2010年10月19日火曜日

TFさまさまです

TreefinderではDAYHOFF-coding用のモデルが使えるみたい。

塩基、アミノ酸も使えるモデルが多いし、今回のシミュレーションには最適だねw


コドンモデルでの解析にはPAMLを使うか、作者同じだし、INDELIBLEとも相性がいいだろう。



あとは配列データをコドンポジションごとにコーディングするのを自動化するスクリプトが一番労力がいるかな。でもこれは前に似たようなの書いたし、多分大丈夫だろう。



よっしゃ、書くべ。

0 件のコメント: