2010年6月9日水曜日

むむむ・・・

やはり最大の壁は計算時間だな。


C1の解析は10000サイクルで収束したけど、他はその気がない。連結解析でもそうだろう。1コアでやるのはひじょーに厳しい。

T2Kを使う場合、24時間の使用制限についてはチェインのstopとrestartで乗り切れるだろうけど、使えるのは後半期の9月からだろう。


となると、それまでに必要な予備実験をどうするか。


一番手頃なやりかたは、双子にbootcampでLinuxを入れて、TORQUE使ってPeggyとクラスターを構築することですかね。


Mac OS XだとnhPhyloBayes動かないし、TORQUEの動作も不安定になるらしいし。


う〜ん、どうしよ。

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