2011年1月31日月曜日

柳仙会(2011年第1回目)

一部には大ボスから連絡されていると思いますが、2月3日(木)に柳仙会を開催しようとのことです。遅めの新年会も兼ねましょう。

当日は大ボスの教え子・K石さん@養殖研がいらっしゃいます。

スタートは7時くらいとのこと。参加者はいながいYまで連絡して。早めに予約しちゃいたいので、明日中には連絡くれ!

もちろんH&I研以外のひとでも、参加したいと思う方は連絡ください。

あかん

今日のセミナー発表は完全に失敗してしまった。


イントロが内容的にも尺的にもグダグダ。それで肝心な実験手法と結果の解釈の所でテンパって脈略が付かなくなっちった。

もっと、簡潔でなるべく興味を引くようなイントロを考えないといけないですね。


やっぱり準備不足が祟ったなあ(それ自体が自業自得だけど)。


多分このテーマでもう発表をすることはないと思うが、今回の苦い経験を良い薬にして、次からはもうちっと準備を整えて発表に臨もう。

2011年1月30日日曜日

イライラ

Y吹くんの論文(改訂ver.)が「真核生物的微生物学雑誌」になかなかacceptにならない… もう1週間以上も"Awaiting for EIC decision"のまま。さっさとacceptにしろ。

Mちゃんの論文も「分子系統学と進化」へ投稿して丸々4カ月になりそう。こちらはhandling editorにもコンタクトしたが、まだ「reviewがこなくて(♀)」と埒が明かん。いざとなったら「細胞内共生と細胞の研究」にでも投稿するか?

昨日は新宿でN山T郎くんと会った。彼に会うことが目的ではなかったが、いろいろ近況を聞けて良かった。ワカスタでやった共生体ゲノムデータが返ってきて、なかなか、いやかな~りおもしろい。

ともあれTX-大江戸線で新宿まで行き、丸一日中新宿住友ビル(47 & 50階)にいて、大江戸線-TXで帰宅した。従って東京にいたという実感がまるでない。

二日連続でトークは大変だった。

2011年1月28日金曜日

もう一日が終わった

学生実習のTAをやると、長引くときにはほぼ一日がそれで潰れてしまいます。

まあ、それでお金が貰えるから文句は無いんですけどね。

PCRはとりあえずポジコンは出てたので、ややこしいことにならなくて良かった。その後のDNA精製も上手く抽出できたし。

あとはコロピーでどれだけ落ちるかかな・・・・上手くいくといいけど。


休日はセミナー発表のスライドを作らなきゃならんです。


シミュレーション結果のまとめ、データ集めその2、アピコ解析用のアライメント等、やらなきゃいけないことが溜まってきたので、さらにギアを上げんといかんです。

2011年1月27日木曜日

競合の果てに

僕らが「現代生物学」へ通した論文の内容の半分が丸かぶりの論文がそろそろ出版されるようだ(http://www.jbc.org/content/early/2011/01/05/jbc.C110.208389.long)。
これはまだOnline earlyでproofにもなっていない。
僕らのほうは来月後半に出版予定。

さて、先に正式に出たほうが(おそらく)今後優先的に引用されていくと思うがどちらが早いのか!?
なんか腹が立つ。。。

2011年1月26日水曜日

お。

MEGA5正式版キター。

http://www.megasoftware.net/から行けますよ。


今度は最尤法対応らしいですが、精度、速さがどの程度になっているか。その他のツールがどの程度充実しているか試してみたいですね。

フリーなので、これがPAUP*くらい使えるものだといいんですけど・・・

あ。

今日約一年ぶりくらいにPCRをかけた。

まずピペットマンを持つのにすごい違和感を感じてしまったり、Negative Control(これってあんま通じないから間違ってんのかな)なのにテンプレートのDNA入れてしまったりと、ブランク(という程の経験もないんですがw)出まくりでした。

