2010年7月30日金曜日

サチュッてる

アピコの解析の結果が出た。

データコーディングとNHモデルの効果はあったようで、樹形的には期待どおりのものが得られた。一応事後確率のサポートもある。

が、これも予想通りというべきか、やっぱりアピコの枝がアホみたいに長い。


これだと、モデルがデータにきちんと適合したからこの結果が得られたのかがよく分からない。


また、対数尤度はチェインの間で収束はしているが、相互の鎖から得られた樹形を比較すると、肝心な所のサポートがかなり違う。

これはおそらく、アピコがどこにこようと対数尤度的にはほぼ変わりがなく、いい結果の方は偶然得られたもの(もう一方ももっとサイクルを増やせば最終的には同じようになるかも分からんが)と考えたほうが妥当であろう。

つまり、アピコのデータにそもそもシグナルがほとんどないということである。


このデータをどうするかだが、ちょうど今同じような条件でやるシミュレーションを考えているので、アピコのデータに対し試した解析方法が本当に有効であるのかをシミュレーションで比較検証してみようと思う。


最終的に、シミュレーションとEmpiricalなデータを合わせて方法論的な議論が出来ればいいと思う。

2010年7月28日水曜日

おいおい

現在メールでやりとりしてるLK。

BppMLでのブートストラップ解析は時間的なコストとプログラムの探索効率の悪さからお勧めできず、代わりにモデルを色々変えながらトポロジー検定をやればどうかと提案したが、彼曰く「検定をやったことがない」とのこと。おいぃ?


比較する樹形は送ってきてくれて、多分解析自体はそんなに手間暇かからんが、その結果を彼の論文に加える場合余計なとこまで僕がケアしなければならなくなる可能性がある。

彼の話を聞くに、この検定でもしいい結果がでれば、彼の自前の解析、及び彼の仮説をサポートするには不可欠とまでは言わんが有力なデータにはなるだろう。だからその分議論もしっかりやる必要がある。

それで僕がやって、Acknowledgement止まりだと正直やる気が起きない。そんな暇じゃねーし。


なので、もし僕がその解析を負担して論文にそのデータを加えるなら、少なくとも名前は入れてくれということを確認する。承諾してくれるといいんだけどねぇ。

2010年7月27日火曜日

審査

ISEPも終わり、

一息ついて、

「さて、そろそろ実験データ貯めとかないと、、、」

という雰囲気の中、

「現代生物学」から審査結果が返ってきた。




結果は「Major revision」というところ。最初はcriticalなコメントと専門知識のすごさにビビったが、ボスによればこの手の雑誌でこのくらいのコメントは普通かマシな方だそうな。

審査には3人のrefereeが付いて、皆さんそれなりに新規性を評価して下さった模様。

特にreferee1は、少なくとも敵意は感じられず、reasonableなコメント。
referee2は「追加実験をしろ」というコメントが2~3見られた。
referee3も(少し攻撃的な気がするが)的確なコメント。

実験をするかどうかという点について、
「Westernは時間的に無理(抗体作成からじゃ何カ月かかるやら)で通す。Northernは別にすぐできる実験だけど本論文に必要か疑問」ということでボスと一致。
ということでカナダのAJR先生に教えを請う。
ボス曰く、
「彼は強気だから反論を勧める気がする」
とのこと。

夏中にreviseして10月までにはacceptをもらいたい。
今秋には大ボスの科研費申請があるのだ。


あっ。EJPのreviseも今月中までだった。。。

2010年7月26日月曜日

下準備

Indelibleでコドンモデル使っての配列生成は組成のバイアスの設定も含めうまく行った。


あとはこれをどうやって解析するか。

今度の実験は単純にアミノ酸でやってみるのと、いろんな解析法方のパフォーマンスの違いをより詳細に調べることが目的なので、ここらへんはよく考えなければならない。


アピコのrecorded dataの解析は今PhyloBayesでの結果を元にnhPhyloBayesを走らせている。こちらは何かいい結果が出るといいなーレベル。


シミュレーションのセッティングが予定より遅れているので、明日はこちらを集中的にやることにする。

暴☆速

nhPhyloBayesでのCATBPモデルのprior number of categoriesの求め方がよく分かんなかったので開発者のNLに聞いてみたが、返事が帰ってこなかったので今度はnhPhyloBayesの作者のSBにメールを送ってみた。

今日の昼頃に送ったが、セミナー終わって帰ってきたらもう返事が帰ってきてた。疑問も無事解決。

メールの返信が早い開発者はとても尊敬します。

2010年7月25日日曜日

サンダガ乱れ打ち状態

現在外は酷い嵐。ここまでのは一夏に一回あるくらいだが、昨日埼玉辺りに直撃した雷雲の塊みたいなのがここでも発生したのだろうか。


素麺を買い溜めしておいてよかった。こんなんじゃ夕飯の買い出しにも行けやしない。



が、今日は借りてたDVDをBIGBENまで返しに行かないといけないんだよ(涙)



今生身で外に出ると命の危険も感じるので、なんとか深夜までにはおさまってくれんかのう。

どうしたもんかね?

