2010年6月30日水曜日

ピコーン

帰り際にいいこと思いついた。

ISEP後にやるシミュレーションに組み込んでみよう。


忘れずにメモメモ・・・

準備完了

今日はポスターも印刷紙終わったので、今までPeggyへのOSの再導入をしていた。

Peggyには結局Fedoraを入れた。
パッケージ数もそこそこあるし、入ってるものもかなり新しいものだ。
Bio PerlとSeaviewが入ってるのには少しびっくりした。

最初はDebianにしていたが、64 bitでデスクトップOSとしても使うことにするといろいろと面倒くさい障害が生じた。それならFedoraにすればいいじゃん、という感じ。Ubuntuは使い勝手はいいがカスタマイズの自由度が少し制限されているように感じたのでやめた。


今まで試した中だと、64bitデスクトップとして使うならFedoraが一番自分にあってる。adobe flashも比較的簡単に64bitで使えるように出来た。これはAdobe labの64bit用の奴ではなく、32bit版を64bit環境で使えるようにしたものだ。
参照:http://fedoraproject.org/wiki/Flash



とりあえずデスクトップ環境の整備と、OpenMPI, Bio++ライブラリーの導入は終わった。


系統解析ソフトについては、ISEPから帰ってきた後。gccの最適化オプションについて勉強しながら導入し定稿と思う。

せっかくいいCPU(Corei7 960)を使っているのだから、nhPhylobayesやBppMLなんかが少しでも早くなればいいなあ。



KanaについてはBootcampでUbuntuを使っているが、どうせUnixマシンとしてしか使わないから、Arch Linuxにでも入れ替えてLinuxを細かく勉強してみようかな(Bootcampで動けばの話だけど)



今日はこれから夜行バスで金沢へ、実に楽しみだ・・・

辻斬りダメ出し

ダメだしは難しい。例えば投稿論文の査読は、acceptをsuggestするよりrejectする方が面倒だ。なぜダメなのか、できるだけきちんと主張しなければならないから。

だから何かに関し「これはダメ」というなら、対応策などの提案をするべきだ。

ダメ出しするだけして何もしない、「辻斬り」をしているだけではこの先真っ暗。てか、もう真っ暗か。

いまさら辻斬りダメ出しの現場に立ち会ったり、その模様を伝え聞いても、それほど気にならなくなった。自分で言うが、よくねぇ傾向だ。

2010年6月29日火曜日

出てこなければ、やられなかったのに・・・!

今年もあいつと戦う季節がやってきた。


あいつって? 

あの黒光りしてシャカシャカ動きまくるクソッたれ野郎に決まってるじゃないか。

昨日の深夜、筋トレしてたら突然現れた。
茶色のちっちゃいのはまだいいけど、黒くてでかいのになると見た瞬間「こいつは殺らねばならん!」とスイッチが入る。・・・戦闘モード、起動。


うちにはアシダカ軍曹などの自立兵器はいないので、人の手による殲滅を行わなければならない。

こういうとき一番役に立つのは、「カビキラー」である。対G兵器としては一番効率のいいものではないかと思っている。


一発直撃させればほぼ確実に動きを止めることが出来、さらに2,3発食らわせれば奴を機能停止に追い込むことが出来るのだ。

あと掃除にもなる。


風呂場に出てくれば、熱湯をぶっかけるのがいい。これは即死級の威力を持つ。



大体年に2,3回はエンカウントするが、今年は早かったな。

ISEP行く前に念入りに部屋の掃除をしとこう。

2010年6月26日土曜日

最近の教訓

Linuxいじって分かってきたこと。


1、エラーメッセージが出れば大体の問題は解決する。
Makefileや設定ファイルをいじくるのが日常茶判事になってきた。
ググってググって最後らへんはコミュニティのBBSに辿り着くことが多い。

2、nanoいいよnano
コマンドライン上でのエディタなら使い勝手が抜きんでているように感じる。もっと細かいことをやろうと思ったらvimかemacsなんでしょうけど、今はこれで十分。ちなみにGUIエディタにはSciTEかディストロ組み込みのシンプルエディタを使ってる。


3、aptのパッケージ監理は秀逸。(数も含め)
Debian GNU/Linuxを選んだ一つの理由。僕は特にソースコードビルド信者ではないので、あらかじめそのディストロ用のパッケージがあるならそれを使えばいいと思う。(まあそれで古いパッケージ使って前のディストロでは失敗したんですがggggggg)
Debianは安定志向で少し保守的だが、glibcなど系統解析に必要なパッケージは最低限のバージョンがそろっている。と思う。

ただ、OSについては他のディストロも試してみようと思う。折角の機会だし。

がとりあえず今は中断してる。ポスターを今日中に仕上げないとまずいのだ。明日には大ボスに見せなければならないからだ。おおう。

2010年6月24日木曜日

ボトルの恐怖

昨日は柳仙で久々の飲み会だった。

今回は一年に一回のN先生とC先生も来られた。


途中Kami様のハイパーお説教タイム(科目:お金)>M本さんがあったが、M本さん曰く「まだまだこんなもんじゃない」らしかった。といっても多分両方とも昨日のことをあまり覚えてないのだろうけど・・・



二次会はいつものとこ(リニューアルしてた)。



ただし、今回は酒の量が違った。


C先生の要望により、注文は焼酎のボトルオンリー。二本開けた。なんなんだこれは!