どうか、明日からの実験が(俺のために)スムーズにいきますよう・・・


あと、来週のセミナー発表の要旨、締め切りぎりぎりで急いで書いたため、今見返したら説明不足で誤解を与えそうな内容になってる(汗

発表ではちゃんと説明しないと。

どうか、セミナーのメンバーがアブストをシカトしてますよう・・・

2011年1月25日火曜日

招待に悩む

今日International Symposiumにinvited speakerとして来てくれというメールを受け取った。
テーマはユニークな代謝、トピックはTrypanosoma。

ん?
僕は代謝を専門としていないし、Trypanosomaなど扱ったことがない。

これはどう解釈すべきか。

仮説1
メールを出す相手を間違えている。
仮説2
なんかの論文をTrypanosomaを扱っている話だと勘違いされた。
仮説3
内容など関係なく、とりあえず人数確保。
仮説4
テーマやトピックは縛りが緩いので専門外の僕も呼ばれた。

とりあえずオーガナイザーに確認メールをしなければ。
もし仮説3や4なら、場所が場所だけにぜひ行きたい。
開催日はすでに秋口だろうから、そろそろ腹から出てくるはずの長男も7カ月くらいだし少々の出張も大丈夫でしょ。

第5回JSEP告知

みなさんのところにもメールが来ていると思いますが、第5回JSEPが富山大で行われます。

開催日時:6/11-12(週末の土曜、日曜)

場所:富山大学五福キャンパス共通教育棟C11教室

申込み受付期間:5/1-10まで。担当者までメールで申し込み。アブストラクトなどなし。

みんな、どうする?Tシャツ、つくるか?

2011年1月24日月曜日

資格は欲しい

いつどこで役に立つかは分からないけれど、ないよりはあった方がいいし、資格を取るに足る知識があるということ、そしてその証左があることは何らかの役には立つだろうと思います。特に情報系だと例え独学で知識を得ようと、試験に出るような定石を知っていることは重要だと思うし。

取るとしたら、ITパスポート、基礎,応用情報処理技術者試験は取っておきたいと思う。特にCSの方にも行けることが出来たなら、あちらにいる間にもこれらの資格は取得(出来るレベルに至るように)したい。

あとLPICとか.comマスターとかも面白そう。

とりあえず、比較的難易度の低いものを選んで、練習も兼ねて今年受けてみようかと画策中。

去るもの

小遣い稼ぎに見終わったDVDやらやり終わったゲームやらを売りに、youワールド近くの行きつけの個人経営店に久しぶりに行ったら、店舗のドアに閉店の張り紙がしてあった。


(正直いつ潰れるか心配してた所はあるが)この店は筑波に来てからちょくちょく行ってて、かなりお世話になっていたので、まだ自分は四年間筑波にいるつもりなのにもう無くなってしまうのかと思うと寂しい限りです。


店主がかなりオタクな方で、自分のやったPCゲームの感想やら業界の裏情報やら、コミケやWFの情報やらを熱く語ってくれる面白い人でした。でもとても親切で、らっきょのDVD売りに行ったときも、「ちょっと高額では買い取れないねぇ」と言いつつ、「この分野だとここら辺では○○○で売った方がいいよ」とか教えてくれたりもしました(この辺の商売っ気のなさがry)。


時々行って何かを売るついでに、この店主と1~2時間くらい談義をするのがささやかな楽しみだったのですが、もうそれも出来なくなるんですねぇ。

筑波にいると時間の感覚が遅れるような気がしますが、こういう時に時間の移り変わりというのを否が応でも体験してしまいます。

またあの店主といつか会えるといいなあ・・・

2011年1月21日金曜日

終わらねぇ・・・

家でやってる方の解析がまだ二日経つのに終わらん。

4taxa 3000bpのデータで一本の樹形を最適化するだけなんですが、コドンのnon-homogeneous modelを使い、全てフリーパラメータで最適化しているのでパラメータ数がもの凄いことになってるんでしょう。

とりあえずこれで推定されたパラメータを使ってシミュレーションしたいんだけど、休日中に終わるか?

2011年1月19日水曜日

Oh,Nooooooooo!

