2010年12月21日火曜日

いろいろ片付いた(ホッ)

kamiさまの前の投稿通り、「現代生物学」に論文が通った。まあ少し訂正があるが、すでにゴールラインを割っている。2008年のP茄子論文以来の一般誌となった。facebookではたくさんの友達から「おめでとう」のコメントが。正直うれしい。

このrevisionはまさに渾身の一撃。関係者以外の目には触れないが、responseもかなりの出来だと思う。kamiさまと綿密に打ち合わせをし、reviewerをもち上げるところはもち上げ、反論すべき点は反論する、というまさに教科書通り(教科書があるなら)。もてる英語力を最大限に使った気がする。投稿バージョンの議論にはかなりの大穴があったのは反省点。が、なんとかそれをrevisionで埋めることができた。

さてそのほかにも、TNくんの「植物研究」雑誌の論文、kamiさまの「有害藻類」の論文も正式に出版されることになった。すでに2011年度に出版決定の論文は5報。現在投稿中2報、revisionに対するdecision待ち1報、多分すぐにでも投稿可能な論文1報。

あとMKくんから特別研究員の最終報告書が送られてきて、ホッとした。どうもすでにチェコに帰国しており、ネットうまく使えなかったらしい。送られてきた英語版をもとに日本語版も今日作成したので、明日中に学振に送ることができる。ヨーロッパはどこも異常に寒いらしいな。


あと最近「BMC進化生物学」に掲載された論文に使われたリザリアESTデータを、FB君に連絡してGenBankに公開してもらった。

ただFBくん曰く「コンタミ配列がたくさんあるから気をつけて」とのこと。何それ?細胞をあつめてRNAを抽出、それを増幅して454シークエンスしたのだが、どの配列がコンタミなのかどうやって判断するの?

たとえばGBE2009ではRaphidiophrysは緑藻細胞を餌にしていたので、既知の緑藻遺伝子にホモロジーの高い配列が出てきたら、餌細胞由来だと推定し、解析から排除可能だった。

けれども、放散虫細胞内にはいろいろな真核生物が共生しており、何が入っているかわからない。だから、放散虫由来の配列と、それ以外の生物由来の配列を区別するのは至難の業だろ。各EST配列は短いし、系統解析でも由来がハッキリしない可能性が高い。そもそも放散虫類が、既知の真核生物とどのような系統関係にあるかを判らないからphylogenomic analysisをしたわけで。どんな系統樹になれば放散虫配列と見なしてかまわないのか作業仮説がないじゃん。原論文でどうやって区別した?M&Mには書いてなかったぞ。

それとAkiくんが教えてくれたが、"picobiliphyte EST data"なるものがGenBankで公開されたらしい。これも少数の細胞からRNA増幅をして解析した結果のはず。てか、ほんとに「あの」ピコビリかぃ?!一体どんなクオリティーなのかわからん!助けて!

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