2010年8月31日火曜日

Double Degreeと学振

今日久しぶりに大ボスと会った。

退院してから暫く自宅療養と聞いていたが、会議の都合などにより出勤せざるを得なくなったようだ。

まだまだ本調子ではないようで、何故か入院前と同じくらい顔に疲れが出ていた。アルェ?

暑さも相まったか、顔がいつも通りこんな→(´・ω・`)だった。


早いとこ(雑務の)後継者を見つけて、ぜひともご自愛いただきたいものである。



近況報告も兼ねていろいろ雑談をしたが、その中でDouble Degreeの話が出た。


簡単に言ったら、「生物で博士とりながらCSで修士もとる」というものである。

単にコンピュータに詳しいだけでなく、修士を取るというのはそれなりに価値があると思うし、ボス曰くRAもほぼ確実に取れるらしいとのことなので、自分としては絶対に挑戦したいものだ。

来年の二月に地球進化の学生がこれのための試験を受けるみたいで、その具合を見て傾向と対策を練るという感じだ。


どちらにせよ、CSの大学院試験に受かるくらいの知識は要求されるだろうから、来年は修士論文とも合わせてこちらの勉強もしておかなければならないだろう。


「今が勝負どころ」と言われたが、確かにその通りだろう。


とにかく今は学振の申請のために、ちょっとでも業績を増やしたい所である。


あと半年ちょい。Recombinationの検出を自分で担当出来ることになったので、こいつのデータを纏め、シミュレーション論文と合わせて学振までにどっかに通すのが今の目標。

トロムソ到着

30日の朝6時につくばセンターを出発し、つい1時間前(日本時間で午前5時過ぎ)にホテルに到着した。Mちゃんが言うほど寒くはないが、気温は9度くらい。

コペンハーゲン、オスロの乗り継ぎは何ともないが、とにかく時間がかかったなぁ。とりあえずの印象は、トロムソはハリファックスを5倍くらい寂しくした感じがする。

Mちゃんの発表は反応が薄かったらしい。自分のプレゼンは発表前に専用のPCにコピーするのだが、あとスライドから写真が消えたり、発表途中でプロジェクターが落ちたりしたそうだ。JMAが目の前に座っていて、いちいち頷いてくれたてよかったとのこと。

発表後、「Good job!」を頂いたそうです。

2010年8月30日月曜日

俺は早めに秋になってもいいんだが?

福岡からこちらに帰ってきたときは「やっぱこっちのが断然涼しいな」と思ったのだが、筑波基準で考えると例年よりも暑いのかもしれない。

ツクツクボーシも本格的に鳴き始めたようだが、未だ残暑というよりは暑中といった感じである。

このままだと9月の中旬まで30℃越えの暑さが続きそうな気がする・・・


七月にあったような嵐でも起これば気温が幾分か下がるんだろうが、そんな予兆もないんだな。


暑いのが嫌いな自分としては早く涼しくなってほしいんですけどねぇ。



ノルウェーの方はどうなんでしょうか? やっぱ涼しいのかな。

涼しいってレベルじゃねーぞ!」なのかもしれませんが。

2010年8月28日土曜日

トロムソ(トロムセ?)

ISE2010のため、Mっちゃんが一足先にトロムソ入りした。彼からのメールでは「めっちゃ寒い」とのこと。

Windows Vistaのサイドバーで彼の地の気温・天候を確認しているが、現地時間午前5時だが0度である。快晴だからかもしれない。

いまつくばは30度オーバー・・・ いくら日本が暑すぎるとはいえ、すごい気温差である。体調に気をつけねば。なめてるとヤバい、やっぱダウンベストを持っていくべきだ。

オスロのKSTは「気温がよく変わるから水着も持っていくとよい」などと書いていたが、少なくともトロムソでは必要ないだろう。

2010年8月27日金曜日

総研大

15年ぶりに葉山の総研大を訪ねた。HM氏の学位審査のためである。

TXに乗り、久しぶりに東京へ。品川で横須賀線を待っていたら、同じく葉山に向かうMH大先生にお会いした。あいにく横須賀線は混んでいて別々に座ることになったのだが、逗子で昼ごはんをご一緒した。