シミュレーション解析に必要な機能を持つソフトウェアが必要だが、やっと見つかったそれが有償版で、とにかく早く使いたいので無料評価版をダウンロードしようとしたときに「*ただし学生以外に限る」と言われたときの絶望感。

とりあえず、他の無償ソフトウェアで代替できないかもうちょい探してみることにする。


追記:
あった。シミュレーションの方は下地は出来てるけど、今度のセミナーまでに間に合うかねぇ・・・

G・・・3Dは・・・やめろ

以下、一ゴジラ映画ファンの独り言がくどくど続きます。閲覧にはご注意ください。




2012年ゴジラ復活が本当らしいと思ったら、ハリウッドかよwww しかも3Dかよwww

某巨大イグアナの貴重な産卵シーン映画もあれはあれで面白かったですけど、例えどんなに頑張って制作したとしても、「怪獣映画」にはなっても「ゴジラ映画」にはならないでしょうね。

理由の一つは、国レベルの問題で、日本とアメリカには「原爆を落とした側」と「落とされた側」という絶対的な価値観の違いが存在するからです。

デリケートな問題なのでここではそれ自体については深く言及しませんが、ゴジラ映画の根底にあるのが「核への恐怖」である以上、それは被爆国である日本でしか作ることはできないでしょう。なので、同じ映画を米国で制作したとしても、「核に対する根源的恐怖の具現」が単なるパニック映画に矮小化されてしまうのだと思います。

あともう一つの理由は、伊福部昭氏がもうこの世にはいないからです。ゴジラ映画の本質の半分以上は氏の音楽が占めているといっても過言ではないくらい、重量感一つをとってもあの音楽は他の追随を許さない傑作揃いでした。 小六禮次郎とかすぎやまこういちとかも良い味出してたとは思うんですが、ゴジラ映画の原点、真髄は氏の音楽なしには再現できないでしょう。

以上の理由から、新生ゴジラを作ったからといって、それがファン(最低でも自分)の満足に耐えうるものになるとは到底思えませんし、ハリウッドに限らず、今日本で作ったとしてももう「ゴジラ映画」は作れないでしょうね。日本人の価値観、マインドもゴジラ映画全盛期の頃とは残念な方向に変わってしまったと思います。これは、ガメラ2という「最良の怪獣映画」を制作した金子監督がGMKを制作しても、初代や所謂第四世代のゴジラ映画にあった重量感や躍動感を完全に再現できなかったことからそう感じてしまいました。

なので、自分の中ではゴジラは1996年に死にましたね。2000以降はファンディスクといったところかな(ただしFW! てめーは駄目だ!

感情としては復活してほしいとは思いますけど、それはもう個人の中にしまっておいて、過去の映画のBDを見て脳内補完するのが一番良いんじゃないでしょうかねぇ・・・ああ、家にあった昭和ゴジラのVHSを擦り切れるまで見て、年末は平成ゴジラの新作、春にはガメラ、モスラ三部作を楽しみにしていたあの頃が懐かしい。


う~ん、書いてたら見たくなってきた。

個人的に気に入ってるのは、

「ゴジラ」:起源にして頂点、以上。
「メカゴジラの逆襲」:黒歴史唯一のダーク&シリアスの大人の映画。あとMG2のフィンガーミサイルかっちょよすぎ。あの手首クルクルが。
「84ゴジラ」:原点回帰&新生(音楽的な意味でも)としては良作。子供の頃は最初の巨大フナムシがトラウマ。
「VSギドラ」:こまけえこたあいいんだよ! 怪獣の重量感なら随一。
「VSデストロイア」:追悼映画。東京を死の街にして死んでいくゴジラに合掌。

ですね。休日にBDで一気に見たいなあ。

2011年1月18日火曜日

改変酵母細胞を用いた生物学的演算装置の開発?

これと↓
http://www.nature.com/nature/journal/v469/n7329/full/nature09679.html
これ↓
http://www.nature.com/nature/journal/v469/n7329/full/nature09565.html

今週号のnatureではこれらが一番刺激的でした。個人的にシステム生物学の生物とコンピュータを結びつける試みは凄く興味深いですね。

まだちゃんとは読んでないですけど、両者とも、制御された人工細胞間の応答ネットワークで用いられるシグナルを利用して、論理的計算を実現するってところでしょうか?

