2010年11月29日月曜日

季節の変わり目

今下の娘が倒れている。季節の変わり目のせいか(?)先週末は上の娘、そして下の娘へ。
さっきも夕飯の一部を戻していた。
しかも俺の布団の上で。。。

仕方ないので、今日は遅くまで仕事をして限界まで眠くなってから(ゲロの跡など気にならなくなってから)寝ることにする。さあて仕事仕事。来週のポスター発表の準備を終わらせることにしよう。

と思ってラップトップを開いて他に仕事をやり残していないかチェックしたら、論文にしていないデータが結構あることに気付いた。特にある藻類の個体群内の多様性調査に関するデータなんか一年くらい眠っている。そして「分子生物学と進化」用の原稿も半年以上眠っている。こいつらはI垣先生へのクリスマスプレゼントとお年玉にします(よろしくお願いします)。


AU テスト へん

共同研究の関係で100以上のAlternative Treesを使った検定をやったが、どうも結果として出てくるp値の挙動がおかしい。

ML系統樹との対数尤度差の順序とp値の順序が合わないところがある。順序が一致するはずというのはもしかしたら僕の思い込みかもしれないが、比較する系統樹の数を絞って再度検定をすると順序が一致するようになり、p値自体も変化し、結果的に最初の検定では棄却できなかった系統樹が棄却できるようになってしまう。

こういうことはよくあることらしいが、AU検定(あるいはCONSEL)の問題として、比較される系統樹の数とp値の挙動に何か良からぬバイアスでもあるんだろうか?

ちょっと論文を探してみたけどクリティカルなものが見つからなかった。

う~ん・・・

ミドルネーム

今朝見たら共同研究で2ndとして加えてもらった論文がPublishされてた。

http://www.springerlink.com/content/l2416016l7757185/

Open AcsessはAcceptになってから早いな。

今回英語論文に自分の名前を入れてもらうに当たり、ミドルネームを付けました。

僕は元来ミドルネームは持っていないので、自分で勝手に付けてしまいました(笑)

ミドルネーム付けたのは一つには一般に言われているみたいに自分の論文を検索するときに分かりやすくするため、もう一つは単に格好いいから(こっちが理由の大半を占めるが)

いろいろ考えた結果、母方の祖母の旧姓である浅野のAを付けました。一応祖母が言うには忠臣蔵で有名な浅野内匠頭の家系らしいんですが、家系図は空襲で燃えたみたいです。まあ直系の子孫はいないはずなので、良くて養子による分家筋とかでしょう。
ただ、祖母と母は毎年高野山の赤穂・浅野家の墓にお参りに行くみたいです。僕もそろそろ行ってみたいですね。



何はともあれ、業績となる論文が初めてできました。
最前線の方も最終調整版が先週送られてきたので、こちらももうすぐPublishされるだろう。


こっちは日本語なので、次は今チェック中の英語1st論文を出したいですね。

2010年11月28日日曜日

泣き寝入りならぬ泣き寝起き

朝っぱらからほんのりしょっぱい話を。

今日は午前中部活のOB会の総会が国際会議場であるので、これは絶対に遅刻してはいかん、と目覚まし4個くらいかけて備えていたわけですが、予定の時間より一時間近く早く起きることになりました。

以前飼っていた犬(♀)の夢をみたからです。

幸いにも彼女は大きな病気を患うこともなく(幼少の頃車に撥ねられて脚がおしゃかになって大手術をしたことはありますが)、天寿を全うすることができました。

でも、最期の時には僕は筑波にいて、死に顔に会うことは出来ませんでした。両親から連絡を受けてすっ飛んで帰省したけれど、その時にはもう火葬は済んでいました。

その前に飼っていた犬も僕自身はきちんと看取ってやることができなかったので、このことはずっと気がかりでした。それで、何の因果かは知りませんが、今朝は夢の中でその最期に立ち会うことが出来ました。

嬉しいやら悲しいやら、毛並みとか質感も本物を彷彿させるくらいのものでした。ただやっぱり元気な頃の姿ではなく、かなり年老いていました。死ぬ1年くらい前から呆け始めていましたが、夢の中でもそんな感じでした。最期の時も「ああ死ぬな」と(夢の中とはいえ)リアルに直感することが出来たくらいです。

