2011年2月28日月曜日

まじかよ。。。

Macbook proの調子が狂った。

Main menuでメンテナンスしたら(今まではならなかったのに)環境設定が勝手に初期化され。タッチパッドの反応もおかしくなった。

これに入っているデータはほとんどバックアップを取ってるので、とりあえずクリーンインストールを試す。

が、タッチパッドおかしくなるのはなんなの?カーソルは動くのに指でトンッてやってクリックするのが出来ない。これOSの再インスコで直るのかな。。。

というかこんなに立て続けでまだ新しめの物の調子が悪くなるとか、なんなんすかこれ?

筑波使えない・・・

今見たら投稿件数が666件だった。獣の数字・・・うはwww

不吉なので早速増やす。

Syst Biolとか、自分にとっては凄く利益のあるジャーナルなのに、筑波大学だと見られないものがあるのは前々からネックだったが、寄生学雑誌とか古生物学の雑誌でも見られなかった。今日面白そうな論文を幾つか見つけたのに。

これが旧帝大との決定的な差だよなー。
この点を解決しない限り一生K大とかT大とかに追いつける訳がない。
図書館、電子ジャーナルの規模は大学の要ですよ。。。

2011年2月27日日曜日

おっそ

実験室の椅子はY吹さんに車を出していただいて自宅まで運んできた。

今壊れてしまったのは正直痛いが、所詮は2~3万程度の椅子なので、適当に金が溜まったらすぐに買えばいい。

が、その間でも実験室ではさらにショボい椅子に座り続けなければならないと考えると、心なしか腰と背骨のあたりがジンジンしてくる。
更に悪いことには、これから花粉が飛び散る季節になる。今日もそこそこ飛んでいたようだが、花粉症は首や腰にもしこたま悪影響を及ぼすのだ。去年も一週間に一度は整体に世話にならなければやってられなかった。椅子のことも含めて、3~4月は出来るだけお家に引っ込んでおきたい、というのが正直な心情である。
そういうためというのも含めて自宅PCとMacbookを買ったのだから。

その自宅PCでは、現在PhyloBayesを使ってCross-Validationによるモデル選択を行うため、各サンプルについてTopology fixedの解析を行わせている。交差検証法は今回はじめてやるが、これをやることになっただけでもN村のデータを解析しようとしたのには価値がある(自分にとって)。


ただ、PhyloBayesだとCATモデルでやるよりMtZoaとか経験的モデルを使う方が解析が圧倒的に遅い。20倍くらい時間がかかる。デフォルトのCATモデルの方がパラメータはかなり多くなるはずだが、なにゆえ?
よほどCATモデルに最適化しているのだろうか・・・


話は変わるが、今日はIFについてこんな記事を見つけた。特にPLOS Oneの2009年のIFと今後の影響について。
IFの仕組みとか、雑誌の運営とかについて分かりやすくかかれていて、考察もおもしろい。

特殊(というか簡易?)な査定方法をとるPLOS Oneの質がそのIFに反して低いものであるか、ということに対し、「OAであるため、掲載が決まった際には投稿者が高い金を払わなければならない。が、そういう高い金を払えるような資金のある研究者にはある程度の質も担保されている」という意見が 紹介されていますが、これはどうだろう・・・

金はあるけど質は・・・という研究者(研究室)っちゅうのは星の数程いる(ある)と思いますけどね。まあ現在金も質もまだまだ全然無い自分がいうのもアレか。。。

ただ、IFが大きく評価されたことでこれからピンキリのキリの部分が多くなることは確実だろう。
というかおねぇのような特殊な論文をIFで評価するのが間違いだと思うが。まだEFのがマシなんじゃないかなぁ。

2011年2月26日土曜日

工工エエエエエ(´Д`)エエエエエ工工

自宅の椅子がぶっ壊れた。

脚の部分が根元から折れて最早立たせることができない。

折れた瞬間後ろにすっころんだ時には想像を絶する悲しみが僕を襲った。

まだ4か月くらいしか座ってないのに・・・・

新しいの買おうにも、学会等の準備のためお金がない。

とりあえず、実験室にある自分の椅子を持ってこようか。あれは自費で買ったものだし。

実験室のほうは、暫くは双子の所にあるものを使おう。あれも元々は自宅にあったものだ。


しかし、椅子に関しては最初に買ったやつが不良品で、次に買ったこれもこの有様。

自分にとっては椅子は生命線なのに・・・

はああ・・・

2011年2月25日金曜日

Thanks!