鎌倉小町逗子店という豆腐屋さんに連れて行っていただき、シラスと豆腐の丼を食べた。丼を頂きながら、最近の研究の話、論文の話を伺い、楽しかった。陸上植物の葉緑体の収斂進化、LUCA論文に対する反論論文の話、などなど。

肝心のHM氏び無事終了したので、ホッとした。質疑応答でYS先生がAUテストに関して説明を求めたのだが、MH先生、JAさんの前でAUテストの説明をするのはすごいプレッシャーだったであろう。2人ともなんか半笑いだったような気がするし。

26日は逗子は花火大会だったようで、浮かれた男女が沢山いた。若いっていいね。

2010年8月25日水曜日

今敏氏死去

今日の夕刊の記事で知りました。

享年46才、早すぎる死です。

自分の好きなアニメ監督であるが故に、非常に残念な思いで一杯です。

氏の独特な作風は、僕の中の映画に対する嗜好の重要な部分に影響を与えたといっても過言ではありません。


現実と虚構の境目を曖昧にし、登場人物の心の深淵に潜り込むようにしながら視聴者を奇妙奇天烈それでいて哲学的な世界に引き摺り込む、サイコとホラーとミステリーを絶妙に織り交ぜた手法は、高校時代や学類生時代の自分には新鮮で奇怪でなにより刺激的でした。


「PERFECT BLUE」,「千年女優」,「東京ゴッドファーザーズ」,「パプリカ」などの代表作は、押井守や宮崎駿らと同等に日本のアニメに多大な影響を及ぼした良作でした。

テレビアニメとして放映された「妄想代理人」も、それに勝るとも劣らない氏らしい独創的な問題作(いい意味で)だったと思います。


最新作が出るのを楽しみにしていたのですが、重ね重ね残念でなりません。


黙祷・・・

2010年8月24日火曜日

研究員会議

会議中に座った机の上に、濃緑色の消しゴムのかすのようなものが沢山ある・・・

よくみると鼻kusoではないか!息で吹き飛ばそうとしたが机にくっついてる

擦り付けたような跡も見える・・・ OMG!

追記:考えてみると、一人の人間の鼻から採取された量としては多すぎる気がする。やっぱ消しゴムかすかな?でも確認する気にならんわ!

片付いた

ようやく、
よう~やく、

「有害藻類」と「欧州原生生物学雑誌」に出していた原稿が受理された。
まじで長かった。。。特に前者。
これで新年明けから貯めに貯めていた原稿のほぼすべて(5報)を世に送り出した。

残りは今revision中の一つと書きかけが一つ。
なんとか今年の目標である7報に到達できそうだ。

revisionは結局ノザンしなければいけないことになったが、それもおそらく今週末には終わる。
いや、終わらせなければならない。
なぜなら週末に嫁さんの両親様が来られるのだ。
それまでに実験からのプレッシャーから解放され、新たな使命(ぶどう狩り、プール、博物館、etc.etc....)に立ち向かわねばならん。


「オレは研究者である前に、一人の父親なんだっ!!!」

なのか

「僕は父親である前に、一人の研究者なんだよ、、、」

なのか

立ち位置に悩む今日この頃。

2010年8月23日月曜日

我が故郷の海

先週末から今日にかけて、父方の実家である長崎の島原市に行ってきました。

雲仙岳(普賢岳)で有名な島原半島です。

僕が小学生ぐらいの時はまだ噴火の傷跡が色濃く残っていて、そこらじゅう火山灰だらけ、海も灰でどんよりと濁ったという具合の景色でしたが、ここ数年で灰もなくなり、海も比較的透明できれいになってきました。

が、それと同時に実家近くの海岸線の景色も様変わりしてしまいました。

昔は干潟が広がり、その上に様々な大きさの岩や火山岩が転がり、干潮時には浜に降りて岩をどければカニやら貝やらシャコやらドンポやら、いろんな生き物を捕まえることが出来ましたが、今ではそういった岩石がなくなって実にさっぱりしたものになってしまいました。

干潮時に潮干狩りのついでにゴカイを採り、満潮時にはそれを使ってその場でフグを釣ったりして夕飯にするということもしていたんですが、そういう頃と比べるとなんだか寂しい感じになりました。