死に顔はとても穏やかでした。ゴロッと寝っ転がってそのまま眠るように死んでいきました。両親から伝え聞いた通りでした。自分の見た夢だから当たり前ですけど。

その時には、上に書いた一代前の飼い犬も何処からか走り寄って来ました。迎えに来たのかもしれませんね。

夢の中では死ぬ直前まで、僕は何処からか彼女に似た子犬を連れてきて、彼女にけしかけて遊ばせたりしていました。これは何でかね、と起きてから考えたのですが、うちでは飼い犬は全部去勢手術を受けさせていたので、(犬や猫を飼う上では仕方がないことだと思っていますが)、子供が出来ない体にしてしまったことを心底では悪いと思っていたのかもしれません。


・・・まあそんなわけで、起きたら顔はぐしゃぐしゃ、二十歳過ぎた大の男が鼻水垂らしてなんとも情けない格好でしたので、二度寝することもなくきちんと起きて顔洗って歯を磨いて朝飯を食べて今に至ります。

いつも研究内容とかとは全く関係のないことを書いているのではありますが、 今回も夢の内容なんて1週間もすれば忘れてしまうので、つい感傷的にここに書いてしまいました。僕は日記付けないですし。(後で見返したとき「何でこんなことをあああああああああ」となるかもしれないけどww)

かなり自分勝手ではありますが、結果的には良い夢を見られたと思います。

 そういえば夢の中ではずっとこの曲http://www.nicovideo.jp/watch/sm5897869が流れてました。最近結構聞いていたので、もしかしたらこれがトリガーになったのかもしれないです。これはアレンジですが原曲も素晴らしい曲です。「みんなのうた」の上位陣に匹敵する名曲ですね。「数え歌」とかとあわせて子供に聞かせたい曲だと思います。


さて、そろそろ時間なので今日一日またがんばりますか。
心配だったApplicationの方もメールが返ってきて必要なものは全てちゃんと受理されたとのこと。なので、後は結果を待つのみ。Bursaryに受かるといいなあ。

2010年11月26日金曜日

不安

来年4月にあるイギリスであるTraining Course、そのApplicationを書いて先日submitしたのだが、自分で書いたものの他にsupervisorのサインが入った別刷りをfaxで送る必要がある。

それも月曜日に大ボスが確かに送ってくれたのだが、あちらさんから受領の知らせがまだない。
先にメールで送ったApplicationについては受領した旨を知らせてくれたので、こちらも何かしら連絡があると思われるのだが・・・


今日が締め切りなんだけど大丈夫かなあ。

2010年11月25日木曜日

あすはお別れ会@大将

Mティンがつくばに来てもう2カ月、11月30日にカナダに帰る。ということで明日の夜、送別会を行う。

なんと大人17名、子供(!)2名参加ということで、いつものぼくらのホーム(柳仙)では収容しきれない。

明日は金曜だし、柳仙は激込みだろう。そこに19名(含幼児)ではオヤジの機嫌はどうなるか予想できない。イレギュラーだが「大将」で送別会を開催する。あそこの料理もなかなかおいしいし、お値段リーズナブル。

来週には写真入りでレポしようかな。


Windowsさん有り難う(怒)

自宅でかけているMrBayesの解析、8コア使ってやっていたのだが、今日見るとコンピュータが再起動してしまっていた。

一体何の問題が・・・と思ったら
「更新プログラムのインストールが完了したので再起動しました(キリッ」
とのメッセージが。

こういうことしないように設定してなかった自分が悪いんですが、折角解析の方が上手く収束しそうだったのに・・・・心のダメージが・・・・Windowsこのやろう


なのでまた解析を再スタート。
実験室の双子も併せてかなりのコアを消費しているので、これが終わらんことにはシミュレーションの方のデータも満足に取れないんですが・・・


