2011年4月28日木曜日

Undergraduate Mentoring and Diversity Program Award

京都で行われるSMBE2011のUndergraduate Mentoring and Diversity Program AwardにUki-Y
くんが選ばれました。


10名のうちの1名に選抜されたということで、なかなかではないですか。おめでとう!旅費も、参加費も支払われ、2012年のonline購読も付いてきます。

実験をきっちりみてくれているkamiさま、アブストラクトをチェックしてくれたMちゃん、ありがとうございました。

選ばれた10名は、特別なセッションでポスター発表するそうです。でもよく読んだら、supervisorも同席しなければならないらしい。えぇ~?ポーランドISEPでのYHくんとKI先生の様な感じになりかねないので、ちゃんと準備しようね。

2011年4月27日水曜日

RAxMLによる並列計算処理まとめ

RAxMLには並列処理に関していくつかバージョンがありますが、それがどのようにして並列処理を行っているのかを、忘れないうちにここにメモしておきます。あと、細かい計算処理の仕方やRight versionについても。

*あくまで自分の理解です。

・PTHREADSとOpen-MPIの違い

これは、一言で言えば「各スレッドあるいは各プロセス(CPUと考えてもよい)がメモリを共有しているか否か」ということになります。前者はメモリを共有、後者は各プロセスが独自のメモリを保持します。

具体的にいえば、4GBのメインメモリがあったとして、2コアでPTHREADSを使う場合は2つのスレッドが4GBを同時に使用する。MPIの場合は2つのスレッドが2GBずつメモリを分け合います。

簡単に言うと、漫画を描く(系統樹を再構築する)ために、漫画家(スレッドとか)が作業机(メモリ)をシェアするか否かということです。

なお、MPIの場合はそれぞれのプロセス間で通信を行い、互いの進行状況を知らせ、それらを同期する必要があります。

RAxMLでは、PTHREADSでは1本の系統樹に対する各パラメタの最適化に対して並列処理が行われ、MPIではTree searchingの際に並列処理が適応されます(つまりSPRなどで提案された複数本の系統樹についてのパラメタの最適化を、それぞれのプロセスで行う)。MPIの場合は例えばML解析の際、それぞれの初期系統樹からのML探索単位でプロセスを分けているわけではないので注意。

PTHREADSでなぜ複数本の系統樹の最適化を並列にやらないかというと、系統樹の本数が増えるごとに推定されるパラメタの数が増え、キャッシュの負担が増してしまうからです。その場合、一本の系統樹に対して複数コア使うほうがより効率がいいということになります。

上述の例で言えば、キャッシュは作業机上にある文房具ということになります。描く漫画のコマ数が増えれば、それだけ多くのペンやホワイトや定規やらが必要になりますが、それには限りがあるということですね。

逆に、MPIではわざわざ作業机を分けているのに、同じコマを書こうとする(一本の系統樹の最適化)のは非効率であるというわけです。

これらがRAxML-PTHREADSとRAxML-MPIになるわけですが、これらの機能を合わせたのがRAxML-HYBRIDです。このバージョンでは、探索の際提案された各樹形をまず複数のプロセスにわけ、さらに各プロセスに割り当てられたメモリの中でPTHREADSを適応し、各系統樹のパラメタ最適化を並列に行います。

ただ、この計算処理の恩恵を得るには当然ながら多くのコアが必要で、作者曰く「最低60コアはないとお話にならないね」とのことです。

ちなみにHYBRIDバージョン(MPIも)ではmpirunを使ってMPIのプロセス数を指定しますが、これを指定しない場合、デフォルトではプロセス数は1であり、ただのPTHREADSバージョンを使うことになります。


ASRVの計算方法

例えばΓ[4 categories]で計算する場合、各rateを想定して各rateごとにトータルのlnLを計算して最後にそれらの1/4を合算して最終的な尤度を計算するようにしているみたいですが、ちょっとこれについては本当にこれでいいのか(自分の理解があっているかも含め)勉強中です。

ちなみに作者曰く「膨大なデータを解析する際はdiscrete Gammaを使うのではなくCATを使った方がいいと思う」とのことでした。

配列長の増大についてはそうだと思いますが、配列数の増大についても同じことが言えるでしょうか?