ISEPで会って話をしたLKという人からメールが来た。


BPPMLについてのことで、彼の環境ではBPPMLが使えなかった(これも?だけど)ので、彼の代わりに僕が解析をやってほしいとのこと。


データを見るに35taxa 112aaなので、尤度計算自体はそんなに大した時間にはならないだろうが、彼の要望ではブートストラップまでやりたいらしい。

正直自分の計算環境では「おい馬鹿やめろ。この解析は早くも終了ですね」レベルだが、配列長も短いからやれないことはないんだよね。

が、彼のデータがどれほど完成しているか、つまりは超complex modelの計算時間のアホみたいな長さを恐らくあまり理解していないと思われる(当然っちゃ当然だけど)彼にどれほどの時間的猶予があるのか、ということも絡んでくるしな・・・急かされても困るし。


まあBPPはMACでも使えるから、あちらにちゃんとした計算環境があるのなら、樹形探索も含めそれ用にコードを作ってやって(前に似たようなことやったし多分そんなに苦労はしないだろう)、あっちで解析してもらう方が楽だと思う。


やってもAcnowledgeレベルの仕事だからあんまり時間はかけたくないし。(下世話な話こういうことでちょっとでも名前を売っとくのは有効だとは思うけど)。というかこれ→acknowledge you in the publication はそういう意味なのか?


とりあえず、使い方と問題点(長さ的な意味で)をちゃんと説明して、再度あちらの要望を聞いた方がいいと思われ。

2010年7月24日土曜日

ISEPよもやま話(4)

あれからもうすぐ1カ月経つが、時間の流れは早えェ。とにかく梅雨明けから糞暑いし。筑波学園文庫は本気で閉店した感じ。

ISEPよもやま話も4回目。とくに誰がこれを待っているわけではないだろうが。

卵菌のpsbAはいまだはっきりしない。そろそろ本物なのか、もしそうならどんなゲノムにコードされているか等決着をつけてほしい。ていうか、ハッキリは言わないけど、当事者以外は誰も信じていないかなぁ?

Collodictyon、apusomonadsの系統的位置はやはりハッキリしない。Collodictyonの解析についてはKSTとのskypeで話を聞いた通り。Collodictyon、apusomonadsとも、phylogenomics解析でも既知の分類群に入りそうにもないが、どうもMalawimonasの位置がが不安定なことと関係があるのか。KSTからCollodictyonのデータ解析に参加しないかと誘われたが、もともとプロジェクトに参加していないしそれほどcontributeできないので断ったのだが、いろいろな意味で正解であったと思う。

現代生物学論文とゲノム生物学と進化論文で、実際の>100遺伝子データを詳細にチェックし、系統解析をしたが、Malawimonasデータはかなりの歯抜け状態だった。これが原因なのかも。

ただAJRがチラッとみせたexcavatesをありったけぶち込んだ解析では、Malawimonasはいるべきところにいた。あの解析はとくにゴチャゴチャとデータを弄っていないとのこと。ただ、Collodictyon、apusomonadsデータなどをDalhousieグループのexcavate-richなデータに加えたときにどうなるかはわからない。

あとX-cellsってなに?rRNAデータに解像度もないのだろうけど、解析がヘボくてよくわからん。面白そうだけど。

PC4AMはナカヤマムシに絡んでくるので面白そう。ICをはじめチェコ勢は楽しい。酒に飲まれるとことは玉に疵だが。



これから環境研の一般公開に出かける。つくばちびっこ博士の季節がやってきた… (ため息)

2010年7月23日金曜日

あまりにも長すぐるでしょう?

PhyloBayes+Data-codingでやってたアピコの解析の結果をみてみると、さらにKuso Long Branchになって帰ってきた。


まあ、Codingしても組成のバイアスが変わらんので、いくらCATモデルといえどHomogeneousな解析ではこうなるのだろう。

欲しいのはCATモデルのposterior number of categoriesだが、どこに書いてあるか分からない。

また作者に聞いてみるかね。

汎用全国型振動式目覚まし

揺れで起きた。

ちょっとでかいなと思ったらつくばは震度3だった。谷田部くらいだと震度4くらいになったとか。
救急車がさっきから走ってるので、誰か怪我したのかも。

暑いから二度寝する気も起きないので、今日はこのまま研究室に行く。

なんて健康的。

2010年7月22日木曜日

MIRAのインストール

マナに入れた。アセンブリをやるためのソフトらしい。

とりあえずexpatとboostlibの導入が必要らしい。

前者はMacPortsを使ったが、後者はパッケージがなかったのでソースコードからビルドした。

boostのビルドにはbjamが必要。バイナリをとってきてboostのディレクトリに入れればおk。

ただ、ビルドするときに気をつけなければいけないのは、そのままやっちゃうと実行時にdylibを要求してしまい、


dyld: Library not loaded:

というエラーが出てしまう。


なので、ビルドするときに




bjam --toolset=darwin --with-thread 
link=static runtime-link=static



としてスタティックライブラリを作成する。
(threadのみにしているがMIRAのコンパイルにはこれだけあればいい)




