかは書かない)。

ただ行った店が今池店で、ぼくらのホームだった藤が丘店ではないのが残念。台湾ラーメンも店で少しづづ味が違っていたので、ぜひ藤が丘店に行きたい。それと今池店はあまりにも小奇麗になり、違和感がアリアリ。味仙はもっと小汚くてはならない。例えば、想像してご覧、小奇麗な柳仙を・・・

今日は午後に名古屋駅(ジモは「メイエキ」と略す)へ、相棒を見に出かけた。名駅も様変わり、ミッドランドスクエアとかできていてとまどった。ピカデリーという映画館を目指したのだが、見つからない。前の場所とあきらかに違うところにあり、また強い「取り残され」感を味わった。相棒の内容はともかく、自分も含めて観客の年齢層が高く、笑った。今日の客層の中では、自分はまだまだ若輩者だった。

帰りに「とろなまドーナッツ」をお土産に購入した。いろいろTVで話題だが、なかなかおいしかった。

滞在記の2回目があるかは分からない・・・

2010年12月29日水曜日

仕事納め

2010年は今日で仕事納め。
1月5日まではポスドクではなく、父親+夫としての仕事となる。
もちろん、それは子供たちと嫁さんが起きている時間であって、夜な夜なこうやってパソコンに向かい、ときどきはポスドクになるわけですが。

今年最後の仕事としてラボの双子(Mana & Kana)に年明けまでの仕事を仕込んできた。
85タンパク質、約20,000 aa、70 taxaの解析だ。ラボのメインワークということで、そして年末年始と誰もつかわんだろうということでフルコアでやらせてもらっている。さて結果は年明け。

今から来年の初めの解析に使うseq fileの整理を行う。今週初めにやったのだが、プログラムがうまくfileを読みこんでくれなくて走らなかった。そしてK山さん提案の解析のデータ作り。・・・やっぱりあまり仕事納めした感じがないな。

2010年12月28日火曜日

学振PDオメ

Akiくんが学振PDに内定!おめでとう。これで一家で安心してH23年度をむかえられるね!

来年からは神奈川だね。

2010帰省

石川は本日帰省します。

今年の年末は、クリスマスには元気なウィルスをプレゼントに貰って一日中ぶっ倒れるという何とも悲しい体験をするやら(しかもこれが今年”初”の病気でした、どういうことなの・・・)、そのせいでデータが中途半端にしか纏められないやらで、あまり良い感じで一年を締めくくれた感じはしません。

去年立てた自分の目標を見直しても、どれもこれも中途半端にしか達成できなかったというorz


この反省を生かし、来年度の目標(帰りの電車の中ででも考えます)はもっと具体的な目標を立て、各個撃破で手堅くクリアしていくことにします。


そういえばクリスマスに今年一緒に論文を書かせて貰ったJDRさんから年末年始の挨拶+クリスマスカードが送られてきた。外国(といっても在住は日本だけど)の挨拶というのはこうやるのね、と新鮮な経験が出来ました。自分もやってみようかな。facebookも始めてみたし、ISEPで会った人達にでも。


そんなこんなで帰省するわけですが、帰省中は多分NCBIの配列データ群と戦うことになりそう。あっちじゃ飯は出てくる風呂は沸く、掃除洗濯必要なしの快適三昧なので、このクソめんどいルーチンを一気にこなすには年末年始にやるしかない。テレビ?何それ?
まあ当然ラーメンは食いに行きますが。あと雲仙の温泉とか行きたいなあ。


というわけで、D308の皆様、本年も色々とお世話になりました。
お体に気をつけて、良い年末年始をお過ごしください。

See you next 2011 !

2010年12月26日日曜日

クリスマス

昨日の晩は友達家族のうちにお呼ばれで、ワインを散々頂いた。このまえ大洗水族館にいったのも、このU田ファミリーなのである。

娘同士が同級生で、旦那さんは高エネ研の准教授である。僕と違いU田さんは海外出張がおおく、下手したら月に1度は海外らしい。素粒子物理の研究者で、例のノーベル賞を取った人のラボ関連。

彼曰く「バーツク大の素粒子物理の人達、評判悪いよ~」とのこと。付き合いとかが良くないらしい。分からなくはないかも(笑)



そういえば明日の晩は、今年最後のジャザサイズのレッスン。恒例で仮装してジャザサイズをするのである。去年の嫁はショッカーのような全身タイツだったが、今年はセーラー服のコスプレを土浦ドンキで購入してきた。

トキメキ学園 マロンジャケットグラフティ」である。さきほど試着していたので、写真を撮った。さすがに恥ずかしいのでブログには載せられない。

いま検索してわかったけど、4千円以上したんかよ・・・ 真剣に、毎年1回の仮装に4千円を掛けるのはやめてほしいと思う。

2010年12月21日火曜日

いろいろ片付いた(ホッ)

kamiさまの前の投稿通り、「現代生物学」に論文が通った。まあ少し訂正があるが、すでにゴールラインを割っている。2008年のP茄子論文以来の一般誌となった。facebookではたくさんの友達から「おめでとう」のコメントが。正直うれしい。

このrevisionはまさに渾身の一撃。関係者以外の目には触れないが、responseもかなりの出来だと思う。kamiさまと綿密に打ち合わせをし、reviewerをもち上げるところはもち上げ、反論すべき点は反論する、というまさに教科書通り(教科書があるなら)。もてる英語力を最大限に使った気がする。投稿バージョンの議論にはかなりの大穴があったのは反省点。が、なんとかそれをrevisionで埋めることができた。

さてそのほかにも、TNくんの「植物研究」雑誌の論文、kamiさまの「有害藻類」の論文も正式に出版されることになった。すでに2011年度に出版決定の論文は5報。現在投稿中2報、revisionに対するdecision待ち1報、多分すぐにでも投稿可能な論文1報。

あとMKくんから特別研究員の最終報告書が送られてきて、ホッとした。どうもすでにチェコに帰国しており、ネットうまく使えなかったらしい。送られてきた英語版をもとに日本語版も今日作成したので、明日中に学振に送ることができる。ヨーロッパはどこも異常に寒いらしいな。


あと最近「BMC進化生物学」に掲載された論文に使われたリザリアESTデータを、FB君に連絡してGenBankに公開してもらった。

ただFBくん曰く「コンタミ配列がたくさんあるから気をつけて」とのこと。何それ?細胞をあつめてRNAを抽出、それを増幅して454シークエンスしたのだが、どの配列がコンタミなのかどうやって判断するの?

たとえばGBE2009ではRaphidiophrysは緑藻細胞を餌にしていたので、既知の緑藻遺伝子にホモロジーの高い配列が出てきたら、餌細胞由来だと推定し、解析から排除可能だった。

けれども、放散虫細胞内にはいろいろな真核生物が共生しており、何が入っているかわからない。だから、放散虫由来の配列と、それ以外の生物由来の配列を区別するのは至難の業だろ。各EST配列は短いし、系統解析でも由来がハッキリしない可能性が高い。そもそも放散虫類が、既知の真核生物とどのような系統関係にあるかを判らないからphylogenomic analysisをしたわけで。どんな系統樹になれば放散虫配列と見なしてかまわないのか作業仮説がないじゃん。原論文でどうやって区別した?M&Mには書いてなかったぞ。

それとAkiくんが教えてくれたが、"picobiliphyte EST data"なるものがGenBankで公開されたらしい。これも少数の細胞からRNA増幅をして解析した結果のはず。てか、ほんとに「あの」ピコビリかぃ?!一体どんなクオリティーなのかわからん!助けて!

長かった、、、

「科学」へ投稿し、

(2週間のfirst reviewの後)リジェクトされ、

「現代生物学」へ再投稿してから、

早5ヶ月半、





ついにアクセプト!!!!!
ご協力いただいた皆様、ご指導してくださいました諸先生方、どうもありがとうございました。
「科学」が駄目だったのは残念だが「現代生物学」に通ったのは良かった。
ひと足早いクリスマスプレゼント、噛みしめます。5分ほど。


さあ、また次の山のテッペン目指してデータセットと戦おうではないか。
この「ついに終わった!」という達成感とEditorやreviewerからのメールを受け取りたくて、
僕らは日々苦しい作業に耐えるのである。
そして何より、「大」家族持ちのポスドクは、食いっぱぐれのないように、業績をため続けるのである。

次の山がどこになるかまだ分からないが、仮に低い山であっても、全力で登ろう。
そして
「気付いたら高い山にいたわ。」
となるように。

2010年12月20日月曜日

uh......

やっぱりソースコードにパッチ当てる方がいいのかなあ。旧版では出来たわけだし。
基本的なコードが変わっていないことが前提だけれども。

RAxMLのソースコードは比較的見やすいんだが、どのみち結構手間は掛かるよねぇ。Cは長らく触ってなかったし。


ま、現行の方法に問題があり、かつそれがこちらの方法では解決でき、かつそれが必要になったらやろう。

来年CSの方の大学院試験受けるときに勉強がてらソースを解析するのもいいかもしれない。あっちに行ったらこの手の研究にシフトしていくことになるだろうし

何か作ってみた2

下の考えから、RAxML最新版の使ってブートストラップ解析するとき各サンプルにおいて通常のML探索と同様に複数系統樹を使って解析ができるようなスクリプトを書いたわけであるが、ぶっちゃけSeqboot使ってブートストラップデータを出力してそれをいちいち自分でコマンドを指定して解析するのを自動化しただけだけどね。

まあ、複数遺伝子でそれをやるときにちょっと操作がめんどくさかったけど。

ちなみに、複数遺伝子解析(塩基配列とアミノ酸配列の混合データ含む)では、一度配列をばらし、それぞれの遺伝子についてSeqbootでブートストラップデータを作成し、それを改めてがっちゃんこする方法をとった。

これは、結合データをそのままブートストラップリサンプリングしたら、各サンプルにおいて保持されるべき本来の遺伝子の配列長が変化してしまうからであり、多分基本的にはこれでいいと思う。ただ、RAxMLで複数遺伝子使ったブートストラップするときに具体的にどういう風にやってるか詳しく知らないので、細かなプロセスが違うかも知れんが。そこらへんはseqbootの方のオプション指定でなんとかなるかね。


また、RAxMLの方でブートストラップデータを作るコマンドはあるが、これで出力されるデータがあまりにもむちゃくちゃ(Aが100以上続くとか)なもので正直信用できなかったので、今回はseqbootを使うことにした。



また、このスクリプトでは各サンプルにおけるML探索を並列処理(RAxMLの並列版を使うだけ)がすること、またサンプルの解析自体も並列に行う(forkを使って例えば2サンプルずつ解析を進める)こと、これらを組み合わせて行う(前者に2スレッド、後者に4プロセス当てはめて8コア使うとか)ことができるようにした。

あと、これは単一遺伝子解析でも、複数遺伝子解析(Concatenate model or Separate model)でもできる。


まあ、こんくらいのスクリプトだったら探せば他の所にもありそうですが(笑)


とりあえず、塩基単一、アミノ酸単一、塩基+塩基、アミノ酸+アミノ酸、塩基+アミノ酸それぞれのデータを使って動作確認をし、ちゃんと動いたのでWikiの方にあげときます。需要があったらどうぞ。


全く使われないのもアレなので、何かいいテストデータ集めて色々検証してみますか。
ちょっとネタになるか考え中。。。

が、もう眠いのでもう寝る。疲れたぜ・・・

何か作ってみた

シミュレーションのデータ取りの合間に、ちょっとした思いつきでスクリプトを書いてみた。

問題提起としては次の通り。


RAxMLの最新バージョン(7.2.6)では -uオプションが使えず、これによってブートストラップ解析において各replicateに対し複数の初期系統樹を使ったML探索が出来なくなっている。

このことについては,作者の主張としては

「100のbootstrapサンプルに対し10回のML探索を行うよりは、1000サンプルに対し1回ずつ探索を行う方が良い結果が得られる」

ということである。

ただ、この主張に対しては疑念はある。それは、

「配列数、配列長がかなり大きくなった場合、各replicateにおいても全体としての探索空間がもの凄く広くなってしまう。その場合(RAxMLの探索効率が既存のソフトウェアの中では優秀な方だとしても)、デフォルトでの一回のML探索をやるだけでは探索の非効率性がBP値に影響を与えてしまうことが考えられる。」

ということである。

すなわち、例えばある枝に対しBP=50が得られたとして、それが純粋にBP値の定義通り「ある枝の分岐を指示する情報が、配列のサイト全体に対しどの程度の割合で含まれているのか=配列データがその分岐を全体としてどれだけ指示するか」ということを指すのか、それとも「多くのサンプルにおいてML系統樹の探索漏れが生じている」ことの影響が多分に含まれていることをも含んでいるのか、が分からないことが問題である。

あるいは、単純に各サンプルに対する探索効率が悪化することにより、各サンプルにおいて局所解に捕まりやすくなってしまうことも考えられるだろう。

従って、これらのよろしくない要因が結果としてのBP値の過大評価or過小評価に繋がることは十分に考えられる。んでこれらの影響はブートストラップの試行を繰り返してもかなりぶれるかもしれない。

簡単に言って、Phylogenomicクラスの解析でも、そういった要因からブートストラップ解析を何回かやったら+-10くらいBPがぶれてしまうような解析結果なんて議論に値しないでしょ?ということを言いたいのである。

じゃあこれをどうやって解決するかと言うことだが、まあ一番単純なのはbootstrapの各サンプルでのML解析を複数初期系統樹から行って、解析の精度を上昇させることだろう(探索結果の試行によるブレの減少)。これでも限界はあるけどね。

なお、今回の場合は配列データに強力なバイアスがあってML解析そのものがそれに強く誘引されてしまうようなケースは問題が根本的に違うのでこれを考慮しない。


長いので分割

2010年12月19日日曜日

メモ::PHYLIPでInterleavedの配列をSequentialに

PHYLIP形式では配列の表記方法にInterleavedとSequentialというものがある。

通常系統解析をするだけならこの表記方法の違いにはあまり問題はないが、配列ファイルを弄くったり、様々なソフトを同時に使って同一の配列データを解析したりする時には結構これに悩まされる。

自分の経験では配列ファイルはsequentialの方が操作がしやすいが、主に配列エディタで使っているSeaviewで配列をPHYLIP形式で保存するとInterleaved形式でしか保存できないので、かなり困る。


以前までは正規表現使って無理矢理形式を変えたりしていたが、今日見つけたのは

「RAxMLで -f sオプションを使う」

というもの。

これは本来複数遺伝子連結データを各遺伝子に分割するためのオプションだが、これを使うときに全てのサイトがただ一つのパーティションに含まれるようなpartition fileを指定すれば、配列データは分割されずに再出力される。で、このオプションでは出力されたファイルがデフォルトでSequential形式になるというわけ。

とりあえずはこれが一番手軽な方法かねぇ。ただこの場合も配列名の長さ(11文字の制約)に気をつけなければ、RAxMLでは読み込めるがPHYLIPとかだと読み込めないとかいうことが起こるのでその点は注意。

2010年12月18日土曜日

ひゃああああああああああああああ!!!!!!

造型工房パオのマザーレギオン売り出しきたああああああああ!!


そしてこれを速攻でゲットオオオオオオ!!


やばいもの凄く嬉しい。もうこれでガレキに悔いはない(涙

2010年12月17日金曜日

スペック最終回

大好きな、戸田恵利香主演の「スペック」最終回だった。マジか… なんだこのモヤモヤ感は!

「ケイゾク」もこれほどではなかったが、昔に見た「Twin Peaks」の最終回並みの未消化感…

公安零課の課長・津田助広、ホントは誰だ?なんでニノマエのところで野々村課長はビックリしてたのか?

「映画かなんてしねぇーし!」って、この流れならするでしょ。



今日の昼はMちゃんと有機酸くんと食べたのだが、そのときMちゃんがハブられていることが判明して、ちょっと笑ってしまった。本人はそれほど気にしてなかったけど。


これからもう一回スペック最終回見てみる。

OH!YEAH!SHE las。

昨日から歯が痛い。

ので本日シークエンスをかけてから歯医者に行った。

どうやら親不知と歯肉の間で炎症が起こってるみたいです。

来年頭に親不知を抜くべきとの判断。

来年は痛みとともに始まるようです。


卒論のタイトルを考えなくては!!

