2010年6月14日月曜日

結局

クラスター環境の構築は出来たけど、ノード間での通信が不安定であり、ちょっと使いたくない。

ただ、nhPhyloBayesとかで一つのジョブを複数のマシンで行うということは今必要としているわけではない。

nhPhyloBayesはチェインの出力ファイルをもとに、複数のチェインでパラメータが収束しているか調べるみたいなので、複数のジョブとかチェインが別々のマシンで働いていても、出力ファイルだけ一つのマシンにまとめればよい。


もしそれがうまくいかなくても、自分自身を計算ノードに指定することは出来るので、現状4コア4コアで連鎖を走らせることは最低限できる。

なので、Peggyとカナを別々にTORQUEの管理ノードとすることにした。


あとはnhPhyloBayesの動かしかただが、肝心のこれが分からん。チュートリアルにあるコマンドを打ってもエラーが出るし、その解決方法も分からん。


なので、こっちも開発者にメールを出して聞くことにした。自分の下手な英語で聞きたいことが伝わるといいが・・・


クラスターについてはこれくらいにしておこう。

明日からは論文だ。

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