2010年10月22日金曜日

八方塞がりからの脱出?

INDELibleを使ってコドンモデル(non-homogeneous)の配列生成を行いたいのだが、どうもうまくいかない。

ちゃんと(置換が極限状態に収束したという意味で)コドン頻度が変わっているなら、出てきた塩基配列におけるAT含量に差が出るはずなのであるが、これをNHモデルでやったときにうまく再現できない。


INDELible以外のプログラムを試しても全然だめで、最終的に四方八方壁にぶち当たって立ち往生の状態になってしまったわけである。


これはもう作者に聞くしかねぇということで、INDELibleの作者(ZYかと思ったら違ってた、すんません)に先ほどメールを送ったら、30分ほどで帰ってきた。

レスポンスが早いというのはホントに心の底からありがたいです。


作者曰く、プログラムにバグはないとのこと。

解決策としては、枝長(現在1.0)をもっと長くしたら?10位に。ということらしい。


最初は10!?と思ったが、そもそもコドンモデルでシミュレーションするときには枝長と置換数の計算方法が塩基の場合と違いが出てくるのかもしれない。


これで枝長を伸張し、期待した結果が得られたならば、これについて理論的に説明する必要があるだろう。そこは大ボスの知恵を借りるべ。


ともあれ、まずは上記のセッティングでやってどうなるか、折角自宅にNew PC(名前はGhidorahにした)が来たので、こちらをセットし、初仕事としてこの解決策を検証してみよう。

うまくいけばいいなあ。

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