現在は潮干狩りも海水浴も自由にできないそうで、こういう点では昔が懐かしいものだと感じました。


父方の祖父母も両者ともに80歳越えで、大分腰が曲がったりいろんな所が動かなくなって来たりしてきたようですが、とりあえずはまだ元気そうで安心しました。


ちなみに豚肉野菜のポン酢炒めを作ってやったら美味いと言って食べてくれた。年寄りにも好評だぜ!さすがおr


あちらの方ではずっとオフラインだったので、その間に藻類最前線の原稿を一通り書き上げた。

これから共著者のM本さんと修正をしていく予定。

2010年8月17日火曜日

アピコとラーメン

最前線の原稿の資料として、2009のBabesiaの論文を読んだ。

以前にもちょろっと目を通して「とりあえずショボそう」とは思っていたが、改めてみるとやっぱりショボかった。

一言で言えば「ベイズおいしいです」といったところか(別にベイズ法ディスってるわけじゃなく、使い方の問題ね)


とりあえずアライメントの精度がアヤシイ。
モデル選択の基準がアヤシイ。(covarion modelがAT含量のバイアスに効くって? う~ん、全く寄与しないとは言わんけどさ)

あと蛇足としてはppは歩合で示そうぜ。僕のような素人目でも理解度を疑われてしまう故。

系統解析とは計算科学であるので、配列データ、taxon、解析方法とモデル、これらの要因についてきちんとselectionを行わなければ、いくらデータを集めようとも「チリが積もってゴミの山」くらいの影響しかない。むしろ「山の頂上に向かって登っていたらいつの間にか谷底へ転落していた。何を言ってるか(ry」という状況になる可能性が高い。

が、 アピコの解析に関しては(すべての解析についても言えるけど)その選択の基準となるものが分からんというところが問題である。何が問題なのか、何を避ければよいのか、解決すればよいのかがまずもって分からない。

なので結局は何でもありになってしまうか、何もなしになってしまうかのどちらかにしか帰着しない気もする。

これを解決するにはどうすればいいだろうか?

自分の数少ない(というか唯一の)経験から言えば、問題を仮想的に単純化、明確化して、その上で有効な解決方法を探すというものである。
この例で言えば、アピコにある遺伝子がgene transferの影響を受けていないとした上で、ハチャメチャな速度で置換をしていったという「純粋に垂直な進化」をモデリングし、それによって生成された「きれいなデータ」に対し現状使えうるすべての方法を試し、「このケースではどんな方法が有効か」を調査することである。どんな原因をモデリングするか、網羅的にやるのは不可能であるが、その数を増やせば絶対的ではないにしろ現実の解析に対して何らかの指標にはなるだろう。



この場合、今までやってきたシミュレーションよりもっと複雑な設定が必要となるだろう。
そういうのもまた、おもしろいかもしれない。



真面目な話はここまでにして、これからいつものごとく博多に出陣して食い倒れをしてくる。
今日は昼夜ラーメンと酒祭りだぜうはは。


四年生の二人は、お土産を楽しみにしつつ試験頑張ってください。
まあ大学院の入試なんて軽いもんですよ。
むしろ今日の面接練習の方がハイパー尋問タイムにならないかと心ぱi(ピチューン

2010年8月16日月曜日

長野での休暇

先週後半は長野の山の中で休暇を過ごした。ただ残念なことに台風4号のおかげで、4日間のうち3日は雨だったこと。村の夏まつりも雨だったから行かなかった。川遊びもできずじまい。

久しぶりに盆踊りも踊りたかったけど、残念。都会の盆踊りと違い、歌はなま歌で踊ることができるのだ。

天気は残念だったが、海抜1000m以上の山の中は涼しい。20-25度くらい。夜は布団を被って寝てもOK!下界にくらべると天国である。

飯田のあたりはりんごが有名だが、村で採れたとうもろこしやももも激ウマなのだ。春は山菜も豊富。コシアブラやコゴミのてんぷらも最高。タラの芽は山の家のそばに自生しているので、時期を選べばいい感じのやつを食べることができる。あとは馬肉もおいしい。



残念ながら今朝(午前2時過ぎ)つくばに帰ってきたが、もう暑さにげんなり。とくにうだるような暑さとはこのこと。

ただ通勤途中の栗畑では、夕方虫の音が聞こえた。長野ではもうリンゴが木になっていたし。案外もうすぐ秋が訪れるのかも。


長野からの帰り、中央道から首都高に入ってきて、代々木PAと外苑出口の間に突然現れる病院のネオンは必ずドキッとする。

あの辺りは結構道が蛇行しているのだが、カーブを曲がったときにみえる、赤いネオンの「性病科 中央病院」がとてつもなく目立っている。首都高を通るのは必ず深夜か早朝なので、余計か。

中央病院とやらは性病専門なのか?