恐らくまじめな話をしてたと思うが、全員バグってたので論点が食い違いまくってたように思う。



C先生恐るべし。



今日は正午あたりまでほぼ放心状態だった。




現在、LinuxOSを再導入中。BootCampではOSによって起動時に障害が生じるようだ。OpenSUSEは問題なかったが、Debianだとこけた。




PeggyにはDebianを導入。ちょっとこれで色々やってみる。

2010年6月23日水曜日

ここにきて全とっかえ

Unixシステム上では動く(はず)のソフトウェアが(少なくとも系統解析関連で)全部動かないLinuxマシンなど存在価値が無い。



ということでOSごと新しくしてみる。


とりあえず定番のディストロから、パッケージの多さと新しさ(glibcとか)で選んでみることにする。

植物 vs 動物

今朝は5時過ぎに目が覚めPCで仕事をしていたら、NYくんから「真核生物的微生物学雑誌」に投稿した共著論文の改訂原稿が送られてきた。

これまであまりコントリビューションがなく心苦しいと思っていたが、Bayesian解析を請け負うことにした。

記載をICBNでやらなくていいかと聞いたら、「じゃあ、ラテン語記載もお願いします」と返してきた。カナダに行ってから変わっちまったな、お前。

ぼくはもう就職しているから、ラテン語書けなくてもいいんだよ・・・

2010年6月21日月曜日

奇跡の人

今朝通勤途中に見たオジサン、左右両方の靴下にズボンの裾が入りこんでしまっていた。

どちらか片方なら分かるが、両足とも偶然にとなるとなかなかないと思う。

Have a good day.

すっきり

ようやく、

本当によ~やく、

「有害藻類」に出していた論文の審査結果が返ってきた。

審査員はめちゃめちゃ褒めている。もちろんMinor revisionだ。が、なぜ6か月もかかったのか?
Editorへの度重なる催促メールにも

「他にプロセスが早い雑誌あるけど、、、」

的な若干無責任な返事しかなかったりと、フラストレーションのたまる日があった
(でも運よく、忙しかったために忘れかけていたこともあり、それほど苦痛ではなかった)。

ともあれこれですべての投稿中の論文の目処がついた。今は多忙につきほっとくことになるが、8月中にはacceptされるだろう。今年はこれで5つ目である。目標まであと2つ。

現在投稿しては蹴られたりしている論文があるので、これを最優先にすれば目標はクリアできそうだ。

2010年6月20日日曜日

出来たぜよ

論文の原稿書き終わった。

今自分で見直しをして、大ボスに提出したところ。

多分跡形もなく修正されて帰ってくるだろう(笑)。

まだまだこれからだが、夏休み中にはどっかに出したいなあ。

さあこれからはポスター作りだ。

その前に整体いきて―な。首が凝ってしゃーない。

2010年6月19日土曜日

これは面倒なことに・・・なっ・・た

paup*のUNIX版がLinuxだと動かない。34bitでも64bitでも試したけどバイナリファイルが実行不可。MacOSの方はそのままコピペでいけたんだけど、やっぱ買わなきゃいかんのかなあ。


追加データを取るのにもう一つ必要なプログラムが必要だが、こっちはLinuxだとコンパイルできるけどMacOSだとしこたまエラーが出てコンパイルできない。



なあにこれ?


別々のマシンで仕事を分けることはできるけど、めんどいなあ。



追記:と思ったらLinuxでもなんかめんどくさいことしなきゃ動きそうにないでござるの巻。勘弁してくれよ。

取るべきか、取らざるべきか・・・

今日は実験室でひたすら書き書き。


やっぱ土日に一人でここにいるのは気持ちがいい。好きな音楽を派手に鳴らしながら作業できるから。家だと他の誘惑が強すぎる。


原稿については、書いてるうちにもう一つ追加でデータを載せるべきなんじゃないかと思ってきた。たぶん新しくコードを書いたらすぐ取れるんじゃないかと思うけど、正直時間がもったいない。


前々から考えてたのも含め、2つ新たに計画してるシミュレーションがあるから、こっちをはやくやりたい。途中経過を見る限りアピコのやつはあまりいい結果得られなさそうだし・・・

出した後、(一発rejectじゃなければ)データを取るように言われたら取る、というのでもいい、とも言われたし。

ただ、本質的な議論に影響をあたえるようなものではないので、とりあえず原稿は今のまま書いて、ボスに投げてる間にデータを取って、最終的にサプリメントで付け加えればいいんじゃないかと思う。それがあった方が議論がより堅固になりそうだし。