MIRAの方は普通にコンパイルすればよい。これで終わり。




午前のお仕事終了。

あっつい

今日は久しぶりに早起きできたので、学校まで歩いてきた。

 朝方はまだ涼しい方だろうが、それでもクソ暑い。

 夏の間歩き続けたらもっと痩せるだろうか。


実験室に着いたらnhPhyloBayesの解析が止まっていた。

多分コーディングの結果特定のアミノ酸の組成が0になることが計算上問題になってると思われる。

PhyloBayesの派生のようなものだからいけると思ったんだが。
さてどうするか・・・

2010年7月21日水曜日

データ取り

論文の方は現在大ボス(入院中)が検査の合間でチェックしてくれている。有難いけど申し訳ない。もう少し早めに書いて渡すべきだった。

チェックが帰ってくる合間に、アピコのPhylogenyとアミノ酸シミュレーションのデータ取りをやっている。

アピコの方は、土曜日にUBCのJJから解析方法についての質問のメールが来た。
彼らは多分クロメラなどを入れてglobalなdatasetで系統解析をやりたいのだと思う。

僕の興味はApico phylogenyで問題になる(と思われる)アミノ酸組成のバイアスをTaxon Sampling以外の解析方法の改善で解決できるかというところにあるので、方向性は少し違うと思うが、どちらにしろデータは早めに取っておいた方がいいだろう。


現状自分の中で有効であると思われるのは、配列データのRecodingとNHモデルの組み合わせである。Recodingのみではアミノ酸組成のバイアスを克服することはできないが、配列データに含まれる様々なノイズ(シグナルもある程度消えるが)を減らすことができるし、組成のバイアスをアミノ酸のグルーピングにより単純化できる。何よりnhPhyloBayesのように複雑なモデルを使った場合の計算時間の短縮になると考えられる。

こういった予想を確かめるため、現在手持ちのデータセットで試しに解析を行っている。

やっぱコーディングすると速いが、どこまででChainが収束するかは分からない。まあ気長に待つとする。

ちなみにICCの無料の評価版をインストールしてみたが、コンパイルでよく分からないエラーが出て止まる。どこの何が問題なのかまったく分からないため、今までで一番ムズい。ICCでコンパイル出来たら速度がまた格段に上がると思うんだが・・・


アミノ酸シミュレーションも平行してやっている。BppSeqGenよりはIndelibleを使った方が簡単な気がする。

コドンの組成はデータベースから取ってきたが、終始コドンの割合も計算に入れられていたため、こいつを除いて再計算しないといけない。めんどくせ。


こっちの方は今週中にはコードを書き上げたい。

2010年7月19日月曜日

ISEPよもやま話(3)

クロメラについて。ISEP16でのJanの地味なポスター発表から、隔日の感がある。あの時はkami様のポスターの隣だった。ISEP18では、なんとクロメラ関連だけで5題の口頭発表があった。

Janの発表内容はとくに目新しいものはなく、予定調和的であった(ダメだったと言っているわけではない)。Janは貪欲だし、話していて楽しい。今後が楽しみな若手の一人。

Juliusが発表したクロメラミトコンドリアゲノムは興味深かった。apicomplexaの根元だけあり、まっとうだとは思っていなかったが、pyrosequencingでもタンパク質遺伝子が1種類しか出てこないとは恐れ入る。dinoflagellatesと同様、ゲノム構造はわけが判らない。rRNAは断片化している(これはapicomplexaとdinoflagellatesと同じ)。

発表後質問したが、LSU rRNAのsarcin/ricin loop部分のrRNA断片がでてこないのは不思議。確かにミトコンドリアでは短くなったrRNAをタンパク質が「補完」しているようだが、SR loop部がもつPT活性をタンパク質に移したと考えるのには、かなり抵抗がある。

脂質合成の話はとくに興味なし。ヤツはカラオケで調子こいて、ビールを電話注文してた。まともに日本語も喋れない上システムを理解していないのに、迷惑なんだよ。

ヘム合成系の話。ふーん、そうなの。オメーも酔っ払いすぎだ。

最近形態の論文をよく見ているので、クロメラの「鞭毛形態」は興味があった。カラオケ好きなのはよくわかったから、これからは声が出なくなるまで歌うのはやめようね(とくに口頭発表前には)。

このセッションの仕切り・GMにも一言。しょうがないけど、クジラと同じくらいお年寄りも大切にしようぜ!

ここで「闇」の話題をひとつ。日本では「Natureとか1本あればアカポスゲットだぜ」なんて言われているが、クロメラのNature記載論文の筆頭著者は、サイエンスだけでは食って行けずタクシードライバーをしているらしい。クロメラと同様にapicomplexaの根元から分岐するCCMP株も彼が単離した(らしい)のに。他のクロメラ研究関係者が金沢で酔っ払っている裏では、こんなダークサイドがあるのだ。

2010年7月16日金曜日

筑波学園文庫閉店?

昨日帰宅時に筑波学園文庫の前を通りかかると、引越センターのトラックが2台止まっていた。中をのぞくと棚の本がほとんどなかった。閉店か?

