2010年9月28日火曜日

・・・遅い

今日は英語の授業で論文紹介をやった。

やったのは5月に自然に出たUCAの検定についての論文で、読んだ限りでは若干「ナチュレにしてはなんかインパクトが薄いな」という感じだった。各たんぱく質の配列が独立したトポロジーを持つことも教養して、もうちょっと大規模な検定を行ったかと思ったのだが。

とりあえずMH先生の反論?のコメントが近々出るらしいので、どのような感じになるのか楽しみにしたい。

このデータセット以外でも、よりFlexibleなモデルを使ってこのような検定をやってみたいとか思いながら発表した。

・・・ところで、ヤトロさんに頼んだPCがまだ来ない。かれこれ一ヶ月くらいになるのだが、未だに商品出荷の連絡が来てないようだ。

一応営業日8日以内に出荷って書いてあったんだけどなぁ。即納オプションつければ良かった。

今週残りは最前線の原稿の仕上げや、集中授業やJ.D.Rさんからの依頼の解析をする予定だからまだ必要ではないが、新しくデータを解析したい&そのためのソフトがWindowsじゃないと動かない(多分ノートじゃ無理)&かなり多くのデータを解析するからやっぱり自分のPCでやっときたい、との点から早く来ないかなといい加減焦れてきた所である。

時間がかかるのが唯一の欠点かな。

今日は今からチェックしてもらった原稿の修正。やっぱり上の人に目を通してもらうと、自分じゃまだ全然ダメだなと痛感する。当たり前だけど。何を取り上げ、重点的に議論するのか、そこら辺がまだ分からない。

この原稿や、シミュレーションの論文を通して、少しでもそういうところを吸収していきたいと思う。

とりあえず、昨日はほぼ徹夜の状況だったので、今日は久しぶりに栄養ドリンクの力を借りねばならぬかもしれない。

2010年9月27日月曜日

MK来日前書類提出だん

今日の午後Fedexが届き、その内容を事務に提出した。これでMKくん来日前に行うべき仕事は全て終わったと思う(切なる希望)。

来日後提出しなければならない書類もいくつかあるので、その準備をしておこう。

あとヤツを日本で「捕獲」したら、半強制的にノビノビになっていることをやらせなくては。データセットを取り上げたり、KT君の論文の原稿を書かせたり(笑)

今日がスパコン共同利用中間報告会だと思っていたら、明日だったか・・・ チェッ・・・ さてPC持って出かけますか。

2010年9月24日金曜日

10月5日は柳仙の日

関係者のみなさま

10月1日にはMKくんが来日します。また来る10月5日午後には、理研横浜からKIさんが打合せにいらっしゃいます。そのままKIさんはLab meetingにも参加します。

というわけで、5日は柳仙でひさしぶりの自由討論会を開催することにします。MKくんの歓迎会という意味もあるので、盛り上がりましょう。

そうそう10月1日以降、少なくともMK君がいるときにはラボ内公用語は英語となります。


やれやれ

ついに、ついに、MKくん来日に関連したレターが出来たらしい。今日カナダからFedexしてくれるはず。来週には手続きにケリをつけるぜ!って、来週にはMKくんが来日するんだけど。

今日から嫁がいない。明日金曜日は子ザルの幼稚園は給食ではなく、お弁当の日。きっちりタコさんウィンナーを作ってやるつもり。

今日は一日雨降りで大した外出はなし。kamiさま論文の直しと、センター英語パンフレットに載せる自分の略歴(CVなのか?)を書く、というタスクを行った。あと洗濯と3度の食事の準備もやったけど。主婦は大変だわ、と毎回思う。

2010年9月22日水曜日

題が思いつかない

とにかく暑かった。今日は月曜日の授業があったのだが、教室は30度以上、その中で講義するのはマジつらい。グッタリである。個別冷房はあるのだが、なぜか効かない。

1か月ちょっと前に「真核的微生物学雑誌」にAYくんの論文を投稿していたのだが、今日manuscript centralを覗いたら、「AEのrecommendation待ち」というステイタスに変わっていた。あの雑誌は最近editorial processが速くなってきた。