2010年12月16日木曜日

エディタ探し

素人レベルながらちょいちょいコードを書く身としては、やっぱり自分のニーズに出来るだけあったエディタを使いたい。これは生産効率にモロに影響することなので、拘っておくべきところである。


機能面で言えばEmacs一択なのであろうが、まだEmacsの使い方に慣れていないのと、もうちょい手軽に使えるエディタも欲しい。


GNOME標準のエディタは手軽さは随一だが、正規表現を使った検索&置換が出来ない。これはプログラムを書くときや、もっと身近な例を挙げればNewick形式のTree fileにおいて枝長を一括削除する(¥d+¥.¥d+)といったことが出来ないので、これはよろしくない。


ということでDebianパッケージにあるエディタを色々試した結果、meditというエディタが自分にとって一番いいということになった。

正規表現を使った検索置換。また大抵のプログラミング言語には対応していること、mismatchingしている{}をハイライトしたり行末の空白をハイライトしたりといった細かな設定も変えられるし、プラグインを導入して更にカスタマイズすることもできる。
またサイドバーにフォルダやファイルのリストを表示or非表示することも出来るので、これらのポイントからかなり便利なエディタだと思う。


ということで、こいつを自分のデフォルトのエディタに決定。

大体環境整備も終わったので、これからまたスクリプトを書くお仕事に戻る。
今日で大まかなスクリプト完成。明日でデバッグ。休日にデータ取りといけることが出来れば御の字である。

2010年12月15日水曜日

メモ::DebianでのPATH追加設定

各ユーザごとにPATHを追加する場合は

~/.bashrc

にexportなどの記述を追加すればいい。

また、システム全体の環境パスを設定したい場合は

Debianは

  1./etc/profile
  2./etc/bash.bashrc
  3.~/.bash_profile  もしなければ3-1へ
   3-1.~/.bash_login もしなければ3-2へ
    3-2.~/.profile
  4.~/.bashrc


という順番に設定ファイルを読み込むので、


1,2あたりに記述を追加すればいい。

2010年12月14日火曜日

メモ::GCC最適化オプション

PhyloBayesとnh_PhyloBayesがやっぱりiccでコンパイルできなかったので、とりあえず暫定的にGCC4.4.5でコンパイルすることにした。

最適化オプションは次のとおり


-march=core2
特定CPUのみに対する最適化オプション。=nativeは4.4ではコンパイルがポシャることがあるらしいのでやめといた。

-funroll-loops
ループ展開(loop unrolling)による最適化を実行。

-fno-math-errno
errno をセットしない

-fomit-frame-pointer 
フレーム・ポインタを必要としない関数においては、フレーム・ポインタをレジスタ内に保持しない。これにより、フレーム・ポインタの待避、セットアップ、復元を行う命令を使わずに済むようになる。 

-frerun-loop-opt 
ループ最適化を2回実行。 

-finline-functions
単純な関数はすべて、呼び出し側に統合(インライン展開)する。
  
-fforce-addr
メモリ・アドレス定数に対する算術演算が実行される前に、それをレジスタに強制的にコピーする。
  
-fforce-mem
メモリ・オペランドに対する算術演算が実行される前に、それをレジスタに強制的にコピーする。

-mfpmath=sse
-msse4.2
ともに浮動小数点演算のSIMD拡張命令セットに対する最適化。Core i7はSSE4.2(4.3だったかな)に対応。

2010年12月13日月曜日

メモ::iptablesむずいお

とりあえず参考として
こことここ
http://sato-si.at.webry.info/200703/article_2.html
http://blog.chibiegg.net/2007/11/17_00_62.htm

を参考にした。

iptablesはかなりルールとか詳細に決めないときちんとしたファイアウォールが組めないのであるが、勉強するとそれこそ1、2週間くらいはかかりそうなので、今回は別にサーバ運用をするわけでもないのでおざなりの設定だけしとく。


Debianでは通常存在する/etc/init.d/iptablesが存在しないため、代替のスクリプトを書いてそこに置くか、/etc/network/interfacesに
iface eth0 inet dhcp
pre-up /etc/myfirewall.sh
と書くかであるが、今回は前者でスクリプトを転用させて貰った。




とりあえずはこれで大体の整備は完了かな。


あとは系統解析のプログラムを入れるだけ。

メモ::Windows + Debianのファイル共有

DebianとWindowsのデュアルブートに関してはインストールの段階で特に問題はない。

そして、デュアルブートしているWindowsのあるドライブ(Cだと問題があったときに危険なのでそれ用のドライブDとかを用意しておく)をマウントするためには、


まずntfs-3gを導入する。

$ apt-get install ntfs-3g

そして、/etc/fstabの内容を編集する。

# /etc/fstab: static file system information.
#
#                
proc       /proc      proc    defaults        0     0
/dev/sda5  /          ext3    errors=remount-ro 0   1
/dev/sda6  none       swap    sw              0     0
/dev/sda3  /D_drive  ntfs-3g users,auto,exec,rw,
umask=000,co$

mount pointはお好みの所で。
 
typeの所にntfsではなくntfs-3gと記述すれば起動時に
自動的にマウントする。
mountのオプションではusersでroot以外のユーザでもマウント
可能に、またrwで書き込み可能な状態でマウント。
 
あとはman mountで確認してくれぃ。 

2010年12月12日日曜日

告知

第14回つくば藻類・プロティスト研究フォーラムです。超年末ではないですか。

日時:12月20日(月)16:00-18:00
場所:総合研究棟A110(公開講義室)

古澤 力(大阪大学 情報科学研究科 バイオ情報工学専攻)
「ゲノムスケール代謝モデルを用いたSynechocystis PCC 6803 の代謝解析」

吉田 昌樹(筑波大学大学院 生命環境科学研究科)
「ゲノム情報と微細構造をつなぐMALDI-TOF」

メモ::SElinux on Debian lenny

Debian lennyではデフォルトではSElinuxがインストールされてはいるがactiveになってない。

これをactivateにするには

 apt-get install selinux-basics selinux-policy-default


して


selinux-activateを実行して再起動


ちなみにSElinuxとはセキュアOSの一種であり、ファイアウォールなどとは別種のコンセプトに基づくセキュリティシステムのようなものだと理解している。

SElinuxでは各プロセス(root権限のものも含む)とファイルやディレクトリなどのリソースに「ラベル」が張られることにより、プロセスごとにアクセスできるリソースに制限をかけることができる。


したがって、例えばセキュリティホールの穴を通ってやってきた侵入者に対して、例えばWebサーバに侵入されroot権限を奪取されてしまった場合でも、その状態からアクセスできるリソースはHTTPに限ったものになる、という防御手段を取ることが出来るわけだ。

メモ::ICC for MrBayes & RAxML

ICCを使ってMrBayes及びRAxMLをコンパイルする時のオプション。

MrBayes3.1.2,RAxML7.2.6を使って

単一スレッドバージョンの場合(RAxMLはraxmlHPC-SSE3-gcc)

Makefile内のCC=gccをCC=iccに
さらにCFLAGS(OPTFLAGS)に以下のオプションを記述する。

-O2 = 最適化オプション(最適化をやりすぎると精度が落ちるので注意)
-mp1 = 精度を優先させ、IEEE754規格に則った浮動小数点演算コードを生成。
-ip = 1つのソースファイルにあるプロシージャ間の解析、最適化を行う。
-ipo = 複数のソースファイルにあるプロシージャ間の解析、最適化を行う。
-xHost = コンパイルを実行したプロセッサのみに最適化(Core i7なら-xSSE4.2とかでもいいかも)


とりあえずこんなとこ

並列処理バージョン(raxmlHPC-HYBLID-SSE3)では

CC=の記述を変え、CFLAGSの記述には-O2,-xHostを加える。その他のオプションを加えるとコンパイルはきちんと動かなくなった。原因はよく分からない。CFLAGSでの記述はMakefileではなくコマンドオプションでOMPI_CFLAGSで加えてもいいみたい。

その上で、makeのときOMPI_CC=iccのオプションを加える。

メモ::Debian GNU/Linux Install

Debianの利点はパッケージの数と管理のしやすさ、64bit環境での安定性(今まで使ったDistroでは一番安定してる感じ)である。ただDebianを使う場合は環境設定を自分である程度出来ないといけないので、それを今回ある程度ちゃんとやってみた。Debianでそういうことに慣れて、最終的にはArchとかに収束できればと思っている。

1、とりあえずDVDを使ってインストール。グラフィカルインストールだとインストール直後の日本語入力が出来ない場合があるので、テキストモードでインストールした方がいい。Windows 7とのデュアルブート

2、ビデオカードのドライバ導入
PeggyはnVIDIA GTS 250を使っている。
まずは、
 $ sudo aptitude install build-essential linux-source linux-headers-`uname -r` xserver-xorg-dev 

その後、公式サイトからドライバをDLする。実行権限を与えて
[Ctrl] + [Alt] + [F2] を押して、テキストモードに。
ユーザ名とパスワードを入力。
GDM を停止して X を落としてから、インストール。
$ sudo /etc/init.d/gdm stop 
$ sudo sh NVIDIA-Linux-x86-100.14.11-pkg1.run 


あとは再起動でおk。


3、日本語106配列キーボードの認識
そのままだと幾つかのキーが認識されない。今回は } が認識されなかった。これじゃコードが書けん。



/etc/X11/xorg.confに
以下の内容を書き込み、再起動すると改善する.

Section "InputDevice"
  Identifier   "Keyboard0"
  Driver       "kbd"
  Option       "XkbLayout" "jp"
  Option       "XkbModel" "jp106"
  Option       "XkbRules" "xorg"
EndSection
4、Dropboxの導入

DropboxのサイトからソースコードをDL。

$ apt-get install libnautilus-extension-dev libnotify-dev python-docutils

↑これをやっておく。色々何がないと言われるが何とかなる。

普通にコンパイルしておk。

5、ICCの導入。
64bitでもDebianではデフォルトで何もしなくてもICCがインストールできる。
ICCのパスを通すために

/etc/profileに

source /opt/intel/.../iccvars_intel64.shを追加。

6、ssh

$ aptitude install ssh

でopenssh-serverとsshを導入。

ただ、双子にログインするとき公開鍵を作ってもPeggyからパスなしで入ることが出来ない(逆は可)。sshd_configを編集して双子のOpenSUSEの設定とほぼ同じにしたが解決せず。まあでもとりあえずはこれでいいや

ちなみにnetworkの再起動は/etc/init.d/networking restart

!?

今日は秋葉原で部活の納会。



上は80くらいのお爺さんから下は引退したばっかの四年生まで集まり、座敷を貸し切って酒を飲みながら、テニスの話を交えつつ一年の総括を行う。


そこでOBOGも近況を報告するのだが、そこで現在非常勤講師をやってる同期が突然「結婚しますた!」とぶち上げた。


僕は全然知らなかったので、当然


( ゚д゚)


( ゚д゚ )


こうなった。


いやあびっくりしたね。

個人的には結婚が幸福なことかについては現在は否定的な意見を持ってるが、それは自分自身についての話であって、同期の人間の結婚話は純粋に喜ばしい。おめでとさん。


とりあえず疲れた。明日は一日Linux整備だ。

2010年12月11日土曜日

キーボードに拘ってみる

まあウェットの実験でも余裕があればいいピペットマンを使いたいのと同じで、自分にとって使い勝手がいいキーボードを探してみたわけである。


とりあえずテンキーレスは言わずもがな、その上で標準配列のキーボードが欲しかった。

標準配列にしたいのは一つにはLinuxで幾つかのディストロではキー配列をきちんと認識させるのにすごい手間がかかるから。HHKL2もこの点で問題があった。また標準配列であれば自前でないコンピュータを扱うときにもタイピングに支障がないから。その点で言えば今まで使っていたHHKL2は変態配列とは言わない(むしろCtrlの位置とかは非常に効率的だった)までも、ちょっと扱い辛い点はあったといえる。


そう言った条件では選択肢がかなり限られているが、今回はFilcoのキーボードを採択した。

実験室用と自宅用で、打鍵感の違いも試すためにZEROの白軸とMajestouchの黒軸を購入した。

結論としてはMajestouchの黒軸が自分にとってベストフィットのキーボードだった。HHKL2に比べればストロークがほんの少し浅く、打鍵感も軽めなので、結構強くタイピングする自分にとっては最初は少し物足りない感じもしたが、慣れてみるとスコココココ!という感じですごくスムーズにキーが打てる。


白軸の方はこれよりも抵抗が少ないが、代わりに打ち終わりにクリック感があってこれはこれできちんと押した感があって気持ちいい。ただ、メカニカルキーボードの名の通り打っているとカチカチカチというクリック音とカーンという金属音が結構五月蠅い。打っている本人はそんなに気にしないが、パーティションとかで仕事するときにはちょっと問題になりそう。なのでZEROの方は自宅用にした。


ともあれ、どちらも買って損はない品物。Linuxとの相性もいいし今後はこのキーボードを相棒にしよう。HHKL2はサブの双子さんの所へ移動した。

また、Logicoolのトラックボールも安かったので試してみた。確かにマウスをガチャガチャ動かすよりはずっと効率的。もうちょっと慣れれば抜群の操作感が味わえるだろう。


ま、道具だけ良くてもそれをうまく使えなければ猫に小判なので、自分のタイピング能力ももっと鍛える必要があるし、キーボードショートカットもマスターしないとイケナインデスケドネ。

ICCとか諸々

現在PeggyのOSをまた変更中。
理由は64bit SUSEがPeggyマシン上では安定しないため。

MacにBootcampで入れたのはかなり安定してるのにね・・・・何じゃろ。

今度はDebianを入れる。前に入れようとしたときには色々と面倒で敬遠してしまったのを再チャレンジである。Linuxは手軽にディストロが交換できるのが利点の一つですよね。


ディストロを変えるにあたって注目したのはICCの導入である。

Debianでは64bitでもICC自体は素直に導入することができたが、前々から躓いていたOpenMPIをICCでビルドするのは相変わらずできない。

自分が持っているのはCCコンパイラだけなので、ifortとかも必要なのが原因の一つであると予想している。というか吐き出されるエラーメッセージを見てもこのくらいしか解らん。余裕があるときにでもICCパッケージを揃えたいものだ。OpenMPIをICCでビルドできれば更に計算速度の短縮が期待できると思われる。

ICCに拘るのは系統解析の速度が格段に上昇するからである。RAxMLとかではそこまで目立った効果は見られなかったが、MrBayesでは効果覿面。特にMPI版で。

具体的には、100taxa弱の1遺伝子アミノ酸解析(4~500aa)のデータセットで比較した場合。同じ64bit環境で、GCCでビルドしたmbを8コアで走らせる場合と、ICCでビルドしたmbを5,6コアで走らせる解析が同じくらいの速さ。


なんだそんだけか、と思うかもしれないが、この効果は使えるコア数が上昇することで驚くべき違いになる。

系統解析ソフトウェアの開発では、個人的にはハードウェア的な問題よりもソフトウェア的な問題がより重大であると考えている。すなわち、より高性能なプロセッサを作ったりとかいうよりは、より高速な言語でより効率的なアルゴリズムを採択した最適なソースを書き、それをより高性能なコンパイラでコード生成を行うことを優先課題とする。ここら辺は系統解析のプログラムが「誰でも簡単に使えること」もある程度考慮していることにも起因している。しかしながら、これらの功績というのは、例えばクラスタを使ったりとかハード的にも豊富なリソースを確保することでより昇華されるだろう。

特にこれからPhylogenomicで大規模データセット解析をバンバンやるような時代になるだろうから、それを踏まえて新たなプログラムを開発することは必ず需要のあることだろう。僕もそういうようなことをしていきたいと考えている。



現状ではPhylogenomicに適したプログラムとは「複雑なモデルを使うことが出来、かつそれを使った計算を並列処理などにより高速に実現できる」ものであろうが、現存する最尤法、ベイズ法はそれに対して各々問題を抱えている。

ベイズ法は複雑なモデルを実装することには適しているが、現行のMrBayesなどのプログラムはMCMCを採択するため、並列処理の際プロセス間で同期をとる必要があり、これが高速化に対する足枷となる。
また、最尤法は各プロセスを同期させる必要はないため高速化には向いているが、ベイズ法のような複雑なモデリングができないのである。

ベイズ法であれ、最尤法であれ、これらの問題をどう解決するかが次世代のソフトウェアに求められることである。

話は変わるが、樹形探索については遺伝的アルゴリズムを採択するのが高速なプログラム開発には向いているらしいが、大規模データセットを解析する際に遺伝的アルゴリズムが「最適化問題に対するアプローチとして最も効率的であるか」は解らない。

聞いた話では、系統樹構築のような最適化問題には遺伝的アルゴリズムよりはタブー探索の方が樹形空間の探索効率という面で考えればより適切であるとのことであるが・・・例えば最初はタブー探索によって広域に探索を行い、ある尤度の山が他の尤度の山よりは高いだろうという予測が「ある程度」立つならば、その後その山の頂上を目指す際には遺伝的アルゴリズムに切り替えるとか、そういうのは可能なのだろうか・・・?