ISEPのポスターをそろそろ作らなければいけないから、このデータ取るのはISEP前だとちときついかな・・・



なにはともあれ、今は原稿を書かなきゃ。午後も頑張るぞ。

2010年6月18日金曜日

PLoS OneとMBE、ぱねぇ

おねぇのIFは4.3らしい。予想を遥かに上回った。



「分子生物学と進化」は9.8だよ… P茄子は9.4なのに、マジか。

「現代生物学」 10.4

「系統的生物学」 8.48 これも「分子生物学と進化」に越された。

「分子系統学と進化」 3.55 これはやや下がった。

「遺伝子」 2.4

「真核生物的微生物学雑誌」 2.35

「BMC進化生物学」 4.3

「欧州原生生物学雑誌」 1.966

「藻類研究」 1.246 そんなもんでしょ。

「藻類学雑誌」 2.27

「環境的微生物学」 4.9

「原生生物」 3.85 前年度よりやや下がった。このくらいがちょうど投稿しやすいわ。

「有害藻類」 2.5




2010年6月16日水曜日

後はイラレ(の代替)のみ

プリンタドライバの導入に再チャレンジ。

案外簡単にいき、Peggyでも印刷できるようになった。


これでほぼ全てのことがこいつ一台で出来るようになった。

あとはイラレっぽいやつがあればいいんだが・・・


自分の教育用計算機のアカウントの中でイラレが使えたので、リモートデスクトップでそっちでイラレを使い、SCPでファイルのやり取りをできるかなと思ったけど、なんでかリモートデスクトップだとイラレ使えなくなった。商用だからその辺制限されてるのかなあ? チッ



とりあえず、Inkscapeがどこまで使えるか試してみる。これでISEPのポスター作ってみようかな。

2010年6月15日火曜日

二段QB並の速さ

さっき送ったメールがもう帰って来た。


向こうはお昼頃だから早めに返事がくることを期待していたが、意外な速さ。


質問の意味もちゃんと伝わっていたようだ。詳しいやり方も教えてくれた。


早速試してみる。

2010年6月14日月曜日

LinuxでMPI解析

参考までに

研究室のLinux(Scientific Linux及びCentOS)では、RAxMLやMr.BayesのMPI版がコンパイルすることは出来ても実際に動かすことが出来ない。

これはlibmpi.so.0というファイルが開けないというエラーが出るためである。


これを解決するためには、
/etc/ld.so.confというファイルを編集し、/usr/local/libへのパスを付け加える。


これでMPI版の解析が出来るようになる。

結局

クラスター環境の構築は出来たけど、ノード間での通信が不安定であり、ちょっと使いたくない。

ただ、nhPhyloBayesとかで一つのジョブを複数のマシンで行うということは今必要としているわけではない。

nhPhyloBayesはチェインの出力ファイルをもとに、複数のチェインでパラメータが収束しているか調べるみたいなので、複数のジョブとかチェインが別々のマシンで働いていても、出力ファイルだけ一つのマシンにまとめればよい。


もしそれがうまくいかなくても、自分自身を計算ノードに指定することは出来るので、現状4コア4コアで連鎖を走らせることは最低限できる。

なので、Peggyとカナを別々にTORQUEの管理ノードとすることにした。


あとはnhPhyloBayesの動かしかただが、肝心のこれが分からん。チュートリアルにあるコマンドを打ってもエラーが出るし、その解決方法も分からん。


なので、こっちも開発者にメールを出して聞くことにした。自分の下手な英語で聞きたいことが伝わるといいが・・・


クラスターについてはこれくらいにしておこう。

明日からは論文だ。

Mっちゃんグロッキー

今日はY崎、N村、M本さん、自分で夕飯を食べにいった。

行く先は、大食いの筑波大生ならば一度は経験するであろうお店、RANRANである。


ここのメニューは最早「ご飯」ではない。

洗面器くらいの食器に二合くらいの飯、そして唐揚げ、麻婆豆腐、肉野菜炒め、スクランブルエッグ、もやしetcetcがてんこもりなのである。

生半可な気持ちで挑戦すると、胃袋から光が逆流することになる。

今回、僕は定番メニューのBIG丼の大盛り、Y崎は豚カツ丼(名前忘れた)の同じく大盛り、N村とM本さんは肉野菜丼とBIG丼の普通盛りをそれぞれ頼んだ。


自分、Y崎、N村は難なく完食したが、「一度食べてみたい」と言ってたM本さんは予想通り3/4くらいでダウン。「ちょ、もう無理」状態になった。


そのまま帰ろうとするM本さんだったが、そうは俺等が卸さなかった。

「勝負負けていいんすかあ?!」のプレッシャーでたべさせようとしたけど、残念ながらM本さんはヘタレだった。


結局、残りを4人で分けてM本さんの分を完食。


M本さんは店に新品のiPhoneを忘れてしまうくらい一杯一杯になってたが、
「yujiとkami様にも食わせたい」と五回くらい言ってた。



RANRAN大盛りでも大丈夫だったということは、自分はまだいけるみたいだ。



次は夢屋かバカ豚かな?
とりあえずISEPではちょっと本気出す。

腰痛なう

僕だけかもしれないけど、なるべく動いたり、しゃがんだりしたくない腰痛時に限って、無駄に便通がよくないか?

