2011年2月14日月曜日

解析長すぎ

アミノ酸GTRモデルの解析が未だに終わらん。かれこれ二週間くらいは走らせているが、まだ半分。

まあ今月はコアを多く使うような解析は予定していないので、ほっておけばいいんだが。


それにしても、同じバイアスをかけた場合に経験的モデルと比べてパフォーマンスが圧倒的に悪すぎる。GTRモデルを試しているのはシミュレーションによる配列データ生成のばらつきに対し、モデル選択の際そもそも比較的データに適した経験的モデルさえも存在しない場合を考慮したからだが、モデルをデータから構築するのに配列長、配列数が小さすぎるのか、パラメータ数が大きくなりすぎてそれがバイアスになっているのか、はたまたRAxMLのGTRモデルに何らかの欠陥があるのか(自分は前2つが主たる原因だと思うが)。

この結果は、出した方がいいのか出さない方がいいのか。。。



 …現在、Y崎がt検定やらF検定で四苦八苦している。

最初なので、ざっくりとだけ教えて後は自分で調べさせたが、やっぱり間違えてた。結果の解釈も180度変わってた。

一昔前の自分(今もそうだが)もそういう失敗は何度もした。統計・確率は計算を理解するのは比較的簡単だが、その結果を解釈するのが難しい。

そもそも人によって言ってることが違うことが往々にしてある分野だし(なのでこれに基づいている分子系統学も同じようなもんと思っている)、一回でちゃんと理解するなんて到底無理。

間違ってなんぼ。間違って結果を発表して恥ずかしい思いをして、初めて自分なりの正しい理解をしていくものだろう。これは自分でもずっと留意していかないといけないことだ。

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