こういった研究が発展すると、人工細胞で計算機を作るようになるのでしょうかね? そういった生体コンピュータは細胞単位の独立性から並列計算とかにはもの凄い威力を発揮しそうですけど、耐熱性とかメンテナンスとかハード面が心配な気がする。

これとは逆に、人間の脳(有機物)をコンピュータ(無機物)で再現するっていう研究も面白いです。前にニューロンかなんかの雑誌に神経回路を3Dで再現するような研究が載ってましたけど、そのうち人間の脳のシステムが解明されて、それをコンピュータで再現して電脳とか作っちゃって「ネットは広大だわ」とか言える時代が来て欲しい。

国際送金でごたごた

本日4月のTraining courseの参加費を納めてきた。

何分こういうことは初めてだったので、色々足りないところがあって苦労しました。
最初住所宛て送金で送るように指定されたのでそうしようと思ったら、イギリスへの住所宛て送金は中止されてるし、それで銀行口座宛送金に変えてもらうため、あちら側から口座番号を教えてもらったら、次は受取人の住所氏名がなくてまたメールで聞いたり、と郵便局と研究室を行ったり来たり。この経験をして、初めてスマートフォン(あるいは携帯無線ルータ)が欲しいと思うようになりました。

結局最後も郵便番号が分からなくて、検索で調べたけれども(郵便局では住所が分かっても検索して貰えないらしい)判明せず、郵便番号なしで送りました。「多分大丈夫」らしいと言われて受理されたけど、後から送り返される可能性もあるから一応向こう側にはメールして予防線を張っておこう。今度からは何が必要かなのと必要な情報が十分揃っているか確認してからいこう。


午前中はそれでごたごたして、K松崎さんの修論発表は質疑応答しかいけませんでした。修論発表は初めて見ましたけど、何か色々指摘されるんですねー。来年自分は何のテーマで発表するのやら。

2011年1月17日月曜日

筑波山初登頂

今日は半日かけて筑波山に登ってきました。


つくばに住んで早5年になりますが、近くにあるほどものぐさになるのか、未だに筑波山に登ったことがありませんでした。こりゃいかんと思い、思い立ったが吉日ということで早速今週末に出掛けることにしたわけです。

当初はS戸とN村、隣の研究室5十嵐と一緒に行く予定でしたが、N,5が行けなくなったのと当日早朝に雪が降っていたので一旦は中止にしようかとも思ったのですが、10時くらいには雪がやんだので結局一人で行くことにすることにしました。

だって雪降ってテンション上がったんよ。雪の登山道ってなんかよくね?

小さいころは祖父母に連れられて日本アルプスとか色々登ったので、基本的に登山は好きですが、久しぶりにやったのと結構雪積もってたり登山道が凍結したりで、最後さすがに足に来ましたね。

ちなみにこんな感じ↓


行きは神社からロープウェイ山頂駅までの直通ルート。男体山、女体山の山頂にそれぞれ登頂して帰りは女体山山頂から弁慶茶屋跡まで迂回して神社に変えるルートを使いました。(帰りのルートの方が弁慶の七戻りとか見どころが多くてよかったですね。山頂付近になると景色もよくなるし)


ですがとりあえず何が一番大変だったかというと、登山じゃなくて筑波山神社までの道のりでしたね。自転車で行ったんですが、筑波山口からの登りが傾斜がきついうえに自転車押しながら行かないといけなかったので登山より辛かった。今度から自転車は筑波山口に置いていこう。

山頂では天気も快晴でバッチリ遠方まで見渡せました。休憩してたおっちゃんから教えてもらいましたがスカイツリーも見えました。

男体山の山頂では行きに作ってもらったおふくろさん弁当を食べました。山頂で食べる弁当はさぞ美味しいかと思いきや、登山の途中でもの凄く冷え切ってて冷蔵庫から取り出したみたいになってました。まずくはなかったけど、口直しでうどんを食べてしまったww


女体山の山頂ではちょうどいいタイミングで誰もいなかったので、岩の上に座って手を合わせながら大声で今年の目標を叫んできました。誰かと鉢合わせしていたら僕はそのまま飛び降りたでしょう(笑)