ISEP後、時間が許せば歩いて帰るようにしている。朝の出勤と同じ道を帰るのだが、朝とは反対方向から見る景色、朝には開店していない店の中を覗いたり、以外に飽きないものだ。

ここでISEPよもやま話(2)

「分子生物学と進化」のIFがjump upしたのだが、これは2009年に掲載されたMEGA4の論文のせいだという噂を耳にした。その引用数はすでに4千以上とのこと(自分では未確認)。

2010年7月15日木曜日

よう、首輪付き

今日はKanaにPeggyと同じソフトを入れて、ssh+公開鍵でパスなしで入れるようにした。が、Kana(Ubuntu)からPeggyへのパスなしでの接続がどうにもうまくいかない。逆はできるのに、sshd_configのファイルをいじくってみたが効果なし。特に特別なことが必要であるようなことは調べてもなかったんだがなあ。hosts.allowあたりが原因か?

その後、研究室を早退しておなじみの整体に行った。

ISEPの疲れが少なからず影響しており、身体がガタガタだったのだ。


昨日の事故?のせいか自転車の後輪の軸がずれているようだったので、途中あさひで修理してらった。


ホイール交換とかになったらやだなあと思っていたが、なんとか無償でやってもらえる程度だったので助かった。

が、修理後7~800mくらい走るといきなりチェーンが外れた。うごごごごごご

あさひにもう一度電話すると、車で取りに来てくれて、チェーンも取り換えてくれた。いったん店までとんぼ返りしたが、帰りは整体の近くまで送ってくれた。

多分自分がこのような自転車にまだ慣れていないがために起こったと思われるので、少し申し訳なかった。


で、ようやく無事に整体に行きついた。
谷田部インターの近くにある住宅街にあるのだが、ここに来るときいっつも気になるのが整体の近くの民家で飼われている犬だ。

こいつはいっつも家の塀に前足だけ寄りかかって、すごいきつそうな体勢にもかかわらずじっと外を見つめている。(Fig.1)クルタ(わかるかな?)のでっかくなったような犬だ。つまりゴールデンレトリーバーっぽいやつ。

こいつは一体何を考えているんだろうといつも立ち止まって注視してしまう。
でもご近所には人気者のようだ。

ついでに、整体の家には野良猫が住み着いている。

まだ子猫ぐらいだが、人懐こくてとてもかわいい。
治療を受ける前に10分くらい遊んだが、ずっとサンダルの臭いを嗅ぎつつけていた。そんなに汗臭いか?

整体のある近辺は、大通りから少し離れたところで、田舎風味の閑静な住宅街だ。
子供たちが遊ぶ声が良く聞こえる。

こういうところに住むのもひとつの幸せの形かもしれない。

今日は遅めに行ったので、公園で夜ごはんの弁当を食べた。

夕暮れの公園で食べるのも中々オツかなと思ったが、中身がぐちゃぐちゃになってたので台無しだった。

明日はLDDistをシミュレーションのプログラムに組み込んで追加データを取る予定。

Fig.1

Intel Compiler

ICC欲しいな~。

速いコードが生成出来るらしいが、どのくらい早くなるもんなんだろうね?

計算に一週間以上かかるようなデータを扱う場合、10%パフォーマンスが上昇するだけでもヨダレもんだが・・・


有償でアカデミック版で買うと2万6千ほど。買えない額じゃないな。


まずは評価版をダウンロードして使ってみるかな・・・

2010年7月14日水曜日

くるっとまわって

ISEPから帰ってきて新しく自転車を買った。


今まで使ってきた奴が限界に近付いてきたのと、整体に行くため定期的に遠出をすることを考えて、ちょっといいクロスバイクを買った。


まあそれでも安物と言ったら安物だが、それでも乗り心地は格段に向上した。


特に変わったのがブレーキだ。前の奴はもうブレーキも擦り切れて、雨の日なんかは足を使って止めないと止まらないくらいだった。


当然だが新自転車のブレーキはすごい。キュッ!て止まる。


が、そんないいブレーキに慣れてない自分にはともすればこれは危険な代物なのだ。


今日は学校の帰りに桜のてらしまで買い物をした。あそこの入り口はちょっとした急な坂道になっており、帰るときにそれまでと同じような感覚で運転していた僕は、下り坂でブレーキを思いっきりギュっと握ってしまったのだ。それも右手で。


当然のことながら、とてもいいブレーキのおかげで前輪は即座に止まり、勢い余った僕はいわゆる慣性の法則で空中に飛び出してしまったのである。


車道に飛び出してしまうほどの勢いはなかったのでよかったが、軽く一回転したんじゃないかと思う。その最中でも自転車をから手を離さずに、自分の体を使って自転車の被害を最小限に食い止めようとしていたあたり僕は貧乏性である。


幸いかすり傷をひとつ負っただけで済んだが、店に入ってこようとする車とかがいなくてよかったとつくづく思う。


これからは、左手重視で、そしてソフトにブレーキをかける努力をするべきだと痛感した。

LDDistの使い方

LDDistは site-to-site rate variationを考慮した上でLogDet distancesを計算することが出来るソフト。

editorになりそうな人に一応これでデータを取っておいた方がいいと言われたので、試してみることにした。

インストールはうまく行ったので使ってみたのだが、Γ分布のカテゴリの数を変更しても出てくる結果が変わらない。

NA☆ZE☆DA!!