2010年8月13日金曜日

帰省

昨日から福岡の実家に帰ってきている。
とりあえずとんこつラーメンは博多駅について速攻で食べた。
福岡に来てラーメンを食べないのはイギリスに行ってフィッシュ&チップスを食さないに等しい行為である。

実家のぬこさんは相変わらずツンデレだったが、近年少しずつおとなしくなってきているように感じる。今年で5歳。僕が高三の頃、ランニングをしていた際に崖の上からすっ転んできたという(当時生まれて一週間ぐらいのちっこい身体でかなり衰弱していた)運命的な出会いをした三毛猫である。しかもそのとき丁度散歩中の大型犬の目の前に落ちてきたので、はち合わせた自分が急きょ保護せざるを得なくなったわけである。まあ可愛いから許す。




今回は特に急ぐ用事もなく、聞けば祖父母が体調を崩したらしいということもあり、2週間ほどゆっくり滞在しようと思う。

そのついでに、久方ぶりに雲仙あたりに小旅行に行くのもいいかもしれない。

が、藻類最前線の原稿はこの帰省中に仕上げないといけないので、まずはこれから手をつけなければ。


仕事もするということで、ドスパラでやっすいPCを買って実家に送ってもらった。
少し無駄な気もしたが、ノートでずっと作業すると疲れるし(特に首が)僕が筑波に帰った後は母親にでも使わせればいいだろう。

職場でも使うようだし、せめてWord,Excel,ネットサーフィンとメールのやりとりぐらいは出来るようにならんとねぇ。


今日はPCのスペース確保も兼ねて、実家の自室の掃除をした。

本格的に掃除をしたのは福岡を出て実に5年ぶりだが、机の奥深くに小学校の頃使っていたおもちゃやら、亡くなった父方の祖父の写真やらがあってなんだか感慨深かった。




そんなこんなで、福岡の夏は暑いです。

2010年8月11日水曜日

ヒャッハー!金だー!

ISEPの出張費が明後日振り込まれるらしい。

今年は早いなと思って金額を見てみたら目がこう→ ( д )  ゜ ゜ なった。


こんなに貰えるのね。


まあISEPで実際に使った金額を考えれば妥当な所とはいえ、この金額を一気にもらえるのはボーナスみたいで嬉しい。


とりあえず、これは携帯(スマートフォンにするかガラケにするかはまだ迷い中)の買い替えとPCのローン、あと小笠原(予定)に充てよう。


自転車も盗まれてしまい、出費も重なり、首の治療に行ったら整体が休みだったという何とも弱り目に祟り目の状態だったのだが、これで少し報われた気がする。


さて、これから帰省前の自宅の掃除をしなければ。

2010年8月9日月曜日

ああ、無理帰ろう

相変わらず首が痛い。

昼食の時も落とした箸が拾えない、下が向けないので弁当箱がそのままでは洗えず椅子に座って洗う、などの体たらくだった。しかも不器用な洗い方しかできないのでズボンもビチョビチョ。

樹形検定の結果を見にきたのだが、まだ3本中まだ1本しか終わってなかった。やっぱり複雑なモデルだとこの程度(32 taxa 112 aa)でも2、3日以上はかかるわな。だからBootstrapは止めておけと言ったのだ。


この状態では全く何もやる気が起きないし集中できないので、今日はもう帰って湿布でも貼って安静にしとくのが賢明だろう。首だしね。


あと、ヤトロさんがiccを持って来てくれたので、受け取りがてらPCの個人購入について話をした。


個人購入もありで、現金での支払いになるが分割払い可能。支払い回数も一回に払う金額も自由に決められる(各支払いごとに金額の変更も可)とのこと。そこらへんは信頼関係なのだそうだ。優しいなさすがヤトロやさしい