返事来たー!

でも俺の理解は間違ってたー・・・


やっぱり確認してよかったです。
CATに関する論文も、ちゃんと見なくてはいけませんね。


さて、後は実際に計算してみる。
どういう結果が得られるだろうか。

CATのAIC

PhyMLに搭載されているCAT modelのAIC計算方法についてマニュアルと論文を読んで自分なりには理解したつもりだが、万が一間違っていると困るので、製作者にメールを出した。

ただ、昨年夏にも同じ人にメールを出したが、一ヶ月半後くらいに「返事出すのを忘れていました。」という返信が帰ってきたという経緯もある。


今回は早いといいんですが・・・


現在コアがかなりbusyな状況だが、何とかやり繰りして自分の解析を始める(アライメントが揃う)までには終わらせられそう。自分の解析でもどうせやるので予行としてMrBayesでのCovarion modelを使った解析も走らせているが、これも週明けには終わるだろう。100万で収束すれば。

あとは、モデル選択、樹形検定含め結果がどうなるかですね。

素直な結果が得られるといいんですが・・・

2011年2月23日水曜日

むう・・・

Debian6.0でもPhyloBayes,nh-PhyloBayesがGCCでコンパイルできた。


まあ少なくてもUbuntuで出来てDebianで出来ない道理はないもんね。

ただICCではコンパイルできなかった。

オプションに-lstdc++を追加したりである程度まではいったが、

”__buitin_isnanがない”というエラーで止まってしまった。

調べてみても、コミュニティでもどうもICCのバグらしいということまでしか分からなかった。

今度ICCの新バージョンを買うので、それで解決されているだろうか?

写真集

今日の夕食は久しぶりに外食だった。

その店のカウンターで見つけたのが、筑波大生の写真集。

筑波大生が作った、筑波大のJDをモデルとしたものらしく、しかも一冊300円で好評発売中らしい・・・


その名も「筑波美少女生活

”筑波=地味とは言わせない!”と書いてあったが、このタイトルでは地味・・・というかほのかな昭和臭すら感じてしまうんですけど。


あんまりじっくり見てると自分が恥ずかしくなるので、パラパラとめくってみた。


確かに可愛いけど、よくこんなの作るよなあとまず思わざるを得ない。

他意はなく、純粋な疑問として恥ずかしくないんだろうか?


まあ、男の自分にはわからんのでしょうけどね。


気になる人は、天3ローソン裏の学生食堂に行ってみては?

あれ・・・

現在自宅のPCをWindowsとUbuntuのデュアルブートにするため設定中。

32bitでのCygwinだとあまりにも解析が遅すぎる。しかし64bitのWindowsにすると32bitで動いていたソフトが動かなくなってしまう。

解析を走らせながらWindowsでしか動かないソフトも動かすということをやりたかったんですが、実験室とは違って解析の時間が長くなるほど電気代のことを心配しなければならなくなるので、結局Ubuntu 64bitとのデュアルブートにすることに決めました。

デュアルブートにした影響か、何か有線LANが時々繋がらなくなってしまうのだが、原因が分からん(一回電源落としてコードやケーブルを抜いて暫く放っておくと復旧する・・・静電気かな)。

今は系統解析用のソフトウェアをインスコ中だが、nh-PhyloBayesがバージョンアップしていた。


Peggy(Debian)とか双子(OpenSUSE)で、gcc4.4ではnh-PhyloBayesとPhyloBayesはソースからビルド出来なかったのだが、Ubuntuでは何故か出来た。


nh~についてはバージョンアップのおかげかとも思ったが、PhyloBayesは3.2fから変わっていない。一体何が違うのだろうか。(コンパイルできない時にエラーメッセージも調べてみたが、結局どこをどう直せばいいのか分からなかった。)


gccでコンパイルできるなら、ICCでもコンパイル可能になると思う。バイナリで使用するよりかは、こういう解析に時間のかかるプログラムもちょっとは早くなると思うのだが・・・

