2010年5月27日木曜日

鼻水たらしながらコンパイル

僕の花粉症(豚草アレルギーやったかな?)は大体今の時期くらいにクル。

今日は一段と酷い。目は痒いしくしゃみは止まらんし、寝不足と相まってそうとう辛い。


日中整体+パスポートの手続きのため外出していたので、よけい酷くなった。
パスポートは戸籍抄本を作るのに本籍のある太宰府市役所に請求しなければいけないらしかったので、また後日になりそうだ。


あとは実験室に行って双子にMr.BayesのMPI版をインストール。すんなりいくと思ったけど案外手間取った。


まずMacPortsを使ってLAM/MPIをインストール。MacPortsは便利ですね。Finkより使いやすいと思います。

これはうまくいったけど、肝心のMr.Bayesのコンパイルがエラーを吐き出す。Snow Leopard使ってる人でも同じようなエラーが出てるらしい。


なので,
MPIの実装をLAMではなくOpenMPIにした。
OpenMPIはMacPortsからではインストールできなかったが、ソースコードからだとちゃんとコンパイルできた。なんでさ?


その状態でもっかいMr.BayesをMPI=yesでmakeして成功。ちゃんと動いた。


ちなみに、MPI版Mr.Bayesの使い方は

mpirun -np コア数 mb

です。
これでクリーンインストール全般は終わった。
あとは本棚でも組み立てようかな。。。

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