パーツを決めたら、さっそく注文しよう。

首が・・・

どうやら寝違えたらしい。

朝方からどうも違和感があったが、シャワー浴びて頭拭いてるときに首が逝った。

上下左右どちらにもミリ単位も動かせない。

しゃがむのにも一苦労。


ということで現在は自宅の椅子から動けない状況である。

トホホ

2010年8月8日日曜日

ドーンドーンドーン

やはり豚肉とミックス野菜(キノコ入り)のポン酢炒めの味は素晴らしい。異論は認めない。

豚肉のジューシーさとキノコの旨みとポン酢の謙虚な味付けがそなわり最強に見える。
牛肉を使うと逆に味がおかしくなって萎える。

学生時代に試した料理の中でこれが一番美味しいのは確定的に明らかだが、もう少し何かスパイスがあるとさらに充実した食生活が認可されるような気がしないでもない。すごいなー憧れちゃうなー


そういえば晩御飯を食べているときに花火の音が数発聞こえた。どこぞで夏祭りでもやっているのだろうか?


思えば近年夏休みにお祭りに行った記憶がない。
子供の時は地元の祭りに行った時、金魚すくいやら色々屋台が出て楽しかったが、近年になるほど規制やらなんやらで屋台の規模と種類が縮小しているような気がする。


地元に帰省した時にいいタイミングでやっていないだろうか?
あったら久しぶりに行ってみるのもいいなぁ。

2010年8月6日金曜日

最も最新の古っちいプログラム

BppMLでNHモデルを使ってアミノ酸の解析をする場合、最新バージョンでは問題が生じる。
具体的には+Fが効かないということが挙げられる。


empiricalモデルを使い時に「モデルの名前を決めてください(?)」と言われる。

モデルの名前を指定。

頻度パラメータにモデルの名前がラベルとして付けられる。
↓(この時点で+Fのパラメータが当てはめられてない点でアウト)
計算結果を出力する時に、それぞれのパラメータを参照

出力「そんなパラメータはありません」

( ゚д゚ )

色々入力するコマンドを試行錯誤してみたが、どうもコードの問題である可能性が大きい。アミノ酸でempiricalモデルを使う場合の問題点なのだろうか?

これにクソ真面目に取り組むのもなんだかバカらしいので、それまで使っていたv0.3.0(最新版は0.5.0)を使うことにした。

シミュレーションに必要な機能がなくなるわけでもないし、Β版やα版を使うわけでもないから問題は無いだろう。第一「これじゃないと動かん」のだから。

2010年8月5日木曜日

放置

2か月強放っておいたrevisionを今日投稿した。
期日まで2週間くらいなので、まあギリギリの部類に入る。
僕はこれまでcommentが返ってきたら直ぐに対応する派だったので、今回は特に遅い。

あと抱えている論文は「現代生物学」のrevisionと「分子生物学と進化」の投稿前原稿だ。

前者はAJP先生がrefereeの一人から要求されている実験について「... completely unnecessary.」という攻撃的なメールを書いてくれたので、それについての返事待ち。メールの入りはだいぶ丁寧なのだが、後半は激しい。。。yinagai先生曰く

「おそらく書いているうちに興奮しちゃったんだろうね」


後者は解析は終わっていて、書くだけだが、「現代生物学」が片付くまでは温めておこう。
これは来年の申請までに通ってくれればいい。結構いいデータが取れていると思うので、急ぎたいのは山々だが、ここは慌てず着実に一本一本通して行こう。この姿勢が必ずテッペンに通じているはずだ(テッペンがどこにあるのかは未だ分からないが。。。)。


何が出るかな?

LKのデータの解析スタート。

とりあえず最初はオーソドックスなNHモデルから。


アーティファクトが誘導される原因がはっきりしているのと、問題となっているtaxonの枝が他と比べてそんなに長くない(0.5くらい、それでも長いけど)ので、原因をちゃんと考慮したモデルを使えばそれなりの情報はデータから得られるのではないかと思われる。


これで検定で素直に出てくれればいいんだけど・・・

なん・・・だと・・・?

http://www.nicovideo.jp/watch/sm11604122


いきなり来やがった。
法改正も参政権も待たずに全部すっ飛ばして来やがった。

政権与党の党員になれ、代表選選挙にも投票できるって立派な政治参加だろ?


