2010年6月11日金曜日

なんでやねん

半分くらいできた、という感じ

カナとPeggyでクラスターを構築することには基本的なやり方はあってると思う。お互いで公開鍵を使ってパスなしでログインできるようにしたし、エイリアス名もちゃんと認識されているようである。


が、一つめの問題として、計算ノード側(カナ)でpbs_momが動かない。パスも通ってるしコンパイルでも問題は見当たらなかったが、コマンドをいれても動いているのが確認できない。

ちなみに管理側(Peggy)でも計算を行うようにしており、こっちではpbs_momが動いており、pbsnodesでも状態がfreeになっている。

なので、今のところ8コアとして使える。テストプログラムもちゃんと動いた。あんま意味ないがな・・・



当面の解決策としては、NFSを使ってファイル共有および/local/sbin/の共有でpbs_momを走らせてみようと思う。

が、NFSの方もクライアントからサーバにアクセスできない。ポートも開いてるのに・・・



もう一つの問題は、肝心のnhPhyloBayesがqsubといっしょに動いてくれないことである。

qsubのスクリプトファイルの中でnhのコマンドを指定しているのだが、そうすっとqsub側でillegal -c valueのエラーが出る。しかも昨日も書いたみたいにこれでーcオプション付けても解決しない。


これに関しては自分の使いかたが間違っている可能性が大いにあるので、開発者にメールで聞いてみようかなあ。

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