もういや (´;ω;`)ブワッ

2010年11月24日水曜日

セミナー終了

、、、疲れた。

こんなことを週2回も3回もやっている先生方、本当に尊敬します。
脇汗けっこう掻いたし。

ところでカナダのAJR先生にrevision連絡メールが送れない。
仕方ないのでJMAラボのG朗さんにお願いしてUSBでresponsesやmain textを運んでもらうことにした。
早いとこ片づけたい。

2010年11月21日日曜日

International

今日は晩飯をY吹夫婦と〇artin-Ra〇helペアとで中華だった。

大人6人子供2人の8人で座敷を予約。
そのうち大人2人は妊娠中なので妊娠していない4人でビールに中華を楽しむ。

そのうち英語の発音は難しい、という話になった。
というのも僕が〇artinの彼女の名前のスペルを知らず
「Ra〇helなのかLa〇helなのか」
と聞いたためだ。
チェコ人〇artinも発音の難しさに激しく同意していた。
Native speakerのRa〇hel曰く
「〇artinはTとThの発音が同じでよくわからない時がある」
そうだ。
例えばthinkの過去形thoughtをteachの過去形taughtと同じように発音するらしい。

それでも〇artinも僕もY吹も楽しく会話している。
〇artinなんてNative speakerの彼女もいる。
正しい文法で正しい発音をすることも重要だが、何より楽しさを共有しようという姿勢が大事。

研究と同じで会話も楽しけりゃいいのだ。
もちろん「正しく」会話できればもっといいが。
この辺りはもっと国際学会に出て、もっと多くの人たちと議論していく中でうまくなればいいなと思う。

ちなみに子供たちも最初は緊張していたが段々自由に遊び始めた。
下の子は最後まで〇artinやRa〇helの顔を直視できなかったが、上の子は最後
「Thank you」
と大人の真似をして話しかけていた。通じたかどうか分からないが、挑戦する心は褒めてやりたい。

I垣家も来る予定だったが子供の具合が悪くなり欠席だった。子供ができると予定外のことが急に起こる。
今度はぜひ参加を!!!

2010年11月20日土曜日

7のタスクバーとか付箋とか

昨日PCの1つ・adamをVistaから7に移行したが、デフォルトでは使いにくいところを改良し始めた。おもにデフォルトのタスクバーの設定が不満。adamはノートなので、画面はそれほど大きくないため、ここを効率よく使いたいのだ。

まず7のデフォルトではクイック起動がない。これまでXP、Vistaとクイック起動をランチャーとして愛用してきたのでこれがないとイラつく。7ではタスクバー内にランチャーを置けるが、これはクイック起動より、大きなスペースをとる。起動していないプログラムのアイコンまでタスクバーを占領するのは、スペースの無駄使い。

ちょっとググって調べて、クイック起動をタスクバーに組み込んだ。新規ツールバーとして、C:\Users\[username]\AppData\Roaming\Microsoft\Internet Explorer\QuickLauchを読み込めばいいだけ。Vistaで使っていたクイック起動の項目がちゃんとあった。

Vistaと比べ、7のタスクバーは大きく使い勝手は変わらない感じ。今日使ってみて気がついたいいところは、iTunesの再生・停止等の操作がプレビューの画面で出来るところ。あと、全般的にタスクバーの右クリックで多くの操作が出来るようになった。いいとこは、とりあえずこれくらい(か?)。

悪いところは、タスクバーのプログラム(起動中のもの)にマウスのポインタを置いたとき、プレビューしか選択できないこと。起動されているがファイルが何もオープンしていないときは、空ファイルのプレビューがでてくるが、こんなもん意味無い。classic表示にすればプレビューは出ないが、個人的に見た目がダサいからいや。Vistaでは確かAeroをきればファイル名のみが表示されたはず(Tabrisとmobile PCはそうなっている)。

PCで論文などを書いていることが多いが、複数のword documentsを開いているときにプレビューされても違いがわからない。このようなときには返って不便で、ファイル名だけを出してくれるほうがわかりやすい。プレビューにもファイル名は表示されるが、一呼吸遅い。

この点はもうすこし調べてみる必要がある。もしかしたら7のタクスバーでプレビューを切ることは可能かもしれない。あるいはファイル名が現れるタイミングをもっと早くできればいいのだが。