話が脱線してきたからここでやめとく。
そういやPhyloBayes,nh-PhyloBayesもICCでコンパイルできなかったのだった。これは日曜日にでもチャレンジしてみるか。

2010年12月10日金曜日

4月にイギリス

この前出したTraining CourseのApplicationが無事受理され、4月にHinxtonに行けることになった。


Bursaryが取れなかったのはちょっと残念。
旅費は全額支給されるが、食費、宿泊費込みの参加料が大学側からどれだけカバーして貰えるかが心配。

とりあえず来月21日までに1490ポンド(約20万)振り込めとの要請が・・・おおう


当面は大ボスに負担して貰えることになったので、校費でカバーできなかった分は大ボスにお返しすることになる。大ボス親切だ・・・


来年度はもう一つ同じようなものに応募する予定だが、こちらには大学院の共通科目として海外に行く学生に資金援助をするプロジェクトがあるので、これを利用してなるべく負担を減らしたい。


なにはともあれ、行けることになって良かった。
実はこれが自分にとって初めての海外渡航になるので、ちゃんと準備して行かなきゃ。



RAxMLの作者とかも来るみたいなので、疑問に思っていることをいろいろと聞きたい。
出来ればついでに共同研究のネタとかゲットして帰ってきたいなあ。

2010年12月9日木曜日

↓その3

スタッフの皆様シンポジウムお疲れ様でした。僕も含め。


全体的に自分の興味と合致する発表が残念ながらあまりなかったのですが、お金は貰えたし、暇なときは統計数理の幾つかの論文など、時間あるときに読んでおこうと思って貯まっていたペーパーを読むことが出来たのでそこそこに有意義でした。

JMAの発表が一番聞きたかったけど、運悪く照明係と被ってしまったのでスライドが全く見られませんでした。


とりあえず、シンポ中はドーナツやらケーキやら甘味ばかりだったので、帰りにY崎と食べた活龍がものすごく旨かった。


神戸の分子生物学会では、「脊髄損傷したサルをiPS細胞による治療で歩けるようにまで回復させた」という発表が話題みたいですね。詳細が聞ければお土産話に持って帰って来てください。

こういう研究は科学的興味というよりは実用性の観点から、早く発展して脊髄損傷であろうとがんであろうと治療できるというようになってほしいものだ。ともすれば人間の寿命も延ばす、とかね。

国際生物学賞記念シンポ乙

バイトのみなさん御苦労様でした。scientificには昆虫-バクテリア共生系の「祭り」だったわけで、ぼくが面白かった、つまらなかったというべきものではない。極私的にはHaward Ochmanの話は興味深かった。LGT関連の仕事を精力的にしてきた彼なので、gene gainに関する話題も聞きたかった。

Nacy Moranのトークはやはり部外者とはいえ面白かった。それ以外の昆虫系の話を一切聞いていなかったので、新鮮だったのかもしれない。ただ前半はredundant(ちょっとログアウト)、後半のゲノム進化の話題は自分の興味ともoverlapし、おもしろいと思った。初日はこれだけ。

2日目はJMAのトークから参加。「Norwayでも話を聞いているしなぁ」、とかいっていたが、トークが始まったらISE2010には遅れて参加、JMAの話は聞いていないことを思い出した。最後の1枚のスライドが劇アツであった。MKくんがチラッと話してくれたヤツだ。その後彼と詳しい話を聞き、P茄子に掲載決定しとの原稿も送ってもらえることに。読むのが楽しみ。56さんの論文も「ゲノム進化と生物学」にin pressとのこと、こちらも楽しみ。これ見てたら原稿送って、56さん。

Kamiさま、K山さんとの雑談で、あたらしいコラボのネタが生まれた。これだけでも午後を国際会議場で過ごした価値があったと思う。やはり雑談からいいアイディアが生まれる。かしこまって、「さあ何か新しいことを始めましょう」なんて会議で、うまくいったことがない。

これから神戸のBMB2010へ向かう。おもろいことがありますように。

2010年12月8日水曜日

国際生物学賞シンポジウム

マジで疲れました。

初投稿です。


とりあえずお疲れさまでした。
スライドが見えない位置で、演者のお尻しか見れない状態でタイマーと照明をやりつつ5時間発表を聞くのはしんどいです。

途中ボーっとしてしまって一回目のベルを鳴らし忘れてしまった・・・

発表者も大変だろうけど、スタッフも大変なんだなぁと、ISEPも含めて思う今日この頃であります。

それにしてもT田秘書はアクティブすぎる。

ちなみにFKSMHKは朝ご飯にと2日連続でお昼のお弁当を持ってかえってました。

2010年12月7日火曜日

最後の力で、、、

先週から体調がすこぶる悪い。
おそらく(というか絶対)娘たちの鼻水からやってきたvirusesかbacteriaのせいだと思う。

そして明日はIPB、声が出ません!頭痛いです!鼻水垂れ流し!どうしましょう!?

今日は早く寝て明日に備えねばヤバい。

そう思って最後のメールチェック。

AJRから新しいメールが一件。

Hi,

I'm attaching my comments on the cover letter. I think you can submit it any time now.



さきほど、最後の力を振り絞り、submission approvalボタンをポチっとな。
これで通って、お願い。そしておやすみなさい。。。

2010年12月6日月曜日

JBTBD

タイトルは何の事だかわからないだろうが、最近創刊されたOpen Access Journalである。JBTBDとは"Journal of Bioterrorism & Biodefence"の略だ!

なぜかわからんがemailで投稿のお誘いがどんどん来るのだが。自分の研究テーマと照らし合わせても、多分投稿することはなさそう。でも自分のpublication listにJBTBDの論文が1つ位あっても、ちょっといいかなぁなんて思ったり。

ロリータ目撃情報

金曜の夜、天久保のセブン前のバス停で、バスを待つロリータ1名を目撃した。すごく周りから浮いていた。

ヒ素をつかうバクテリア、凄い!生育環境に2次的にアダプトしたとはいえ、生物の柔軟性を思い知らされた。所詮生物は保守的で、「とりあえず不都合のないシステムなら変えない」わけだが、ここまで行けますか?それこそエイリアンなんてホントにいたら、僕らの想像もつかない遺伝情報伝達機構や遺伝情報発現機構をもつ可能性がある。だってリンの代わりにヒ素使うなんて想像していた人いるか?炭素の代わりにケイ素、はなんどか話を聞いたことあるけど。

反物質といい、最近サイエンスがなんか凄くないか?

今週は、国際生物学賞記念シンポ(つくば)、分子生物学会(神戸)と忙しい。国際生物学賞記念シンポはまあOchmanくらいかな、聴きたいのは。JMAは秋にTromsoで会ったし。あとは…ふふふ。

2010年12月3日金曜日

2010年12月1日水曜日

See you soon!



○artin & ○achelペアが帰国した。

彼が来日してから早二ヶ月、、、あれ?
もうそんなに経ちました?

彼が来てからいろんな実験が進んだと思う。
EST用RNAから大規模解析のデータセット、そして海底泥からのbugsの株化。
実験初日にピペットマンをぶっ壊したのには驚いたがすばらしい二カ月だった。

来年のSMBEで会えればいいな。

最後に彼はI垣先生へのお詫びだと言って四千円置いていった。
先生の貸したマットレスに「何か」生えてきたらしい。「何か」とは何か気になるところだが、○artinは
「たぶんfungusか何か。fungal taxonomyに興味はないよ」
と言って爽やかに笑っていた。
たぶん程よい湿度と栄養塩の供給があったからこそ生えたのだと思うが、その供給源は?
謎は深まるばかりだが、その謎が解明される前にI先生はマットレスを捨てるだろう。

AU大丈夫だた

仮説検定において対数尤度がより大きい樹形が棄却されているのにもかかわらず、より小さい樹形が棄却されないというのは当然あり得ることだった。

何故ならばAU検定とかの仮説検定は対数尤度の差そのものではなくサイト間での分散を考えて検定を行っているから。

僕の思い違いだったorz
検定とかの原論文もちゃんと読まないとねぇ。。。


ただ、RAxMLで分離モデルを使ったときに、-qオプション使って探索させて得られたMLの尤度と、manuallyに配列データを各partitionに分けたものに対してそのML樹形について再度partitonごとにパラメータ最適化させて計算させた各尤度を合計したものが全然違うという問題が解決してない。

これも僕の思い違いでなければ両者が一致すると思うんだが・・・

Treefinderとかだとどうなるんだろう。

2010年11月29日月曜日

季節の変わり目

今下の娘が倒れている。季節の変わり目のせいか(?)先週末は上の娘、そして下の娘へ。
さっきも夕飯の一部を戻していた。
しかも俺の布団の上で。。。

仕方ないので、今日は遅くまで仕事をして限界まで眠くなってから(ゲロの跡など気にならなくなってから)寝ることにする。さあて仕事仕事。来週のポスター発表の準備を終わらせることにしよう。

と思ってラップトップを開いて他に仕事をやり残していないかチェックしたら、論文にしていないデータが結構あることに気付いた。特にある藻類の個体群内の多様性調査に関するデータなんか一年くらい眠っている。そして「分子生物学と進化」用の原稿も半年以上眠っている。こいつらはI垣先生へのクリスマスプレゼントとお年玉にします(よろしくお願いします)。


AU テスト へん

共同研究の関係で100以上のAlternative Treesを使った検定をやったが、どうも結果として出てくるp値の挙動がおかしい。

ML系統樹との対数尤度差の順序とp値の順序が合わないところがある。順序が一致するはずというのはもしかしたら僕の思い込みかもしれないが、比較する系統樹の数を絞って再度検定をすると順序が一致するようになり、p値自体も変化し、結果的に最初の検定では棄却できなかった系統樹が棄却できるようになってしまう。

こういうことはよくあることらしいが、AU検定(あるいはCONSEL)の問題として、比較される系統樹の数とp値の挙動に何か良からぬバイアスでもあるんだろうか?

ちょっと論文を探してみたけどクリティカルなものが見つからなかった。

う~ん・・・

ミドルネーム

今朝見たら共同研究で2ndとして加えてもらった論文がPublishされてた。

http://www.springerlink.com/content/l2416016l7757185/

Open AcsessはAcceptになってから早いな。

今回英語論文に自分の名前を入れてもらうに当たり、ミドルネームを付けました。

僕は元来ミドルネームは持っていないので、自分で勝手に付けてしまいました(笑)

ミドルネーム付けたのは一つには一般に言われているみたいに自分の論文を検索するときに分かりやすくするため、もう一つは単に格好いいから(こっちが理由の大半を占めるが)

いろいろ考えた結果、母方の祖母の旧姓である浅野のAを付けました。一応祖母が言うには忠臣蔵で有名な浅野内匠頭の家系らしいんですが、家系図は空襲で燃えたみたいです。まあ直系の子孫はいないはずなので、良くて養子による分家筋とかでしょう。
ただ、祖母と母は毎年高野山の赤穂・浅野家の墓にお参りに行くみたいです。僕もそろそろ行ってみたいですね。



何はともあれ、業績となる論文が初めてできました。
最前線の方も最終調整版が先週送られてきたので、こちらももうすぐPublishされるだろう。


こっちは日本語なので、次は今チェック中の英語1st論文を出したいですね。

2010年11月28日日曜日

泣き寝入りならぬ泣き寝起き

朝っぱらからほんのりしょっぱい話を。

今日は午前中部活のOB会の総会が国際会議場であるので、これは絶対に遅刻してはいかん、と目覚まし4個くらいかけて備えていたわけですが、予定の時間より一時間近く早く起きることになりました。

以前飼っていた犬(♀)の夢をみたからです。

幸いにも彼女は大きな病気を患うこともなく(幼少の頃車に撥ねられて脚がおしゃかになって大手術をしたことはありますが)、天寿を全うすることができました。

でも、最期の時には僕は筑波にいて、死に顔に会うことは出来ませんでした。両親から連絡を受けてすっ飛んで帰省したけれど、その時にはもう火葬は済んでいました。

その前に飼っていた犬も僕自身はきちんと看取ってやることができなかったので、このことはずっと気がかりでした。それで、何の因果かは知りませんが、今朝は夢の中でその最期に立ち会うことが出来ました。

嬉しいやら悲しいやら、毛並みとか質感も本物を彷彿させるくらいのものでした。ただやっぱり元気な頃の姿ではなく、かなり年老いていました。死ぬ1年くらい前から呆け始めていましたが、夢の中でもそんな感じでした。最期の時も「ああ死ぬな」と(夢の中とはいえ)リアルに直感することが出来たくらいです。

死に顔はとても穏やかでした。ゴロッと寝っ転がってそのまま眠るように死んでいきました。両親から伝え聞いた通りでした。自分の見た夢だから当たり前ですけど。

その時には、上に書いた一代前の飼い犬も何処からか走り寄って来ました。迎えに来たのかもしれませんね。

夢の中では死ぬ直前まで、僕は何処からか彼女に似た子犬を連れてきて、彼女にけしかけて遊ばせたりしていました。これは何でかね、と起きてから考えたのですが、うちでは飼い犬は全部去勢手術を受けさせていたので、(犬や猫を飼う上では仕方がないことだと思っていますが)、子供が出来ない体にしてしまったことを心底では悪いと思っていたのかもしれません。


・・・まあそんなわけで、起きたら顔はぐしゃぐしゃ、二十歳過ぎた大の男が鼻水垂らしてなんとも情けない格好でしたので、二度寝することもなくきちんと起きて顔洗って歯を磨いて朝飯を食べて今に至ります。

いつも研究内容とかとは全く関係のないことを書いているのではありますが、 今回も夢の内容なんて1週間もすれば忘れてしまうので、つい感傷的にここに書いてしまいました。僕は日記付けないですし。(後で見返したとき「何でこんなことをあああああああああ」となるかもしれないけどww)

かなり自分勝手ではありますが、結果的には良い夢を見られたと思います。

 そういえば夢の中ではずっとこの曲http://www.nicovideo.jp/watch/sm5897869が流れてました。最近結構聞いていたので、もしかしたらこれがトリガーになったのかもしれないです。これはアレンジですが原曲も素晴らしい曲です。「みんなのうた」の上位陣に匹敵する名曲ですね。「数え歌」とかとあわせて子供に聞かせたい曲だと思います。


さて、そろそろ時間なので今日一日またがんばりますか。
心配だったApplicationの方もメールが返ってきて必要なものは全てちゃんと受理されたとのこと。なので、後は結果を待つのみ。Bursaryに受かるといいなあ。

2010年11月26日金曜日

不安

来年4月にあるイギリスであるTraining Course、そのApplicationを書いて先日submitしたのだが、自分で書いたものの他にsupervisorのサインが入った別刷りをfaxで送る必要がある。

それも月曜日に大ボスが確かに送ってくれたのだが、あちらさんから受領の知らせがまだない。
先にメールで送ったApplicationについては受領した旨を知らせてくれたので、こちらも何かしら連絡があると思われるのだが・・・


今日が締め切りなんだけど大丈夫かなあ。

2010年11月25日木曜日

あすはお別れ会@大将

Mティンがつくばに来てもう2カ月、11月30日にカナダに帰る。ということで明日の夜、送別会を行う。

なんと大人17名、子供(!)2名参加ということで、いつものぼくらのホーム(柳仙)では収容しきれない。

明日は金曜だし、柳仙は激込みだろう。そこに19名(含幼児)ではオヤジの機嫌はどうなるか予想できない。イレギュラーだが「大将」で送別会を開催する。あそこの料理もなかなかおいしいし、お値段リーズナブル。

来週には写真入りでレポしようかな。


Windowsさん有り難う(怒)

自宅でかけているMrBayesの解析、8コア使ってやっていたのだが、今日見るとコンピュータが再起動してしまっていた。

一体何の問題が・・・と思ったら
「更新プログラムのインストールが完了したので再起動しました(キリッ」
とのメッセージが。

こういうことしないように設定してなかった自分が悪いんですが、折角解析の方が上手く収束しそうだったのに・・・・心のダメージが・・・・Windowsこのやろう


なのでまた解析を再スタート。
実験室の双子も併せてかなりのコアを消費しているので、これが終わらんことにはシミュレーションの方のデータも満足に取れないんですが・・・


もういや (´;ω;`)ブワッ

2010年11月24日水曜日

セミナー終了

、、、疲れた。

こんなことを週2回も3回もやっている先生方、本当に尊敬します。
脇汗けっこう掻いたし。

ところでカナダのAJR先生にrevision連絡メールが送れない。
仕方ないのでJMAラボのG朗さんにお願いしてUSBでresponsesやmain textを運んでもらうことにした。
早いとこ片づけたい。

2010年11月21日日曜日

International

今日は晩飯をY吹夫婦と〇artin-Ra〇helペアとで中華だった。

大人6人子供2人の8人で座敷を予約。
そのうち大人2人は妊娠中なので妊娠していない4人でビールに中華を楽しむ。

そのうち英語の発音は難しい、という話になった。
というのも僕が〇artinの彼女の名前のスペルを知らず
「Ra〇helなのかLa〇helなのか」
と聞いたためだ。
チェコ人〇artinも発音の難しさに激しく同意していた。
Native speakerのRa〇hel曰く
「〇artinはTとThの発音が同じでよくわからない時がある」
そうだ。
例えばthinkの過去形thoughtをteachの過去形taughtと同じように発音するらしい。

それでも〇artinも僕もY吹も楽しく会話している。
〇artinなんてNative speakerの彼女もいる。
正しい文法で正しい発音をすることも重要だが、何より楽しさを共有しようという姿勢が大事。

研究と同じで会話も楽しけりゃいいのだ。
もちろん「正しく」会話できればもっといいが。
この辺りはもっと国際学会に出て、もっと多くの人たちと議論していく中でうまくなればいいなと思う。

ちなみに子供たちも最初は緊張していたが段々自由に遊び始めた。
下の子は最後まで〇artinやRa〇helの顔を直視できなかったが、上の子は最後
「Thank you」
と大人の真似をして話しかけていた。通じたかどうか分からないが、挑戦する心は褒めてやりたい。

I垣家も来る予定だったが子供の具合が悪くなり欠席だった。子供ができると予定外のことが急に起こる。
今度はぜひ参加を!!!