この論文は新しいexcavateの記載論文なので、AEはexcavatesの「アノヒト」である可能性が高い。でも彼は10月1日に来るMKくんの書類の件で忙しいかもしれない… すぐには査読結果が返ってこないかもしれない…

まあMK君の来日手続きについてはいろいろあって気がもめる。おしゃべりではダダ漏れなのだが、誰が見ているかわからないここに詳細を書くわけにもいかない。

「ネットは一番自由度のない媒体」みたいなことが、「ネットはバカと暇人のもの 現場からのネット敗北宣言」(中川淳一郎:光文社新書)に書いてあったが、その通りだと思うことが多い。日々思ういろいろなことは、ここに書くことがはばかられるものが多い。

ま、暇なときにくだらないことを書きこんでるだけだしで、ブログやツイッターで何かをアピールする気もさらさらない。だからこれからもこんな感じで。

2010年9月21日火曜日

買ってて良かったDesktop

Recombinationの検出関連で新しいソフトウェアを探してみると、サーバ上ではなく自分のマシンで動き、5個くらいののRecombination検出用のプログラムがパッケージとして利用できるものがあった。

やった! と思ったらマニュアルを見るとWindowsでしか動きません。

うちの実験室にはWindowsがない。

アッー!

となりそうだったが思い返せば自宅に4コアのDesktopマシンを頼んでるんだった。月頭にたのんで納品がまだだったのですっかり忘れていた。


頼んでおいてよかった。とりあえずYAさんにもマシンを使わせていただくよう頼んだが、解析は自宅マシンで主にやることになるだろう。

「家でも仕事」の第一段になるだろう。

ペギーと双子(右)はしばらく共同研究の解析に勤しんでもらおう。

マシンがくる前に、適当に新しいデータセットをつくっておこう。といっても未だ良さそうな例が見つからんのであるが。

マニュアルも鬼長いのでちゃんと読まねば。う~ん

2010年9月20日月曜日

ドキドキ•••いや、なんでもない

9話は一番キツかった。軽く鬱った。

けど「キツさ」と「いわゆる本物」的要素の質がだんだん変わってきている気がする。
なんちゅーか厨二臭くなってきたというか。。。

それさえも伏線ならば感心するんだが。

とにかく他人には確実にお勧めできない作品ではあるな。



データセットの解析はオフラインでやったのは終わったが、サーバに放りこんだのはまだ終わらない。明日のミーティングにギリギリ間に合うかというところかな?


このあと資料を作って、新しいデータセットを作るのは明日になるかねぇ。

YI(おお一緒)さんのデータは現在モデル選択、最尤系統樹構築が終わってブートストラップ解析中。これは明日の朝までには終わっとるやろ。

RAxMLでML TreeにそのままBP値を書き込めるのは便利と感じた。

さて、このところ季節の変わり目のせいか、妙に目覚めが悪い。今日も正午過ぎまで全然集中力が無かった。なるべく早寝早起きを心がけたい。

枕とマットレスも変えたいなあ。

2010年9月19日日曜日

データセット作り

5月に出たMEGAの最新版(MEGA5)は最尤法の解析もできるようになったようだ。樹形探索はどの程度まで使えるようになったのだろうか? あとMPIで解析はできるんかな。