あと、AICも確認してみないことには何とも言えんですね。

(RAxMLのCATはPhyloBayesとかのCATではなく、各サイトごとの独自のrateを計算するモデル)


RAxML-Rightについて

このバージョンは最近になって公開されました。Phylogenomicなどの膨大なデータを取り扱うことを想定した上でのRAxMLの新バージョンです。

主な特徴は

1、ASRVにGamma分布ではなくCATを使う。
2、Check point機能があり、クラスタなどで解析をして途中でrunがぶった切れても各ポイントから再開できる(その際使うコア数も変更可能)
3、メモリがかなり節約できる。

です。なお、Rightを使う場合には事前にParsimonitorで最節約の系統樹を初期系統樹として用意する必要があります。


こんなとこですか。

 並列処理については大学院の共通科目で計算科学の講義もありますので、今年はここでも勉強したいと思います。去年はISEPと被りましたが、今年は大丈夫でしょう。


あとは、もっとハードな部分についても自分で調べる必要がありますね。

デスクの引越し

今年から計算科学の方へ自分のデスクを移動した。

今日、いろんな手続きや整理が終わったところである。
あとは、椅子を新調しなければならない。
今あるのは背もたれ低い硬い椅子だけなので、このままこれに座り続けたら自分の腰がストレスでマッハになる。
早くお金戻ってこないかなあ・・・

ウチの実験室はただでさえ手狭なので、新たに加入するもしれない実験者のためにも自分のデスクの移動は必要だったと思う。

自分も来年の試験をパスしてこちらの修士に入れたら、どうせこっちに来るだろうし。

デスクを移動したことによって

1、前よりスペースが広くなった。(特に本棚)
2、お茶やコーヒーを飲みながら仕事が出来るようになった。
というメリットは得られた。この辺は生農で単純に大学院生のオフィスを貰うだけでは解決できないんですよねぇ。自分のPCあの狭いオフィスでフル回転させたら真夏じゃなくても凄いことになりそう。

デメリットは生物事務と大ボスのオフィスから遠くなったことかな。
事務的な所用は全てあちらで片付けなければならないので、「ハンコ持ってきて」とか言われたときには少し面倒くさい。

ともあれ、これで遅まきながら新年度スタートって感じですかね。

色々新しくやりたい解析はあるが、まずは学振です。

飲み会


こないだの自由討論会に大ボスは参加できなかったので、寄付を頂いていた。
その残り(半額)を今日返したら
「じゃあこのお金で飲みに行こう、今日奥さんいねぇんだ」
ということになった。

今のところ
大ボス、kami、有機酸が参加する。
他にも参加したい人はD308左まで。

焼きなまし

今度ノーザンハイブリダイゼーションをやるのでちょっとググってみたらwikipediaのハイブリダイゼーションのページでアニーリングに関する著述

アニーリング=冶金でいうところの焼きなまし

確かにそうなんだろうけど、“冶金でいうところの”といわれても、冶金を想像できなくね。

文章を書いたり、物を伝えるのには工夫が大切ですね。

ちなみに冶金とは以下参照です。

実験一区切り


うちはある従属栄養性原生生物のESTデータを持っているのだが、その中にそこそこ葉緑体遺伝子に近いと思われる配列があることに以前から気づいていた。が、何しろ配列断片。全長取らないと先に進めないことは分かっていたが、他の仕事や嫁さんの出産に時間を割いているうちに半年以上経過してしまった。むしろあと少しで一年経ってしまう。

最近は特に、地震や何やで全く実験できていなかったので4月の半ばくらいから少し本気でRACE PCRしてみた。地震の前に逆転写しておいてよかった。なにしろ停電で温度上昇したディープフリーザー内のRNAが無事かどうか確認できていない。

、、、今は午前1時である。今ようやくすべての候補配列のRACE実験で増幅が確認された。予想長くらいのものから予想長より少し長いものまである。少し長いくらいが「もしかしたらシグナルペプチド?」という期待を持たせてくれて良い。

今から精製・クローニングして帰る。まるで学生時代のような時間の使い方だ。
明日の朝、大腸菌に形質転換する。

全長のシーケンスが出て、系統解析終えたら、次は細胞内の局在でも調べよう。
誰に手伝ってもらおうかね。

2011年4月26日火曜日

フォーラムからの柳仙会

TIさんのフォーラム講演後、いつもの柳仙にて自由討論会を開催した。

参加者は、ラボメンバー、TIさん、SRさん@下田、うちのkidsである。昨晩は嫁が夜仕事(7-9時)だったので、kidsを食事に連れていくことになった。

講演中のTIさん(手前はKI先生、TH先生)

@自由討論会

iPod touchは写真撮ったり便利だが、やっぱ解像度が…

2011年4月24日日曜日

ネットは広大だわ

Hinxtonのコースで知り合ったPh.Dの学生のボスの方からメールを貰いました。

ドイツの大学で、主に脊椎動物のゲノム進化について研究されている方で、このブログも読んでいらっしゃるようです。

前にもアクセス解析について書きましたが、こんな感じでこのブログを見ている海外在住の日本人研究者の方がほかにいらっしゃるかもしれませんね。

「研究のブログ」というよりは、もっと砕けた感じでやっておりますが、楽しんでいただけたら幸いです。

ベストショット?

