2011年3月10日木曜日

こんなにも違う

コンピュータの発展は秒進分歩ともいいますが、2年ぐらい経つと絶大な差が生まれてしまうのは確定的に明らか。

双子のプロセッサはXeonの5400番台だが、Peggyのi7 960と比べるとその性能には歴然の差がある。

ほぼ同じ最適化オプションでコンパイルしたMrbayes MPI版を4コアで走らせた。配列長は同じ、Taxon数はPeggyで走らせた方が3つ多いにも関わらず、解析速度はPeggyのが約三倍も速い。

やっぱPCは消耗品なんだなと、改めて思うような違いである。

系統解析のような確率計算を反復して行うような解析では、浮動小数点演算性能の高低は重要なファクターで、1年も空けば月とすっぽんになってしまう。そういえば、AMDとIntelで、同スペックのプロセッサだと、どっちが系統解析に向いてるのだろう。一部には数値計算にはAMDのが強いと聞いたが、IntelにはICCの組み合わせがあるから、多分Intelのがいいんじゃないかと思う。


今回はMPI版のMrBayesを使ったが、PhyloBayesを使って同様のデータを解析しても、そこまでの違いは見られない。やっぱり並列解析したときに性能差(クロックの差)が顕著になるのだろうか。


Peggyもあと1年くらい経ったらそこらのミドルクラスに余裕で負けてしまうようになるのだろう。

Sandyはいいけど、次にIvyが出たら新しいの買いたいなあ。たぶん10コア以上使えるのが出てくるだろう。今もあったかしら・・・

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