そしてまた結果待ち

先週末にカナダのAJR先生が「現代生物学」へPresubmission inquiryを書いてくれたのだが、その返事は

「専門家に聞くのでしばし待て」

であった。広い知識を持っている雑誌編集者の方々をもっても、内容がコアすぎて判断しかねたようだ。
その道の人間が見ても、突飛なデータであることは間違いない。

一週間ぐらいかな?
まあ追加データを取る必要があるし、まだ原稿はYI先生のところだし、そのくらい待とうではないか。
もちろん良き返事を。ここで止まってくれ~。

2010年6月12日土曜日

おめでとう

UKのAY君からメールがあり、倫敦で結婚式を挙げたとのこと。

おめでとう!

末永くお幸せに!

2010年6月11日金曜日

明日が勝負

TORQUEの導入完了。

yumの標準レポジトリではTORQUEは用意されておらずhttp://atrpms.net/ で RedHat 用の rpm を配布しているらしいので、/etc/yum.repo.d/ atrpms.repoのファイルをちょこちょこっと作り、RPMforgeレポジトリも導入(標準レポジトリのパッケージが上書きされないようにした)した上で、yum で インストール。


うまくいった。


今のところ不安要素はない。あとはこれでpbs_momが起動してくれればOKのはず、だが・・・



今日はここまでにしよう。

ま た お ま え か

結局せんとくん再インストール。


手持ちのLinuxでbootcampで安定稼働するのがubuntuとせんとくんしかなかった。



前回使ったメディアと違うものを使うと、今度は再起動とかでも安定して動く(前はときどきフリーズした)。

使ったのはサーバ構築用の書籍にあった付録。細かい違いがあるのか?



SSHによる公開鍵の認証及びNFSでのファイル共有まで終わらせた。

NFSは前回fstabの設定により起動時に自動でファイルをマウントするようにしていたが、今回は安全策をとって全て手動でマウントするようにしている。



あとはTORQUEのインストールだが、前回はソースコードからビルドしたのを、今回はyumのリポジトリからインストールするようにしてみる。



さあ、これでちゃんと動く(はず)だが・・・


TORQUEの細かい設定は明日やるとしよう。明日は明後日東京である試合のために朝練に参加する予定。ストレス発散もかねる(笑)



う〜ん、最近の書き込みは生物学とかけ離れているぞ・・・

スマートフォンを買わない(買えない)3つの訳

iPhone 4が発売だそうだ。すごくスタイリッシュでそそられるが、当分スマートフォンを買う事は無かろう。

1.うちは奥さん共々AUなので、一人だけSoftbankに乗り換えるのは経済的ではない。少なくともSIMロックが無くなるのを待つ。ちなみにSoftbankがいやとか言う訳ではない。

2.スマートフォンを使わなければならない理由が無い。うっかりすると日がな一日PCの前にいる。スマートフォンでwebを閲覧する必要がない。通勤時間は1時間もないから、その間webが見れないと困ることもない。自宅に帰ってもオフィスのPCと完全に同期しているPCがある。ってか、2台PCがあるし。

ただ、いまのところ唯一便利だなと思うのは、スケジュール管理。Google Calendarを使っているが、当然ネットにつながったPCがないとこのCalendarは見れないし編集できん。会議とかで、「では次回の日程を…」なんてときに、自分のスケジュールがきちんと把握できない事がある。まあそんなにスケジュールが埋まっている訳ではないので、困らないけど。ほんとに解決したければ、手帳を持てばいい。スマートフォンに比べ、格段に安いし。書き込みとかも自由だろう。最近は論文のゲラの校正とかで、PDFファイルにコメントや訂正を書き込んだりしているが、なんかマドロッコしい。手帳に殴り書きのほうが、時間もかからず便利かなぁ。

携帯電話とiPodを使っている人は、スマートフォン(iPhone)で2つのガジェットがまとまるのはいいかも。でもぼくはiPod shuffleを使っているので大きくないし、帰りのバスくらいしかiPodを聞かない。そのうち、iPhoneをもって、本・新聞読むのにiPadもって、仕事用にはmobile PCをもって、使い分けるのがデキル男、なんて記事が雑誌とかにでそう。

「いろんな楽しいアプリがあって…」とかいうけど、個人的にそんなに必要ない。ぼくはゲームもしないし。

3.出張も滅多に無い。行くとしたらちゃんとしたmobile PCがあるのでそれを持って行く。どうせ仕事するならガッツリ仕事をできるPCでしょ。1 kg程度で軽いし。


結論としては、SIMロックが外れたらもしかしたらiPhoneを買うかも。でもAUからAndroidのいいスマートフォンがでたら、そっちかなぁ。でも今のところ必要性が無いので、いらんか。


なん・・・だと・・?