あと付箋は何かと便利なのでを使ってみたが、起動してもタスクバーに出てくんなよ。Vistaではガジェットだったんだからさぁ。無駄に付箋の上側部分(+とか×とかがある部分)がでかいし。調節可能(Cntr + Shift + )だけど、文字サイズもデフォルトではでかいすぎ。いまTabrisで使っているFreeのやつを入れるか。Vistaのサイドバーにあったやつでよかったんですが。

2010年11月19日金曜日

Vistaから7へ移行

研究室で使用しているPCをVistaから7へ移行し始めた。使徒シリーズで僕が使用しているマシン(アダム)も今日移行完了。

上書きで7を入れたが、途中iTunesをアンインストールせよとのお達しがあったが、めんどくさいので無視した。

この書き込みをしている現在7を使用中だが、iTunesもきちんと起動した。プレイリストもきちんと認識されている。あのメッセージは何だったのだろう。

とりあえずアダムをしばらく7で使用し、不具合などなければ、タブリス、mobile PCもVistaから7に移行しよう。いま触っているところでは特に7がいいという実感はないなぁ。



今週末は嫁不在、子供とつくばで過ごす。幸いあすは娘の友達のうちに(ほぼ丸1日)遊びに行くらしい。ありがたや、ありがたや。まあ先週は、同じ友達がほぼ丸1日うちに遊びに来たので、あいことなる。

kids不在中を最大限利用し、家の掃除、現代生物学論文のレスポンス書きをするってばよ!

refereesのコメントへの反論を書いていると、自分が無敵に思えてくるのはどうしてだろう?妙にテンションが高くなり、「俺はか~な~り強いっ!」てな精神状態になる。



自分へのお誕生日プレゼントとして、多重人格探偵サイコ(14巻)、とでんか(1-3巻)、三つ目の夢二(2巻)を買ってしまった。完全にアマゾンの思う壺・・・ サイコから芋づる式ですべてが大塚英志がらみ。というか、自分の歳でこんなもん読んでいていいのかと、今愕然とした。世の同年代は何を読んでいるのだろうか。ビジネス関連とかか。それだったらこっちだって英文論文いくつも読んでるけど。

そういえば大塚英志はバーツク大卒業だと始めて知った。とでんかの主人公もバーツク大卒業生という設定。設定では「学園都市大」になってるけど。



早いものでもうAYくんがD論の予備審。今日練習があったのだが、忙しくて欠席。ただ本人曰く「グダグダ」だったらしいので、まあいいか。彼のことなので、本番までにきっちり仕上げてくるでしょ。

2010年11月18日木曜日

ほう、わからん

マクスウェルの悪魔に引き続き今度は反物質ですか。


http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature09610.html


反物質は物質と正反対の性質を持つものです。反陽子とかだったら電荷が逆なわけですね。


反物質は自然界にほとんど存在しておらず(誕生した直後の初期宇宙において、物質と反物質の寿命の差があり、無限に近い回数の対生成対消滅を経て物質しか残らなくなったからと言われてる)、人工的に造るしかないんですが、もしこの反物質をすぐ消滅させることなく扱うことができるなら、例えば深宇宙探査機なんかのための非常に効率の良いエネルギー生成機関を作りだすことも可能らしいのです。



ただ、こんなことしてるといつか物質と反物質の衝突によって凄まじいエネルギーが発生し、地球がパーンてなる事故なんかが起こりそうで怖いんですが・・・人工ブラックホールに対する恐れみたいに。


しかしまあ、かがくのちからってすげー、ですね。

なるほど、わからん

大分寒くなってきた。
今年は全国的にすごく寒くなるとの予測なので、筑波の方も自分が過ごしてきたここ5年間で一番寒くなるのではないかと思われる。

個人的には寒いのは大好きなので、これで早いうちから雪でも降ってくれればなあと勝手に希望している今日この頃である。


最近家のPCもフルに使って解析をしているのだが、こんなのを1週間も続けたら電気代が急上昇しそうで怖い。とりあえずは実験室のPCも併せてこんなにコアを使うのもこの解析で一通り終了なので、多少の代償には目を瞑ろう。

