2011年2月23日水曜日

あれ・・・

現在自宅のPCをWindowsとUbuntuのデュアルブートにするため設定中。

32bitでのCygwinだとあまりにも解析が遅すぎる。しかし64bitのWindowsにすると32bitで動いていたソフトが動かなくなってしまう。

解析を走らせながらWindowsでしか動かないソフトも動かすということをやりたかったんですが、実験室とは違って解析の時間が長くなるほど電気代のことを心配しなければならなくなるので、結局Ubuntu 64bitとのデュアルブートにすることに決めました。

デュアルブートにした影響か、何か有線LANが時々繋がらなくなってしまうのだが、原因が分からん(一回電源落としてコードやケーブルを抜いて暫く放っておくと復旧する・・・静電気かな)。

今は系統解析用のソフトウェアをインスコ中だが、nh-PhyloBayesがバージョンアップしていた。


Peggy(Debian)とか双子(OpenSUSE)で、gcc4.4ではnh-PhyloBayesとPhyloBayesはソースからビルド出来なかったのだが、Ubuntuでは何故か出来た。


nh~についてはバージョンアップのおかげかとも思ったが、PhyloBayesは3.2fから変わっていない。一体何が違うのだろうか。(コンパイルできない時にエラーメッセージも調べてみたが、結局どこをどう直せばいいのか分からなかった。)


gccでコンパイルできるなら、ICCでもコンパイル可能になると思う。バイナリで使用するよりかは、こういう解析に時間のかかるプログラムもちょっとは早くなると思うのだが・・・

とりあえず、Peggyの方はsqueezeにupgradeしたので後でもう一度トライしてみよう。

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