2010年11月20日土曜日

7のタスクバーとか付箋とか

昨日PCの1つ・adamをVistaから7に移行したが、デフォルトでは使いにくいところを改良し始めた。おもにデフォルトのタスクバーの設定が不満。adamはノートなので、画面はそれほど大きくないため、ここを効率よく使いたいのだ。

まず7のデフォルトではクイック起動がない。これまでXP、Vistaとクイック起動をランチャーとして愛用してきたのでこれがないとイラつく。7ではタスクバー内にランチャーを置けるが、これはクイック起動より、大きなスペースをとる。起動していないプログラムのアイコンまでタスクバーを占領するのは、スペースの無駄使い。

ちょっとググって調べて、クイック起動をタスクバーに組み込んだ。新規ツールバーとして、C:\Users\[username]\AppData\Roaming\Microsoft\Internet Explorer\QuickLauchを読み込めばいいだけ。Vistaで使っていたクイック起動の項目がちゃんとあった。

Vistaと比べ、7のタスクバーは大きく使い勝手は変わらない感じ。今日使ってみて気がついたいいところは、iTunesの再生・停止等の操作がプレビューの画面で出来るところ。あと、全般的にタスクバーの右クリックで多くの操作が出来るようになった。いいとこは、とりあえずこれくらい(か?)。

悪いところは、タスクバーのプログラム(起動中のもの)にマウスのポインタを置いたとき、プレビューしか選択できないこと。起動されているがファイルが何もオープンしていないときは、空ファイルのプレビューがでてくるが、こんなもん意味無い。classic表示にすればプレビューは出ないが、個人的に見た目がダサいからいや。Vistaでは確かAeroをきればファイル名のみが表示されたはず(Tabrisとmobile PCはそうなっている)。

PCで論文などを書いていることが多いが、複数のword documentsを開いているときにプレビューされても違いがわからない。このようなときには返って不便で、ファイル名だけを出してくれるほうがわかりやすい。プレビューにもファイル名は表示されるが、一呼吸遅い。

この点はもうすこし調べてみる必要がある。もしかしたら7のタクスバーでプレビューを切ることは可能かもしれない。あるいはファイル名が現れるタイミングをもっと早くできればいいのだが。

あと付箋は何かと便利なのでを使ってみたが、起動してもタスクバーに出てくんなよ。Vistaではガジェットだったんだからさぁ。無駄に付箋の上側部分(+とか×とかがある部分)がでかいし。調節可能(Cntr + Shift + )だけど、文字サイズもデフォルトではでかいすぎ。いまTabrisで使っているFreeのやつを入れるか。Vistaのサイドバーにあったやつでよかったんですが。

2010年11月19日金曜日

Vistaから7へ移行

研究室で使用しているPCをVistaから7へ移行し始めた。使徒シリーズで僕が使用しているマシン(アダム)も今日移行完了。

上書きで7を入れたが、途中iTunesをアンインストールせよとのお達しがあったが、めんどくさいので無視した。

この書き込みをしている現在7を使用中だが、iTunesもきちんと起動した。プレイリストもきちんと認識されている。あのメッセージは何だったのだろう。

とりあえずアダムをしばらく7で使用し、不具合などなければ、タブリス、mobile PCもVistaから7に移行しよう。いま触っているところでは特に7がいいという実感はないなぁ。



今週末は嫁不在、子供とつくばで過ごす。幸いあすは娘の友達のうちに(ほぼ丸1日)遊びに行くらしい。ありがたや、ありがたや。まあ先週は、同じ友達がほぼ丸1日うちに遊びに来たので、あいことなる。

kids不在中を最大限利用し、家の掃除、現代生物学論文のレスポンス書きをするってばよ!

refereesのコメントへの反論を書いていると、自分が無敵に思えてくるのはどうしてだろう?妙にテンションが高くなり、「俺はか~な~り強いっ!」てな精神状態になる。



自分へのお誕生日プレゼントとして、多重人格探偵サイコ(14巻)、とでんか(1-3巻)、三つ目の夢二(2巻)を買ってしまった。完全にアマゾンの思う壺・・・ サイコから芋づる式ですべてが大塚英志がらみ。というか、自分の歳でこんなもん読んでいていいのかと、今愕然とした。世の同年代は何を読んでいるのだろうか。ビジネス関連とかか。それだったらこっちだって英文論文いくつも読んでるけど。

そういえば大塚英志はバーツク大卒業だと始めて知った。とでんかの主人公もバーツク大卒業生という設定。設定では「学園都市大」になってるけど。



早いものでもうAYくんがD論の予備審。今日練習があったのだが、忙しくて欠席。ただ本人曰く「グダグダ」だったらしいので、まあいいか。彼のことなので、本番までにきっちり仕上げてくるでしょ。

2010年11月18日木曜日

ほう、わからん

マクスウェルの悪魔に引き続き今度は反物質ですか。


http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature09610.html


反物質は物質と正反対の性質を持つものです。反陽子とかだったら電荷が逆なわけですね。


反物質は自然界にほとんど存在しておらず(誕生した直後の初期宇宙において、物質と反物質の寿命の差があり、無限に近い回数の対生成対消滅を経て物質しか残らなくなったからと言われてる)、人工的に造るしかないんですが、もしこの反物質をすぐ消滅させることなく扱うことができるなら、例えば深宇宙探査機なんかのための非常に効率の良いエネルギー生成機関を作りだすことも可能らしいのです。



ただ、こんなことしてるといつか物質と反物質の衝突によって凄まじいエネルギーが発生し、地球がパーンてなる事故なんかが起こりそうで怖いんですが・・・人工ブラックホールに対する恐れみたいに。


しかしまあ、かがくのちからってすげー、ですね。

なるほど、わからん

大分寒くなってきた。
今年は全国的にすごく寒くなるとの予測なので、筑波の方も自分が過ごしてきたここ5年間で一番寒くなるのではないかと思われる。

個人的には寒いのは大好きなので、これで早いうちから雪でも降ってくれればなあと勝手に希望している今日この頃である。


最近家のPCもフルに使って解析をしているのだが、こんなのを1週間も続けたら電気代が急上昇しそうで怖い。とりあえずは実験室のPCも併せてこんなにコアを使うのもこの解析で一通り終了なので、多少の代償には目を瞑ろう。

共同研究とシミュレーションのデータが一通りそろったら、今度は凍結していた方の仕事をやりたいねぇ。データベースからひたすら配列をとって片っ端から解析するのもまた面白そうだ。



そういえば、最近ちょっと話題になっていたのでこの↓論文をちょろっと読んでみた。

http://www.nature.com/nphys/journal/vaop/ncurrent/full/nphys1821.html

情報をエネルギーに変えるというのはともすれば永久機関の開発にも繋がってしまうわけだが、今回のは粒子の状態の測定(=情報)にエネルギーを使っているので、完全自律のエネルギー機関を作ることにはならない。だからこそ熱力学第二法則が崩れずにすむんだが。あるコメントでは「これはマクスウェルの”悪魔”ではなく、マクスウェルの”商人”である」とあったが、これは言い得て妙であると感じた。ただ、情報をエネルギーに変えるという概念自体を実現したことは、さらに効率のよい(特にナノレベルでの)エネルギー生成機関を作ることに大いに役立つだろう。まあ詳しいことは全く分からんのですがね(爆)物理学は難しいのう。


あと、これもあるコメントだが、
情報はエネルギーに出来る→エネルギーは質量に変換できる→だとするなら魂には重さがある・・・?

これは考えてて面白かった。・・・だとするならば、魂という情報あるいはエネルギーを霧散させずに肉体という器に留めているのは何なのだろう?


分からんと言えば、ナポリタンTHのhard以降が全く分からん。easyは自分で解けたんだけどねぇ。lunaticも一応自分なりの答えは得たのだが、絶対落とし穴がある気がする。


こういう論理の問題を一日中ずっと考えたりするのもすごく楽しそうだ。

2010年11月15日月曜日

サンプリング。

久々の投稿(2回目?)で、投稿の仕方がよくわからなかった。

iphoneより画像を抽出した。これもやったことが、あまりなくてよくわからなかった。でも、普通の外付けハードだと気付いた。

そんなこんなで、画像貼り付けます。うまく出来てるか心配です。ボスの初(?)サンプリング記念です。

したっぱの僕がするべきでしたが、少し段差があり怖かったので辞退しました。

2010年11月13日土曜日

できた。。。

ようやくデバッグ終了。


とりあえずは少数のreplicate設定で動作確認。outputもおかしいところなし。


今は空いてるコアを全部使って本番の解析を走らせたところ。結果が楽しみである。
月曜日までに終わるかな〜。

ベイズも月曜までに収束しているといいんだが。


そろそろ帰ろう。

なにこれこわい

コード書いてるとき往々にしてあることだが、


「なんかわからんけどこの記述を足せば動く」


たった今この経験をしたばかりである。

一連のルーチンの最後の一部分だけがなぜか実行されない。

どう見直しても何が原因でバグってるのか分からない。

しょうがないので最後の部分だけぶった切って同じようなルーチンを別の場所で改めて記述すると、ちゃんと動く。


なんじゃこりゃ。

言語自体のバグなのか、はたまた自分がまだ分かっていないだけなのか?


まあでも動いてるからいいや。結果に根本的に影響を与えるものじゃないし。過程で出力されるファイルを見ても正常だし。


作業が大幅に遅れちまったぜ。

2010年11月12日金曜日

サンプリング

今日の午後はMティンとサンプリングに出かけた。車を出してくれたのはMちゃん。

まずDaystown傍に開店した活龍のつけ麺で腹ごしらえ、というか腹パンパン… 開店セールでつけ麺は500円、大盛りもお値段そのまま。ただ大穂の活龍の大盛りよりさらに多かった(泣)

その後土浦線を土浦方面に進み、道路わきのレンコン畑でまず泥のサンプリング(写真参照)
その後筑波山方面に行き、TN君の実家近くの大池、さらにその傍のswampにて泥のサンプリング。ぼくはこのときの写真はないが、Mちゃんがもっているはず。

その後大学に戻り兵太郎池でも泥を取った。ここは嫌気じゃないけどnovelなバグがでてきた実績があるので。

きょうは天気も良く、サンプリング日和だった。

2010年11月11日木曜日

学生さんはお金が無い

海洋堂製のマザーレギオンのキットがヤフオクに出ていた。
かなり完成度の高い作品だし、自分の大好きな怪獣の一つであるのでぜひ手に入れたかったのだが、競ってるうちに3万円を越えそうになったので苦汁を飲んで断念した。

さすがに生活を捨ててまで手に入れることはできない。働いてお金を貰っている身でもないし。

すっごい残念だが、またの機会ということにしよう。レアキットだからまたの機会があるかは分からんが。

あ〜あ、欲しかったなあ・・・


まあとりあえず、ちゃんとお金が貰えるようになるよう、業績をあげるよう、今を頑張りましょうということですね。


今日は今までオークションの経過を見ながらシミュレーション用のコード書き。
3週間くらい前の、しかも未完成のものなので最初「おれ何書いてんだ?」と分からなくなって戸惑ったが、何とか整理して大体半分位のところまできた。

明日にはコード自体は書き上がるだろうが、デバッグでどこまでもたつくかは分からん。
前のコードの転用が多いからそこまでめちゃくちゃになることはないと思うが・・・

2010年11月9日火曜日

Algae in the cells of salamander

改造後のPeggyさん、穴を開けたところをガムテープで塞いだ(Gとか入ってくるのを防ぐため)のがなんとも貧乏くさい。
その代償といっては何だが、昨夜からベイズ解析を6コア使って走らせており、今CPU温度を計測したら60℃前後で安定している。CPUファンとしてはまずまずの効果でしょう。

僕が筑波にいる間は現役で頑張って欲しいものだが、なんか一年後の今とかにはリアル10コア以上のプロセッサがお手頃価格で手に入れられそうな気もする。そういうの見ると買いたくなっちゃうんだよねぇ。

とりあえず、DC1もし取れたら(ぜってー取るけど)、ラボメンバーの意向にもよるがクラスタを買いたい、というのが夢。



まあそれはそれとして、タイトルにも書いたが、ちょっと前にNature newsに出たのだがサンショウウオの卵に共生している藻類が、実は細胞内にも共生しており、細胞内ではその藻類の周りにミトオンドリアが集まっているそうな。


脊椎動物と藻類の細胞内共生としては初の例なので、これはかなり面白い発見であると思う。


DalのR.Kという人が筆頭著者で、今in reviewらしい。AuthorsにAHが入っていたから、彼に聞いたら詳細を知っているのだろう。兎にも角にも論文が出てくるのが楽しみである。

2010年11月7日日曜日

家でも解析

IE9 betaではなぜかこのブログに書き込みが行えなかったので、ブラウザをOperaに変えたorz 
IE9結構さくさく動くから気に入ってたんだが・・・正式版で直るかなあ。


先週金曜日にPeggyのメモリ増設とCPUファンの交換(元はインテル純正でちとCPU温度が気になった)を行った。

メモリ増設は簡単だがCPUファンの取り替えはRNA取る並にかなりデリケートな作業だし、自分でやるのは初めてだったのでヤトロさんにお願いすることにしたが、結局うち担当の人も初めての作業(汗)だったので二人で試行錯誤しながらやった。(結果的には上手くいったよ!)

Hyper 212 plusは性能はいいのだが取り付けがかなり面倒だった。マザボ外すのの怖いこと怖いこと。

取り付けには成功し動作もちゃんとしているのだが、ケースの幅が足りなくて閉められないという結果に・・・まあこればっかりは実際に試してみんとねえ。

解決策としてファンの出っ張り部分だけケースに穴を開けることした。若干不細工になるが、元々排気孔になってた所を拡げるだけだし、そんなに埃臭いところに置いてるわけではないので問題はないだろう。

ともあれ、これでCPU発熱の対策もバッチリ。マザボは元々ASUSの最高級。メモリ容量は18GBのハイスペック(?)マシンにすることが出来た。そこそこ大規模な解析もこれで対応できるだろう。

ケースの穴開けはヤトロさんにお願いしたので、月曜日までは中身スカスカ(一応代わりのフタはしてるが)状態なので、Peggyは動かしたくない。さらに双子さんはベイズ解析をフルフルでやってるので余裕がない。


ということなので、他に予定していた解析を自宅のGhidorahでやることにした。

単純にConstraintの樹を20個ほど作って検定するだけの解析だが、どうもCygwinでRAxMLを走らせるとPeggyよりもかなり遅く感じる。

確かにCPUのランクは下がるが、Core i7 870のクロック2.93GHzだからそこまで貧弱じゃないし・・・

gccのバージョンの問題もあろうが、やっぱり32bitなのが一番でかいように思う。

しかしなあ、64bitにすると家庭用のPCとしての汎用性が下がるんよね。

Linuxとのデュアルブート? それもねえ・・・
解析やりながらいろいろやりたいのよ。それを考えると今の環境がベストなんだよねぇ。

まあ、作業自体はコマンドファイル作って自動化してるから、1,2日ほっときゃいいわけだし、ちょっとしたベンチとして見てみることにしよう。

そういえばRAxMLのマニュアルを見返してみたのだが、知らなかったことが多すぎた。例えばBootstrapする時の-uオプションとか、ただ7.0.4のやつなので最新版で出来るかは知らん(爆)

主要な系統解析プログラムのマニュアルは一回しっかりと読んでおかなくてはならんなあと
感じる今日この頃である。というかガチ読みしとかんと。

2010年11月5日金曜日

授業行かなきゃ・・・

Dropboxがサービス期間中でinvite一人につき全員に無料で利用可能容量250M増加らしいですね。

あとでメール送ろう。セキュリティ云々の関係で自宅から大学へSSH出来ていないので、少なくとも自分は利用価値があるので、知ってる人に加入してもらって6GBくらいには増やしたい。


またこちらが本題ですがビデオ流出来ましたね。
深夜で寝ていたから投稿された元動画は保存できませんでしたが、他のユーザが連鎖的にうpした動画は保存できました。全部で6分。


この動画を見る限りあちらから衝突してきたことが明らか。
まあ本物だろうけど、社会において「本当のこと」というのは集団のmajorityによる認識なので、この動画の真偽についても情報操作で大分怪しくなってしまうでしょう。ていうか現政権(とマスゴミ)は絶対ごまかすだろうし。デモについてもきちんと報道しなかった例があるし。

肝心の逮捕シーンがなく、それで現在中国にいる船長の顔でも写ってたらかなり確度も上昇するでしょうけど、「オリジナル」は抹消されてしまったのかなあ。

ともあれ、これらの一連した動画群に対する削除行為がどの程度の速さでどの程度の規模で行われるかというのもこのサンプルの真価を計る基準となるだろう。

間違っても「ああこれくらいのことか」と思うのではなく、これを機に、例え「これは捏造だ(キリッ、とかノーコメント()」とか言うのなら、じゃあオリジナル出せよ、ということが追求されなければならない。


そして一番重要なことは現政権が国防(+その他諸々全部)に対する意識がどんなに低いか、あるいは意図的に低くしているのか、ということを世間に知らしめることです。

国会中継は毎日帰宅後に見てるけど、最近のやつらの対応は目も当てられない。

野党気張ってくれ。

2010年11月4日木曜日

高いよ

↓間違えた。5コアだった。なのでフルコアだと ナギッ ! 並みにもっと早くなる。
恐ろしいものだ。

今日授業中に来年あるトレーニングコースの申し込み条件などを見た。

今月末締め切りで今からapplicationを書くが、費用が参加料+宿泊+食事込みで1540ポンド、現在の円相場で大体20万くらい。

これで+旅費となるので・・・・ぐ・・・高いぜ・・・

大ボスは何とか公費で賄えるよう遣り繰りしてくれるらしいが、なんとかbursary(50%off)を取りたいものだ。


実現すれば初の海外遠征だが、行けるといいなあ。

ゲロ速ベイズ

Peggy(core i7 960)でicc11.1を使ってコンパイルしたMrBayes.