共同研究とシミュレーションのデータが一通りそろったら、今度は凍結していた方の仕事をやりたいねぇ。データベースからひたすら配列をとって片っ端から解析するのもまた面白そうだ。



そういえば、最近ちょっと話題になっていたのでこの↓論文をちょろっと読んでみた。

http://www.nature.com/nphys/journal/vaop/ncurrent/full/nphys1821.html

情報をエネルギーに変えるというのはともすれば永久機関の開発にも繋がってしまうわけだが、今回のは粒子の状態の測定(=情報)にエネルギーを使っているので、完全自律のエネルギー機関を作ることにはならない。だからこそ熱力学第二法則が崩れずにすむんだが。あるコメントでは「これはマクスウェルの”悪魔”ではなく、マクスウェルの”商人”である」とあったが、これは言い得て妙であると感じた。ただ、情報をエネルギーに変えるという概念自体を実現したことは、さらに効率のよい(特にナノレベルでの)エネルギー生成機関を作ることに大いに役立つだろう。まあ詳しいことは全く分からんのですがね(爆)物理学は難しいのう。


あと、これもあるコメントだが、
情報はエネルギーに出来る→エネルギーは質量に変換できる→だとするなら魂には重さがある・・・?

これは考えてて面白かった。・・・だとするならば、魂という情報あるいはエネルギーを霧散させずに肉体という器に留めているのは何なのだろう?


分からんと言えば、ナポリタンTHのhard以降が全く分からん。easyは自分で解けたんだけどねぇ。lunaticも一応自分なりの答えは得たのだが、絶対落とし穴がある気がする。


こういう論理の問題を一日中ずっと考えたりするのもすごく楽しそうだ。

2010年11月15日月曜日

サンプリング。

久々の投稿(2回目?)で、投稿の仕方がよくわからなかった。

iphoneより画像を抽出した。これもやったことが、あまりなくてよくわからなかった。でも、普通の外付けハードだと気付いた。

そんなこんなで、画像貼り付けます。うまく出来てるか心配です。ボスの初(?)サンプリング記念です。

したっぱの僕がするべきでしたが、少し段差があり怖かったので辞退しました。

2010年11月13日土曜日

できた。。。

ようやくデバッグ終了。


とりあえずは少数のreplicate設定で動作確認。outputもおかしいところなし。


今は空いてるコアを全部使って本番の解析を走らせたところ。結果が楽しみである。
月曜日までに終わるかな〜。

ベイズも月曜までに収束しているといいんだが。


そろそろ帰ろう。

なにこれこわい

コード書いてるとき往々にしてあることだが、


「なんかわからんけどこの記述を足せば動く」


たった今この経験をしたばかりである。

一連のルーチンの最後の一部分だけがなぜか実行されない。

どう見直しても何が原因でバグってるのか分からない。

しょうがないので最後の部分だけぶった切って同じようなルーチンを別の場所で改めて記述すると、ちゃんと動く。


なんじゃこりゃ。

言語自体のバグなのか、はたまた自分がまだ分かっていないだけなのか?


まあでも動いてるからいいや。結果に根本的に影響を与えるものじゃないし。過程で出力されるファイルを見ても正常だし。


作業が大幅に遅れちまったぜ。

2010年11月12日金曜日

サンプリング

今日の午後はMティンとサンプリングに出かけた。車を出してくれたのはMちゃん。

まずDaystown傍に開店した活龍のつけ麺で腹ごしらえ、というか腹パンパン… 開店セールでつけ麺は500円、大盛りもお値段そのまま。ただ大穂の活龍の大盛りよりさらに多かった(泣)

その後土浦線を土浦方面に進み、道路わきのレンコン畑でまず泥のサンプリング(写真参照)
その後筑波山方面に行き、TN君の実家近くの大池、さらにその傍のswampにて泥のサンプリング。ぼくはこのときの写真はないが、Mちゃんがもっているはず。