ふっざけんじゃねぇ!

2010年8月4日水曜日

何を求めて何処へ行くのか

クレジットカードが来た。

これで、最初に自宅用のデスクトップPCを買う予定。自作まではいけないが、フルカスタマイズでパーツを良く調べて決めたい。

とりあえず自宅でもそこそこの解析ができ、MUGENである程度無茶ができるぐらいのスペックが欲しい。CPUはAMDの6core 1090Tかな。消費電力とパフォーマンス、価格も一番手頃だと思う。冷却機能は充実させたいねぇ。


そういえば一週間経ったがLKからはまだ連絡がこない。

共同著者と話し合っているのか、それとも振られたのか・・・


どっちでもいいっちゃどっちでもいいんだが、時間があったらデータだけでも取っておこうかなぁ。
彼らの予想と自分の興味を照らし合わせれば、あのデータを解析するのはいいテストケースになるかもしれない。
実際にはモデル選択して各ノードでの当てはめ方を何ケースか試すだけだしね。それですぐに良い結果が得られれば儲けもんだ。

その場合は、僕が持ってても腐るだけのデータだから彼らに送ろうかなあ。


ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー
今日見た動画

http://www.nicovideo.jp/watch/sm11614814 衆院予算委 田村憲久

さっさと消費税率10%に上げるって言やいいのに(ちゃんと何故それが必要なのか、それをどう使うか具体的な構想を政府与党の提案として一元化した上で、だが)。
しかしこいつら来年度予算の捻出のために年金特別会計の積立金にも手を出すつもりか?
んなことしたら年金システムが崩壊することにも繋がりかねないぞ。
そうなったら一番最初に困るのは団塊の世代なんだから、こういった姿勢を見て現政権がどれだけ考えなしかを理解する人が増えればいいのに・・・

それより気になるのは9月に外国人参政権が成立されるという噂と、管談話の内容ですね。
国を開くとか誠意を見せるとかそんなのではなく、これらの行為は単なる売国ですよ。闇法案やこういう売国行為だけはキチッと速やかにやるもんだからたまったもんじゃない。
ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー

駄目だこいつら・・・早くなんとかしないと・・・

八月二日臨時国会衆議院予算委員会
http://www.nicovideo.jp/watch/sm11607197 谷垣禎一
http://www.nicovideo.jp/watch/sm11607355 石破茂
http://www.nicovideo.jp/watch/sm11608173 柴山昌彦


はっきりいって中学生の議会ごっこより酷い(与党のみについて)

1つ
参議院選挙の結果を殆ど反省もせず、一年前の衆議院の結果にしがみつきこの期に及んでジミンガーセイケンコウタイガーを連呼するダメ総理。
お前は三週間前に離婚した旦那が一年前に贈った結婚指輪を見せびらかして「ほら、私達幸せよ」なんて声高に妄言を吐くわけ?


1つ
消費税増税について選挙中にメインの話題として提言したにもかかわらず、増税した分を何に使うか、社会保障に使うのか雇用に使うのか、そういった具体的なビジョンを全く用意していないダメ総理。それじゃ御小遣いが足りなくなったからママに追加をせびるお子様となんら変わらん。



1つ
シビリアンコントロールの意味、そしてそれが成立する条件を質問されて、Wikipediaの前文をそのままコピペした程度の見解しか述べられないダメ総理。え?あなた自衛隊の最高指揮官じゃないの?さらに普天間基地問題について、制服組の専門的見解すら一度も聞かなかったという衝撃発言つき。さらにさらに相も変わらず野党議員がたった今述べた見解をオウム返しすることしかできない防衛大臣。国防には多面的であり統一的であり、そして信念を伴った見解が必要なのですよ?子供の遊びじゃないんだ。


最後
口蹄疫について聞かれ、あろうことか最もこの問題についてデリケートであるべきで最もリーダーシップを発揮するべき農林水産大臣が当の宮崎県内の農業従事者を指して「農民」とほざきやがった。こいつは日本の畜産を本気でつぶしたいんだなと思わざるを得なくなった。


なんでこんな奴らが政治の最高権力にのさばっているんだ?
早急に衆議院解散して国民の信を問う(キリッしろや

2010年8月2日月曜日

頭痛がする!吐き気もだ!

