2011年2月25日金曜日

CATのAIC

PhyMLに搭載されているCAT modelのAIC計算方法についてマニュアルと論文を読んで自分なりには理解したつもりだが、万が一間違っていると困るので、製作者にメールを出した。

ただ、昨年夏にも同じ人にメールを出したが、一ヶ月半後くらいに「返事出すのを忘れていました。」という返信が帰ってきたという経緯もある。


今回は早いといいんですが・・・


現在コアがかなりbusyな状況だが、何とかやり繰りして自分の解析を始める(アライメントが揃う)までには終わらせられそう。自分の解析でもどうせやるので予行としてMrBayesでのCovarion modelを使った解析も走らせているが、これも週明けには終わるだろう。100万で収束すれば。

あとは、モデル選択、樹形検定含め結果がどうなるかですね。

素直な結果が得られるといいんですが・・・

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