その他にもConstraintかけて系統樹構築とか、MUSCLE使ったアライメントとか色々総合的なことができるみたい。

が、まだベータ版。早く正式リリース来ないかな~。


今日は実験室でサーバにぶち込むデータセットを引き続き作った。


今まではそこそこノイズがなければコントロールのデータセットとして使っていたものを、今回は条件をもっとシビアにしてデータを絞った。

多少普遍性には欠けるが、AICcを統計基準として使う際の配列長とパラメータ数の限界や、単純な計算時間などを考えるとコンパクトにせざるを得ない。


ともあれ、今調べている遺伝子についてのまとめとしては、クリアなものが出来ると思う。

明日はM本さんの暗号論文と最前線の原稿のチェックを済ませて、出来れば新しい遺伝子のデータセットを設計したい。


余談だが作業用BGMを流すときにデスクトップPCよりMac Book Proの方が音が良かった。やっぱりサウンドカード入れないと質が落ちるのね。

夜戦

・・・あと、50個ほどデータセットをつくって・・・解析をかけて・・・


ね、眠いぞ・・・

2010年9月18日土曜日

宝の山 だといいな

今日は今やってる研究で使っているソフトウェアの元論文を読んだ。


簡単に言うと配列データに対して、Break pointを含めたどのモデルがいいか、というAICcを基準とした最適化問題にアプローチするものだが、検証するモデルの数が多いのでそれを遺伝的アルゴリズムを使って解こうというもの。


久しぶりに集合論的な表現が出てきて、ど忘れしてたのでちょっとビビったが、案外すんなり読めたと思う。遺伝的アルゴリズムに対しても少し勉強できた。


後はsite-to-site rate variationの考慮の仕方が特殊?みたいなのでそちらの元論文も読む。
あとは根本的な所の基礎も曖昧なところがあるので、そこも補完しとかないといけない。

今までのデータのまとめと、追加のデータも取りたいので、三連休はちと気合を入れてやらねばならぬ。最前線の原稿ももっとブラッシュアップしないといけないようだ。


データベースを覗いてみると、何だか何かありそうなファミリーは発見できた。まとめるものをまとめたら、早速こいつでデータセットを作って解析をしてみたい。当たりだといいが、果たしてどうなるやら。


データベースではある程度データがまとまってくれているので、豆鉄砲ガン打ちも比較的やりやすい。外れても埋もれている宝箱がきっとあるだろう。

2010年9月16日木曜日

むごい


午前中凄い雨だったが、バーツク大の総合研究棟Bのそばは恐ろしい強風だった。冬のダル・タッパーBldg傍程ではないけれど。

そんな悪天候の中、SRさんとあうために出かけたのだが、大事に使っていたお気に入りの傘が破損… 細い骨が折れるとかはよくあるけど、ここが折れますか?

新しい傘、買わなければ。あれだって安モンではなかったのに。

かめ〇めは大王

今日の筑波山のふもとは豪雨。
お山の神様が相当お怒りのようだ。

そんなこんなでまだ家にいる。

風が吹いたら遅刻して~
雨が降ったらお休みで~

2010年9月15日水曜日

そげぶ

                       ヘ(^o^)ヘ いいぜ
                        |∧  
                     /  /
                 (^o^)/ てめえが分類群を何でも
                /(  )    思い通りに出来るってなら
       (^o^) 三  / / >
 \     (\\ 三
 (/o^)  < \ 三 
 ( /
 / く  まずはそのふざけた
       幻想をぶち殺す


元ネタ見てカッとなってやった。
特に深い意味はない。反省はちょっとだけしてる。

2010年9月14日火曜日

先生のご指摘

涼しくなってランニングが出来るようになってきた。

ランニングは「ループ」という筑波大をぐるっと回る約4kmくらいのコースをゆっくり走るのだが、このときに色々考えながら走るのが楽しい。30分くらいかかるが体感的にはあっというまである。


大体考えるのは自分のやってる研究について。明日はこれをやって、今週の目標は・・・とかいう具体的なことを考えたりもすれば、いまやってるデータ取りやらがゆくゆくは一本の論文になって、あんな雑誌やこんな雑誌に載ったりしてうへへ みたいな妄想をすることもある。

もしかしたら他人からみたらすこぶるキモチワルイ顔をしながら走っているのかもしれない。


今日は、自分のシミュレーションの論文についてMH大先生からの助言(質問?)について考えた。

最初はそんなに問題のあることではないかな、と思っていた。実際今回の研究に関してはとりあえずレビューで何も言われなければスル―するつもりだし、それで大丈夫だと思う。