計算科学研究センターでやる大学院共通科目の日程が決まったらしい。

計算科学のための高性能並列計算技術 7月8日、9日


!?



ISEPの日程にクリティカルヒットじゃないか・・・!



どーしよっかなー。


その日だけ抜け出してつくばに戻ってセミナー終わったらまた金沢へ、というのはめんどくさいなあ。



来年受けようかな・・・


う〜ん

せんとくん終了のおしらせ

イライラしたのでブログのデザインを変えてみた。


NFSのファイル共有がうまくいったと思ったら、何回か再起動させてたらその今度はOSがバグった。おおおおおお



なのでいったんLinuxのパーティションを一掃し、もう一回インストールしなおしている。



Ubuntu入れたけどちょっとシステム管理がしにくそうだったので、いろいろ試してみることにする。




はああ、こっからかよお。

Presubmission inquiry

今朝がた、カナダのAJR先生に「現代生物学」へPresubmission inquiryを出していただいた。
よき返事が来るのを24時間待とうではないか。

それにしても毎回思うのは英文書きの難しさである。もちろん僕がまだまだ未熟なのがすべての原因なのだが、、、
「こういう意味の文章が書きたいのだが英語ではどう書くかね???」と無い頭ひねって毎回考え、書きあげてラボのボスであるYI先生に送るのだが、そのたびにすっきりした英語になって返ってくる。さらに今回はAJR先生もそれに加わり、英語だけ見れば申し分ないものになっている。もちろんデータの内容や新規性も自身はあるのだが、前回「科学」では求められるgeneral interestsには合わないと判断された模様。競合者がいるのが気になってしまい、「自然」を諦め「現代生物学」にした判断が正しかったと信じたい。今回でなんとかなってほしい。

そういえばGarliだかなんだかクラスタで走らせることのできるソフトがあったなあ。そちらの使い方も参照してみっか。



tutorialに詳しいやり方が書いてないということは、「"普通"にやりゃできるし」ということなんだろ? そうじゃなきゃソフトウェアの開発者としてあるまじきことだ。


pbs_momの方はNFSがきちんと機能すればいけそうな気がする。




論文のmanuscriptも書かんといけないが、中断すると細かいところが後々厄介になるから、まずこっちを一気にやっちゃおう。


明日、明後日が目標だな。

なんでやねん

半分くらいできた、という感じ

カナとPeggyでクラスターを構築することには基本的なやり方はあってると思う。お互いで公開鍵を使ってパスなしでログインできるようにしたし、エイリアス名もちゃんと認識されているようである。


が、一つめの問題として、計算ノード側(カナ)でpbs_momが動かない。パスも通ってるしコンパイルでも問題は見当たらなかったが、コマンドをいれても動いているのが確認できない。

ちなみに管理側(Peggy)でも計算を行うようにしており、こっちではpbs_momが動いており、pbsnodesでも状態がfreeになっている。

なので、今のところ8コアとして使える。テストプログラムもちゃんと動いた。あんま意味ないがな・・・



当面の解決策としては、NFSを使ってファイル共有および/local/sbin/の共有でpbs_momを走らせてみようと思う。

が、NFSの方もクライアントからサーバにアクセスできない。ポートも開いてるのに・・・



もう一つの問題は、肝心のnhPhyloBayesがqsubといっしょに動いてくれないことである。

qsubのスクリプトファイルの中でnhのコマンドを指定しているのだが、そうすっとqsub側でillegal -c valueのエラーが出る。しかも昨日も書いたみたいにこれでーcオプション付けても解決しない。


これに関しては自分の使いかたが間違っている可能性が大いにあるので、開発者にメールで聞いてみようかなあ。

2010年6月10日木曜日

第二ラウンドだッ!

ちょっと充電してきた。



さすがに連続徹夜は身を滅ぼすので、今日は区切りのいいところでやめよう。



目標はとりあえずクラスター環境の構築。NFSでファイル共有して、TORQUEでテストジョブが動かせるまで。



マナはMacOSのままにして、カナとPeggyで最初にやってみる。



当面の問題はsshでpasswordでのログインは受け付けるのに、公開鍵を作った時にPermission deniedになること。chmodで.ssh/やauthorized_krysの権限も調整したけど変わらん。