初めての海外だったので、あちらではいっぱい写真を撮りました。
僕はデジカメ持ってないので、携帯(auのS003)のカメラで撮りましたが、意外と綺麗なものですね。

今日は撮ってきた写真を整理しましたが、3~40枚撮った中で一番気に入っているのが下の写真です。

ケンブリッジでとった写真で、真中は大道芸人です。銅像のように動かないで、足元に金を投げ入れるとロボットみたいな動きで応えます。

なんかわからないですけど、左の子供のポーズとか構図が気に入ってるんですよねぇ。


2011年4月23日土曜日

青空入学式 その2

青空入学式については既にY崎がふれた通りだが、なんとその様子が大学HPにうpされていた。

動画はこちらから
http://movie.emc.tsukuba.ac.jp/official/e23/e23b1.html

噂のImagine the future合唱までちゃんと入っています。

爆睡

昨日の夜2時ごろに寝て、今起きた。

私飛べんじゃん!?(往復路の飛行機で2回も見た某ジャパニメーションの影響)

・・・とにかく、時差ボケもあったろうが、物凄く疲れていたんだなあと実感した。
家に帰ってほっとしたのだろう。


ちなみに、家は殆ど散らかってはいなかった。本棚の一番上にあった写真立てとかが落ちたぐらい。

前の地震とは大きさ+揺れの方向が違ったのかな・・・
まあ片づける手間が少なくて良かった。


土日はとりあえずグダグダする予定。

2011年4月22日金曜日

ショックだったことなど

元キャンディーズの田中好子さんが亡くなったこと。若すぎます、残念です。ご冥福をお祈りします。

あと1件あるけど、これはここには書けない。確固たる根拠はないけどなんとなく、かな?と思っていたことがズバリ当たっちまうと、それはそれでショックだ。

電力消費量の増加する夏に向け、これから大学では消費電力25%削減の取り組みにかかる。その一環として、生農棟在住の大学院生の一部を海外のラボに派遣し武者修行させるという案を考えた。部屋を使わなければ電力の消費も少なくなるはず。

大ボスも賛成なので、各方面に調整にかかるか。

2011年4月21日木曜日

青空入学式

東日本大震災の影響から延期されていた入学式が昨日執り行われました。

有機酸と僕は陸上競技場で昼休みに学長の話を聞き、クリスチャン・ハートおよび教職員有志のコーラス隊の歌声に酔いしれました。

いまじんざふゅうちゃあ!

WTAC9,10日目

9,10日目には、主にPopulation Geneticsの話がありました。

元々この分野には殆ど経験がないので、まず何を言ってるかわかんないし、英語を理解しようとするモチベーションを持続させるのが凄く難しかったです。オマケに最終日あたりは休み時間にフリスビーとかサッカーとかして遊んでたり、夜遅くまで飲んでたりしたので、鬼のように眠かった・・・何回かLog outして、起きたら別世界が広がって何していいかわかんないという経験を何度かしましたw


ただ、合間合間にあったB.Mooreのベイズ法の解説は凄く面白かったです。MrBayesのMCMCの各チェインの温度設定って、均等な温度差を振るんではないんですね。各鎖の温度は1/(1+ID*T)で決まるみたいです。Tが設定パラメタで、IDは鎖の番号です。ただ、各鎖の温度の不均一性をもっと激しくすることはできないんですかね?例えば1/(T+(ID-1)^2)とか。温度の不均一性を激しくすれば、周辺探索とglobalな探索とをもっと効率よく行えるかと思っています。

そういえば、MrBayes3.2はまだ出ないんでしょうかね・・・こっちではactive developmentだという話を聞きましたが。3.2ではcheck pointの機能が追加されるみたいなので、早く使えるようになって欲しいです。

最終日には、初めてのコースディナーも体験しました。メールにはsmart dressで来いと書いてあって、何がsmartなのかググっても分からなかったんで、白シャツとジャケットだけ持って行きましたが、実際には普段着そのままの人やガッチリスーツの人がいてばらばらでした。料理は凄く美味しかったですけど、何か量が物足りなかったです。まだまだ自分は質より量ですね。


