2010年1月17日日曜日

ギャオオオオオオオオオオオ

データセットの中にRF1と2のrecombinationを調べるものだけでなく1と1、2と2のを調べるやつもあったためエラーが吐きだされてしまった。



別に解析に問題はないが、これでは仮説検定するときに利用するalternative treeを作るためのconstraint file が作れない。なぜなら1と2のrecombinationなら1と2に属するtaxaを分ければよいが、こちらの例では何と何がrecombinationしているかは実際に解析をしてみないと分からないから。



でも、1と2だけでrecombinationが起きているわけではないから、この例にも対応させないとなあ



実データ解析から推定されたML treeから自動的にconstraintを作るのは(それをどんなデータに対してもやれるようにするには)自分の実力では無理である。




しょうがないからconstraint file を自前で用意してそれを読み込むようにするか・・・

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