しかし、先生の言われたことをよくよく考えてみれば、それはそれで面白い題材になりそうなものだった。

丁度それに似たようなことを次にやろうと思っていたので、今回のことで方向性がかなり決まった感じだ。


MH先生は自分の経験上から今回の指摘をされたとのこと。やっぱり主張が自分の「経験」に基づいている人のいうことはとても説得力があると思う。この分野の第一人者であるならばなおさらだ。


まだ直にお会いしたことがないので、ぜひとも一度じっくり話をしてみたいものである。

2010年9月11日土曜日

iPodの音質改善

「ゆめにっき」の動画を流しながら昼寝したら頭がちょっとイカレそうになった今日この頃。

オーディオプレイヤーとしてのiPod touchはWalkmanに比べ大分音質が下がるとの話だが、タッチパネルの操作性の良さと、なにより3000円ほどで電子辞書のアプリケーションが入れられることでオーディオプレイヤーと電子辞書を合体できるのは魅力である。

ジャックで直刺しではなく、ドック接続経由でイヤフォンを繋げばwalkman並みの音質が得られるとのことだが、電池消耗が激しくなる(2/3程)のと、何より金がかかるので、音楽ファイル(ビデオも)のエンコードを工夫すればどの程度になるか試してみた。

一応イヤフォンはApple のIn-ear Headphoneを使用。

結果的に、CDから取り込んだ音楽に関してはサンプリング周波数とビットレートを出来る限り最大にした場合(44100Hz, 320kbs)ならば、Walkman(AW-845)と比べてもそこまで酷くはならない。

さすがに低音域の表現は落ちるが、音のクリアさなどについては気になるほどの違いにはならない。

だが、マイナーな曲でwebから落としてきた音楽となると、もともとのファイルのビットレートの問題があるので、元から音質があまり良くないものに関しては決定的にレベルが下がる。

Walkmanではそこそこ聞けていたものが、iPodでは音がカサつく(主観的表現)。これについてはまあどうしようもない。犠牲として片づけるしかないだろう。


ビデオについても同じ、映像と音楽両方に関してfpsやビットレートに気をつけておけば、そこそこ良画質良音質のものが楽しめるだろう。

その分容量は莫大に増えることになるが、32GBだとこの問題もクリアできそうだ。

しかしながらiPod touch使いやすいなあ。二年ほどはこれとガラケで持たせた方がいいという結論に至った。スマホは自分にはまだ必要ではない。



ちなみに明日は引っ越しだ。部屋が変わるだけだけど。

部屋が一回り小さくなるので、今から捨てるものを選別する。
明日はY崎、Y村に手伝ってもらう予定。

体調不良

ノルウェーから帰国後、体調が悪い。首が痛いし、鼻づまりで寝るときつらい。歳のせいか。

そんなせいか引きこもりがち。大学に行っても、極力オフィスから出ないようにしていた。

今週すこし考えさせられたのは、学生の学会発表についてである。ある人曰く、「参加費を払えばだれでも学会で発表できる」というのである。これは正鵠をえていると思うが、学生の学会発表を業績としてどのように評価すべきなのか。

ある人(さっきと同一人物)曰く、「参加費を払えばだれでも学会で発表できるだから・・・」というのである。つまりそれほど評価はしなくてもよいのでは、ということである。

でも逆に「参加費を払えば学会で発表できるんなら、やれば?人前で話す練習にもなるし。」とも考えられる。これをさらにプッシュすれば、「やればできることをしないのは怠慢じゃん?」とも考えられる。

まあどちらが正しいかわからないし、正解はないだろう。ぼくは「やればできること(学会発表)をやった」学生は、やらなかった学生よりは評価すべきだと思う。

人前で自分の研究を話すのは、どのレベルであれ役に立つことだと思う。まとまった話するには、データや論理を見直さなくてはならないし、これまでの研究を振り返り、纏めるという意味は大きい。つまり今、ゴールまでの距離を自覚するチャンスである。