この俺が気分が悪いだと!?

シミュレーションの設定のため、コドン64コの頻度(小数点第6位まで)を5セット連続で手打ち入力していたら、なんだか数字に酔ってきた。おえ~。


とはいえ、これで頻度に関してもいくつかの組み合わせが試せるようになった。


そういえばgccの最新版4.5.1が出たみたい。

4.5シリーズは一回更新があるまで使わないでおこうと思っていたので、これは試してみる価値あり。ICCも購入することが出来たので、それが来たら各コンパイラで吐き出したコードの計算時間を比較してみようかな・・・

お勉強ターイム

シミュレーションに使う解析方法を色々考えているが、どうにもややこしくなりそうだ。

実用的なモデルを可能な限り網羅的に試したいが、そうするとモデルごとに使えるプログラム、解析方法が限られてくるため、シミュレーションの統一性が崩れてしまうことになる。

(ベイズとMLの混合はどうなのよ? とか)

そこらへんのことは慎重に考えねばなるまい。

当初は塩基とアミノ酸で解析して比較しようと思っていたが、塩基だとモデル選択によって選択された任意のモデルを、系統樹上で均一に使うか不均一に使うかも含めてflexibleに実装できるプログラムがない。(bppmlはアミノ酸だとdat形式さえあればどんなモデルも実装できるが、塩基にはそれが無く、モデル選択に使われるモデル数よりも実際に解析に実装できるモデル数が少なくなってしまう。)

この条件を満たすもので可能性として考えられるのはp4だが、確証はない。塩基モデルも試そうとするとここらへんが今の所のネックである。

解析に使用できるのは塩基、コドン、アミノ酸のモデルだが、これらをどの範囲まで使用するかを熟考しないといけない。

ちなみに、今度のシミュレーションはPythonでコードを書いてみようと思う。Perlと似たようなもんだと思うが、Lisp習得にも役立つものがあるし、上述したp4の使い方をマスターするのにも必要だろうし、何よりプログラミング技術の向上のためには様々な言語を齧っておくだけでも将来役立つだろう。(一年の目標にも書いたし。)

なので、今週一杯はお勉強タイム。系統解析の書籍でまだ読んでないものが山積みになっているし、帰省中に書こうと思っている藻類最前線の原稿のための資料も読まないといけないし。

お勧め2件

今日この頃。昨日食べたスーパーカップの「ヨーグルトみかん味」はとてもおいしかった。お勧め。

ちょっと前だが(先々週末か)、下妻にある砂沼(さぬま)サンビーチに行ってきたが、ここもお勧め。

サンビーチと言っても海ではなく、プールだが、スライダーや、流れるプール、波の出るプールもあり、1日楽しめる。お勧めは流れるプールに設置された水鉄砲。ただの水鉄砲ではなく、機関銃のようにトリガーを引くと水が連射されるヤツが楽しい。

ここの大きな特徴は、常識の範囲内で大抵のものは持ち込み可だということ。もちろん売店もあるけど、飲み物、食べ物も持ち込みOK。クーラーボックスにいれてビール持ち込んでいる人もたくさんいた(常識で考えれば、アルコールはホントはダメ)。あとピクニックテーブル、簡易テント(海とかでよく見るやつ)も持ち込み可。ようするに、ホントの海に行くみたいな装備でプールに行けばいい。

テントを設営するのにお勧めは、波の出るプールの脇の芝生エリア。

注意事項は刺青率が高いこと。会話から推定すると、組関係者もちょこちょこいる。いかにもな外見の兄貴は同じ関係者(?)と思しき夫婦の子供に、「おじさんは何組?」と聞かれ、「うーん、ひよこ組」と答えてかわいかった。

あとコンビニで前売り券を買うと入場料が割引されるはず。大人1100円が、900円だった。




最近筑波学園文庫の主人と良く(屋外で)遭遇する。大体はBigBoyの交差点あたりで見かけるのだが、昨日はジンベエをきた主人をカワチ薬品で目撃した。いっつも気難しい顔をしてる。

近々に柳仙会があるとのこと。ひさしぶりなので楽しみ。