2010年4月5日月曜日

燃え尽きたぜ・・・

やっぱり下に書いた方法で解決することができた。まあ、そんなもんだ


このミスには何回か引っかかっているので、今度書くときには最初から十分に気をつけようと思う。


目的のプログラムは今日一日使って基本的なものは完成した。

シミュレーションでの実験についてはまだ細かい条件、狙いなどを決めていないので、こちらは後々付け足す予定だ。

とりあえず、Empiricalなデータについては探索及びブートストラップまでやれるようにした。


計算時間は、16OTU 2300bpでフルに探索して二時間くらい。あとはこれを何回やるか、そしてそれを何コアに振り分けるかによるが、そこそこの規模ならばreasonableな時間内に計算が終了するだろう。


が、ブートストラップになるとこの時間*replicateの数になるので、双子だと少しきついな。

まあ、大規模データでこれが必要になったらスパコンを使えばいいやろう。そのためのスパコンだ。


とりあえず、自前のデータではきちんと動作していることを確認したので、今はMっちゃんさんのデータを使って解析中。明日の朝には結果が出てるだろう。



よしかえるぞ~

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