ディナーの後は、お決まりの飲み会。学会とは違って、全員が同じ目的の下に一つ屋根の下で学んできたので、どちらかというと部活の合宿に近い感じがしました。まだまだ英語はうまく話せないですけど、酒を飲んだら雰囲気で何とかなります。ここには書いてないですけど、ネータ(どちらかと言うと小ネータか?)も何個か出来ました。



そんなこんなで、このコースも終わりを迎えてしまいました。10日間は、やっぱりあっと言う間でした。正直言ってこのコースの全内容の30%も理解できなかったと思いますが、かといってこういうコースに参加するには早すぎたとは微塵も思っていません。(ちなみに自分が一番最年少でした。)

まず、英語しか話せない、聞けないという環境で、日常会話や科学的な会話をしなければならなかったことは大きな経験になりましたし、自分の分野の著名な研究者の話を学会のプレゼンよりも身近に聞くこともできました。自分の現在の研究に対するヒントや新しいアイデアも沢山得ることが出来ました。


このコースに参加するにあたっては、大ボスには(特に金銭面において)とてもお世話になりました。この経験を生かし、早く沢山論文を書いて恩返ししたいと思います。


明日は、夜七時の飛行機で日本に帰ります。現地時刻午後三時到着予定です。早ければ実験室に顔を出すかもしれません。

出発前は、ロンドンに寄るつもりです。そんなに時間はないですけど、昼食がてら観光してきます。大英図書館とビッグベンはみたいなあ。



・・・帰ったらまず自分の部屋の片付けをしなければ。解析は無事終わってるだろうか。あとはデスクの引っ越しもある・・・


ともあれ、「遠足は帰るまでが本番」。自分にとっては帰国までがもう一つの「講師のいない」講義なので、気を緩めずに帰ってきます。

2011年4月20日水曜日

フォーラム告知

4月25日のつくば藻類・プロティストフォーラム演者と講演タイトルです。

池田 達哉 (独)農研機構・近畿中国四国農業研究センター
 「なぜ小麦から美味しいパンやうどんが出来るのか」―その分子遺伝学的基礎と小麦品種改良への応用―

宮城島 進也 (国立遺伝学研究所)
 葉緑体分裂機構から細胞内共生を探る

日時:4月25日(月) 16:00~18:00

場所:総合研究棟A110公開講義室


昨日の柳仙会、みなさまご苦労様でした。とても盛り上がりたのしかったです。上記フォーラム後も、池田さんを囲み、何かしらの宴会を催す必要があります。

月曜日の夜は家にいる必要があるので、いながいY家で宴会しますか。池田さんとうちの奥さんは知り合いだし。池田を囲む会を自宅で開催していいか、ちょっと奥様に尋ねてみます。

2011年4月19日火曜日

thicken

肥沃な膜

WTAC7,8日目

イギリス料理マジうまいやん。自分の持ってたイメージが変わりました。ただ、ここで食べてるのが特別高級なだけかもしれませんが・・・。毎日違うメニューが出てくるので、超メジャーなものは旬の物を除き殆ど食べられる気がします。


7日目には、仮説検定の話がありました。

モデルのパラメータ数を考慮しない尤度比検定から始まったので違和感を覚えたのですが、AICまで詳しく説明がありました。パラメトリックなブートストラップを利用したSOWH検定についても学びましたが、これは検定として使えるんでしょうかね? キム仮説の樹形を使って配列データを生成すると、「凄くきれいなデータ」ができあがるので、そもそものデータサイズが小さいときには第二種の誤差が起きやすくなってしまうような気がするんですが。一度、ノンパラメトリックな仮説検定とこれの結果を比較して議論するのもいいかもしれませんね。



この日の夜は、遅くまでみんなで飲みました。自分はウイスキーとMETAXA(ギリシャのお酒らしいです)をおごってもらいましたが、やっぱ無茶苦茶アルコール強いですね。

METAXAは味自体は爽やかで、自分の好きな部類に入ります。が、アルコール度数38%とかなり強いです。最初飲んだらむせました。

みんな酔っ払って、大声で郷土の歌を歌ったりしました。日本の歌も歌いましたが、郷土歌というような適当なものが見つからなかったので、「上を向いて歩こう」を歌ってきました。どうせ何言ってるかわかんないだろうと思いますが、メロディはとてもいい曲なので紹介するにはいい歌だと思います。