こんなことを書くのも歳を取った証拠だろう。

2010年9月9日木曜日

大当たりの日

昨日30個ほどのデータセットを作ってサーバーにぶち込んでおいた。

今日見てみたらまだ全部の解析は終わっていないものの、終わってるデータセットの中でも5,6個ほど「いい」結果が得られた。残りの怪しいものも、違うプログラムを併用すれば是か非か判断が付くだろう。

今調べてる遺伝子に関しては、メインに言いたいことを支持するデータは十分に得られるだろうと思われる。

追加でやるデータに対しても、文献を調べてみたら都合の好さそうなソフトウェアがあった。

とりあえず今まで出たデータをまとめて、休日中にでも関連論文を読んで、来週中には追加の解析ができるだろう。

今んとこは順調というところじゃろか。


これからどうなるかは、追加の解析がデータの選び方も含めスムーズにいくかがキーになるだろう。まああくまでも慎重に、だねぇ。


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研究以外の戦績

Y吉さんが五人増えた。
買い物の返済余裕です本当に有難うございました。
やっぱり俺とK次との相性は抜群だのう。始めて3回転で当たった時には我が目を疑った。

何だか九月に入ってから運気が上がった気がする。大事なとこで落ちなきゃいいけど。

Sexy results!

先々月の半ば頃に返ってきた「現代生物学」への審査結果でのコメント、

~の実験も追加しなさい。
~に興味があるので、、、もするべきだ。
etc.
etc.

に対し、やれる追加実験は一通り終わった。
大きな実験は2つだけだったが、どちらもD308ラボに移ってきてから初めての実験だったので、器具や試薬の調達に時間がかかってしまった。
そして通常であれば

「DNase freeかつRNase freeかつProteinase freeのガラス容器」

を使って慎重に行うところも、

「過酸化水素水で軽く拭いて、RNase inhibitorで軽く拭いて、DEPC水で軽くすすいだブルーチップ容器のふた」

で代用してみた。

「シェイカーインキュベーター」

も無いので

「無理に温度を上げた普通の乾燥機に入れ、数分に1回手でグニグニする」

という事もした。



「物があって、すぐに誰でも使える状態」

は確かにすばらしい。
でも僕は、

「物が無いので、工夫して代用品を作り出す」

に面白みを感じることができた1カ月半だった。



結果はすぐに共著者の皆さんにメールで送ったが、その返事がカナダのAJR先生から早速届いた。
Very sexy and beautiful result!

自分でsexyな結果なのは分かっていたが、やっぱ他の人からもそう言われるとさらに嬉しさが増す。
残った仕事は論文の改訂だ。
実はこちらのほうが大変かもしれない。。。

2010年9月8日水曜日

リモートデスクトップの利点

A.C.C.Cでリモートデスクトップが使える。


何か特別なソフトウェアが使えるわけでもないので、リモートデスクトップ自体にあまり利点はないのだが、これを使うと学校の回線でネットが見れるので、家で見れない論文を見ることが出来る。

オープンアクセスでない論文もリモートデスクトップで落としてきて転送すればオッケー。やったお^^


論文探しをするのは楽しくてかなり好きなのだが、自分に馴染みのない分野の論文を探そうとすると苦労する。


それらしいキーワードで検索するも、出てきた論文を見ても「なるほど、分からん」

今はバクテリアゲノムでのパラログにいい例が無いかを検索中・・・

恵みの雨というべきか

台風が関東直撃コースに入ったということで、外の雨足も強くなってきた模様。

が、九州人からすればこの程度のものなど熱帯低気圧の域を出ないという感が否めない。

毎年この時期は運動会が頻繁に行われるのですが、九月後半になってくると連日の如く台風が上陸してくるので準備もままならなりませんでした。

「ちょ、また生まれたのかよ!? (号的な意味で)」という感じ。

上陸の仕方も右なのか左なのかで大分被害が違ったなあ。


と、関東に引っ越してくるとあの凄まじい雨風が懐かしくも思えてくるわけです。

なにはともあれ、雨が降って気温が下がったのは良かった。ただ土日には台風一過でまた気温がうなぎ上りになるらしいですけど。。。

秋雨前線が早く来い。

明日は午前中整体に行くので、早めに過ぎ去ってくれるといいのですけど。

2010年9月7日火曜日

データがッ!出るまでッ!