多分コマンド打つ際のオプションを認識していないと思われ。おそらくコマンドの順番が制限されており、オプションを打つ位置が間違っているのだろう。

が、Usageをみても肝心のオプションをどこに入れればいいかわかんなかったので、コードをみてどのオプションがどんな風に認識されるか調べ、最終的にはさみだれ式に打ちまくってみた。

perlスクリプトだったからまだコードの解読が簡単だったので助かった。

結果ちゃんと使えるようになった。後はこれを今まで作ったプログラムに組み込むだけだ。

明日明後日くらいにはデータがとれるだろう。

Mac proへのArch Linuxの導入はインストールまでは出来たがいざ起動となるとやはりこけた。

rEFLtをブートローダとしていれているがこれがArchを入れたパーティションを起動ディスクとして認識してない。あばばばばば

Grubブートローダのインストールもこけたし、どうも面倒くさいことになりそう。

Macでのデュアルブートに関しては、絶対にこのディストロである必要は全くないため、とりあえず安定に動くものがあればそれでいいと思う。

SUSEはなんかシステム管理のアプリケーションを起動するとバグる。

やっぱUbuntuが一番相性いいのかなあ?

ISEPよもやま話(1)

ISEPであったことをダラダラと書こうと思う。第1回はEuglenozoa rootingに関して。

TCSはEuglenozoa rootingをゴリ押ししていたが、根拠はまるで薄弱。Euglenozoaのmt輸送装置が本当に他の真核生物と異なるのか、ただ配列相同性が低すぎてホモログが発見できていないのか、他の真核生物とは異なる装置へと2次的に変化(進化)したのか、まるで評価されていない。

もっと問題は、まるで自分が神かのように"I know where is the root"と言っていることである。自分の考えが仮説の1つであることも自覚していないかの発言は、もう終わっているとしか言いようがない。

TCSラボのポスドク、学生を含め、会場内でEuglenozoa rootingに納得した人はほとんどいなかったであろう。もちろん英語が理解できず、客観的に彼の発表内容をevaluateできないひとは除く。

この件に関してAJRのコメントは、

"He knows he will change, we know he will change, he knows we know he will change. So, there is no point to believe it."

とのことである。全く同感。

2010年7月13日火曜日

Peggy環境構築終了

Peggyへの系統解析ソフトのインストール完了。

今まで使っていたもの、使いたかったものは全て導入できた。

これでこれからこのマシンをメインに実験をしていくことが出来る。

Linuxについても少しは勉強できたんじゃないかと思う。とりあえずエラーが出ても大抵のことは解決できることは分かったし、ファイルをいじくることにビビらなくなった。

gccの最適化はmrbayes,nhphylobayesで試してみた。どんくらい早くなるかは分からんけどね。

AJRのラボのリンクにCodon Usageのデータベースがあったので、それを探してみるとアピコのCodon Usageがあった。これを参考に次のシミュレーションをやる予定。多分Bpp-Seq-Genの使い方が分かればすんなりいけるんやないかと思う。

KanaにはBootcampでArch Linuxをいれようと思ったが、Bootcampでやるにはあまりに不安要素が大きい(自分の知識不足も含め)ので、今回は見送りにする。

次回またLinuxマシンを構築するときにでもチャレンジしてみようかな。

とりあえずSUSEでもいれておくことにする。

メモ:nhPhyloBayes&Consel

nhPhyloBayesコンパイル時にエラーが出た。

/usr/bin/ld: cannot find -lm

libmみたいなライブラリが入っていないかリンクがうまく貼られていないのかと思って四苦八苦したが、なんてことはない。glibc-staticとglibc-utilsの入れ忘れ。でもこのメッセージからは読み取りにくかった。


conselコンパイル時には
conflicting types for ‘dprintf’

のエラーが。エラーのでたファイルでdprintf関数の名前を適当なものに変更してやるとコンパイル可能になった。

ふう。

メモ:Mrbayes MPI

Mrbayes MPIををコンパイルするとき、多分大概のディストリビューションだと初期の環境だと

bayes.c:45:31: error: readline/readline.h: そのようなファイルやディレクトリはありません
bayes.c:46:30: error: readline/history.h: そのようなファイルやディレクトリはありません
というエラーが出る。

これを解決するには、readline-devel か readline-static(どっちかは分からん、両方でいいんじゃね?)というパッケージを入れればいい。

yum install readline*

これでmakeできる。

多分この後/etc/ld.so.confに/usr/local/libのパスを加えることになると思うが、設定変更語にldconfig するのを忘れずに。

メモ:Figtree

Fedora13ではFigtree 1.3.1をGUIで実行することが出来なかった。
前使ってたディストリビューションでは出来たんだけど。

(figtree.jarをダブルクリックで実行の意)

これはjarファイルがアーカイブファイルとして位置づけられているために起こる問題と思われる。

コマンドラインでFigtreeを実行するには、figtree.jarを/usr/local/binとかに移して

java -jar /usr/local/bin/figtree.jar

とすれば動く。

FigtreeはMacOSXではGUI動かしていたが、まあ正直どっちもかわらんし、あんまり問題はない。
一応メモ。

Treeviewは多分gccのバージョンの関係でコンパイル出来なかったが、個人的にTreeviewはしょぼくてあんまり使う気になんないので、ほっとく。

2010年7月12日月曜日

また日常が始まる

実験室の自分の椅子に座るとちょっとほっとした今日この頃。

今日は大ボスにチェックしてもらった論文を直して、再度提出した。

大ボスの都合があるので、次からはUGと一緒に直していくことになる。

明日はPeggyに系統解析のソフトをインストールする。gcc4.4でコンパイルし、最適化についてもちょっと試して見ようと思う。あとはBootCampでArchのデュアルブートにチャレンジ。今週中に次のシミュレーション用のプログラムのコードを書き上げたいが、どうだろう。前のプログラムのコードをうまく転用できればいけそうな気がする。 


