2010年11月7日日曜日

家でも解析

IE9 betaではなぜかこのブログに書き込みが行えなかったので、ブラウザをOperaに変えたorz 
IE9結構さくさく動くから気に入ってたんだが・・・正式版で直るかなあ。


先週金曜日にPeggyのメモリ増設とCPUファンの交換(元はインテル純正でちとCPU温度が気になった)を行った。

メモリ増設は簡単だがCPUファンの取り替えはRNA取る並にかなりデリケートな作業だし、自分でやるのは初めてだったのでヤトロさんにお願いすることにしたが、結局うち担当の人も初めての作業(汗)だったので二人で試行錯誤しながらやった。(結果的には上手くいったよ!)

Hyper 212 plusは性能はいいのだが取り付けがかなり面倒だった。マザボ外すのの怖いこと怖いこと。

取り付けには成功し動作もちゃんとしているのだが、ケースの幅が足りなくて閉められないという結果に・・・まあこればっかりは実際に試してみんとねえ。

解決策としてファンの出っ張り部分だけケースに穴を開けることした。若干不細工になるが、元々排気孔になってた所を拡げるだけだし、そんなに埃臭いところに置いてるわけではないので問題はないだろう。

ともあれ、これでCPU発熱の対策もバッチリ。マザボは元々ASUSの最高級。メモリ容量は18GBのハイスペック(?)マシンにすることが出来た。そこそこ大規模な解析もこれで対応できるだろう。

ケースの穴開けはヤトロさんにお願いしたので、月曜日までは中身スカスカ(一応代わりのフタはしてるが)状態なので、Peggyは動かしたくない。さらに双子さんはベイズ解析をフルフルでやってるので余裕がない。


ということなので、他に予定していた解析を自宅のGhidorahでやることにした。

単純にConstraintの樹を20個ほど作って検定するだけの解析だが、どうもCygwinでRAxMLを走らせるとPeggyよりもかなり遅く感じる。

確かにCPUのランクは下がるが、Core i7 870のクロック2.93GHzだからそこまで貧弱じゃないし・・・

gccのバージョンの問題もあろうが、やっぱり32bitなのが一番でかいように思う。

しかしなあ、64bitにすると家庭用のPCとしての汎用性が下がるんよね。

Linuxとのデュアルブート? それもねえ・・・
解析やりながらいろいろやりたいのよ。それを考えると今の環境がベストなんだよねぇ。

まあ、作業自体はコマンドファイル作って自動化してるから、1,2日ほっときゃいいわけだし、ちょっとしたベンチとして見てみることにしよう。

そういえばRAxMLのマニュアルを見返してみたのだが、知らなかったことが多すぎた。例えばBootstrapする時の-uオプションとか、ただ7.0.4のやつなので最新版で出来るかは知らん(爆)

主要な系統解析プログラムのマニュアルは一回しっかりと読んでおかなくてはならんなあと
感じる今日この頃である。というかガチ読みしとかんと。

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