その後大学に戻り兵太郎池でも泥を取った。ここは嫌気じゃないけどnovelなバグがでてきた実績があるので。

きょうは天気も良く、サンプリング日和だった。

2010年11月11日木曜日

学生さんはお金が無い

海洋堂製のマザーレギオンのキットがヤフオクに出ていた。
かなり完成度の高い作品だし、自分の大好きな怪獣の一つであるのでぜひ手に入れたかったのだが、競ってるうちに3万円を越えそうになったので苦汁を飲んで断念した。

さすがに生活を捨ててまで手に入れることはできない。働いてお金を貰っている身でもないし。

すっごい残念だが、またの機会ということにしよう。レアキットだからまたの機会があるかは分からんが。

あ〜あ、欲しかったなあ・・・


まあとりあえず、ちゃんとお金が貰えるようになるよう、業績をあげるよう、今を頑張りましょうということですね。


今日は今までオークションの経過を見ながらシミュレーション用のコード書き。
3週間くらい前の、しかも未完成のものなので最初「おれ何書いてんだ?」と分からなくなって戸惑ったが、何とか整理して大体半分位のところまできた。

明日にはコード自体は書き上がるだろうが、デバッグでどこまでもたつくかは分からん。
前のコードの転用が多いからそこまでめちゃくちゃになることはないと思うが・・・

2010年11月9日火曜日

Algae in the cells of salamander

改造後のPeggyさん、穴を開けたところをガムテープで塞いだ(Gとか入ってくるのを防ぐため)のがなんとも貧乏くさい。
その代償といっては何だが、昨夜からベイズ解析を6コア使って走らせており、今CPU温度を計測したら60℃前後で安定している。CPUファンとしてはまずまずの効果でしょう。

僕が筑波にいる間は現役で頑張って欲しいものだが、なんか一年後の今とかにはリアル10コア以上のプロセッサがお手頃価格で手に入れられそうな気もする。そういうの見ると買いたくなっちゃうんだよねぇ。

とりあえず、DC1もし取れたら(ぜってー取るけど)、ラボメンバーの意向にもよるがクラスタを買いたい、というのが夢。



まあそれはそれとして、タイトルにも書いたが、ちょっと前にNature newsに出たのだがサンショウウオの卵に共生している藻類が、実は細胞内にも共生しており、細胞内ではその藻類の周りにミトオンドリアが集まっているそうな。


脊椎動物と藻類の細胞内共生としては初の例なので、これはかなり面白い発見であると思う。


DalのR.Kという人が筆頭著者で、今in reviewらしい。AuthorsにAHが入っていたから、彼に聞いたら詳細を知っているのだろう。兎にも角にも論文が出てくるのが楽しみである。

2010年11月7日日曜日

家でも解析

IE9 betaではなぜかこのブログに書き込みが行えなかったので、ブラウザをOperaに変えたorz 
IE9結構さくさく動くから気に入ってたんだが・・・正式版で直るかなあ。


先週金曜日にPeggyのメモリ増設とCPUファンの交換(元はインテル純正でちとCPU温度が気になった)を行った。

メモリ増設は簡単だがCPUファンの取り替えはRNA取る並にかなりデリケートな作業だし、自分でやるのは初めてだったのでヤトロさんにお願いすることにしたが、結局うち担当の人も初めての作業(汗)だったので二人で試行錯誤しながらやった。(結果的には上手くいったよ!)

Hyper 212 plusは性能はいいのだが取り付けがかなり面倒だった。マザボ外すのの怖いこと怖いこと。

取り付けには成功し動作もちゃんとしているのだが、ケースの幅が足りなくて閉められないという結果に・・・まあこればっかりは実際に試してみんとねえ。

解決策としてファンの出っ張り部分だけケースに穴を開けることした。若干不細工になるが、元々排気孔になってた所を拡げるだけだし、そんなに埃臭いところに置いてるわけではないので問題はないだろう。

ともあれ、これでCPU発熱の対策もバッチリ。マザボは元々ASUSの最高級。メモリ容量は18GBのハイスペック(?)マシンにすることが出来た。そこそこ大規模な解析もこれで対応できるだろう。

ケースの穴開けはヤトロさんにお願いしたので、月曜日までは中身スカスカ(一応代わりのフタはしてるが)状態なので、Peggyは動かしたくない。さらに双子さんはベイズ解析をフルフルでやってるので余裕がない。