ここが出来たらいけそうな気がするんだけどなー。

お手上げ

結局徹夜した。したけど壁にぶちあたりまくってしまった。

クラスター恐るべし。

qsubの -c オプションってなんだよ。

マニュアル通りの値いれてもエラー直らんぞ。


もう頭が持たないから今日はかえってねます。


あ〜、チキショーめ

2010年6月9日水曜日

むむむ・・・

やはり最大の壁は計算時間だな。


C1の解析は10000サイクルで収束したけど、他はその気がない。連結解析でもそうだろう。1コアでやるのはひじょーに厳しい。

T2Kを使う場合、24時間の使用制限についてはチェインのstopとrestartで乗り切れるだろうけど、使えるのは後半期の9月からだろう。


となると、それまでに必要な予備実験をどうするか。


一番手頃なやりかたは、双子にbootcampでLinuxを入れて、TORQUE使ってPeggyとクラスターを構築することですかね。


Mac OS XだとnhPhyloBayes動かないし、TORQUEの動作も不安定になるらしいし。


う〜ん、どうしよ。

いい年こいて、、、

いい年こいて徹夜してしまった。。。
当初徹夜する気はなく、普通に論文を書きなおしていたのだが、、、

「科学」からのリジェクトが精神的にこたえていたらしい。悔しさと競合者への恐れで目がギンギン。でもそのおかげで「現代生物学」の「報告」のフォーマットに仕上げた。あとはチェックを入念にして共著の皆様へ。

しかし、その代償はでかかった。
夕方くらいまで調子よく仕事をしていたのだが、そのころからクラクラして手足に力が入らなくなった。
昔は一徹くらい余裕だったのに、、、ひさしぶりだからな~(年だから、とは決して言わない)。

しかし僕も男、いくらフラフラしていようと家に帰れば父親である。
眠かろうと体が辛かろうと、一緒に飯食って、絵を書いたり、歌を歌ったり、ほめたり、しかったり(←これメイン)、、、奴らを寝かしつけるまでは眠らなかった。布団にいれてからは僕のほうがはるかに早かったとおもうが。そして今起きたわけです。

2010年6月8日火曜日

iPhoneいいよiPhone

マテメソ書いた。次はResult&DiscussionとConclusionだ。


nhPhyloBayesはやっぱり複数遺伝子解析を想定するとかなり時間的にきつくなりますね。やっぱT2Kを使うことになるかな。パーソナルクラスターがすごく欲しくなってきた。概算要求の件上手く通らないかなー。



今日、iPhoneの新型が発表された。24日にも発売らしい。

携帯買い換えるとしたら、オーディオプレーヤーとしても実用性に耐えるものが欲しかったので、自分にとって一番重要なのはやっぱりバッテリーの耐久度なんですよね。


外出中は大体音楽聴いてるので、バッテリーが脆弱だと使い物にならない。

で、今回の新型のスペックを見るに、結構自分の要求は満たしてくれそうな感じがする。


すごく購買欲に駆られたが、ISEPもあるし、時間的にも金銭的にも全く余裕がないので、暫く我慢だな・・・

今回の旅費が支給されたら買うとしよう。

その頃までの貯蓄で、iPhoneと自宅用のデスクトップマシンを同時に買うという野望があるのだ。


電子辞書のデータも入れて、あと電子書籍も読めるようにしたいなあ。

つれづれ

SSHのやつはやっぱ教職員じゃないとアドレス貰えんみたい・・・大ボスに頼んでみよう。


今日分かった小ネタで、文字変換するときに間違って変換しちゃったとき、「あ、しまった」で文字を打ち直すのではなく、ctrl+Back Spaceで変換をやりなおすことが出来る。へ~。

マウスを殆ど使わず、ショートカットキーだけで作業できるようになったら効率が上がりそうな気がしますね。


ところで、研究室入ってからMac, Linuxと触ってきたわけだが、コンピュータ環境としては個人的には

自宅マシン・・・窓(汎用性から)

モバイルコンピュータ・・・りんご(操作性から)

職場マシン・・・ペンギン(システム設定の自由度と系統解析ソフトウェアの適応度から[Mac(ユキヒョウ)だとディレクトリの構成が普通のUNIXシステムと違うので、コンパイルでこけるときが多々ある。])


ですな。
上二つは何とかお金を貯めて早めに実現したいものだ。



さらに話は変わるが、PNASでChromera+Apicoの論文が出たと今日Kami様に教えてもらった。

いつか出るだろうと思ってたし、出るべくして出たものですけど、こうなるとアピコの系統解析では突っ込めるところがかなり狭まってきますね・・・


論文を見てみるとちょっとTaxon samplingに難ありな感があるので、ここに突っ込むというよりはここをimproveしてこの結果をさらにsupportするようなデータを出したい。


・・・という期待を元に今nhPhyloBayes使って解析中。この前yujiさんに持ちかけられた解析のこともあるので、nhPhyloBayesのパフォーマンスには期待したいところである。



さて、明日はマテメソだ。PeggyのセットアップとSSH関連のごたごたで時間を潰してしまったので、なるべく急いでやらねば。

2010年6月7日月曜日

ぐあああああああ2

今日は学校で夕飯を食べようと思ってたら、ご飯を弁当屋に置き忘れてきたらしい。


おかずだけでは話にならん。何たるマヌケ・・・!


