2010年10月24日日曜日

みwなwぎwってwきwたww

週末は自宅に来たNEW PCのセッティングに集中し、久しぶりにGeekな時間を過ごすことが出来た。OSについては汎用性を考慮して32bitを選択したが、それでもWindows7の速さ、軽さを体験することが出来た(やっぱVistaはよほどダメだったのね)。

試したかったRecombinationのプログラムも導入することが出来たが、Cygwinの設定で少々躓いている。

とりあえずCygwinはOpenMPIとは相性が悪いようだ。代わりにMPICH2を入れたが、LAMにしたほうがよかったかなあ。

また、しょっぱなからgccが使えなくて困ったが、これはgccの再インストールで解決。デフォルトのヴァージョンが4.3.4だったので、せっかくだから4.5.1にするべと思ってやってみたらRAxMLがコンパイルできない。オウフ

そんでもってgcc4.5.1導入の際コンパイルを成功させるためにいろいろオプション付けてやってみたもんだから、4.3.4の設定に戻すことが出来なくなり、結局現在Cygwin自体を再インストール中。orz

あと、最近は私生活ではちーともいいことがなかったが、ここに来て研究面でようやく調子が上がってきたようだ。

INDELibleの設定を製作者のアドバイスどおりSuper LBにすることで先に書いたシミュレーションの問題は解決できた。で、この設定が現実的なのか、ということについてはソフトの妥当性を前提とした上でまあ結果論でいきましょということにし、推定値を見てみたら、かなり面白いことが分かった。意外ではあったが、理論的に考えてみると全く矛盾はない。さらにデータを取れば、今までやってきたシミュレーションの発展形として、これまでの通説にメスを入れるような結果が得られるかもしれない。

最初はマニアックだなと思っていたが、もしかしたらもっとgeneralなものに昇華できるかもしれない。


そろそろ来年あるTraining courseのApplicationを書き始めなければいけないが、とりあえずたちまちコードを書く上での障害はもう無いと思われるので、今週前半にでも集中してコードを書き上げちまおう。 

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