とりあえず、Peggyの方はsqueezeにupgradeしたので後でもう一度トライしてみよう。

鍋にケーキは日本だけなんだろうね

今日は論文紹介ゼミ後に大ボスと配列のアライメントを行った。

自分でもアライメントとポジション選択を一通りやってみたが、 やはり自分より遥かに経験のある人がやると全然手が加えられなかった所が修正されていく。ああいう滅茶苦茶な配列を数十年来見続けた人ならなおさらだ。


ああのようなものを「財産」というのだろうと思う。自分ももっと経験を積んで、あの技術をぜひ入手したいものだ。

結局アライメントは、大ボスが一週間かけてもう一度ポジション選択した周辺を見直すことになったが、できるならその横にずっとくっついて見ていたいものだ(多分できないけど)。


その後、遅くなるであろうことは予想していたので、リフレッシュで持参した弁当を夕食に食べようと思ったら、D508の人たちが鍋をしていた。

鍋好きだな・・・俺も大好きだ。

Oさんが誕生日だったらしく(おめでとうございます)、飛び入りの分際で鍋と上等なワインとケーキを戴いた。まこと美味しゅうございました。勿論弁当も食べた。ビールも飲んだ。


片付け後、残った酒で晩酌をして、ほろ酔い気分で筋肉痛の足を引き摺りながら帰宅した。

帰宅後、メールを見たら奨学金公募のお知らせが。
来年M2の大学院生(Dr志望)対象で、分野も結構いけそうな感じだったので期待したら、


「成果の社会還元の志を有し、影響力を期待できる方」

だって。


う~ん、これはキツイな・・・


・・・大分暖かくなってきた。今年の冬は確かに寒かったが、期待していたほど雪は降らなかった。これからは気温が少しずつ上昇していき、僕の嫌いな季節へと近づいていくのだろう。

2011年2月21日月曜日

この配列ひどいよぉ!!

さすがアピコの(ry

三月の藻類学会で発表する予定のテーマについて、それ用の解析のためのアライメントの作成を行った。

以前にも何遺伝子かについてアライメントを行ったが、まあぐちゃぐちゃですわな。アミノ酸頻度もかなり偏っているし、「どこをどう取れと・・・?」と思わざるを得ない遺伝子もある。そもそもMissing Dataも多いし。

こんなハチャメチャな配列データで、今までPublishされた研究では「自動アライメントやってGBLOCKSでポジション選んでもらいました」だし、Missing Dataがあるからだろうが単一モデルしか使ってないし。

そんなんでちょろっと解析したぐらいじゃ、そりゃあLBAに見事にトラップされますがな(´・ω・` )


Gene sampling, Taxon sampling, Alignment, Position選択、これらを人の手でちゃんとやらないと(”ちゃんと”ってのが難しいのだけれど)、どれだけ複雑なモデルや画期的なアルゴリズムを使ったって意味がない。


「系統解析はアライメントでほぼ決まる」はうちの大ボスの金言だ。


今対象にしているテーマはそこらへんがちゃんとしてないために、分子系統解析の結果が他の分子生物学的な結果の”足を引っ張っている”好例だろう。


データの作り方、解析方法を詳細に検討して、更に新しく出た生物のデータを加えて、最終的にどのような結果が得られるか。それを検証したい。あわよくば「僕らのConsensusに矛盾しない強固な」結果が得られるといいのだけれども。ただ、結果ありきの工夫をしないように十分留意もしないといけない。




N村のデータの解析(これは自分が勝手にやってることだが)もあるので、CPUの使い方を少し考える必要がある。

2011年2月19日土曜日

syncしなかった

sugarsyncで3台のPCのMy Documentをシンクロしていてとても便利だ。当然だが、たまにsugarsyncアプリのアップデートがある。

これまで気がつかなかったが、このアップデート中、というかアップデートのお知らせが表示されているときにはファイルがsyncしないらしい。これは困る。

昨日desktopマシンで仕事をし変更を加えたはずのファイルが、自宅PCではずっと前のバージョンのまま放置されており、自宅で仕事の続きが出来なかった。

今朝オフィスに行ったところアップデートのお知らせがデスクトップにでており、アップデートした途端ファイルのuploadが始まった。これでは困るので、sugarsyncには改善してもらえるよう言うつもり。