とりあえず、BppパッケージとLDDistを入れる。

LDDistインストールの手引き。

BioPerlが必要。最新版推奨。

コンパイル時にエラーが出るので、LDDist_wrap.cxxの"typedef XS(SwigPerlWrapper);"を"typedef XSPROTO(SwigPerlWrapper);"に変えればいい。古いプログラムだから、現行のgccコンパイラだと問題が出る模様。

参院選

自民党が51席、民主44席で自民が圧勝、参院の改選後第一党になった模様。

とりあえず、参院でも与党過半数、民主第一党という最悪の事態は免れたようですね。事前のテレビ報道ではちょっとひやっとするものがありましたが・・・

これでねじれ国会となり、与党の政治運営にすくなからず障害が生じることになるわけだが、亡国に向かって一直線!である現状よりかは、まだ停滞している方がましだろう。民主の有り様を時代を担う革新派であるような見方をする人もいるみたいですが、「バカが革命するとロクなことは起きない」のであり、現状政権を握っている面々が無能無知無策(+無恥)であることは火を見るより明らかです。かといって一度野党落ちした今の自民党が再び政権をとったとき、素晴らしい政治運営が出来るかというと甚だ疑問ですが、少なくとも超党派の議論も呼びかけずにアホな法案を数の暴力でポコスコポコスコ通したり(前の自民でも少なくとも十分な議論をしようという姿勢はあった。どこかの野党が選挙優先で拒否したけど)はしないだろう。

望むべくは、新たに強力な野党が出てくることですね。自民が堕落したのは一つには十分にライバル足り得る野党がいなかったことが起因しているだろうから。だから党内での派閥争いに終始するしかなかったと言えるし、それが腐敗した政治集団を形成する要因となったようにも思います。

今回の選挙ではごく一般の国民に対しても隠し切れないような重大な失態、失策の数々がこの結果に反映されたと思います。(消費税、政治とカネ、普天間基地等々・・・)

ただ、もっと根本的な所で民主はダメだ。人間的に可笑しいと感じることが例え国会の場であっても日常茶飯事レベルで見受けられる。

まずは今回の選挙で自民に勢いをつけてもらって、なんとか早急に衆議院解散総選挙に追いやってほしいものです。

そういえば、谷亮子は当選したそうな。票を入れた人は何考えて入れたんだろう?選挙中に富士山登るくらいなら、当選後を考えて時間を惜しんで勉強すりゃいいのに・・・

まあ、タレント議員が当選するのは参院選では珍しいことではないし。

やってみないと分からないこともありましょうから、転んで足の骨折ったりしないように気をつけてほしいものです。

2010年7月10日土曜日

ISEP終了~能登半島旅行

今までネットのできる環境に居なかったので、まとめて日記を書く。

7月7日、ISEP終了。

最後のシンポジウムは純粋?なプロティストとは一味違った、生態学や古生物学、方法論も交えた発表だったので、個人的にすごく面白かった。AJRの話がやっぱり一番興味深かった。彼の話はかなり物議をかもし出していた気がする。


個々の発表に関しては自分の英語力の低さ故9割方何言ってるか分かんなかったが、いろんな人に自分の研究を紹介して、下手糞な英語ながら自分の意見を伝える練習ができたので、この学会は十二分に意義のあるものだったと思う。中国から来た人が詳しく聞きたがっていたので、一枚だけ持ってきていたポスターのハンドアウトを渡した。近々またコンタクトがあると思う。

ただ、今学会の一番の感想としては、「カラオケはもう嫌だ」。

名だたるビッグネームが次々とバグっていく様を見るのは面白かったけど・・・

来年のSMBE in KYOTOが思いやられる。


ISEP後は、AJRを加えて親しい人たちと能登半島の別荘を借りて二泊三日の小旅行をした。

別荘も広々していて、すぐ下にプライベートビーチもあってとても快適だった。

一日目は三時ごろについて、軽くみんなで泳いだり、魚釣りをしたりした。YNはダイビングをしていた。
魚釣りの面々は漁港に行ったが、アブみたいな変な小さな虫に刺されまくって早々にリタイアした。


夕食は近くのスーパーで適当なオカズを買ってみんなで食べた。値段の割りに刺身とかがすごくおいしかった。

食事の後は酔っ払いながら卓球をした。AJRとゲームをしたが、むちゃくちゃ上手かった。途中から二人とも軽く本気だった。


夜は遅くまで焼酎やビールを飲んで、いろんな話をした。スーパーバイザー二人を交えて、自分たちの将来について話したりもした。別荘の庭に出て蛍を見ながら飲むビールは最高だった。