ということなので、他に予定していた解析を自宅のGhidorahでやることにした。

単純にConstraintの樹を20個ほど作って検定するだけの解析だが、どうもCygwinでRAxMLを走らせるとPeggyよりもかなり遅く感じる。

確かにCPUのランクは下がるが、Core i7 870のクロック2.93GHzだからそこまで貧弱じゃないし・・・

gccのバージョンの問題もあろうが、やっぱり32bitなのが一番でかいように思う。

しかしなあ、64bitにすると家庭用のPCとしての汎用性が下がるんよね。

Linuxとのデュアルブート? それもねえ・・・
解析やりながらいろいろやりたいのよ。それを考えると今の環境がベストなんだよねぇ。

まあ、作業自体はコマンドファイル作って自動化してるから、1,2日ほっときゃいいわけだし、ちょっとしたベンチとして見てみることにしよう。

そういえばRAxMLのマニュアルを見返してみたのだが、知らなかったことが多すぎた。例えばBootstrapする時の-uオプションとか、ただ7.0.4のやつなので最新版で出来るかは知らん(爆)

主要な系統解析プログラムのマニュアルは一回しっかりと読んでおかなくてはならんなあと
感じる今日この頃である。というかガチ読みしとかんと。

2010年11月5日金曜日

授業行かなきゃ・・・

Dropboxがサービス期間中でinvite一人につき全員に無料で利用可能容量250M増加らしいですね。

あとでメール送ろう。セキュリティ云々の関係で自宅から大学へSSH出来ていないので、少なくとも自分は利用価値があるので、知ってる人に加入してもらって6GBくらいには増やしたい。


またこちらが本題ですがビデオ流出来ましたね。
深夜で寝ていたから投稿された元動画は保存できませんでしたが、他のユーザが連鎖的にうpした動画は保存できました。全部で6分。


この動画を見る限りあちらから衝突してきたことが明らか。
まあ本物だろうけど、社会において「本当のこと」というのは集団のmajorityによる認識なので、この動画の真偽についても情報操作で大分怪しくなってしまうでしょう。ていうか現政権(とマスゴミ)は絶対ごまかすだろうし。デモについてもきちんと報道しなかった例があるし。

肝心の逮捕シーンがなく、それで現在中国にいる船長の顔でも写ってたらかなり確度も上昇するでしょうけど、「オリジナル」は抹消されてしまったのかなあ。

ともあれ、これらの一連した動画群に対する削除行為がどの程度の速さでどの程度の規模で行われるかというのもこのサンプルの真価を計る基準となるだろう。

間違っても「ああこれくらいのことか」と思うのではなく、これを機に、例え「これは捏造だ(キリッ、とかノーコメント()」とか言うのなら、じゃあオリジナル出せよ、ということが追求されなければならない。


そして一番重要なことは現政権が国防(+その他諸々全部)に対する意識がどんなに低いか、あるいは意図的に低くしているのか、ということを世間に知らしめることです。

国会中継は毎日帰宅後に見てるけど、最近のやつらの対応は目も当てられない。

野党気張ってくれ。

2010年11月4日木曜日

高いよ

↓間違えた。5コアだった。なのでフルコアだと ナギッ ! 並みにもっと早くなる。
恐ろしいものだ。

今日授業中に来年あるトレーニングコースの申し込み条件などを見た。

今月末締め切りで今からapplicationを書くが、費用が参加料+宿泊+食事込みで1540ポンド、現在の円相場で大体20万くらい。

これで+旅費となるので・・・・ぐ・・・高いぜ・・・

大ボスは何とか公費で賄えるよう遣り繰りしてくれるらしいが、なんとかbursary(50%off)を取りたいものだ。


実現すれば初の海外遠征だが、行けるといいなあ。

ゲロ速ベイズ

Peggy(core i7 960)でicc11.1を使ってコンパイルしたMrBayes.

