2010年1月27日水曜日

RAx「愛がなきゃ動けないっすよ」

kami様のプログラムである配列を35aaくらいの短いウィンドウに分け、それらを順々にRAxMLで解析する、ということをしている。


が、なぜかWindowの解析が途中で止まってしまうことがあり、どうやらUser TreeをWindowのデータについて最適化して尤度を計算するというところで止まっている。どうも計算が永遠に終わらないようだ。


この解析はPROTGAMMA+Fの設定で行っていたのだが、これをPROTGAMMA"I"にするとなぜか計算がうまく進む。どうやらFは要らないらしい。




結論:RAxMLは愛がなきゃ動かない。





。。。というくだらないことは置いといて、なぜこうなってしまうのかとても不思議だ。



+Fがあると駄目って言うのは、配列がすごく短いからWindowによっては配列の組成に大幅な偏りが生じてしまうことに原因がありそうな気がするのだが、何故+Iのみだとうまくいくのかよく分からん。なんなんだ。

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