2010年12月1日水曜日

AU大丈夫だた

仮説検定において対数尤度がより大きい樹形が棄却されているのにもかかわらず、より小さい樹形が棄却されないというのは当然あり得ることだった。

何故ならばAU検定とかの仮説検定は対数尤度の差そのものではなくサイト間での分散を考えて検定を行っているから。

僕の思い違いだったorz
検定とかの原論文もちゃんと読まないとねぇ。。。


ただ、RAxMLで分離モデルを使ったときに、-qオプション使って探索させて得られたMLの尤度と、manuallyに配列データを各partitionに分けたものに対してそのML樹形について再度partitonごとにパラメータ最適化させて計算させた各尤度を合計したものが全然違うという問題が解決してない。

これも僕の思い違いでなければ両者が一致すると思うんだが・・・

Treefinderとかだとどうなるんだろう。

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