(コマンドを)打つのをやめないッ!

数打ちゃ当たるの原理で片っ端からデータセットを作ってサーバーに放り込む。

配列長、配列数はそんなに大きくないので、ある程度データセットが増えても大丈夫だ。

ただデータセットの作り方は、範囲を広げると色んな可能性が出てしまってこんがらがってしまうので、今まで得られた結果について考えられる仮説を一つずつ検証していくように作っている。

今かけている解析の結果が出れば、ある程度見解を固めることが出来るだろう。

しかし種内のRecombinationはかなり出てくるのに、種間では今のところ解析のブレ以上のものは確認されない。やっぱりレアイベントなのだろうか。


双子(右)の解析も最後のブートストラップ。

明日はいいデータが沢山出ることを切に願う。

是非もなし

現在行っている解析はWebサーバ上で出来るので、家帰ってから解析をかけようとしたら、メモとか肝心な資料を忘れたのでデータセットが作れなかったorz 

明日まとめてかけることにしよう。

結構データが集まってきて、堅い結果も幾つかゲット出来たので、あともうちょい実験してみてから一度データをまとめようと思う。

JAMSTECから送られてきたデータは現在双子の右をフルに使ってフルに解析中。明後日くらいには終わるだろう。それにしても、ブートキャンプでLinuxを入れてからはシステムがかなり安定した。OSの相性が良かったかな?


それはそうと、弁当屋で注文を待っている間新聞を連日見ていると、代表選の話題しかのぼらない。なんか候補者両氏の支持率もコロコロ変わっているし、バラエティのノリに近い。


ま、どっちがトップになっても変わらんのでしょうけども。

カァンは演説で偉そうなこと言ってる暇あんなら景気対策しろよ、お前現職の総理大臣だろ。まあ雇用雇用と言う割には乗数効果も知らん人が出来ることも限られているんだろうけども。
一説にはカァンが円高に対して何もしないのは消費税を上げるためだとか。
円高で不景気→「税収ないから消費税上げるしかないよね?しょうがないよね?」という目論見。
んで上げたら何事もなく円安に変更。
このくらいのことは余裕でやれる程の国の財力はあるらしいんですよね。
というか赤字国債ヤバいとか言ってるけど、官僚談ではその赤字国債分返済できるくらいの貯金も蓄えているのだとか。まあ「あるない」と「使える使えない」ひいては「使う使わない」は別問題ですが。

オザーさんも剛腕なのは政局だけ。この期に及んで「海兵隊は要らん」とか「無駄を省いて財源捻出!」とか言ってるのがいい証拠。海兵隊については単に大陸方向に向かってジャンピング土下座したいだけだろうし、来年度の概算要求の額の実際を見てもこんなことが言えるというのが信じられない。


強いて言うなら「カレー味のうn<自主規制><自主規制>味の<自主規制>」どっちか選んで食え、というとこですね。


が、一番問題なのは「この選挙が日本国民のみの手で行われるものではない」ということ。

投票権をもつ民主党員に、何故か参政権を持たない外国人でもなれるという、滅茶苦茶な状態があるわけです。それでその違法な状態でこの国のトップが選ばれるという。ありえん。

しかもこの問題に対する官房長官のコメントが
「あ、マジで?今日初めて知ったわwwサーセンwwww」
なのだからたまったもんじゃない。
http://sankei.jp.msn.com/politics/situation/100906/stt1009061201011-n1.htm

せめてこの代表選が衆院解散総選挙に結びついてくれるといいのだが。

リーマンショックの時と違って、お花畑の無能か金と自己保身に必死な無能が権力の座にしがみつくだけなら、一回政局をばらした方がいいと思うんですがね。

2010年9月6日月曜日

QSK

訳:Q(急に)S(資金が)K(来たので)