そういえば、登山の最中山頂の方から年配の方と一緒にわんわんお(∪^ω^)が下りてきたときにはびっくりした。ソフトバンクのお父さんみたいなのが二頭。一頭は鎖なしでさらにびっくりしましたが、吠えられることもなく、逆に道を譲ってくれたのでちゃんと躾けられている犬でした。

登山と下山ではそこまで派手なスリップはありませんでしたが、最後神社から自転車で下りてくるときに急な下り坂で氷トラップに嵌ってマリ○カートみたいなクラッシュをしてしまいました。怪我はなかったですけどね。

 山頂では饅頭の土産を買って、近くだったんで帰りにkami様にお届けしました。


何はともあれ、無事に筑波山を登り切ることができました。
次は春か秋に行って、帰りに温泉に入りたいですね。

あと、自分の地元の霊峰宝満山にも登ってみたい。


最後に、山頂の一枚↓

2011年1月15日土曜日

センター人多すぎワロタww

ランニングに出たらループの辺りが異常なほど込んでいて、学ランやJKが多かったので「ああ今日はセンターか」と思い出しました。


毎年この時期になると自分もこういう時期があったなあと思い返すのですが、今になるともう5年も前のことなんですねぇ・・・

センターの数Ⅱでラスト5分でベクトルの大問全て解けてそれが全問正解だったときはまさに

神☆降☆臨

と思いましたね。


そんな感じの、自分にとっては感慨深いセンター試験でした。


結局僕は前期はkami様の母校を受けて落ちちゃって、後期で筑波を受けましたが、センターが自己最高得点で乗り切れていたので安心して面接に臨むことが出来ました。まあそのとき自分が言ってた内容は、今の自分から見たら間違いだらけで恥ずかしいことこの上ないようなことだと思いますが・・・


そういえば、後期試験が終わって筑波の合格が決まったけど、やっぱり第一志望の大学に行きたくて浪人しようか迷っていたときに、高校の生物を教えてくれた先生に「研究者なりたかったら一年浪費して大学受験用のクソメンドイ勉強やるよりかは、受かった大学行っちゃってやりたいことを早めに見つけた方が断然良い」と言われました。その言葉に対してその通りだと思って筑波への進学を決めたわけですが、大学で部活をやったことや現在の研究室にいることなどを考えれば、やっぱり筑波に来て良かったと思います。少なくとも今やっていることはここでしか出来ないだろうし。


ま、僕の話はこのくらいにして、何はともあれ頑張れ受験生。

2011年1月12日水曜日

メモ:Perlで乱数生成

指定された範囲の自然数(1から100とか)から、指定された回数だけ重複を許さずにランダムに自然数を生成する。更にその試行を指定された数だけ繰り返し、乱数生成の回数を10回ずつとか増やしていく。そんなスクリプト。今んとこ需要が1つしかないですけど、取り合えず上げとく。

use strict;
use warnings;

print "program started ! \n";
for(my $num=9; $num<=70; $num+=10) {
     for(my $rep=1; $rep<=50; $rep++){
          my @tmp = (1 .. 80);
#         print @tmp;
          my @out = ();
          while($#out < $num) {
               push(@out, splice(@tmp, int(rand($#tmp)), 1));
          }
          my $num2=$num+1;
          print ("Num$num2,Rep$rep\n",join(',',@out),"\n");
      }
}


とりあえず、自分の担当するのはこれによって生成された乱数の組を配列の要素の番号(これが遺伝子番号に相当する)に対応させて、その配列の要素には各樹形のsite-likelihoodsを格納しておけば、目的の解析は出来るだろう。あとは二番目のループ文にそこらへんの作業と検定とかの作業を組み入れればいいかな。

え??

