2010年10月29日金曜日

整備終わり!

やっと終わった。

やはり三台がかりはきついね。まだScoreを使ったクラスタ構築とかはあるが、これはまあ急務ではないので時間があるときに試そう。上手くいったら使えるPCを全部つなげちまうかな。


今回ソフトウェアのコンパイルはGCC4.5.0及びICC11.1で行った。Peggyの方のプログラムはiSGv2.1.0とPhyloBayes以外すべてiccでコンパイル。PhyMLもGoogle Codeからソースを取ってきた。PhyloBayes系はGCCでも乱数生成のコンストラクタが見つからないといって動かない。ググっても簡単には解決策がわからなかったので、とりあえずはバイナリで我慢している。

ただ、前のFedoraの環境ではコンパイルできたんだけどなあ。GCCのバージョンによるバグか、なんかのライブラリが足らんのか・・・う〜む


あと、MrBayesはOpenMPIの1.5(latest)とは相性が悪いらしい。LDのPATHなんかを弄くってみたのだがむりぽだったので1.4.3を使うことにした。OpenMPIはやっぱりICCでコンパイル出来ない。なぜだし。


ICCによる高速化は詳しく調べるつもりはないが、まあ早くなったらいいね、ということで。


今は放散虫の再解析中。これが終わったら愛しの我が家に帰れるぜ〜

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