取りに行ってもう一度帰ってくるのはめんどくさいから、家に帰って仕事の続きをすることにする。



SSHのやつは自分がちょっと勘違いしてたみたい。何とかなりそうだ。

2010年6月6日日曜日

ぐああああああ

Peggyに自宅からsshでリモートログインしようと設定しているのだが、土日かけていろいろやってみたがどーしても繋がらん。


研究室内のLANを使って他のマシンからログインすることは可能で、自宅からだとダメー。
(固定IPアドレス設定)


22番以外のポート番号も試してみたけどダメー。


ポートフォワーディングを試そうとしたけどゲートウェイに接続することもできずダメー。


なんかbiol.tsukuba.ac.jpのサーバにはアクセス出来たけどIDもPassも分かんないからダメー。


接続しているルータの設定を変更しようとしたが、メーカー(corega)のHPにあるようにアドレス打ち込んでもページが表示されずダメー。


結論・・・/(^○^)\


なんかもう訳分かんなくなってきたし、接続確認のために自宅と大学を行ったり来たりするのにも疲れた。


sshによるリモートログインに関しては今のところ必須なものじゃないので、暇なときにでも試行錯誤することにする。

フォーラム

みなさま

6月のフォーラムのnotice。

6月21日

深津武馬(産総研)「新規生物機能をもたらす共生進化」

高橋文雄(東北大)「黄色植物における光形態形成反応の解析」

井上研主宰の懇親会(@トーカケン)も開かれるようです。懇親会への希望者は連絡して。

幼稚園参観

昨日は子ザルの幼稚園参観だった。

午前中はあいにくの天気、室内でフルーツバスケット等のゲームをした。

前にも書いたが、幼稚園の先生たちのほとんどはフレッシュさのかけらもない。子ザルの副担任(?)の先生に至っては、孫がいるのである。

それはともかく子ザルは同級生と仲良くしているようで、安心した。あんな感じで遊んでいたら、そりゃ夜にはフラフラでしょ。

入園式の日に見た落ち着かなかった子が、彼もすっかり先生の話を聞けるようになっていたのには驚いた。

2010年6月3日木曜日

「おねぇ」 or 「日本版PNAS」

Mちゃんの論文が「原生生物」に掲載決定となり、テキストや図のファイルを焼いたCDをFedexにて編集長であるMM教授に送った。料金は引くほど高い・・・

写真をたくさん使う論文と違い、添付書類でも送れると思うのだが。まあしゃーない。

PDFで論文が手に入るようになってからというもの、2008年のkami様論文以外別刷りを買ったことがないのだが、やっぱMちゃんの青春の記念として最初くらい別刷りを買ってあげるべきだろうか。

あとは来るべきISEPのグッズの手配とか、Mちゃんの第2報の直しなどを行った。それにKTくんとは共同研究のウキウキする話とかしたりして。

Mちゃんの第2報は「おねぇ」を投稿先に考えていたのだが、TH先生との雑談で「日本版PNAS」でもいいのでは、ということになった。投稿料・掲載料ともにタダ、カラーフィギュアは1つまでタダ、審査も早いときた。

ただ日本版PNASに投稿した場合、論文の審査がうっかり大恩師OS先生に回ってしまうのでは、と心配である。こんな僕でも大恩師にはやはり頭が上がず、気後れしてしまう。

いつか1年間にアメリカ科学アカデミー、王室科学アカデミー、日本科学アカデミーの3大(?)プロシーディングを制覇できたらおもしろいなぁ。

そんなことはともかく、まずkami様の「科学」がどうなるか気がかりな毎日だ。

\キャーペギーサーン/ !

新しいLinuxマシンのOSがやっと来たので、今日は一日かけてマシンのセットアップを行った。やっぱ一からセットアップするとこのくらいまでかかるな。


とりあえずOSのアップデートが二週間くらい前にあったみたいなので、こちらもインストール後すぐにパッケージをアップデート。

ブラウザは炎狐にしたが動きがもさっとしてて嫌だったので、定番のuser.jsとabout:config使って高速化した。結構速くなるもんですね。クロームと変わらないくらいにはなったろう。

MPI実装はOpenMPIを入れた。

cmakeもインストールして、Bio++のパッケージもインストールした。なんか分からんがパッケージごとにcmakeのパスの位置を変えなければならず、ここらへんがいちばん時間かかったが、Macでは使えなかったBppMLの最新版を使うことができるようになった。


あとは、ConselとnhPhyloBayesも無事コンパイルできた。特にnhPhyloBayesはちゃんと解析をかけてみたかったものなので、明日早速アピコのデータで試そうと思う。


ただPAUP*だけはMacから持ってきたバイナリじゃ動かない。chmod a+xとかで実行可能にするとか試したけどだめだった。新しく貰ってこんといかんのかなあ?


その点とあとプリンタが使えない(ドライバのインストールでこけた)ことを抜かせば、今までMacとかノートを使ってやってきたことはは全部これで出来るようになった。あ、イラレも使えんか・・・


あとはSSHでリモートログインできるようにすればいいかな。これは又後でやろう。

しかしながら、HHKBの打ちやすさが半端ない。むっちゃ気持ちいい。

2010年6月2日水曜日

かがくのちからってすげー!