二日目に僕は朝5時に起きて釣りをしたけど、あまりいい釣果は得られなかった。唯一食べられそうなアイナメ?をゲットしたけど、魚を調理するのが苦手なので、結局何にも手をつけずに塩焼きにした。ごめんよJack(AJRと命名)。あんまり食べられなかったけど、おいしかったよ。

日中は半島を登って、輪島の朝市に行った。AYさんがソフトクリームを食べているところを後ろから鳶に襲われてみんなびっくりした。市場では日常茶飯事みたいだが、鳶ってそんなことまでやるのかとある意味親近感を覚えた。その後市場で生牡蠣や鮭と一緒に夜のバーベキューの素材を買った。

別荘に帰ってきて海で泳いだ後、疲れきって昼寝をして、六時ごろからバーベキューをした。雨が降ってたけど、別荘の庭に屋根つきのバーベキュー場があったので、外で食べた。

男ばっかりだったので、身の程知らずな量の食材を買い込んでしまった。案の定多すぎてみんな苦しみながら食べた。KTさんが若干あきれてた。でも牡蠣とか焼き鮭とか鰻とかすごくおいしかった。
お掃除係でY崎が必要だった。


さらに男ばっかりだったので、その日の夜は「これはひどい」な会話全開だった。
いろんな話をしていたようにも思うが、下ネタしか覚えてない。
とりあえずひどかった。
AJRがまた一つ新たな日本語を覚えた。

今日は能登からそのまま金沢市まで帰ってきた。行きと帰りに食べたラーメン藤とチャンカレがすごく美味しかった。いいジャンクフードだった。



僕ら学生は夜行バスで帰るので、今は時間つぶしで入った漫画喫茶でこれを書いている。


十分に時間があるので、論文の直しを終わらせたい。
つくばに帰ったらまず系統解析のソフトウェアのインストールなど、Linuxのセットアップを終わらせないとなあ・・・


とにもかくにも、楽しい国際学会でした。

2010年7月6日火曜日

信じられるか・・・まだ半分なんだぜ、今?

ISEP四日目。


ISEP自体は明日で終わりだが、僕らはその後AJRと一緒に能登半島に釣りをしに行くことになってるので、遠征はまだまだ続く。


今日はクロメラやPhylogeography,Cell Biologyの話があった。個人的にはPhylogeographyの話が一番おもしろかった。世界規模でやるとなんかインパクトがある。あとでYUさんなどに聞いたら環境DNAだとやっぱりギャッピーなデータになって苦労することがあるそうだ。



ランチタイムではKTさん、YIさん×2と共同研究の話をした。僕は系統解析担当。データを見るに、様々なMethodologyを試すにもいいテストケースになる気がする。時間の許す限りいろんなことをしてみるつもり。

Poster Sessionでは5,6人に英語で説明した。前半のPoster Sessionと合わせると、予想していたよりかなりの人が興味を持ってくれたように思う。実解析にどうあてはめればよいか、ということをDiscussionするのがやっぱり一番難しかった。ASにはこの後Business Meetingがあるから2 分で説明しろと言われた。ムリだし・・・


Banquetの帰りのバスではAJRとPhylogenomicsに対する懸念や系統解析のソフトウェアをどう発展させればいいかという話をした。Computer Scienceについてももっと勉強して、ドクターのうちにでも自分でソフトウェアを作ってみたいものだ。

今Kami様達はまたカラオケに連れていかれている。しかも先日の2,3倍の人数はいたように思う。

僕は昨日ゲ○して喉を傷めたのでお休み。みなさんごめんなさい。
でも明日もあるかもしれないそうなので、即席で歌える曲を探している。

カントリーロードとFly me to the moonの原曲だったらいけそうな気がする。

2010年7月5日月曜日

Day Off

今日はISEPの中日だった。


昨日の接待が死ぬほど過酷だったので、うちのラボのメンバーは午前中みんなぐったりしていた。(明日明後日またカラオケ誘われたらどうしよう)

午後はEG,TA,CWSらとホテルの近くの市場へ。

ちょこちょこ見て回ってみんなで回転ずしを食べた。

去年の進化学会でも思ったけど市場が近くにある回転ずし屋はメッチャうまい。
EGが食べ過ぎて苦しがってた。


そのあとはTAが浴衣を買いたいと言っていたので金沢駅のイオンまで買い物に行った。

彼らはモノホンの日本刀が欲しいと言っていた。なんでも欲しがるな・・・

とりあえずやめておけという話をした。

途中でコーヒーブレイクをし、ホテルに一旦帰った後みんなで武家屋敷を見に行き、神社にも行った。

神社にあった絵馬に切実すぎる願いから笑っちゃうようなお願いまであったからおもしろかった。


夕食は久しぶり(?)に日本人オンリー(ラボメンバー+GFさんNOさん)で居酒屋へ。


ISEPでかなり溜まったPhylogenomicsに対する不満点について自分の中でのちょっとした理想論みたいなものも混ぜて話した。・・・まあ酒飲みの場だし?

