2010年11月4日木曜日

いろいろ

双子ガチフル解析
 
双子さん現在ベイズ解析のためフル回転中。MrBayesを本格的に使うのは実は初めてだったので、2~3時間くらいマニュアルやら関連資料を見て解析の設定を絞った。
 
MCMCMCでの各鎖の温度設定や組換え効率などは、どのくらいのデータに対してどのくらいの設定をすれば(時間も含め)最適なのかまだ経験不足なので分からんが、今回の結果を見てMLと比較しておかしいところがあったらパラメータの設定込みで確認せんといかんねぇ。
 
共同研究での解析はあと樹形検定をやったら一通り完了かな。論文になるのが楽しみだ。
 
 
 
未来都市
 
 
動画↓
 
 
これすごいねぇ。なんかSW EP2のクローン工場のある海上都市みたい。
2025年完成を目指すらしいが、技術面も当然ながら政治的配慮からもいざこざがあるだろう。頓挫しなければ楽しみな計画だ。ある国保有ではなく国際的施設とするなら、むしろFF8にあるみたいな海上研究機構みたいな専門機関を作ってほしいなあ。こんなところで研究したり、老後を過ごしたりというのも一興かもね。
 
 
 
系統解析プログラミング
 
 
以前Mティンと飲んだときにPhyML_CATでPhylogenomicやったらメモリとか実行速度とかえらいことになったfu○k!といってたので、PhyML_CATのソースコードをぼんやりと見てみた。PhyML3.0はソースコードにMP用の記述があるのでMPIバージョンがビルドできるがそもそも元が同じなのだからCATの方でもこの記述を追加できんもんかねぇ?
 
需要はあると思うのだが(Bootstrapとか)、もとからその機能がないということは実質的にむずかしいか面倒くさくてやる気がなかったのかプログラムの設計思想にそもそもその考えがなかったのかのどれかだろう。う~ん。
 
 
そういや最近D言語のv2.0が出たみたいですね。
D言語はC、C++とかの実行速度を犠牲にせず、PerlやPythonの簡潔さを取り込んだもの(要は全部入れればよくね?)という、よく言えばCの後継、次世代の統合的な言語であるが、多機能でありかつ効率的であるということの両立はよほど言語体系の作り方がしっかりしてないとかなり難しい。
 
ともあれ、どれくらいこの言語に期待できるかについては一度試してみたいところである。
今から勉強して、いつか自分が系統解析のプログラムの処女作を書くときにチャレンジするのも面白そうだ。CやC++より早いソフトが作成可能な言語である(になる)のならばいいのだけれど・・・ 並列処理とかにも対応してんのかな。
 
 
さて、明日明後日は終日集中授業だ。何でこんなに授業が多いかね?
受けている身としては就活にも特に活用できそうなところもなし(自分はやんないけど)、ドクター行くにも単位なんざ研究室のセミナーくらいにして、あとは実験室に籠もってればいいと思うんだけどねぇ。
 
 
 
 

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