学生実験は無事シークエンスも成功し、終了。自分でデザインしたプライマーで目的遺伝子が増幅できたのは4班中2班。まあいいところではないか。自分達の縮重プライマーでは増幅しなかったが、ポジコンプライマーで増幅した班は1つ。残り1班はプラスミドを失くした(捨てた)ので、他の班のサンプルをシークエンスした。

今日は散髪に行ったが、店長がiPhoneをもっていることを知った。「スマホほしいなぁ」なんて話をしていたら、「いながいYさん、もっていないんですか?(軽いイバ訛り)」と言われてしまった。法人契約でかなりお得だったらしい。

店長はいまホクロ取りに嵌っているらしい。自分の顔のホクロを1個300円くらいで取ってもらっているとのこと。これまでに50個以上取ってもらったとのこと。刺青とおなじで、一端始めると止まらないものなのか。

2011年2月18日金曜日

文字コードェ・・・

配列ファイルの編集をスクリプトを書いて自動でやろうとすると、いっつも文字コードや改行様式に蹴躓いてしまう。

今日はMac Cladeから出力された Sequential PHYLIP formatのファイルを連結しようとして、改行様式を変えていなかったためにUNIXでは改行を認識できず、何でできんのだとイライラする羽目になった。

配列ファイルを編集するときは、文字コードはUTF-8,改行はLFであることを確認するべきですね。

TKB大学大学院

昨日自宅に帰ったら郵便ポストに緑の封筒が。

TKB大学大学院からでした。

後は卒業することと論文紹介を無事終えなくては。

2011年2月17日木曜日

アップグレード完了

PeggyをDebian 6.0 squeezeにアップグレードした。

基本的には公式の指示に従ってコマンドを打ったが、予想と違うアップグレードの流れになって少々戸惑った。

一応アップグレードが終わって再起動してみると、X serverがこけてGNOMEが起動せず、結構ビビッたがビデオカードのドライバを再インスコすることで解決。

Linuxのカーネルを更新した影響だろうか?

キーボードの認識はちゃんとしていた。


何はともあれ、これでアップグレード完了。

これで系統解析のプログラムが動かなかったりしてorzにならないことを祈る。


早速解析かけてみようかな。

2011年2月16日水曜日

楽しい見積もり

PC(大ボス用)を新しくすることになったので、自分が現在見積もり中。


今回はパフォーマンスはそこまで要求されていないので、ドス○ラでそこそこの奴をそこそこにカスタマイズして見積もりをする。

これはBTOだが、DOS/Vショップで一つ一つのパーツについて色々調べて自分なりのベストのPCの構成を考えるのは凄く楽しい。あとは自分の手で物理的に組むことが出来ればもっと楽しいし、後のメンテも楽なのだろうが、まだ手は出せてない。

時間と金の余裕のあるときに、やっすいPCでも組んで練習したい。



もうひとつ、来年度に大規模計算用の計算機を買おうかという話になったので、こちらもざっと見積もりを考えてみたのだが、やっぱすんごい高い。

GPGPUとかどのくらい効率のいいものか興味はあるが、系統解析においてはプログラムのソースコードをGPGPU用に根本から書き直さなければ使えない(CPUによる計算だけになるので意味がない)。だけど、やってることは行列計算なので、実現すれば多分かなりの効率化が見込めるんじゃないかと思う。


予算の関係上、PCクラスタになるかワークステーションにCPUを複数積むかのどちらかになるか(というかそもそも買うのかどうか)はまだ分からないが、PCクラスタにした時に計算ノード間でのプロセス同期のための通信にCPUがどれだけ食われるか。。。やってみたこと無いから分からんが、通信方法を一番効率の良いものにすれば解決できる範囲ではないかね。


どっちにせよ、計算に使えるコアが大きく増加することはいいことだ。こういうのは、「何か計画があってそのために用意する」類のものではなく、「あればあるだけ使ってその分効率が良くなるのだから余裕があるなら積極的に装備を増やしていく」ものだ。(もっと言えば計算機なんて消耗品だ)
当然他との折り合いをつけるべきだし、そもそも予算を獲ってない身分で偉そうに言うべきものではないのだけれど・・・
学振必須。