MPI版で現在フルコア使って解析中だが、LSUの40 taxa 1200 bpのデータで100万回して大体概算して3時間くらいで終わる。 はや

いろいろ

双子ガチフル解析
 
双子さん現在ベイズ解析のためフル回転中。MrBayesを本格的に使うのは実は初めてだったので、2~3時間くらいマニュアルやら関連資料を見て解析の設定を絞った。
 
MCMCMCでの各鎖の温度設定や組換え効率などは、どのくらいのデータに対してどのくらいの設定をすれば(時間も含め)最適なのかまだ経験不足なので分からんが、今回の結果を見てMLと比較しておかしいところがあったらパラメータの設定込みで確認せんといかんねぇ。
 
共同研究での解析はあと樹形検定をやったら一通り完了かな。論文になるのが楽しみだ。
 
 
 
未来都市
 
 
動画↓
 
 
これすごいねぇ。なんかSW EP2のクローン工場のある海上都市みたい。
2025年完成を目指すらしいが、技術面も当然ながら政治的配慮からもいざこざがあるだろう。頓挫しなければ楽しみな計画だ。ある国保有ではなく国際的施設とするなら、むしろFF8にあるみたいな海上研究機構みたいな専門機関を作ってほしいなあ。こんなところで研究したり、老後を過ごしたりというのも一興かもね。
 
 
 
系統解析プログラミング
 
 
以前Mティンと飲んだときにPhyML_CATでPhylogenomicやったらメモリとか実行速度とかえらいことになったfu○k!といってたので、PhyML_CATのソースコードをぼんやりと見てみた。PhyML3.0はソースコードにMP用の記述があるのでMPIバージョンがビルドできるがそもそも元が同じなのだからCATの方でもこの記述を追加できんもんかねぇ?
 
需要はあると思うのだが(Bootstrapとか)、もとからその機能がないということは実質的にむずかしいか面倒くさくてやる気がなかったのかプログラムの設計思想にそもそもその考えがなかったのかのどれかだろう。う~ん。
 
 
そういや最近D言語のv2.0が出たみたいですね。
D言語はC、C++とかの実行速度を犠牲にせず、PerlやPythonの簡潔さを取り込んだもの(要は全部入れればよくね?)という、よく言えばCの後継、次世代の統合的な言語であるが、多機能でありかつ効率的であるということの両立はよほど言語体系の作り方がしっかりしてないとかなり難しい。
 
ともあれ、どれくらいこの言語に期待できるかについては一度試してみたいところである。
今から勉強して、いつか自分が系統解析のプログラムの処女作を書くときにチャレンジするのも面白そうだ。CやC++より早いソフトが作成可能な言語である(になる)のならばいいのだけれど・・・ 並列処理とかにも対応してんのかな。
 
 
さて、明日明後日は終日集中授業だ。何でこんなに授業が多いかね?
受けている身としては就活にも特に活用できそうなところもなし(自分はやんないけど)、ドクター行くにも単位なんざ研究室のセミナーくらいにして、あとは実験室に籠もってればいいと思うんだけどねぇ。
 
 
 
 

2010年11月2日火曜日

うれしい知らせ

今年春からNIESでポスドクをしているTN君、海外学振内定

おめでとう… JMA研で働けるというこのチャンスを無駄にせず、さらに業績を積んでほしい。

珪藻の仕事はデータ取りは、今年度中に済ませないと。

2010年11月1日月曜日

MrBayes on 64bit PC

Mrbayesを64bitを走らせると、コンパイルとかmcmcを走らせることができるが、sumt(sump?)したときにあぼーんする。

どうもこれは32bitが64bitになったことで生じる問題らしいが、これに関する解決策も公式にある。


やるのは簡単で、patchファイルをソースコードのフォルダにファイルを入れてパッチを当て、コンパイルしなおすだけ。これでちゃんと動くようになる。


MrBayesはほとんど使ったことがないので分からんかった。早速実験室のPC三台で再コンパイル。放散虫解析の前に解決できて良かった。


さて、今日は今から明日の発表のスライド作らんと。



10分しかないしオーディエンスも学生や他分野の教員とかが主だし、自分の英語力じゃその条件でシミュレーションの「研究発表」するのは無理なので、まあイントロをしっかり説明して、後はポスターを見てねという形にする。(そもそもそんなやる気なry)


今週は授業ずくめだ。めんどくせー

2010年10月30日土曜日

学振

昨日C葉ちゃんから連絡を受けた。
彼女はDC2に通ったようだ。

しかしPDはまだ予算の関係上結果があいまい。一次審査で不採用の場合のみ決定で、のこりは
「12月下旬に採用、補欠、不採用の連絡をします」とのこと。
ほぼ何も決まっていないに等しい。

予算が決まらないのなら、DCではなくPDの結果を優先させたほうがいいのではないかと思う。将来の不安はPD候補者のほうが大きいはずだから。

2010年10月29日金曜日

整備終わり!

やっと終わった。

やはり三台がかりはきついね。まだScoreを使ったクラスタ構築とかはあるが、これはまあ急務ではないので時間があるときに試そう。上手くいったら使えるPCを全部つなげちまうかな。


今回ソフトウェアのコンパイルはGCC4.5.0及びICC11.1で行った。Peggyの方のプログラムはiSGv2.1.0とPhyloBayes以外すべてiccでコンパイル。PhyMLもGoogle Codeからソースを取ってきた。PhyloBayes系はGCCでも乱数生成のコンストラクタが見つからないといって動かない。ググっても簡単には解決策がわからなかったので、とりあえずはバイナリで我慢している。

ただ、前のFedoraの環境ではコンパイルできたんだけどなあ。GCCのバージョンによるバグか、なんかのライブラリが足らんのか・・・う〜む


あと、MrBayesはOpenMPIの1.5(latest)とは相性が悪いらしい。LDのPATHなんかを弄くってみたのだがむりぽだったので1.4.3を使うことにした。OpenMPIはやっぱりICCでコンパイル出来ない。なぜだし。


ICCによる高速化は詳しく調べるつもりはないが、まあ早くなったらいいね、ということで。


今は放散虫の再解析中。これが終わったら愛しの我が家に帰れるぜ〜

地獄の夜ですた

現在研究室のPC三台を整備中で、急ぎでやってるので泊まりがけで行っている。


昨日も大学に泊まったのだが、二時くらいに床についた(?)のに全然眠れなかった。
一昨日寝過ぎたせいか、目がギンギラギンで1時間くらいしか寝てないように思う。

寝てるときも睡眠がかなり浅く、寝たのかどうかすらも怪しいほど。


さらに寝たと思われる時間帯でも変な夢ばっかりみた。


1,蛇がカエルとかネズミを食う *グロ注意 な夢

2、NI先生にコンピュータルームに連れて行かれて、80年代ぐらいのPCを使ってプログラミングの課題を解かされる夢。夢の中でもすこぶる眠かったので、回答欄に適当に7桁くらいの文字列を書き、理由に「キブン」と書いて見事単位を落とした。

3、いながいさんに生物学オリンピックみたいなのの説明を学校の窓ガラスに油性ペンで殴り書きしながら教えられる夢。どうやって消すねん、と突っ込んだ記憶がある。


まあそういう訳で、現在身体がガタガタである。

完徹よかマシだが、恐らく夕方くらいまでしか保たないだろう。


それまでに整備を終わらせなければ。そして明日はぐっすり寝て整体にいくんだ。

2010年10月28日木曜日

ゴスロリ

まあなんて寒いのだ。Mティンでさえ、「寒い」というくらいだ。勝手なもので、あれだけ暑かった時にはそろそろ寒くなってもいいなんて思ったが、いきなる寒くなると文句を言いたくなるものだ。kamiさまが書いていたが、なにも秋をすっとばすことないのに。

Mちゃんは、S本研メンバーとオフィスをシェアしている。そこに服装がゴスロリの女子が1名いるらしいのだが、今日は初めてゴスロリ装備の彼女を目撃した。なるほど…

MティンとAYくんは深海底泥の粗培養をしているのだが、なかなかいいヤツが現れない。半月型のサガミはウジャウジャいたが、今まで誰も見たことのない新しいやつがほしいのだ。お願いします(祈)

あばば2

ifortなくてもOpenMPIのconfigureはできるが、なんかmakeでこける。

・・・なんじゃろ

あばば

Intel Compiler でOpenMPI v1.5 をビルドしようと思ったら、Fortran用のコンパイラを買っていなかったorz

う〜ん、MPIもICCでコンパイルすればさらに計算が速くなると思うんだけどねぃ・・・


しょうがないから、OpenMPIはGCCでビルドして、mpiccを使うときにC compilerとしてiccを使うように指定するかなあ。


RAxMLのシングルスレッドのはちゃんとビルドできたけど、これでどんだけ変わるかね? 一応プロセッサはいいやつ(i7 960)なので、CPU用に最適化すればかなり高速化できるとおもうんだが・・・

2010年10月27日水曜日

計算が合わない

今日は奥様の誕生日。

「別に年取って喜ぶ年齢でもないし、、、」
などと仰っていたが、いざ何も祝わないとなると機嫌を損ねることは確実だ。

帰りは雨+寒さという日本の四季の一つであるはずの秋をすっ飛ばしたような天候であったため、Mっちゃんに送ってもらった。
申し訳ないな~、という気持ちもあり、奥様用のケーキを買う際、

「Mっちゃんはどれにする?」

と先輩としての優しさを計算高く出してみた。
すると予想外の発言が、、、、


「XXXX(名前忘れた)を2つ」

2つ?

もう一度書こう。2つ?

お前一人やろ!


その後相当しつこく「誰と食べるんや!?(そしてなぜおれが相手のケーキまで買う?)」と問い詰めたが

「ややこしいんで、今度話します(ニヤニヤ)」

の一点張り。その「今度」を覚悟しておけ!!!


現代生物学に論文が通るまでは書き込みしないと誓っていたが、今日の件は結構インパクトが大きかった。仙台JSEP初日の夜に感じた衝撃を思い出した。

2010年10月25日月曜日

Reminder:フォーラム終わってからの~柳仙会

みなさま本日はつくば藻類・プロティスト研究フォーラムです。

16時から総合A棟公開会議室にて、kamiさまの後輩の千葉さんが講演します。

そして柳仙にて自由討論会が19時から は・じ・ま・る・よ ~!

kamiさまは家庭の事情で欠席です。残念…

2010年10月24日日曜日

みwなwぎwってwきwたww

週末は自宅に来たNEW PCのセッティングに集中し、久しぶりにGeekな時間を過ごすことが出来た。OSについては汎用性を考慮して32bitを選択したが、それでもWindows7の速さ、軽さを体験することが出来た(やっぱVistaはよほどダメだったのね)。

試したかったRecombinationのプログラムも導入することが出来たが、Cygwinの設定で少々躓いている。

とりあえずCygwinはOpenMPIとは相性が悪いようだ。代わりにMPICH2を入れたが、LAMにしたほうがよかったかなあ。

また、しょっぱなからgccが使えなくて困ったが、これはgccの再インストールで解決。デフォルトのヴァージョンが4.3.4だったので、せっかくだから4.5.1にするべと思ってやってみたらRAxMLがコンパイルできない。オウフ

そんでもってgcc4.5.1導入の際コンパイルを成功させるためにいろいろオプション付けてやってみたもんだから、4.3.4の設定に戻すことが出来なくなり、結局現在Cygwin自体を再インストール中。orz

あと、最近は私生活ではちーともいいことがなかったが、ここに来て研究面でようやく調子が上がってきたようだ。

INDELibleの設定を製作者のアドバイスどおりSuper LBにすることで先に書いたシミュレーションの問題は解決できた。で、この設定が現実的なのか、ということについてはソフトの妥当性を前提とした上でまあ結果論でいきましょということにし、推定値を見てみたら、かなり面白いことが分かった。意外ではあったが、理論的に考えてみると全く矛盾はない。さらにデータを取れば、今までやってきたシミュレーションの発展形として、これまでの通説にメスを入れるような結果が得られるかもしれない。

最初はマニアックだなと思っていたが、もしかしたらもっとgeneralなものに昇華できるかもしれない。


そろそろ来年あるTraining courseのApplicationを書き始めなければいけないが、とりあえずたちまちコードを書く上での障害はもう無いと思われるので、今週前半にでも集中してコードを書き上げちまおう。 

2010年10月22日金曜日

八方塞がりからの脱出?

INDELibleを使ってコドンモデル(non-homogeneous)の配列生成を行いたいのだが、どうもうまくいかない。

ちゃんと(置換が極限状態に収束したという意味で)コドン頻度が変わっているなら、出てきた塩基配列におけるAT含量に差が出るはずなのであるが、これをNHモデルでやったときにうまく再現できない。


INDELible以外のプログラムを試しても全然だめで、最終的に四方八方壁にぶち当たって立ち往生の状態になってしまったわけである。


これはもう作者に聞くしかねぇということで、INDELibleの作者(ZYかと思ったら違ってた、すんません)に先ほどメールを送ったら、30分ほどで帰ってきた。

レスポンスが早いというのはホントに心の底からありがたいです。


作者曰く、プログラムにバグはないとのこと。

解決策としては、枝長(現在1.0)をもっと長くしたら?10位に。ということらしい。


最初は10!?と思ったが、そもそもコドンモデルでシミュレーションするときには枝長と置換数の計算方法が塩基の場合と違いが出てくるのかもしれない。


これで枝長を伸張し、期待した結果が得られたならば、これについて理論的に説明する必要があるだろう。そこは大ボスの知恵を借りるべ。


ともあれ、まずは上記のセッティングでやってどうなるか、折角自宅にNew PC(名前はGhidorahにした)が来たので、こちらをセットし、初仕事としてこの解決策を検証してみよう。

うまくいけばいいなあ。

2010年10月21日木曜日

MANA占有

現在私がマナを8コア占有して、おベイズ解析をしています。ボスから頼まれた解析中。

のこり27時間ほどの予定。ただし、このrunで解析を終了できるかどうか不明。


2010年10月20日水曜日

ギチギチです

やっぱソファで眠るとちょっと身体が痛いなあ。今回はいつもより多めに睡眠をとったから特に。


そうだ寝袋を買おう。


あと、歯ブラシ忘れたのが痛かったなあ。
口が気持ち悪いので、誰かにチャリンコ借りて買ってこよ。

2010年10月19日火曜日

TFさまさまです

TreefinderではDAYHOFF-coding用のモデルが使えるみたい。

塩基、アミノ酸も使えるモデルが多いし、今回のシミュレーションには最適だねw


コドンモデルでの解析にはPAMLを使うか、作者同じだし、INDELIBLEとも相性がいいだろう。



あとは配列データをコドンポジションごとにコーディングするのを自動化するスクリプトが一番労力がいるかな。でもこれは前に似たようなの書いたし、多分大丈夫だろう。



よっしゃ、書くべ。

2010年10月18日月曜日

最近忙しい

先週の金曜の午後は学生実習。そのあと停電でオフィスから締め出しを食らった。運転免許書の入った財布がオフィスにあったのだが、今日の朝まで回収できず。おかげで週末は運転できず。おまけに今日は授業が2連ちゃん。

書けん悲の一つ(一番力を入れているヤツ)の目途が立った。土曜日のBBQ後、kamiさまがうちに泊まり、二人で課題名やアイディアを出し合い、ようやく研究目的、研究計画の第1稿があがった。これからまたブラッシュアップする… 他人の人生を(部分的にでも)背負うのは、やっぱ責任重大だと感じる、今日この頃。

BBQのときにはkamiさまは頭痛薬を飲んだので、酒を飲まなかった。ただうちに来てから冷蔵庫に会った缶ビールをすべて飲みきった。逆にBBQで酒を飲んでいたぼくは、夜はお茶しか飲まず。

こちらは素面だったが、kamiさまはしたたかに酔っ払い、ひさびさに色んな話をした。大学にいるときはやっぱ仕事の話が多いからさ。ただ、「フラフラするからもう寝ます」といって寝床に入り、しばらくしたらトイレでゲロンパしていた。

翌朝聞いたら、「気がついたらトイレにいて、全部吐いてすっきりした」とのこと。


全然ブログを書く余裕がなかったが、長崎のフォーラムはなかなかだった。とくに会場からのコメントが激辛で笑った。「その研究、いつやめるんですか?」とか、「大金使って出てきた成果がこれだけですか。もうやめたらよろし(大阪弁)。」などなど。ボクの発表はあまりにアウェイすぎで、とくに斬られず。まあkamiさまのあのデータを話して斬られることはない。大御所の先生に、「これから毎回きてください(大阪弁)」と言われたが、まあお世辞でしょう。こちらも毎回寄生虫ネタがあるわけではないし。

あ、今書いている書けん悲が通れば、4年間くらいはネタはあるか・・・

あと、ゲノム支援に要請していた援助が採択された。TsukubamonasのミトコンドリアDNA、決めるぜ。ちょうど記載論文に対するコメントが来たし。どちらのreviewも好意的。JAMSTECの航海から帰ってきて、落ち着いたら、Akiがrevisionを始めるはず。

記載論文でやった5遺伝子で詰め切れなかった系統的位置も、Mティン+Akiのコラボphylogenomic解析できれいに決めるつもり。まだこれはHalifaxサイドには提案していないけど問題ないはず。

色々書いたけど、書けん悲が終わったらkamiさまの論文のrevisionが最優先。忙しいぜ。

2010年10月16日土曜日

Happy Birthday Martin !

