2010年7月24日土曜日

ISEPよもやま話(4)

あれからもうすぐ1カ月経つが、時間の流れは早えェ。とにかく梅雨明けから糞暑いし。筑波学園文庫は本気で閉店した感じ。

ISEPよもやま話も4回目。とくに誰がこれを待っているわけではないだろうが。

卵菌のpsbAはいまだはっきりしない。そろそろ本物なのか、もしそうならどんなゲノムにコードされているか等決着をつけてほしい。ていうか、ハッキリは言わないけど、当事者以外は誰も信じていないかなぁ?

Collodictyon、apusomonadsの系統的位置はやはりハッキリしない。Collodictyonの解析についてはKSTとのskypeで話を聞いた通り。Collodictyon、apusomonadsとも、phylogenomics解析でも既知の分類群に入りそうにもないが、どうもMalawimonasの位置がが不安定なことと関係があるのか。KSTからCollodictyonのデータ解析に参加しないかと誘われたが、もともとプロジェクトに参加していないしそれほどcontributeできないので断ったのだが、いろいろな意味で正解であったと思う。

現代生物学論文とゲノム生物学と進化論文で、実際の>100遺伝子データを詳細にチェックし、系統解析をしたが、Malawimonasデータはかなりの歯抜け状態だった。これが原因なのかも。

ただAJRがチラッとみせたexcavatesをありったけぶち込んだ解析では、Malawimonasはいるべきところにいた。あの解析はとくにゴチャゴチャとデータを弄っていないとのこと。ただ、Collodictyon、apusomonadsデータなどをDalhousieグループのexcavate-richなデータに加えたときにどうなるかはわからない。

あとX-cellsってなに?rRNAデータに解像度もないのだろうけど、解析がヘボくてよくわからん。面白そうだけど。

PC4AMはナカヤマムシに絡んでくるので面白そう。ICをはじめチェコ勢は楽しい。酒に飲まれるとことは玉に疵だが。



これから環境研の一般公開に出かける。つくばちびっこ博士の季節がやってきた… (ため息)

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