現時点でかなり個人的な感想を言えば、僕はPhylogenomicsにはどちらかといえば反対だ。それをやるなら、特定のregionの遺伝子セットで解析をして、各々で議論した方がいいと思う。その理由は、超大規模なデータセットを扱うとき現行の最尤法やベイズ法では統計学的な限界があるように感じるからだ。今回でてきたPhylogenomicsの結果に全くと言っていいほど解像度がなかったのも一つにはその原因もあるように思う。

でも、やっぱりこういうことを誰かに話すときにつくづく思うのは、口だけにならないように早く業績(特に数)が欲しいということだ。そんで知名度が欲しい。方法論についてはあいつに聞け、みたいな。
そういった意味では今回のISEPでPhylogenomicsに穴がありすぎることが自分の中で再確認出来たりAJRと話すことが出来て、いろんなアイデアを得られたのは収穫だったと思う。突っ込める問題点が多々あり、それがあまり認知されていないのは自分にとってはある意味では好都合だ。といっても僕自身もまだまだ勉強不足だけど・・・。

とりあえず、Day Offなので大ボスにチェックしてもらった論文をちょっと見直して、今日はちゃんとした時間に寝ようと思う。

予想外、、、

昨日はギリシャ出身のポスドクTAのサプライズ誕生パーティーとかを行った。
D308研の皆、カナダ組、チェコ組、USA組などZWTMで30人。恐ろしい数だ。
途中からSA

もちろんメニューは日本語なので、いちいち英語で説明する。当然、英語訳が無い材料もあるわけで、、、
そんな時には

「something like ...」

を連発。人数の関係でバタバタしたがなんとか乗り切る。Texasねーちゃんはやれ「貝が無理だ、あれが苦手だ、、、」となんだかさみしそうだったので、SI君が気を使って追加注文をしたりしていた。

これがただ猫を被っているだけだなんて知らなかった。。。(see below.)

食事の後はサプライズケーキの登場。僕はTAの年を知らなかったので数字の3と0の形をしたロウソクと細いgeneralなものを買っておいた。聞くところによると彼はまだ31になったところ。俺と2歳しか違わん!!!
なんて彼はなんてsuccessfulなんだ。
もちろんロウソクを消す前はBirthday songを30人で大合唱。

お店の人、ご迷惑かけてすみませんでした。そして、どうもありがとう。


ここで終わらないのがISEPだ。
ギークとして有名なCWSが

「カラオケに行ってみたい」

と言いだした。まあたしかにHalifaxにそんなものは無いし、、、
ということでまたゾロゾロとSDXへ。ここで一気に人は減ったがまだ20位残っている。そのあとは流れにまかす感じで。

EGにこの企画を聞かされたのは昼前だが、ちなみに、午後に僕はtalkがあった。
4時にtalkを終え、いろんな人に声をかけていただき、JJと激しくdiscussionし、急いで店を予約しに行く。そしてケーキを予約し、会場に戻った。
シンポジウムが終わったあと、あわててケーキ屋に行きロウソクを購入。そんなこんなで発表より疲れた。

そのせいで夜中に足をつった。。。。

2010年7月4日日曜日

ISEP第2日だん

とりあえずホテルに帰ってきた。これからまた食事に出撃せねばならん。

今日はTCSのレクチャーから始まり、aspusomonadsの3連発などなど。KTくんも発表、質疑応答がラボミーティング状態で可笑しかった。

午後からは、kamiさま、IMくんなどが発表したセッションの座長を務めた。

京大の師弟コンビの2人ともうまく発表しており、評判が良かった。kamiさまは発表の前半で身を切ったネタで笑いをとり、盛大に拍手を受けていた。

ISEP第1日:Mちゃん口頭発表

ラボメンバー全員が、現在金沢にてISEPに参加中なので青集の更新ができていない。

とにかく久しぶりに会う友人たちと近況を報告し合ったり、忙しいのだ。夜は夜で、外国の方をご飯に連れて行かねばならない。

昨日はお座敷で加賀野菜を使った料理とかをいただいた。その後は片町のバーでドイツ―アルゼンチン戦を観戦。

ドイツのSRさんもいて大盛り上がり。一緒にいたギリシャのTAくんはアルゼンチン側でこちらも大騒ぎ。

学会の方もなかなか楽しい。僕の好きな方法論的研究の演題はずくないが、phylogenomic studyによる系統解析の話が2題あった。

ちょっと前は「でかいデータを解析すれば、真核生物の高次系統はイケる」なんて感じだったと思うが、今の状況は一変した。taxon samplingが充実すると重要な部分のサポートはガタ落ち。どのようなmultigeneデータを解析するか、また解析方法の改善も必要だろう。データサイズだけで、全てが解けると思うのはナイーブだ。そんなこと当たり前のことだが。

それと昨日はMちゃんが英語の口頭発表デビューをした。ここのところスライドの直し、原稿の直しでこちらも忙しかった。

発表用のPCの調子が悪く、出鼻をくじかれたがなんとかリカバーし、発表を済ませた。Plastid関係者も興味を持ってくれて、PJKも「分かりやすい発表だったよ」と言ってくれた。本人は不本意だったようだが、十分やりきったと思う。ごくろうさま。

あまり心配していないが、今日はkamiさまの口頭発表。彼は歴戦の猛者なので、きっちり仕上げてくるはず。どんな笑いを入れてくるかも楽しみ。今日一発目のTCSを喰うような、インパクトのある発表にしてほしい!

とりあえず朝飯に出かける。