2010年9月19日日曜日

データセット作り

5月に出たMEGAの最新版(MEGA5)は最尤法の解析もできるようになったようだ。樹形探索はどの程度まで使えるようになったのだろうか? あとMPIで解析はできるんかな。

その他にもConstraintかけて系統樹構築とか、MUSCLE使ったアライメントとか色々総合的なことができるみたい。

が、まだベータ版。早く正式リリース来ないかな~。


今日は実験室でサーバにぶち込むデータセットを引き続き作った。


今まではそこそこノイズがなければコントロールのデータセットとして使っていたものを、今回は条件をもっとシビアにしてデータを絞った。

多少普遍性には欠けるが、AICcを統計基準として使う際の配列長とパラメータ数の限界や、単純な計算時間などを考えるとコンパクトにせざるを得ない。


ともあれ、今調べている遺伝子についてのまとめとしては、クリアなものが出来ると思う。

明日はM本さんの暗号論文と最前線の原稿のチェックを済ませて、出来れば新しい遺伝子のデータセットを設計したい。


余談だが作業用BGMを流すときにデスクトップPCよりMac Book Proの方が音が良かった。やっぱりサウンドカード入れないと質が落ちるのね。

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