2010年4月9日金曜日

時間と効率との戦い

今日作ったプログラム(まあ手順を自動化しただけだけど)についてこの先これをどう使うかいろいろ考えていると、やっぱり今使っているモデルでは今後行う様々な検証の際、考慮すべき要因(パラメータ)をカバーしきれていないと思われる。



ちゅーことはもっと複雑なモデルを使って計算を行わなければいけないわけだ。パラメータリッチなモデルの方がいいのかというとそれも分からんが、そこらへんを検証するためにも「上限」として出来る限り複雑なモデルでも同じ検証ができるようにしたい。


とりあえず、今使っているソフトは尤度計算が○ン○スである気がするので、違うものを使うことにした。

こっちの方はもっと複雑な設定が出来、上手くコードを書けば(それが下にも書くように大変だが)塩基のみだけでなく、アミノ酸でも同じことができるようになると思う。



ただ、そうなると今度は「時間」の問題がでてくるわけだ。



使っているソフトの処理時間自体についてはオレ<<<<越えられない壁<<<製作者があるので今の段階ではどうにもできない。


よって、いかに効率よく探索を行うかがキーになってくると思う。


現在考えているのは2つ。

一つは探索の範囲は狭めるけど、代わりに探索のスタートポイントをかなり多くする(数打ちゃ当たる作戦)。 ただホントに当たるかがホントに分からん。

もうひとつは一回でやる探索の範囲をかなり広めにする。ただスタートポイントは少なめにしないと現実的な時間内に終わらない。



後者の方が多分いいとは思うが、現在自分が考えているアルゴリズムでは本当に良い方向に探索が向かっているのかちとアヤシイ。

が、代替案が今のところないので、とりあえず後者でやってみて、その性能を見てみようと思う。





・・・今日はもう帰ろう。新しいソフトの使い方は分かったし。首が痛いし、12時超えたらもう頭が働かんしな。

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