MPI版で現在フルコア使って解析中だが、LSUの40 taxa 1200 bpのデータで100万回して大体概算して3時間くらいで終わる。 はや

いろいろ

双子ガチフル解析
 
双子さん現在ベイズ解析のためフル回転中。MrBayesを本格的に使うのは実は初めてだったので、2~3時間くらいマニュアルやら関連資料を見て解析の設定を絞った。
 
MCMCMCでの各鎖の温度設定や組換え効率などは、どのくらいのデータに対してどのくらいの設定をすれば(時間も含め)最適なのかまだ経験不足なので分からんが、今回の結果を見てMLと比較しておかしいところがあったらパラメータの設定込みで確認せんといかんねぇ。
 
共同研究での解析はあと樹形検定をやったら一通り完了かな。論文になるのが楽しみだ。
 
 
 
未来都市
 
 
動画↓
 
 
これすごいねぇ。なんかSW EP2のクローン工場のある海上都市みたい。
2025年完成を目指すらしいが、技術面も当然ながら政治的配慮からもいざこざがあるだろう。頓挫しなければ楽しみな計画だ。ある国保有ではなく国際的施設とするなら、むしろFF8にあるみたいな海上研究機構みたいな専門機関を作ってほしいなあ。こんなところで研究したり、老後を過ごしたりというのも一興かもね。
 
 
 
系統解析プログラミング
 
 
以前Mティンと飲んだときにPhyML_CATでPhylogenomicやったらメモリとか実行速度とかえらいことになったfu○k!といってたので、PhyML_CATのソースコードをぼんやりと見てみた。PhyML3.0はソースコードにMP用の記述があるのでMPIバージョンがビルドできるがそもそも元が同じなのだからCATの方でもこの記述を追加できんもんかねぇ?
 
需要はあると思うのだが(Bootstrapとか)、もとからその機能がないということは実質的にむずかしいか面倒くさくてやる気がなかったのかプログラムの設計思想にそもそもその考えがなかったのかのどれかだろう。う~ん。
 
 
そういや最近D言語のv2.0が出たみたいですね。
D言語はC、C++とかの実行速度を犠牲にせず、PerlやPythonの簡潔さを取り込んだもの(要は全部入れればよくね?)という、よく言えばCの後継、次世代の統合的な言語であるが、多機能でありかつ効率的であるということの両立はよほど言語体系の作り方がしっかりしてないとかなり難しい。
 
ともあれ、どれくらいこの言語に期待できるかについては一度試してみたいところである。
今から勉強して、いつか自分が系統解析のプログラムの処女作を書くときにチャレンジするのも面白そうだ。CやC++より早いソフトが作成可能な言語である(になる)のならばいいのだけれど・・・ 並列処理とかにも対応してんのかな。
 
 
さて、明日明後日は終日集中授業だ。何でこんなに授業が多いかね?
受けている身としては就活にも特に活用できそうなところもなし(自分はやんないけど)、ドクター行くにも単位なんざ研究室のセミナーくらいにして、あとは実験室に籠もってればいいと思うんだけどねぇ。
 
 
 
 

2010年11月2日火曜日

うれしい知らせ

今年春からNIESでポスドクをしているTN君、海外学振内定

おめでとう… JMA研で働けるというこのチャンスを無駄にせず、さらに業績を積んでほしい。

珪藻の仕事はデータ取りは、今年度中に済ませないと。

2010年11月1日月曜日

MrBayes on 64bit PC

Mrbayesを64bitを走らせると、コンパイルとかmcmcを走らせることができるが、sumt(sump?)したときにあぼーんする。

どうもこれは32bitが64bitになったことで生じる問題らしいが、これに関する解決策も公式にある。


やるのは簡単で、patchファイルをソースコードのフォルダにファイルを入れてパッチを当て、コンパイルしなおすだけ。これでちゃんと動くようになる。


MrBayesはほとんど使ったことがないので分からんかった。早速実験室のPC三台で再コンパイル。放散虫解析の前に解決できて良かった。


さて、今日は今から明日の発表のスライド作らんと。



10分しかないしオーディエンスも学生や他分野の教員とかが主だし、自分の英語力じゃその条件でシミュレーションの「研究発表」するのは無理なので、まあイントロをしっかり説明して、後はポスターを見てねという形にする。(そもそもそんなやる気なry)


今週は授業ずくめだ。めんどくせー