Debian GNU/Linux 6.0 リリース

2月6日付けで正式に6.0 Squeezeがリリースしたみたい。


Debianは他のディストロと比べ、かなり挙動が安定しているんですが、保守的なのでデフォルトで用意されているパッケージが古い。GCCとかなら自分で変えられるんだけど、glibcとかはあまり手を出したくないので、メジャーアップデートはかなりうれしいです。


今の解析が終わったら早速アップグレードしようっと。

2011年2月15日火曜日

B2セミナー評価

今朝メールチェックをしたらセミナー評価が来ていた。

昨日発表したのにもう来たのか? と思って開いたら年末にやったやつ(寄生紅藻についての論文)の評価だった。遅いよ! あの時は教員が少なかったし、もう評価されないされないのかと思ってたよ!!


おまけ:クロスバイクを日曜に受け取ったので、今日も乗って登校したら泥はねMaxだった。雨の日用の普通のチャリも用意するべきかな・・・

2011年2月14日月曜日

つくば藻類・プロティストフォーラム告知

第 15回フォーラムが開催されます。

日時:2011年2月21日(月) 16:00~18:00

場所:筑波大学 総合研究棟A棟110 公開講義室

森 稔幸 (理化学研究所 基幹研究所 宮城島独立主幹研究ユニット )
原生生物の生殖機構を植物に問う

濱 健夫 (筑波大学大学院 生命環境科学研究科)
海洋酸性化の進行と微生物の応答

フォーラム終了後懇親会があるそうです。参加希望者は私まで連絡して。

解析長すぎ

アミノ酸GTRモデルの解析が未だに終わらん。かれこれ二週間くらいは走らせているが、まだ半分。

まあ今月はコアを多く使うような解析は予定していないので、ほっておけばいいんだが。


それにしても、同じバイアスをかけた場合に経験的モデルと比べてパフォーマンスが圧倒的に悪すぎる。GTRモデルを試しているのはシミュレーションによる配列データ生成のばらつきに対し、モデル選択の際そもそも比較的データに適した経験的モデルさえも存在しない場合を考慮したからだが、モデルをデータから構築するのに配列長、配列数が小さすぎるのか、パラメータ数が大きくなりすぎてそれがバイアスになっているのか、はたまたRAxMLのGTRモデルに何らかの欠陥があるのか(自分は前2つが主たる原因だと思うが)。

この結果は、出した方がいいのか出さない方がいいのか。。。



 …現在、Y崎がt検定やらF検定で四苦八苦している。

最初なので、ざっくりとだけ教えて後は自分で調べさせたが、やっぱり間違えてた。結果の解釈も180度変わってた。

一昔前の自分(今もそうだが)もそういう失敗は何度もした。統計・確率は計算を理解するのは比較的簡単だが、その結果を解釈するのが難しい。

そもそも人によって言ってることが違うことが往々にしてある分野だし(なのでこれに基づいている分子系統学も同じようなもんと思っている)、一回でちゃんと理解するなんて到底無理。

間違ってなんぼ。間違って結果を発表して恥ずかしい思いをして、初めて自分なりの正しい理解をしていくものだろう。これは自分でもずっと留意していかないといけないことだ。

2011年2月12日土曜日

ミジンコゲノム

ミジンコの全ゲノムを読んだという論文が科学に載ったみたいです。

↓これ
http://www.sciencemag.org/content/331/6017/555.abstract

何でもヒトゲノムよりも8,000個以上遺伝子が多く、またその3分の1が今まで発見されたことのない未知の遺伝子だとのこと。


ちなみに、甲殻類でゲノムが読まれたのはこれが初めてのこと。母数が多いから甲殻類でも何個かゲノムは読まれてんだろうなと思っていましたが、意外でした。

ということは、この分野もまた宝の山が沢山眠ってるのかな。

案外そこら辺の池で取ってきてゲノム読んでも、環境で全く違ったりして。

真核生物全体を対象とするなら、Protistのみならず、こういう奴ら(それでもほ乳類とかあんまでっかいのには興味はないんだけど)にも触手を伸ばしていくのも面白そうだ。