今日は仕事帰りにKami様とM本さんとMKと一緒にあさひやに飲みにいった。

食べ物が美味しく、結構安かった。

ビールも美味かったみたいで、MKのお気に入りになったみたいだ。また来たいと言っていた。

途中Kami様にお子さんから電話がかかってきたが、Kami様は丁度ログアウトの時間帯で、寝ながら話をしていた。  なんと


あさひやでお開きになった後は、「梅酒が飲みたい」というMKと二人で自宅の近くの380's barに行った。ここはメニューが全て380円なので、結構安上がりなのだ。


梅酒も結構種類が多かった。彼は百年梅酒が気に入ったみたいだった。


途中Phylogenomicに対するソフトウェアの問題点や、チェコ式ギャンブル(大富豪みたいなものだがルールがかなり複雑であんまよく分からなかった)の話や酒の話を交えつつ、今まで飲んでいた。


今日(10/16)でMKが30歳になるとのことなので、店の人に頼んでちょっとしたお祝いをしてもらった。

12時きっかりに、お皿にチョコでHappy Birthday Martin! とデコレーションしてもらったものを出してもらった。

MKも喜んでくれたみたいで何よりである。



さて、明日はBBQなのであるが、相変わらずセミナーの準備が終わっていない。やべ



明日早起きできるかなあ。。。

2010年10月14日木曜日

Opportune Speciality Journal?

ジャーナルのImpact factorをなんとなく見ていたら、今まで気がつかなかった良さげなジャーナルを見つけた。

Evolutionary Bioinformaticsという雑誌http://www.la-press.com/evolutionary-bioinformatics-journal-j17。

2005年から発行された比較的新しい雑誌で、Open access,  IF=1.889, Editorial Decisionまで(HPによると)三週間くらい。

取り扱ってる分野をみると、自分がやってる研究分野にガチ当たりのクリティカルヒットしている。バックナンバーの論文を見ても、自分的に目を引く論文が大部分を占めている。

reviewer は、JFやZY,PL,HS,HK,DP etc...とその分野の名だたる強豪が多い(そういう人しか分からないからなのだろうけど)。

自分のやってる分野の専門誌として、かなりマイナーなものでも投稿できるんじゃないだろうか? ProtistologyにおけるEukariotic Microbiologyみたいな(?)

今やってるシミュレーションはかなりマニアックなものだから、もしこれを上手く形として纏めることが出来たら、チャレンジしてみたいなあ。

発作が・・・

授業のレポート書くために論文二報読まなければならないのだが、それよりもシミュレーションのためのコードを書きたい。

しかも頭の中で大体設計図が出来上がっているのでなおたちが悪い。


あああ、疼く!

2010年10月13日水曜日

シミュレーションの一般性

今日はおもしろいデータが取れたので、そっちに夢中になって予定していたレポートのための論文読みをすっ飛ばしてしまった。やっぱりプログラム動かしてデータを取ったりする作業は一番自分の性に合う。やってる間がすごく楽しいのである。

ともあれ、レポートは金曜日が締切りだし、セミナー用の資料も読まねばならないので、帰ってから論文を読むことにする。


シミュレーションの結果は、詰めるとかなり面白そうだが、あまりにマニアックな感じで「一般性」というのが求めにくい感じする。

勿論方法論としての専門性も追求されなければならないのであるが、シミュレーションを行う際には、常に「設定(背景)が現実的であること」がまずもって必要不可欠である。実際に~という問題がある(または現実的に起こりうる)という前提で、それを解決するために数値計算によって実験をするのがシミュレーションの意義だからである。(解決策の模索ではなく、問題そのものの重要性、普遍性を調査するためにシミュレーションを行う、というのも勿論あるが)


今回のシミュレーションで言えば、配列データにどんな問題があるか、ということはある程度一般化はできるだろうが、使っている方法がマイナーなものなので、今のままでは結果や考察がしょぼくなってしまう。(自分のラボの近くの)大抵の人にとっては「ふ~ん、で?」で終わってしまうだろう。


要はオ○○ーで終わっちゃいけないということだね!うわなにをするやめr


・・・したがって、この実験で次に求められることは、「配列データの取扱い方」という観点のもとに、設定に合う中でいろんな方法を試し、問題としていることがどれだけ影響を及ぼし得るか、ということを検証することだろう。


とりあえずは、より多くの手法を試すために、配列生成の方法を変えることにする。

来週セミナーが終わったら、メインの解析と平行してやり始めようかな。

うひょう

何だこの結果わ!?

2010年10月12日火曜日

英語でおk

来週セミナーで発表が当たっているのだが、メインの解析があまり進んでいない(今日ボスに頼んで実験室のPC用にもOSを買うことにした。Linuxとdual bootする。早めにやっときゃ良かった)ので、論文紹介にすることにした。論文の内容を他者に分かりやすく説明することができて初めてその内容を理解したと言える、というのはあるのだが、正直論文紹介は難しいし知らない人にはつまんないし準備がメンドクサイし、俺だけ理解してれば良くね?、というのが本音だし、出来るなら自分の研究発表をしていろんな意見を貰いたかったのである。読みたい論文も溜まっていたからいい機会ではあるけれど。

とにもかくにも、自分のやってる分野では興味を持って話に食いついてくれる人は少ないと思うので、なるべくgeneralな議論をしようと思う。

今回やるのはESの論文2本を題材にしたものだが、ちょろっと見た限りでも論文全体に数式が散りばめられており、パッと見ただけでは何言ってるか分かんない。
統計学者が書くと、こういう論文になるんですね。

ISEPの時AJRが「He has a big brain.」といっていたが、そんなオーラがバリバリ感じられる。

まあ頑張って読むことにしよう。


メインの解析が燻っているので、今日は共同研究の解析と平行してシミュレーション絡みで少し気になっていることに関してデータを取った。

結果としては、予想には反するが理論的には説明できる、といったところ。これからもうちょっと詳細に調べる必要があるだろう。上手く行けば、更に発展させて纏めることが出来るかもしれない。



そういえば、日経LinuxによればMomongaのメジャーアップデートがあったらしい。日本製のDistroとしては一番面白そうなので、Windows OSの導入がてらちょっと遊んでみようかな。

2010年10月9日土曜日

ナンテコッタイ

10月、厄月決定。

今日(昨日)の朝、自宅用のデスクチェアが来たが、座部と背もたれをジョイントするためのネジ穴が歪んでおり、組み立てることが出来なかった。要は不良品つかまされた。


メーカーに確認してみると、交換用のパーツの在庫を確認しますと言われ、3〜4時間待たされたあげく(イラッ)、「在庫ありません」(ムカッ)、おまけに同じようなクレームが立て続けにあるので、パーツ取り寄せしてもちゃんと組み立てられるか保証が無い(ブチッ)。

もう速攻で返品することに決めた。


あと、さっきまでせっせとメインの解析用のデータを作っていたのであるが、いざ新しいデータをサーバに放り込もうとすると、あちら側で問題が生じたらしく現在サーバが落ちてて復旧中。


\(^o^)/


もうやる気が完全に失われた。




なんか最近落ち目だな。




ま、その内運気も上昇するだろう。この前もそうだったし。




研究でも娯楽でもいいから、なんか大当たりこないかな〜

2010年10月7日木曜日

長崎なう

現在ホテルでお仕事中。なんかいろいろあってさ。書けん悲の時期の出張は切ねー。


眼鏡橋(写真1:眼鏡になってないが)のそばで食事をした。そこでは刺身盛り合わせ、牛かん(和風だしで味付けした牛のつみれ)、おじやを頂いた。

ちょうど今日から長崎くんちで、眼鏡橋のそばに南蛮船の山車が(写真2)。子供たちが山車に乗っているのだが、南蛮人の格好(ニッカボッカを履いて、チューリップ帽子を被っている)で太鼓をたたいていた。かわいい。

商売をしている家(商店とかレストランとか)の前で泊まり、ひとしきり演奏するのだ(写真3)。

明日からのミーティングはひさしぶりの超アウェイである。


ふう•••

(#^ω^)ピキピキしながらPCの注文内容を見直し、業者も変えてたった今ヤトロさんに注文した。

1〜2万くらいの完全娯楽の買い物だったら別に今回みたいなことになってもムキにはならんが、10万以上の買い物、データ解析にも必要とのこともあり、かなり心がささくれ立ってしまった。AYさんにもPCを使わせて頂くことになっているが、結構大きなデータを扱うことになるので、あまり他人のPCは使いたくない(僕が逆の立場だったら嫌だから)。あくまでメインの解析は自分で頼んだPCでやって、学校で追加で解析をやりたいときに使わせて頂くに留めておきたいのである。

今度頼む業者は学校法人や官公庁相手に広く商売してる業者なので、信頼がおけるだろう。多分。
「営業日一週間以内に必ず納品」とあるので、今度はそんなに待たなくていいだろう。これでまた1週間以上待たされたら僕の精神がストレスでただじゃ済まない。

まあ、この話題についてはもうこれで終わりにしよう。



そういえば作業中に本日(昨日)の衆院本会議の代表質問を聞いた。谷垣さんの代表質問はかなり好印象だったと思う。外交、国防、財政について的確にポイントをつき、かつアグレッシブに責めていたと思う。外国人参政権や国家公安委員長に反日がいること、民主の党員に外国人がなれることなども突いてほしかったが、その点は後続の稲田議員がとても辛辣に、爽快にやってくれたので良かった。尖閣諸島事件その他諸々を含め、もう民主党に政権を担う資格は無い。別に自民党が「絶対的に」いいとは言わないが、リサイクルできる廃品と焼却処理確定のゴミくらいの違いはあるだろう。失礼ながら。


しかしながら、スッカラ缶の最後の超短距離ブーメランには笑った。

稲田議員「自分の言葉でしゃべれ!」
缶「官僚作成のペーパーを読むのは、答弁漏れを防ぐのにも重要だ!」

これが最後っ屁だったが、答弁終了後、缶再び壇上へ

缶「すいません答弁漏れありました。」

並のバラエティより断然面白い。

ともかく、これからの委員会などでの論戦を見守りたい。

2010年10月6日水曜日

てめえこのやろう

あまりにも頼んでいたPCが来るのが遅かったのだが、その理由が判明した。

ヤトロさんの方でもあまりにも遅すぎるので確認したところ、「そういや注文して貰ったGPU在庫なかったわ。もう一回注文し直してwww」←かなり悪意のある言い方だが今現在頭が沸騰しているので仕方ない。

とのこと。上述の知らせは勿論ヤトロさんに送られていなかった。

嘘だと言ってよ! バー○ィ!




いや、本当に勘弁して頂きたい。今やってるメインの研究にも使うんだぞそれ、それ来ないと進められんのだぞ? 絶対に許さない、絶対にだ


ヤトロさんを責める理由は勿論無いし責めるつもりも毛頭ないが、PCの業者の方はちょっと信頼が置けなくなった。



もう一度、違う業者で注文をし直すことにする。



あ〜あ、もう。最悪。

2010年10月5日火曜日

英語のMM

昨日MKに桜のショッピングセンターを案内し、9時ごろ家に帰ったらそのまま床に突っ伏して今日の10時半頃まで寝てた。とってもすっきりした。
基本的に寝すぎてもそれだけ体が疲れていたと思うことにしているので、あんまり時間がもったいないと思うことはない。何より身体(と金)が資本である。



昨日JDRに送った検定結果についてのコメントが帰ってきた。「レビュアーの望む通りの検定だし、期待していた通りの結果なのでおk」とのこと。

これから彼の原稿に加えるM&Mの部分を書くが、revisionの期限が来週までとのこと、多分M&Mで検定のことを書くだけなのでそこまで時間はかからないと思うが、藻類学最前線と同じ轍を踏むのは避けたいので、直ちに執筆に取りかかる。


が、今日は今からMK歓迎会in柳仙なので、とりあえず全力で飲み食いしてくることにする。
体力バッチリだしね。
今日は二次会あるのかな。

さてさて

昨日は「but」とかぁ、「however」の使い方に混乱した一日だった。

まあいいや(投げやり)。今日も忙しい。うっかりしていたら長崎出張も近づき、スライドも用意しないと。

それにAJRから原稿も戻ってきた。今からそれを見る。

あ、シーズンなので書けん悲もやらねば…

2010年10月3日日曜日

I need money!

お金がない・・・

自業自得といえばその通りなのだが。
奨学金が入るまでの間の繋ぎとして、何とかカネを作らねばならないのである。

新しいデスクトップはまだ来てないが、とりあえずMac bookはあるので、今まで使っていたdynabookを売っ払うことにした。データのバックアップは取ったし、特に支障はないだろう。

というわけで昨日ケー○デンキまでPCを持っていたのだが、

「一律100円でお引き取りします(キリッ」

と言われ、絶望の縁に立たされたわけである。

緊急措置として細々したものを代わりに売却し、もういいやこのまま何とかなるだろ勢いでいっちゃえとか思いつつ、他に高く買い取って もらえる所がないか探してみた。

んでソフマップの買い取り情報を見てみると、

「買い取り上限4,9000円也」工エエェェ(´д`)ェェエエ工

 まあ二店の間で中古商品の売買に対する力の入れようが違うからこうなるのだろうは思うけど、危うく大損こくところだったぜ。


休日はメインの解析を進めるつもりだったが、予定を変更して柏のソフマップまでPCを持っていくことにした。修士学生は研究と勉強に心血を注がねばならないが、そもそも注ぐための血肉が無ければ話にならないのであって、要は人間カネがないと何もできないのである。


No money, No research. である。

付属のOfficeCD-ROMとかが無く、どれだけ減額されるか心配だったが、結局4万円で買い取ってもらえた。やったぜ!

そういえば、柏に出発するときラボに向かっているボスとMKに会った。
MKはボスに負けじとデカかった。

彼は僕の自宅の近くに住むみたいなので、近く日本酒や焼酎でも持って遊びに行ってみたいなあ。


今は夕ご飯を食べた後、ラボでJDRの解析を設定を変えて再度やっている。
時間があればメインの解析のための配列データを集めようと思う。

Temporarily single!