それで、調子に乗って飲みまくったので8日目はひたすら眠かったです。Z.YangがPositive Selectionと分岐年代推定の話をしてましたが、殆ど頭に入ってません(笑)

ただ、Positive selectionはともかく、分岐年代推定には興味があるので(これらには強い関係があるかもしれませんが)、あとで勉強します。分岐年代推定についてはJ.Thorneも講演しましたが、関連文献を調べてからでないと何のことやら理解がしがたいです。


相変わらず英語には苦労していますが、よく一緒にいるフランスから来たドクターの人が色々教えてくれるのでとても助かっています。自分から喋るときには最初の時には焦って早口で喋ろうとしてましたが、今は一言ずつ区切るようにしてゆっくり喋ってます。こっちの方が伝わりやすいみたいです。その人とはFacebookで友達にもなりましたが、何かここのコンピュータからログインしたら警告が出て、そのままラップトップからも入れなくなりました。困ったけどほっといたら直るかな・・・

このコースも残り2日です。あと残っているのはPopulation Geneticについてですが、これもまた自分に馴染みがないので、(ただでさえ減りかかってる)集中力を保たなければ。



そういえば、クラスターを使ってブートストラップ解析をやった結果が出ましたが、あまり大きな違いはありませんでした。ただ、この検証をするにはもっと大きなデータが必要かとも思います。そういう検証はASによるとまだやってないみたいなので、一回試してみる価値はありそうですね。凄まじく時間がかかるだろうけど・・・


うちもクラスタ欲しいぜ。通常の解析なんて一瞬ですからね・・・

2011年4月18日月曜日

iPod touch買った

この間の感染研での会議で、出先でのネット接続の必要性を痛感した。そろそろスマホかぁ、なんて考えていたが、WiFiルーターも必要との認識になった。

ではAUからでるHTC Evoかと考えて、ヨドバシに寄った時Evoも触ってみた。が、家族との連絡はおもにCメールだし(EvoはCメール送信できない)、Gmailだと連絡先の携帯の設定によってはパソコンメールとして着信拒否される可能性がある。

どうすっか…と考えていたら、入り口でEmobileのおねーさんに呼び止められ、いま契約するとiPod touchをお安くします!とのオファー。そっかこれもって、iPodもちゃウェブにつながんじゃん。PCも繋げられるし。3台持ち?になるけど、ルーターは鞄に入れときゃいい。もしタブレットPC買ったって、それにも使える。

というわけでEmobileと2年契約、iPod touchを100円で手に入れた。その結果、スマホはとりあえず要らんということに。

今のところ、すこぶる快適。家とオフィスでは、それぞれの無線LANに接続している。まだ操作には慣れていないが、勉強しよう。

究極には、これまでのケイタイとのコミュニケーションが滞りなくでき、テザリング可能なスマホがでたら、その時また考える。iPhon4は本来テザリング可能なはずだが、日本ではオフられてるし、SoftBankの回線はダメだし。Mちゃんをみていると、あれでは使えんと感じる。Emobileも田舎に行けばダメだろうけど。

いまSin領域申請で、アップアップ。気分転換に、ひさびさの投稿。

2011年4月17日日曜日

WTAC5,6日目

5日目は尤度計算と置換モデル、ベイズ法の講義がありました。

SH-Like aLRTの値とBP値の比較とかの話が面白かったです。十分なデータサイズのもとではBPの代わりに系統樹上の支持値として使えるかもしれないぐらいの値です。最近論文が出たみたいなので、あとでチェックしようと思います。


置換モデルの話では、Covarionモデルについて自分の理解が間違っていたことが確認できました。しかしながら、switch on/offの単純な変換でASRVの不均一性を表現することは可能なんでしょうか? あと組成の不均一性にcovarionはきくだろうという話も得ましたが、これもなんか怪しいように感じました。switch on/off以外での置換モデルが変化するわけではないので、そこがネックになるように思います。

ただ、nh-modelをMLに実装するのは、rootやbreak pointの推定をどう実装するかに大きな問題があるとのことだったので、covarionくらいまでがML解析での複雑な進化プロセスの推定の(現状での)限界かもしれませんね。


ベイズの話は恥ずかしながらさっぱり分かりませんでした。日本語で説明されても難しいのに、英語でとか無理ゲー。ベイズについては、Bootstrap resampling dataに対してベイズ解析を行って、consensus treeのconsenseを計算するのは、PPあるいはBPの適切さの改善にはなり得るか(そういう論文が幾つかあるので)ということも聞きましたが、どうもよろしくないみたいですね。やっぱりMCMCアルゴリズムの改善が必要なんでしょう。