帰還

奴らが帰ってくる

泣き声を響かせながら。


奴らが帰ってくる

あるいはスヤスヤと寝ながら。


奴らが帰ってくる

時折おむつを濡らしながら。


必要なものは昨日吹雪の中イーアスで買いそろえた。

家の掃除も終えた。

風呂用の桶も洗った。

寝不足の日々とともに、奴らが帰ってくる。

2011年2月11日金曜日

一安心

先月半ばにTraning courseの参加費を振り込みしたのだが、それの受領告知が今日届いた。

初めての海外送金だったので、ずっと心配だったのだが、これで一安心。ちゃんと参加できる。

もうスケジュールなんかが送られてきているが、レクチャーはもとより一日ケンブリッジを回るツアーがあったり、空き時間も結構あってどんな風に過ごせるかとても楽しみ。


なので、この機会を出来るだけ有意義に過ごすべく、現在英語の勉強中。といっても、podcastで色々入れたりして、研究室の行き帰りに聞き流しているだけだけど。


ちなみにpodcastのECC英会話podcastingが聞いてて楽しくておすすめ。


次は航空券の予約かな。行きは前日入りしてロンドンで一泊する予定。これも楽しみ。

学生実験あるある

一昨日、昨日と学生実験で大腸菌からのプラスミドDNA精製を行った。アルカリ法でプラスミドを取って、シークエンスのためPEG精製を行った。

精製後一部のサンプルを電気泳動して確認したのだが、どの班もバンドが確認された。さあシークエンス反応を… としたら、ある班が「DNAのチューブがない」と騒ぎ出した。

電気泳動前に、「のこりのDNAサンプルが重要なんだからなくすなよ」と注意をしたのだが。結局見つからず。

EtOH沈殿やミニプレップのときも、「沈殿と上清のどちらにDNAがあるか、良く考えろ」と注意を喚起していたのだが、チューブをなくした班の一人がまちがえて(DNAをふくむ)上清を捨てたし。

実験の全体の流れの中で、やっている作業の意義を理解していないのでこんなことが起こる。

よくある話である。

プレスリリース

kamiさま論文(電子版)が、日本時間午前2時にで現代生物学に出版された。


計算科学研究センターの紹介ページはこちら



kamiさま論文とは違うけど、同時にリリースされたこちらも気になる。


データ中にLだのalphaだのをサーベイすべき。

2011年2月9日水曜日

大家族


ついに出てきた!
促進剤を使ってやっと出てきた!なんてのんびりな奴だ!
身長54cm 体重3726gの立派な男の子。
促進剤を使わなかったら、どこまでデカクなるつもりだったのか。

自らの手で母と子をつなぐへそのうをハサミで切る、というアクシデントはあったが(あのグニグニ感は忘れられない)、無事に生まれてきたことに感謝。

と、言うわけで昼間はラボに行けず家で子守り。さっきまで外で遊んでたし。
ラボに行けない分、子分(?)を遠隔操作する。
とりあえずY吹を使って159遺伝子データを解析にかけてもらった。
彼にMLを出してもらって、来週復帰してからMana&KanaでBPの解析を始めるつもり。

だがゲノムシーケンスのサンプル作りだけは誰にも任せられない。
仕方ないので夜、子供に飯を食わし、歯を磨き、風呂に入れ、寝かしつけてから出動することにする。サンプル調整用の実験もうまくいっていればいいが、予想外な感じだとこれから毎日夜中に始動する羽目に、、、
でも文句は言わずやるしかない、なんせ20代で3児の父ですから。
あっ、あとネコも2匹ほどいました。。。

なぜ出ないし

TAをやってる学生実習用にコロピーやったら、何と全部出なかった。

形質転換自体は上手くいってるぽいので、多分僕が試薬の調整を誤ったのだろう。そうならないように工夫もしたんだがねぇ・・・

一年半ぶりくらいにやったとはいえ、何も出なかったというのはちょっと残念でした。まあ実習の方はちゃんとシークエンスで配列は出るだろう、と楽観視しておく。


先程、放散虫論文の原稿に修正を加えて返却した。論文云々に関して現状自分に出来ることはまだまだ少ないのですが、無事acceptを貰えることを願います。

そういえば、論文に記述を加えてて思い出したが、先週のセミナーの後に大ボスから言われたことで、モデル選択でAICなどによって評価されるのはモデルの”適合度”ではないのだとか。言わば選択されるのは最もfitしたモデルではなく、"most appropriate"なモデルというのが適切らしい。適合度というのは尤度に関して言われるものなのだそうです。