今朝、嫁さんが子供たちを連れて実家へ帰って行った。
空っぽになった家を見ると、子供たちが脱ぎ捨てたパジャマが目に留まる。
つい昨日までは一緒にいたのに、無性に懐かしい気分になった。











あっ、ちなみに別居とかではなく、友人の結婚式に出席しに行きました。
子供も同伴のようなので、せっかくの結婚式が台無しにならないことを切に願います。

というわけで僕は今日から3週間ばかり一人暮らしになります。
早速ラボへ行って実験、実験♪

westernをしてみるとほしいバンドがちゃんと出る。抗体は働いているようだ。
これで次の実験へ進める。

明日明後日は〇artinの大学案内と理研から来るKIさんとのミーティング。
水曜日から抗体精製でも開始するかね。

2010年10月2日土曜日

Toilet his hair

MKくんが自宅に滞在しているが、子供たちの反応が面白い。

昨日の晩は、MKくんがシャワーを浴びている間、子ザルが「Mティンにトイレの場所を教えてあげたいから、英語教えて」というので、嫁が「トイレ、イズ、ヒアっていいなさい」と教えた。

子ザルは「トイレ、イズ、ヒア」と繰り返し練習していたのだが、そのうち「トイレ、イズ、ヘア」に変化し、最終的には「トイレ、ヒズヘア」に変わってしまった。

結局「トイレ、ヒズヘア」って言ってたけど、MKくんはちゃんとトイレの場所を判ってくれた。


今日はマンションのカギを取得、お金もゲットし、必要な生活用品を調達した。来日初めての週末を一人、ワンルームで過ごすのも寂しすぎるので、今日もうちに泊まる。

2010年10月1日金曜日

MKくん到着

MKくんがカナダから到着した。AYくんと成田に迎えに行き、今晩はボクの自宅に泊まっている。

明日はマンスリーマンションのカギをもらいに行き、色々入居の手続きや、日常品の買い出しなどしなければならないだろう。

さすがに長旅の疲れで、すこしビールを飲んだら寝てしまった(いまトイレに起きたけど)。

これから2か月、色々楽しみである。



これ以外にもいい知らせがあったが、これはもっときちんと決定したらここに書こうと思う。

\(^o^)/

今日は藻類最前線の原稿を提出した。

自分のミスでいろんな人を急がせてしまい、結果的に締め切りも延ばしてもらうことになってしまった。今度からは余裕を持ってやりたいと思う。

一応第1著者をもらったが、あれよあれよという間に初期の原稿は跡形も無く消し飛び、結局自分がやったのは引用の修正とか細かいところになってしまった。

最初だからしょうがないとは思いつつも、次はもっと「自分の言葉」を残したいとも思う。

なんにせよ、かなりバタバタしたし、まだ編集の方からの校正も残っているが、一段落ついてほっとした感じだ。

あと残りの時間琉球大のJRから依頼がきた検定をやった。結果としては特に問題ないと思う。検定の仕方の細かいところに個人的に気になるところはあるが、そこら辺は他の人とも話して、問題なければそのままでもいいと思う。

来週にはデータと方法や解釈の概要をあちらに送って、メソッドなどを論文に付け足すことになるだろう。

次の業績はこれになると思われるので、今度はこちらを重点的にがんばりたい。


メインの解析はまだPCが来ないので足踏み状態だが、土日に今までやってた解析方法でいくつかデータを試してみようかな。。。

フォーラム告知

第13回つくば藻類・プロティストフォーラムが開催されます。

日時:10月25日、午後4時から
場所:バーツク大総合研究棟A110公開講義室

スピーカーは、以下の2名。

上田昌弘氏(阪大):細胞性粘菌Dictyostelium discoideumに学ぶ細胞内の確率的なシグナル伝達の仕組み

千葉洋子氏(東大):初期生命の特徴を残す絶対独立栄養性水素細菌のアミノ酸代謝


千葉さんはkamiさまの後輩です。京都で飲みに行ったが、あれはkamiさまの学位審査のときかぁ(随分昔の気がする)。また将月や樽八に行きたい!

2010年9月28日火曜日

・・・遅い

今日は英語の授業で論文紹介をやった。

やったのは5月に自然に出たUCAの検定についての論文で、読んだ限りでは若干「ナチュレにしてはなんかインパクトが薄いな」という感じだった。各たんぱく質の配列が独立したトポロジーを持つことも教養して、もうちょっと大規模な検定を行ったかと思ったのだが。

とりあえずMH先生の反論?のコメントが近々出るらしいので、どのような感じになるのか楽しみにしたい。

このデータセット以外でも、よりFlexibleなモデルを使ってこのような検定をやってみたいとか思いながら発表した。

・・・ところで、ヤトロさんに頼んだPCがまだ来ない。かれこれ一ヶ月くらいになるのだが、未だに商品出荷の連絡が来てないようだ。

一応営業日8日以内に出荷って書いてあったんだけどなぁ。即納オプションつければ良かった。

今週残りは最前線の原稿の仕上げや、集中授業やJ.D.Rさんからの依頼の解析をする予定だからまだ必要ではないが、新しくデータを解析したい&そのためのソフトがWindowsじゃないと動かない(多分ノートじゃ無理)&かなり多くのデータを解析するからやっぱり自分のPCでやっときたい、との点から早く来ないかなといい加減焦れてきた所である。

時間がかかるのが唯一の欠点かな。

今日は今からチェックしてもらった原稿の修正。やっぱり上の人に目を通してもらうと、自分じゃまだ全然ダメだなと痛感する。当たり前だけど。何を取り上げ、重点的に議論するのか、そこら辺がまだ分からない。

この原稿や、シミュレーションの論文を通して、少しでもそういうところを吸収していきたいと思う。

とりあえず、昨日はほぼ徹夜の状況だったので、今日は久しぶりに栄養ドリンクの力を借りねばならぬかもしれない。

2010年9月27日月曜日

MK来日前書類提出だん

今日の午後Fedexが届き、その内容を事務に提出した。これでMKくん来日前に行うべき仕事は全て終わったと思う(切なる希望)。

来日後提出しなければならない書類もいくつかあるので、その準備をしておこう。

あとヤツを日本で「捕獲」したら、半強制的にノビノビになっていることをやらせなくては。データセットを取り上げたり、KT君の論文の原稿を書かせたり(笑)

今日がスパコン共同利用中間報告会だと思っていたら、明日だったか・・・ チェッ・・・ さてPC持って出かけますか。

2010年9月24日金曜日

10月5日は柳仙の日

関係者のみなさま

10月1日にはMKくんが来日します。また来る10月5日午後には、理研横浜からKIさんが打合せにいらっしゃいます。そのままKIさんはLab meetingにも参加します。

というわけで、5日は柳仙でひさしぶりの自由討論会を開催することにします。MKくんの歓迎会という意味もあるので、盛り上がりましょう。

そうそう10月1日以降、少なくともMK君がいるときにはラボ内公用語は英語となります。


やれやれ

ついに、ついに、MKくん来日に関連したレターが出来たらしい。今日カナダからFedexしてくれるはず。来週には手続きにケリをつけるぜ!って、来週にはMKくんが来日するんだけど。

今日から嫁がいない。明日金曜日は子ザルの幼稚園は給食ではなく、お弁当の日。きっちりタコさんウィンナーを作ってやるつもり。

今日は一日雨降りで大した外出はなし。kamiさま論文の直しと、センター英語パンフレットに載せる自分の略歴(CVなのか?)を書く、というタスクを行った。あと洗濯と3度の食事の準備もやったけど。主婦は大変だわ、と毎回思う。

2010年9月22日水曜日

題が思いつかない

とにかく暑かった。今日は月曜日の授業があったのだが、教室は30度以上、その中で講義するのはマジつらい。グッタリである。個別冷房はあるのだが、なぜか効かない。

1か月ちょっと前に「真核的微生物学雑誌」にAYくんの論文を投稿していたのだが、今日manuscript centralを覗いたら、「AEのrecommendation待ち」というステイタスに変わっていた。あの雑誌は最近editorial processが速くなってきた。

この論文は新しいexcavateの記載論文なので、AEはexcavatesの「アノヒト」である可能性が高い。でも彼は10月1日に来るMKくんの書類の件で忙しいかもしれない… すぐには査読結果が返ってこないかもしれない…

まあMK君の来日手続きについてはいろいろあって気がもめる。おしゃべりではダダ漏れなのだが、誰が見ているかわからないここに詳細を書くわけにもいかない。

「ネットは一番自由度のない媒体」みたいなことが、「ネットはバカと暇人のもの 現場からのネット敗北宣言」(中川淳一郎:光文社新書)に書いてあったが、その通りだと思うことが多い。日々思ういろいろなことは、ここに書くことがはばかられるものが多い。

ま、暇なときにくだらないことを書きこんでるだけだしで、ブログやツイッターで何かをアピールする気もさらさらない。だからこれからもこんな感じで。

2010年9月21日火曜日

買ってて良かったDesktop

Recombinationの検出関連で新しいソフトウェアを探してみると、サーバ上ではなく自分のマシンで動き、5個くらいののRecombination検出用のプログラムがパッケージとして利用できるものがあった。

やった! と思ったらマニュアルを見るとWindowsでしか動きません。

うちの実験室にはWindowsがない。

アッー!

となりそうだったが思い返せば自宅に4コアのDesktopマシンを頼んでるんだった。月頭にたのんで納品がまだだったのですっかり忘れていた。


頼んでおいてよかった。とりあえずYAさんにもマシンを使わせていただくよう頼んだが、解析は自宅マシンで主にやることになるだろう。

「家でも仕事」の第一段になるだろう。

ペギーと双子(右)はしばらく共同研究の解析に勤しんでもらおう。

マシンがくる前に、適当に新しいデータセットをつくっておこう。といっても未だ良さそうな例が見つからんのであるが。

マニュアルも鬼長いのでちゃんと読まねば。う~ん

2010年9月20日月曜日

ドキドキ•••いや、なんでもない

9話は一番キツかった。軽く鬱った。

けど「キツさ」と「いわゆる本物」的要素の質がだんだん変わってきている気がする。
なんちゅーか厨二臭くなってきたというか。。。

それさえも伏線ならば感心するんだが。

とにかく他人には確実にお勧めできない作品ではあるな。



データセットの解析はオフラインでやったのは終わったが、サーバに放りこんだのはまだ終わらない。明日のミーティングにギリギリ間に合うかというところかな?


このあと資料を作って、新しいデータセットを作るのは明日になるかねぇ。

YI(おお一緒)さんのデータは現在モデル選択、最尤系統樹構築が終わってブートストラップ解析中。これは明日の朝までには終わっとるやろ。

RAxMLでML TreeにそのままBP値を書き込めるのは便利と感じた。

さて、このところ季節の変わり目のせいか、妙に目覚めが悪い。今日も正午過ぎまで全然集中力が無かった。なるべく早寝早起きを心がけたい。

枕とマットレスも変えたいなあ。

2010年9月19日日曜日

データセット作り

5月に出たMEGAの最新版(MEGA5)は最尤法の解析もできるようになったようだ。樹形探索はどの程度まで使えるようになったのだろうか? あとMPIで解析はできるんかな。

その他にもConstraintかけて系統樹構築とか、MUSCLE使ったアライメントとか色々総合的なことができるみたい。

が、まだベータ版。早く正式リリース来ないかな~。


今日は実験室でサーバにぶち込むデータセットを引き続き作った。


今まではそこそこノイズがなければコントロールのデータセットとして使っていたものを、今回は条件をもっとシビアにしてデータを絞った。

多少普遍性には欠けるが、AICcを統計基準として使う際の配列長とパラメータ数の限界や、単純な計算時間などを考えるとコンパクトにせざるを得ない。


ともあれ、今調べている遺伝子についてのまとめとしては、クリアなものが出来ると思う。

明日はM本さんの暗号論文と最前線の原稿のチェックを済ませて、出来れば新しい遺伝子のデータセットを設計したい。


余談だが作業用BGMを流すときにデスクトップPCよりMac Book Proの方が音が良かった。やっぱりサウンドカード入れないと質が落ちるのね。

夜戦

・・・あと、50個ほどデータセットをつくって・・・解析をかけて・・・


ね、眠いぞ・・・

2010年9月18日土曜日

宝の山 だといいな

今日は今やってる研究で使っているソフトウェアの元論文を読んだ。


簡単に言うと配列データに対して、Break pointを含めたどのモデルがいいか、というAICcを基準とした最適化問題にアプローチするものだが、検証するモデルの数が多いのでそれを遺伝的アルゴリズムを使って解こうというもの。


久しぶりに集合論的な表現が出てきて、ど忘れしてたのでちょっとビビったが、案外すんなり読めたと思う。遺伝的アルゴリズムに対しても少し勉強できた。


後はsite-to-site rate variationの考慮の仕方が特殊?みたいなのでそちらの元論文も読む。
あとは根本的な所の基礎も曖昧なところがあるので、そこも補完しとかないといけない。

今までのデータのまとめと、追加のデータも取りたいので、三連休はちと気合を入れてやらねばならぬ。最前線の原稿ももっとブラッシュアップしないといけないようだ。


データベースを覗いてみると、何だか何かありそうなファミリーは発見できた。まとめるものをまとめたら、早速こいつでデータセットを作って解析をしてみたい。当たりだといいが、果たしてどうなるやら。


データベースではある程度データがまとまってくれているので、豆鉄砲ガン打ちも比較的やりやすい。外れても埋もれている宝箱がきっとあるだろう。

2010年9月16日木曜日

むごい


午前中凄い雨だったが、バーツク大の総合研究棟Bのそばは恐ろしい強風だった。冬のダル・タッパーBldg傍程ではないけれど。

そんな悪天候の中、SRさんとあうために出かけたのだが、大事に使っていたお気に入りの傘が破損… 細い骨が折れるとかはよくあるけど、ここが折れますか?

新しい傘、買わなければ。あれだって安モンではなかったのに。

かめ〇めは大王

今日の筑波山のふもとは豪雨。
お山の神様が相当お怒りのようだ。

そんなこんなでまだ家にいる。

風が吹いたら遅刻して~
雨が降ったらお休みで~

2010年9月15日水曜日

そげぶ

                       ヘ(^o^)ヘ いいぜ
                        |∧  
                     /  /
                 (^o^)/ てめえが分類群を何でも
                /(  )    思い通りに出来るってなら
       (^o^) 三  / / >
 \     (\\ 三
 (/o^)  < \ 三 
 ( /
 / く  まずはそのふざけた
       幻想をぶち殺す


元ネタ見てカッとなってやった。
特に深い意味はない。反省はちょっとだけしてる。

2010年9月14日火曜日

先生のご指摘

涼しくなってランニングが出来るようになってきた。

ランニングは「ループ」という筑波大をぐるっと回る約4kmくらいのコースをゆっくり走るのだが、このときに色々考えながら走るのが楽しい。30分くらいかかるが体感的にはあっというまである。


大体考えるのは自分のやってる研究について。明日はこれをやって、今週の目標は・・・とかいう具体的なことを考えたりもすれば、いまやってるデータ取りやらがゆくゆくは一本の論文になって、あんな雑誌やこんな雑誌に載ったりしてうへへ みたいな妄想をすることもある。

もしかしたら他人からみたらすこぶるキモチワルイ顔をしながら走っているのかもしれない。


今日は、自分のシミュレーションの論文についてMH大先生からの助言(質問?)について考えた。

最初はそんなに問題のあることではないかな、と思っていた。実際今回の研究に関してはとりあえずレビューで何も言われなければスル―するつもりだし、それで大丈夫だと思う。

しかし、先生の言われたことをよくよく考えてみれば、それはそれで面白い題材になりそうなものだった。

丁度それに似たようなことを次にやろうと思っていたので、今回のことで方向性がかなり決まった感じだ。


MH先生は自分の経験上から今回の指摘をされたとのこと。やっぱり主張が自分の「経験」に基づいている人のいうことはとても説得力があると思う。この分野の第一人者であるならばなおさらだ。


まだ直にお会いしたことがないので、ぜひとも一度じっくり話をしてみたいものである。

2010年9月11日土曜日

iPodの音質改善

「ゆめにっき」の動画を流しながら昼寝したら頭がちょっとイカレそうになった今日この頃。

オーディオプレイヤーとしてのiPod touchはWalkmanに比べ大分音質が下がるとの話だが、タッチパネルの操作性の良さと、なにより3000円ほどで電子辞書のアプリケーションが入れられることでオーディオプレイヤーと電子辞書を合体できるのは魅力である。

ジャックで直刺しではなく、ドック接続経由でイヤフォンを繋げばwalkman並みの音質が得られるとのことだが、電池消耗が激しくなる(2/3程)のと、何より金がかかるので、音楽ファイル(ビデオも)のエンコードを工夫すればどの程度になるか試してみた。

一応イヤフォンはApple のIn-ear Headphoneを使用。

結果的に、CDから取り込んだ音楽に関してはサンプリング周波数とビットレートを出来る限り最大にした場合(44100Hz, 320kbs)ならば、Walkman(AW-845)と比べてもそこまで酷くはならない。

さすがに低音域の表現は落ちるが、音のクリアさなどについては気になるほどの違いにはならない。

だが、マイナーな曲でwebから落としてきた音楽となると、もともとのファイルのビットレートの問題があるので、元から音質があまり良くないものに関しては決定的にレベルが下がる。

Walkmanではそこそこ聞けていたものが、iPodでは音がカサつく(主観的表現)。これについてはまあどうしようもない。犠牲として片づけるしかないだろう。


ビデオについても同じ、映像と音楽両方に関してfpsやビットレートに気をつけておけば、そこそこ良画質良音質のものが楽しめるだろう。

その分容量は莫大に増えることになるが、32GBだとこの問題もクリアできそうだ。

しかしながらiPod touch使いやすいなあ。二年ほどはこれとガラケで持たせた方がいいという結論に至った。スマホは自分にはまだ必要ではない。



ちなみに明日は引っ越しだ。部屋が変わるだけだけど。

部屋が一回り小さくなるので、今から捨てるものを選別する。
明日はY崎、Y村に手伝ってもらう予定。

体調不良

ノルウェーから帰国後、体調が悪い。首が痛いし、鼻づまりで寝るときつらい。歳のせいか。

そんなせいか引きこもりがち。大学に行っても、極力オフィスから出ないようにしていた。

今週すこし考えさせられたのは、学生の学会発表についてである。ある人曰く、「参加費を払えばだれでも学会で発表できる」というのである。これは正鵠をえていると思うが、学生の学会発表を業績としてどのように評価すべきなのか。