ISEPの経費が早めに支払われたので、色々と買うことが出来た。

↓最近の買い物事情

・イス
実験室用のいす。今までリサイクルしてきた社長椅子を使っていたが、いささか堅いのとハイバックではあるが首までサポートしてくれないので、新しいのに買い換えた。社長室は松本さんのオフィスに持って行った。
イスに関しては妥協はできない。長時間デスクワークしたとき、俺の首がストレスでマッハになった時の無気力と苛立ちとささやかな憎悪の入り混じった精神状態を考えれば、少しでもいいイスには座りたいものである。


・Mac book pro
買っちゃった(笑)。持ってるノートがポンコツになってきたので買いたかった。タッチパッドの操作性とバッテリの耐久力を考えたらMacがいいというのが自分の中での結論だ。13インチでSSDにしてみました。さすがに高くなるのでSSDは128GBだが、容量が足りなくなってくるころにはもっと金額が安くなっているだろうから、その時に換装でもしようと思う。しかしさすがにSSD。OS起動などアクセス速度はダンチですな。サイドパレットやランチャなどを入れてセッティングし、AYさんからイラレのシリアルも一つ戴いた。こいつで5年はもたせるつもり。


・引っ越し

といっても部屋換えなので金額的な負担はないが。角部屋で音を全く気にしないでいいというベストポジションが空いたので、来週早速乗り換える。これでスピーカーがフル活用できるぜ。ただ部屋のサイズが一回り小さくなるので、収納家具などを少し新調しなければならない。


あとこれに自宅用のデスクトップもある。これの支払いに非常に柔軟な対応して戴いたヤトロさんには感謝である。

・・・とはいえ、これだけやったら暫くは何も買えないね。頑張って学振取らないと。
いまさらだが見切り発車って怖くね?

さよならNorway

といっても明日のこと。ここ2日間は天気も良く暖かだった。15℃くらいだけど。

KSTとずっと一緒だったわけだが、共同研究の可能性を2人で探ったり、情報交換をしていた。少なくとも簡単な共同研究は2人の間ででまとまった。実際に筑波側で実験をする人が見つかれば、だけど。僕に話を振られた人はよろしく。

あとここには詳しく書けない内部情報をいくつか集めることができた。そのうちの1つは、これから取りかかる共同研究に重要な情報である。

明日はこちらの午後に日本に向けて出発である。日本はまだ暑そうだなぁ・・・

2010年9月3日金曜日

トロムソ最終日

今日は晴れ。ただし、にわか雨はあるのは当然。最終日ということで、IMくんの発表があった。身を削るネタで笑いをとり、堂々としたものだった。

途中詰まるところもあったが、それはそれ。完全にペラペラに話すことが重要なのではなく、どれだけ聴衆にメッセージを送ることができたかが、トークの出来を決めると思う。ISEPよりも進歩していた(と思う)。

今回からPostdoc award、Best poster awardができたのだが、日本人は誰も受賞できなかった。これは参加者はなかなか多いのだが、対象となる学生やポスドクの参加が少ないことも原因かもしれない。おっさんたちではなく、次回は若者がどんどん参加し、1人くらいは受賞してほしい。

次回ISE2013はHalifaxで、JMAが仕切りとなる。日本人ポスドクもいるはずなので、今回参加しなかった学生、ポスドクの人たちもぜひ参加し、賞を取りにいってほしい。

バンケットではトナカイ肉、クジラ肉もでて面白かった。トナカイ肉はJMA曰く「gamyな味」とのこと。うまく日本語にできないが、確かにそうだと思った。クジラ肉は少し癖があったかな。個人的には1切れたべればOKだった。



そういえば、KJからウズベンの葉緑体進化でとても熱い未発表データを聞いた。当然だが、他人の未発表データをここに書くわけにはいかない。帰国したら(うちのラボの人には)教えます。お楽しみに。