久しぶりにTWINS見たら、去年受けた選択必修の科目にDが付いてた。うそん。
ちゃんと全部出席してレポートもそれなりに書いたんだけどなあ。
来年受ければいいだけだからあんま抗議する気はないけど、一応何でなのか聞いておこうかなあ。

追記:
なんかレポートが受け取られてなかったみたいだ。でも今回は紙に印刷して所定の場所に提出したので送信漏れとかはないはず。従って多分提出期限の二週間以上前に出したため、担当の先生への渡し忘れがあったものと思われる。とりあえず提出期限前に書き上げたレポートの原稿(最終編集日の記録がある程度説得力を持つはず)をメールに添付して送信した。まあこれで単位は貰えるでしょ。連絡して良かった。

2011年1月5日水曜日

おみやげ

おみやげがぼくの下駄箱にあります。一人一袋づつです。



去年の12/21に投稿した論文が、今日1/5に掲載決定されました。はいぃ?

特にコメントもないとのこと。はいぃ?細かいことが気になるもので。

あ、もうひとつだけ。雑誌は「細胞内共生と細胞の研究」です。

2011年1月3日月曜日

名古屋滞在記(2)

あすつくばに帰る。あまり「機会があれば名古屋でやりたい」と希望していたことは叶わなかった。まあよしとしよう、本来の目的は達成できたと思うから。

毎日子供の世話とかで忙しかった。これもしょうがない。仕事用に査読すべき論文とかいろいろ持ってきたが、目を通す時間はなかった。いや12/30に「期限を過ぎました、査読結果を送ってください(2回目)」というおしらせemailがきたヤツに関しては読んだけど?kidsがテレビで「ポケモン・超克のうんたらかんたら…」とかいう映画を見ている傍で。

ただしっかりと休むと、「仕事しなきゃ」と思える。というか、追いつめられているのか…

2日に本山・桃厳寺でひいたおみくじは末吉だった。勉学は「がんばらないと厳しい」とか。でもいまの立場では主に見るべき箇所は、勉学ではなく仕事か。

新年明けましておめでとうございます。

福岡は筑波よりも寒いです。
大晦日は雪も降ると言うことで年明けは雪が積もる中初詣をすることを期待していたんですが、あいにく中途半端に天気が悪いだけで、当然初日の出も見られず、ちょっと残念です。

参拝は実家の近くにある観世音寺(鑑真が開祖となった戒壇院のある寺です)に行きました。同じく近くに太宰府天満宮がありますが、こっちは毎年全国から何を求めてか人が大勢集まってとても静かにお参りできる雰囲気ではないのです。僕は心穏やかに参拝するのが好きなのです。

寺なのでおみくじは引いていませんが、多分大吉でしょう(笑)


実家に帰る+元旦という状況なので気が緩みっぱなしですが、ぼちぼちデータ集めをしております。最初は根性論で一つずつ手で取ってくるかと思いましたが、とりあえずはキーワード探索でヒットした配列を集めるスクリプトをIJさんのサイトから取ってきて、たちまち集めたものの中からダブっているもの、不適切なものを除きつつ、足りないものを補足していくストラテジーを採用しました。

正直労力的にはあまり変わらない気もしますが、こちらの方が性に合ってるし、将来同じことをするときにコードを改善できるのに役立つ経験が得られるかもしれないので。

データは、仕事始め(1/11かな)にはアライメントをする直前までには持って行きたいです。


最後に、本年度も自分の目標をここに書くことにします。

1、学振を取る。
2、論文3報出す(去年出来なかったので)
3、東京都クラブ戦春秋連覇で2部昇格(こちらは社会人テニスの目標)

他にも細かい目標はありますが・・・メインはこれで。


これから、島原にある祖父母の実家に向かいます。
従兄弟が結婚してすでに二児の父なので、本当はその子らにお年玉をあげなければいけない身なのですが・・・こういうときに社会人っていいよなと思ったりもする。

2011年1月1日土曜日

初詣は近所の観音様の所に行ってきた。くじを引いてみたらなんと大吉。些細いな事だが、今年で契約切れのポスドクとしては、こんなところでも勇気をもらわねばやってられない。

家に帰ってから年末Jの当選番号を確認。
見事にはずれ。
セレブポスドクの夢は断たれた(同時に嫁さんのセレブ「研究者妻」の夢も断たれていた)。

しかし嬉しげな兆候も。
先ほどふとポスドクに戻っていた時、ある寄生性真核生物のかなり荒いドラフトゲノム中に「現代生物学」で報告したものと同じ現象が見られた。このネタ広がるか?