ある人(さっきと同一人物)曰く、「参加費を払えばだれでも学会で発表できるだから・・・」というのである。つまりそれほど評価はしなくてもよいのでは、ということである。

でも逆に「参加費を払えば学会で発表できるんなら、やれば?人前で話す練習にもなるし。」とも考えられる。これをさらにプッシュすれば、「やればできることをしないのは怠慢じゃん?」とも考えられる。

まあどちらが正しいかわからないし、正解はないだろう。ぼくは「やればできること(学会発表)をやった」学生は、やらなかった学生よりは評価すべきだと思う。

人前で自分の研究を話すのは、どのレベルであれ役に立つことだと思う。まとまった話するには、データや論理を見直さなくてはならないし、これまでの研究を振り返り、纏めるという意味は大きい。つまり今、ゴールまでの距離を自覚するチャンスである。

こんなことを書くのも歳を取った証拠だろう。

2010年9月9日木曜日

大当たりの日

昨日30個ほどのデータセットを作ってサーバーにぶち込んでおいた。

今日見てみたらまだ全部の解析は終わっていないものの、終わってるデータセットの中でも5,6個ほど「いい」結果が得られた。残りの怪しいものも、違うプログラムを併用すれば是か非か判断が付くだろう。

今調べてる遺伝子に関しては、メインに言いたいことを支持するデータは十分に得られるだろうと思われる。

追加でやるデータに対しても、文献を調べてみたら都合の好さそうなソフトウェアがあった。

とりあえず今まで出たデータをまとめて、休日中にでも関連論文を読んで、来週中には追加の解析ができるだろう。

今んとこは順調というところじゃろか。


これからどうなるかは、追加の解析がデータの選び方も含めスムーズにいくかがキーになるだろう。まああくまでも慎重に、だねぇ。


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研究以外の戦績

Y吉さんが五人増えた。
買い物の返済余裕です本当に有難うございました。
やっぱり俺とK次との相性は抜群だのう。始めて3回転で当たった時には我が目を疑った。

何だか九月に入ってから運気が上がった気がする。大事なとこで落ちなきゃいいけど。

Sexy results!

先々月の半ば頃に返ってきた「現代生物学」への審査結果でのコメント、

~の実験も追加しなさい。
~に興味があるので、、、もするべきだ。
etc.
etc.

に対し、やれる追加実験は一通り終わった。
大きな実験は2つだけだったが、どちらもD308ラボに移ってきてから初めての実験だったので、器具や試薬の調達に時間がかかってしまった。
そして通常であれば

「DNase freeかつRNase freeかつProteinase freeのガラス容器」

を使って慎重に行うところも、

「過酸化水素水で軽く拭いて、RNase inhibitorで軽く拭いて、DEPC水で軽くすすいだブルーチップ容器のふた」

で代用してみた。

「シェイカーインキュベーター」

も無いので

「無理に温度を上げた普通の乾燥機に入れ、数分に1回手でグニグニする」

という事もした。



「物があって、すぐに誰でも使える状態」

は確かにすばらしい。
でも僕は、

「物が無いので、工夫して代用品を作り出す」

に面白みを感じることができた1カ月半だった。



結果はすぐに共著者の皆さんにメールで送ったが、その返事がカナダのAJR先生から早速届いた。
Very sexy and beautiful result!

自分でsexyな結果なのは分かっていたが、やっぱ他の人からもそう言われるとさらに嬉しさが増す。
残った仕事は論文の改訂だ。
実はこちらのほうが大変かもしれない。。。

2010年9月8日水曜日

リモートデスクトップの利点

A.C.C.Cでリモートデスクトップが使える。


何か特別なソフトウェアが使えるわけでもないので、リモートデスクトップ自体にあまり利点はないのだが、これを使うと学校の回線でネットが見れるので、家で見れない論文を見ることが出来る。

オープンアクセスでない論文もリモートデスクトップで落としてきて転送すればオッケー。やったお^^


論文探しをするのは楽しくてかなり好きなのだが、自分に馴染みのない分野の論文を探そうとすると苦労する。


それらしいキーワードで検索するも、出てきた論文を見ても「なるほど、分からん」

今はバクテリアゲノムでのパラログにいい例が無いかを検索中・・・

恵みの雨というべきか

台風が関東直撃コースに入ったということで、外の雨足も強くなってきた模様。

が、九州人からすればこの程度のものなど熱帯低気圧の域を出ないという感が否めない。

毎年この時期は運動会が頻繁に行われるのですが、九月後半になってくると連日の如く台風が上陸してくるので準備もままならなりませんでした。

「ちょ、また生まれたのかよ!? (号的な意味で)」という感じ。

上陸の仕方も右なのか左なのかで大分被害が違ったなあ。


と、関東に引っ越してくるとあの凄まじい雨風が懐かしくも思えてくるわけです。

なにはともあれ、雨が降って気温が下がったのは良かった。ただ土日には台風一過でまた気温がうなぎ上りになるらしいですけど。。。

秋雨前線が早く来い。

明日は午前中整体に行くので、早めに過ぎ去ってくれるといいのですけど。

2010年9月7日火曜日

データがッ!出るまでッ!

(コマンドを)打つのをやめないッ!

数打ちゃ当たるの原理で片っ端からデータセットを作ってサーバーに放り込む。

配列長、配列数はそんなに大きくないので、ある程度データセットが増えても大丈夫だ。

ただデータセットの作り方は、範囲を広げると色んな可能性が出てしまってこんがらがってしまうので、今まで得られた結果について考えられる仮説を一つずつ検証していくように作っている。

今かけている解析の結果が出れば、ある程度見解を固めることが出来るだろう。

しかし種内のRecombinationはかなり出てくるのに、種間では今のところ解析のブレ以上のものは確認されない。やっぱりレアイベントなのだろうか。


双子(右)の解析も最後のブートストラップ。

明日はいいデータが沢山出ることを切に願う。

是非もなし

現在行っている解析はWebサーバ上で出来るので、家帰ってから解析をかけようとしたら、メモとか肝心な資料を忘れたのでデータセットが作れなかったorz 

明日まとめてかけることにしよう。

結構データが集まってきて、堅い結果も幾つかゲット出来たので、あともうちょい実験してみてから一度データをまとめようと思う。

JAMSTECから送られてきたデータは現在双子の右をフルに使ってフルに解析中。明後日くらいには終わるだろう。それにしても、ブートキャンプでLinuxを入れてからはシステムがかなり安定した。OSの相性が良かったかな?


それはそうと、弁当屋で注文を待っている間新聞を連日見ていると、代表選の話題しかのぼらない。なんか候補者両氏の支持率もコロコロ変わっているし、バラエティのノリに近い。


ま、どっちがトップになっても変わらんのでしょうけども。

カァンは演説で偉そうなこと言ってる暇あんなら景気対策しろよ、お前現職の総理大臣だろ。まあ雇用雇用と言う割には乗数効果も知らん人が出来ることも限られているんだろうけども。
一説にはカァンが円高に対して何もしないのは消費税を上げるためだとか。
円高で不景気→「税収ないから消費税上げるしかないよね?しょうがないよね?」という目論見。
んで上げたら何事もなく円安に変更。
このくらいのことは余裕でやれる程の国の財力はあるらしいんですよね。
というか赤字国債ヤバいとか言ってるけど、官僚談ではその赤字国債分返済できるくらいの貯金も蓄えているのだとか。まあ「あるない」と「使える使えない」ひいては「使う使わない」は別問題ですが。

オザーさんも剛腕なのは政局だけ。この期に及んで「海兵隊は要らん」とか「無駄を省いて財源捻出!」とか言ってるのがいい証拠。海兵隊については単に大陸方向に向かってジャンピング土下座したいだけだろうし、来年度の概算要求の額の実際を見てもこんなことが言えるというのが信じられない。


強いて言うなら「カレー味のうn<自主規制><自主規制>味の<自主規制>」どっちか選んで食え、というとこですね。


が、一番問題なのは「この選挙が日本国民のみの手で行われるものではない」ということ。

投票権をもつ民主党員に、何故か参政権を持たない外国人でもなれるという、滅茶苦茶な状態があるわけです。それでその違法な状態でこの国のトップが選ばれるという。ありえん。

しかもこの問題に対する官房長官のコメントが
「あ、マジで?今日初めて知ったわwwサーセンwwww」
なのだからたまったもんじゃない。
http://sankei.jp.msn.com/politics/situation/100906/stt1009061201011-n1.htm

せめてこの代表選が衆院解散総選挙に結びついてくれるといいのだが。

リーマンショックの時と違って、お花畑の無能か金と自己保身に必死な無能が権力の座にしがみつくだけなら、一回政局をばらした方がいいと思うんですがね。

2010年9月6日月曜日

QSK

訳:Q(急に)S(資金が)K(来たので)

ISEPの経費が早めに支払われたので、色々と買うことが出来た。

↓最近の買い物事情

・イス
実験室用のいす。今までリサイクルしてきた社長椅子を使っていたが、いささか堅いのとハイバックではあるが首までサポートしてくれないので、新しいのに買い換えた。社長室は松本さんのオフィスに持って行った。
イスに関しては妥協はできない。長時間デスクワークしたとき、俺の首がストレスでマッハになった時の無気力と苛立ちとささやかな憎悪の入り混じった精神状態を考えれば、少しでもいいイスには座りたいものである。


・Mac book pro
買っちゃった(笑)。持ってるノートがポンコツになってきたので買いたかった。タッチパッドの操作性とバッテリの耐久力を考えたらMacがいいというのが自分の中での結論だ。13インチでSSDにしてみました。さすがに高くなるのでSSDは128GBだが、容量が足りなくなってくるころにはもっと金額が安くなっているだろうから、その時に換装でもしようと思う。しかしさすがにSSD。OS起動などアクセス速度はダンチですな。サイドパレットやランチャなどを入れてセッティングし、AYさんからイラレのシリアルも一つ戴いた。こいつで5年はもたせるつもり。


・引っ越し

といっても部屋換えなので金額的な負担はないが。角部屋で音を全く気にしないでいいというベストポジションが空いたので、来週早速乗り換える。これでスピーカーがフル活用できるぜ。ただ部屋のサイズが一回り小さくなるので、収納家具などを少し新調しなければならない。


あとこれに自宅用のデスクトップもある。これの支払いに非常に柔軟な対応して戴いたヤトロさんには感謝である。

・・・とはいえ、これだけやったら暫くは何も買えないね。頑張って学振取らないと。
いまさらだが見切り発車って怖くね?

さよならNorway

といっても明日のこと。ここ2日間は天気も良く暖かだった。15℃くらいだけど。

KSTとずっと一緒だったわけだが、共同研究の可能性を2人で探ったり、情報交換をしていた。少なくとも簡単な共同研究は2人の間ででまとまった。実際に筑波側で実験をする人が見つかれば、だけど。僕に話を振られた人はよろしく。

あとここには詳しく書けない内部情報をいくつか集めることができた。そのうちの1つは、これから取りかかる共同研究に重要な情報である。

明日はこちらの午後に日本に向けて出発である。日本はまだ暑そうだなぁ・・・

2010年9月3日金曜日

トロムソ最終日

今日は晴れ。ただし、にわか雨はあるのは当然。最終日ということで、IMくんの発表があった。身を削るネタで笑いをとり、堂々としたものだった。

途中詰まるところもあったが、それはそれ。完全にペラペラに話すことが重要なのではなく、どれだけ聴衆にメッセージを送ることができたかが、トークの出来を決めると思う。ISEPよりも進歩していた(と思う)。

今回からPostdoc award、Best poster awardができたのだが、日本人は誰も受賞できなかった。これは参加者はなかなか多いのだが、対象となる学生やポスドクの参加が少ないことも原因かもしれない。おっさんたちではなく、次回は若者がどんどん参加し、1人くらいは受賞してほしい。

次回ISE2013はHalifaxで、JMAが仕切りとなる。日本人ポスドクもいるはずなので、今回参加しなかった学生、ポスドクの人たちもぜひ参加し、賞を取りにいってほしい。

バンケットではトナカイ肉、クジラ肉もでて面白かった。トナカイ肉はJMA曰く「gamyな味」とのこと。うまく日本語にできないが、確かにそうだと思った。クジラ肉は少し癖があったかな。個人的には1切れたべればOKだった。



そういえば、KJからウズベンの葉緑体進化でとても熱い未発表データを聞いた。当然だが、他人の未発表データをここに書くわけにはいかない。帰国したら(うちのラボの人には)教えます。お楽しみに。

2010年9月2日木曜日

噂話@ISE2010

京大のU田くんからの噂話。

学振PDを通すにはIF5点以上の雑誌に載った論文がないとダメ。業績数だけでは申請数が多くて判断ができないので、まずそれで「足切り」をする。

信じるか、信じないかはご勝手に。IF5点以上の雑誌に載った論文がある方が有利だと思うが、僕はあまり信じない。

連投ですまぬ。

トロムソ第3日目

昨日はエクスカーションで、午後からフィヨルドを見に行ってきた。小雨が降り天気も悪いこともあり、荒涼とした風景だったが、迫力満点であった。バスで4時間ドライブし(途中2回フェリーを利用)、トロムソまで大型フェリーで帰ってきた。ホテルに着いたのは0時ごろ。

そのおかげで今日は疲れた。学会では地中に咲くランの葉緑体ゲノムの話が印象的であった。約60 kbpしかなく、rpoや多数のtRNA遺伝子も消失している。もちろん配列の置換速度も上昇している。

終了後6時ごろdowntownに帰ってきて、お土産でも買おうか、とおもったら、ほとんどのお店は午後5時で終了だった。商売っ気がない。モールはやっているのだが、典型的なおみやげが買いたいので、モールには用がなかった。

(今日のところは)買い物はあきらめ、じゃあ飯でも食おうとはいったパブは、ビールは飲めるけど食べ物はないとのこと。店先のメニューには食べ物が沢山載っているのに・・・ちなみにその時の気温は5度であった。

まあビールをのみながら馬鹿話をして盛り上がったが、夕食はMちゃんおすすめのケバブとなった。北極圏まで来てケバブかよ、という気もしないでもないが腹も減ったし、それでいいやということに。MちゃんとIMくんは「メガケバブ」を食べていたが、巨大だった。

もう一軒バーに行き、ビールを一杯飲んで解散。今日は寒さが身にしみた。ラーメンとか、鍋とか食べたい。

もう明日は最終日。IMくんはトロムソ大の日本人学生と、午後9時に待ち合わせてどこかに飲みに行くとのこと。

2010年9月1日水曜日

Eigen Factor

どうもこのまえ寝違えてから首の凝り具合が加速した気がする。

半日くらいデスクワークしてると最後らへんは首を引っこ抜きたくなるくらいである。

\首などいらぬ!/

 そうなると集中力も切れかけてくるわけで、今日は解析の待ち時間の間モチベーションを上げるという細やかな意味も兼ねてTULIPSで論文のランキングなどを見てみた。


Eigen Factor(EF)というのが前から気になっていたので、今回少し詳しく調べてみた。

Impact Factor(IF)が単純に言えば引用数÷発表論文数であり、引用そのものの重み付けはしない。要はNatureから引用されようがローカル雑誌から引用されようが引用は引用であるということ。

そこで、EFでは引用被引用の関係から引用の重要度を客観的に評価(Googleと同じようなもんらしい。詳しくは知らね、ググれ)することで、IFにあった欠点を無くしたということらしい。

これによって、誰もが「ああ有名だよね~あれ」と思う雑誌、知名度のランキングと、実際にEFによって表示されるランキングとが、分野の偏りなく大体一致するようになるそうな。ホンマカイナ

少なくともIFにあった、Review誌や発表論文数の少ないローカル雑誌のIFが高くなったりすることがなく、本来の雑誌の価値に近いものが測れるようである。

そいでもってEFで見てみると、Grobalな分野ではPNASがNatureに次いで全体で2位(3位は科学)だった。IFからは考えられない順位だ。


進化の分野ではMBEが1位。これはIFと見てもあまり変わらない。Review誌はやはりIFよりも順位が落ちた。

おもしろかったのは、MPEが6位とかなりいい位置にあったこと。BMC 進化と生物学や、Systematic Biologyよりも上である。


EFが本当に雑誌の価値をIFよりも正しく評価しているかどうかもあるが、やっぱり問題なのはどれだけそれが浸透しているかだろう。
皆が知らないメジャーで測っても意味ないし。

まだ提唱されてから日の浅い評価基準だが、これからEFがIFにとって変わるようなことがあるのだろうか?