2010年9月2日木曜日

噂話@ISE2010

京大のU田くんからの噂話。

学振PDを通すにはIF5点以上の雑誌に載った論文がないとダメ。業績数だけでは申請数が多くて判断ができないので、まずそれで「足切り」をする。

信じるか、信じないかはご勝手に。IF5点以上の雑誌に載った論文がある方が有利だと思うが、僕はあまり信じない。

連投ですまぬ。

トロムソ第3日目

昨日はエクスカーションで、午後からフィヨルドを見に行ってきた。小雨が降り天気も悪いこともあり、荒涼とした風景だったが、迫力満点であった。バスで4時間ドライブし(途中2回フェリーを利用)、トロムソまで大型フェリーで帰ってきた。ホテルに着いたのは0時ごろ。

そのおかげで今日は疲れた。学会では地中に咲くランの葉緑体ゲノムの話が印象的であった。約60 kbpしかなく、rpoや多数のtRNA遺伝子も消失している。もちろん配列の置換速度も上昇している。

終了後6時ごろdowntownに帰ってきて、お土産でも買おうか、とおもったら、ほとんどのお店は午後5時で終了だった。商売っ気がない。モールはやっているのだが、典型的なおみやげが買いたいので、モールには用がなかった。

(今日のところは)買い物はあきらめ、じゃあ飯でも食おうとはいったパブは、ビールは飲めるけど食べ物はないとのこと。店先のメニューには食べ物が沢山載っているのに・・・ちなみにその時の気温は5度であった。

まあビールをのみながら馬鹿話をして盛り上がったが、夕食はMちゃんおすすめのケバブとなった。北極圏まで来てケバブかよ、という気もしないでもないが腹も減ったし、それでいいやということに。MちゃんとIMくんは「メガケバブ」を食べていたが、巨大だった。

もう一軒バーに行き、ビールを一杯飲んで解散。今日は寒さが身にしみた。ラーメンとか、鍋とか食べたい。

もう明日は最終日。IMくんはトロムソ大の日本人学生と、午後9時に待ち合わせてどこかに飲みに行くとのこと。

2010年9月1日水曜日

Eigen Factor

どうもこのまえ寝違えてから首の凝り具合が加速した気がする。

半日くらいデスクワークしてると最後らへんは首を引っこ抜きたくなるくらいである。

\首などいらぬ!/

 そうなると集中力も切れかけてくるわけで、今日は解析の待ち時間の間モチベーションを上げるという細やかな意味も兼ねてTULIPSで論文のランキングなどを見てみた。


Eigen Factor(EF)というのが前から気になっていたので、今回少し詳しく調べてみた。

Impact Factor(IF)が単純に言えば引用数÷発表論文数であり、引用そのものの重み付けはしない。要はNatureから引用されようがローカル雑誌から引用されようが引用は引用であるということ。

そこで、EFでは引用被引用の関係から引用の重要度を客観的に評価(Googleと同じようなもんらしい。詳しくは知らね、ググれ)することで、IFにあった欠点を無くしたということらしい。

これによって、誰もが「ああ有名だよね~あれ」と思う雑誌、知名度のランキングと、実際にEFによって表示されるランキングとが、分野の偏りなく大体一致するようになるそうな。ホンマカイナ

少なくともIFにあった、Review誌や発表論文数の少ないローカル雑誌のIFが高くなったりすることがなく、本来の雑誌の価値に近いものが測れるようである。

そいでもってEFで見てみると、Grobalな分野ではPNASがNatureに次いで全体で2位(3位は科学)だった。IFからは考えられない順位だ。


進化の分野ではMBEが1位。これはIFと見てもあまり変わらない。Review誌はやはりIFよりも順位が落ちた。

おもしろかったのは、MPEが6位とかなりいい位置にあったこと。BMC 進化と生物学や、Systematic Biologyよりも上である。


EFが本当に雑誌の価値をIFよりも正しく評価しているかどうかもあるが、やっぱり問題なのはどれだけそれが浸透しているかだろう。
皆が知らないメジャーで測っても意味ないし。

まだ提唱されてから日の浅い評価基準だが、これからEFがIFにとって変わるようなことがあるのだろうか?