細かな表現の違いですが、こういう所はきちっとしておかないといけないと思うので、気をつけていこうと思います。


最後に、kami様、第三子のお誕生おめでとうございます!
無事出産も終わったとのことで、御守りを買って良かったと思います。

2011年2月8日火曜日

産まれた!

さきほど電話があり、kamiさま第3子が誕生したそうです。男の子です。母子ともに元気だそうです。

2011年2月5日土曜日

もろもろ

一昨日の学生実験で、大腸菌を形質転換しLBプレートに塗布後、学生実験室(予備室)のインキュベーターに37℃で保温しておいた。昨日の授業では、37℃で一晩放置したプレート上のコロニーを、PCRするはずだった。

しかしなぜかインキュベーターの電源が切られており、プレート上にはまったくコロニーは出現していなかった… 仕方がないので昨日の夕方再度37℃インキュベーターに放り込んで、今朝プレートを確認に行った。

どの班も形質転換成功!キットを使っているから当然といえば当然だけど。二晩放置したためか、サテライトコロニーが結構出ているが、問題ないだろう。

まっ、この学生実験の「胆」はアミノ酸配列のアライメントを見て、自分で縮重プライマーをデザインすることにあるので、もう一番大事なところは終わっている。


月曜日にはUBCからNYくんが訪問しにくる。卒業以来あまりバーツク大に寄りつかなかったが、今回は我々の研究費で来日するので大学に顔を出さざるを得ないのだ!彼はすぐに冬のベーリング海へ1ヵ月間のサンプリングへ行くのである。ピコとかビリとか、ラペとか採ってきてくれんかな、というのがリクエスト。

当然、木曜に続き、月曜日も柳仙である。今度はとりにんにくは注文しない。おいしかったけど、あまりにも強烈だったから。

クロスバイク購入

今日の午前中に自転車に乗っていたら突然前輪ブレーキが壊れたので、前々から考えていたけど、なんかグズグズしていたクロスバイク購入に踏み切ることにした(本当は次のバイト代がはいるくらいまでは待ちたかったけど)。帰宅してすぐに良い明日まで歩いて、ずっと気になっていたスポーツサイクル店に行ってきた。店員と値段とか用途とか適当に話して、オススメのをちょっと試乗させてもらって、少し悩んで、一番安いのより少し高いものを買うことにした。お値段は専用空気入れとか鍵とか諸々含めて、僕が入っているサークルの式根合宿に一週間行ってきてもお釣りが来るくらい。覚悟したよりは安く済んだのでまあ許容範囲。

そのまま乗って帰れるかなと思っていたが、注文してから入荷して組み立てまで最速でも火曜までかかるらしい。なので残念ながら画像はありません。さて、バイトとか通学とかはどうしようか。膝が痛くなければ走っても良いんだけど、まぁ歩くか。

おまけ:帰宅してコーヒーでも飲もうと思ったが、なぜかt-◯alが壊れて湯が沸かせなかった。今日はついてない日なのかも知れない。

2011年2月2日水曜日

超アナログ

「現代生物学」からproofが来た。
これを見るとなんか達成感がある。
日付を見ると今月10日にはオンラインで出るそうだ。そして22日には正式に出版らしい。
強豪チームのより早いか?

普段ならA〇obeでpdfを修正してメールで提出なわけだが、今回は違った。
「hand-corrected pages & a typed list of changesをFAXで送れ、24時間以内に。」

、、、は?
超アナログやん。
そして24時間以内て、、、

仕方ないので、ウチのラボのfaxが壊れちゃったことにしてメールで送りつけた。
そして難なく受理された。なんやねん、それ。別にメールでいいやん。
でもいい子は真似しないでね。ルールはルール、従うように。