2010年7月25日日曜日

どうしたもんかね?

ISEPで会って話をしたLKという人からメールが来た。


BPPMLについてのことで、彼の環境ではBPPMLが使えなかった(これも?だけど)ので、彼の代わりに僕が解析をやってほしいとのこと。


データを見るに35taxa 112aaなので、尤度計算自体はそんなに大した時間にはならないだろうが、彼の要望ではブートストラップまでやりたいらしい。

正直自分の計算環境では「おい馬鹿やめろ。この解析は早くも終了ですね」レベルだが、配列長も短いからやれないことはないんだよね。

が、彼のデータがどれほど完成しているか、つまりは超complex modelの計算時間のアホみたいな長さを恐らくあまり理解していないと思われる(当然っちゃ当然だけど)彼にどれほどの時間的猶予があるのか、ということも絡んでくるしな・・・急かされても困るし。


まあBPPはMACでも使えるから、あちらにちゃんとした計算環境があるのなら、樹形探索も含めそれ用にコードを作ってやって(前に似たようなことやったし多分そんなに苦労はしないだろう)、あっちで解析してもらう方が楽だと思う。


やってもAcnowledgeレベルの仕事だからあんまり時間はかけたくないし。(下世話な話こういうことでちょっとでも名前を売っとくのは有効だとは思うけど)。というかこれ→acknowledge you in the publication はそういう意味なのか?


とりあえず、使い方と問題点(長さ的な意味で)をちゃんと説明して、再度あちらの要望を聞いた方がいいと思われ。

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