鹿児島大のグループが全身のがん細胞”だけ”破壊するウィルス治療薬を開発したそうですね。

http://373news.com/modules/pickup/index.php?storyid=24239

末期、進行がんの患者の治療に有効で、2,3年以内には臨床試験の予定だとか。

がんで苦しみながら死ぬなんてのはまっぴら御免ですからね。これはとても嬉しい。

やっぱノーベル賞取るのかな?


こういうニュースはどんどん流されて、「2位じゃないとダメなんすか?」とかいう勘違い野郎が出てこないようにしてほしいものですね。

2010年6月1日火曜日

何これ・・・ふざけてるの?

27日の衆院本会議で放送法改正案可決されちゃいました。
25日の総務委員会で強行採決されたものです。


これ、簡単に言うとこういう危険があるんですよね。

・「放送」の定義が変わり、ネットも「放送」になることが可能となる。

・総務大臣の権限において、(総務大臣がけしからんと思った)「放送」に対し、直接業務停止の命令を下すことが出来る。

・電波監理審議会の権力も拡大。電波監理審議会は総務省の諮問機関であるが、そのメンバーは総務大臣が決める

ネットでの言論の自由\(^○^)/オワタになる危険性が生まれるわけですね。


マスコミは殆ど取り上げてないですが、それは多分今回の改正案では大手テレビ局は「基幹放送」という枠で業務停止の対象から外されてるからでしょうね。・・・まあこんなんなくても既にTVの放送なんざあてに出来ないですけど。口蹄疫関連の報道みてりゃ分かる。



多分ネット選挙の解禁とも関連があるんでしょう。

要は、特定の党や政府の悪口言う汚物は消毒だー! という事態になりかねんということだ。

http://www.ourplanet-tv.org/?q=node/505

↑ 詳しくはこことか参照

鯖が外国にあるサイトでも、プロバイダが国内のものであればそこを抑えることも可能らしいし。


上はあくまで可能性にすぎませんけど、バカに権力持たせるとロクなことにならないというのは歴史が証明しているし、そもそもこういうものは可能性すら排除できるように厳格な制度が必要でしょうに。


http://www.nicovideo.jp/watch/sm10841017

これは総務委員会での質疑+強行採決の様子。まったく質問に答えてない。

「誰が総務大臣でも間違いが起こらないように厳格な制度が必要でしょ?」

「放送法3条があるからそんなこと起こり得ない(キリッ!」

その3条についての法解釈が都合のいいように行われることだってあるのよ?


子供手当の時と全く変わらん。都合が悪けりゃジミンガ‐。

なんでこの状態で採決なんか出来るんだよぉ。


暴走が止まらない。参議院選挙(望むべくは衆参両院選挙だが)までこの地獄を見なけりゃならんのか。

TOEFL-ITP全学群生受講・・・だってさ

学群の授業が一部(うちの植物系統分類とか)英語化することと関係してるんでしょうね。

ムチャシヤガッテ・・・


やるんだったらせめてスコアに公的な効力を持たせろよ。これじゃ筑波英検となんら変わらん。


それに、少数の優秀で勉学意欲豊富な学生はこんなことしなくても自分で公的効力あるTOEFLテスト受けるし、論文読んだりして専門分野の知識を英語で吸収するだろう。だからそういう人たちにとっては多分成果0。で、それ以外の多数の平凡な学生にとってはとても大きな(マイナス方向に)成果が得られるでしょう。


TSUKUBA「あ・・・ありのまま 今 起こったことを話すぜ! 『授業英語化で学生の能力向上に一歩前進したと思ったらいつのまにか2、3歩後退していた(学生の意欲的な意味で)』 な・・・何を言ってるかわからn(ry」




↑ こうなる可能性が濃厚な気がするぜ。


だがそれでもやる! さすがTSUKUBA! 旧帝大もやらないことを平然とやってのける! そこにシビれない憧れない!

アクセプト

今日は子ザルを幼稚園に連れて行かなくてはならず、9時少し前まで自宅待機。

ここ数日で、渦ベン関係の論文が2報アクセプトされた。1つ目はオスロ大との共同研究。こちらはsubmitしたバージョンにはいろいろ(かなり)手を入れたが、投稿後は状況が判らなかった。こちらもたくさん論文を抱え、ほっといたのも原因だけど。一昨日いきなりアクセプトされたとのメールが、KSTから来た。まあ良かったが、一緒に著者に入っているKTくんには、一切の連絡がなかった(今もない、と思う)。

もう1つは1週間前に再投稿したMちゃんの論文。reviewersに回っているかと思ったら、editorがレスと原稿を読んでacceptを決定した感じ。文句はない。

現在の状況:
under reviewの論文:3本
revise中の論文:1本
中心となり執筆中の論文:だいたい3本

だいぶ溜まっていた論文がハケてきた。