2010年11月29日月曜日

AU テスト へん

共同研究の関係で100以上のAlternative Treesを使った検定をやったが、どうも結果として出てくるp値の挙動がおかしい。

ML系統樹との対数尤度差の順序とp値の順序が合わないところがある。順序が一致するはずというのはもしかしたら僕の思い込みかもしれないが、比較する系統樹の数を絞って再度検定をすると順序が一致するようになり、p値自体も変化し、結果的に最初の検定では棄却できなかった系統樹が棄却できるようになってしまう。

こういうことはよくあることらしいが、AU検定(あるいはCONSEL)の問題として、比較される系統樹の数とp値の挙動に何か良からぬバイアスでもあるんだろうか?

ちょっと論文を探してみたけどクリティカルなものが見つからなかった。

う~ん・・・

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