6日目はfree dayで、ケンブリッジを半日観光しました。歩いてるとボートのツアーに誘ってくるあんちゃんが何回も寄ってきます。なんか早口でまくし立てられますが正直言って何言ってんのかわかんないし、「No thanks.」って言ってもまだしつこく誘ってくるのでメンドイです。

昼食はケンブリッジ大学から来ている人にfish&chipsの有名どころを教えてもらって、仲良くなった人と一緒に食べに行きました。fish&chipsは初めての経験でしたが、まあ可もなく不可もなく「いいファストフード」という感じでした。chipsは自分はてっきりポテトチップスみたいのが出てくるかと思ったんですが、ケンタッキーとかでみるフライドポテトが出てきたので意外でした。そのものには殆ど味がないから塩をかけないといけないですが、イギリスの塩は妙に辛いです。

あとは各カレッジを周り、セドウィック博物館と動物学博物館にも行きました。セドウィック博物館には恐竜の化石やら全身模型が沢山あったので、恐竜好きな自分にはこれまでで一番テンションの上がる経験でした。コンプソグナトゥスとかアロサウルスとかの化石があって、凄いかっこよかったです。また、動物学博物館には鯨の全身模型があったり、色んなOpisthokontの生の標本や骨格やらが並んでて面白かったです。さすがダーウィンの名を冠することはある。結構キモめなものが沢山ありましたが。


明日は、Z.Yangの講義があります。コドンモデルを使って、実際の配列の進化をどう考えるかを中心に話をするみたいです。自分のやっているシミュレーションの設定にも関係があることなので、頑張って聞きたいと思います。クラスターでやった解析も結果がでるので、楽しみです。

ちなみに、RAxMLでのブートストラップデータの生成について。RAxMLで-f jを使ってブートストラップデータを生成すると、アミノ酸データで一つの文字が馬鹿みたいに続くことがあって疑問に思っていたのですが、バグじゃなくて重複を許した抽出によって生成された配列の出力の仕方を工夫しているだけみたいです。ただ、RAxMLのrandom seed numberはseqbootのそれとは違うみたいですね。


このコース当然のことながら色んな国から人が来てますが、自分をのぞきみんな英語が達者です。ネイティブは除き、どれくらい英語を勉強したのだろう?自分は中学校から始めたと言ったら、遅いねと言われましたが。それか英語喋れる人が来ているのか・・・
どのみち自分はもっと精進せねばなりません・・・

最後に動物学博物館で撮った写真。オカピさんドアップ。ちっすちっす!

2011年4月15日金曜日

WTAC3,4日目

相変わらず英語には苦労しています。あと毎夜飲んでるのでお金が足りなくなってきました。

が、ほんの少しだけ英語だけの環境には慣れて来ました。最初の頃は喋るたびに緊張して変な汗をかきまくってましたが、それが収まりました。

また、イギリス料理も幾つか経験できました。イギリス料理はあんまり美味しくないという先入観を持ってましたが、実際はそうでもなく、自分の口には凄く合います。量が多いので、それで満足しているというところもありますが・・・

朝食はいわゆるEnglish Breakfastで、他の人と同じように取ったら凄いこんもりな量になります。ソーセージやらベーコンやら目玉焼きやらとても脂っこい物ばかりです。でも朝食が一番美味しいです。ローストビーフは味がなくて堅かったです。デザートは死ぬほど甘いです。

フィッシュ&チップスはまだ食べてません。一番食べてみたいのに・・・
このコースで出てこなかったら、最終日にどこかで食べるつもりです。

このコースはDrの学生やポスドクが多いようで、マスターの学生は自分ともう一人しかいません。理論とか計算科学の所はそこそこのレベルに抑えているようなので、自分でも辛うじてついていくことができます。けど、FASTAの作者のやったMultiple Alignmentの講義はさっぱり分かりませんでした。なんか統計学的な話でしたが、多分日本語でも一回では分からないと思います。

あとゲノムデータベースとかデータベースのブラウジングとかゲノムアライメントの話とかもありましたが、元々そこら辺は興味がなく、しかも英語なので、集中して聞くことが難しかったです。


昨日は、並列処理の講義がありました。このコースで最も楽しみにしていた講義でしたが、メモリの処理の仕方とか、PTHREADSとMPI、HYBRIDでの計算処理の違いとかが詳しく分かったので、凄く勉強になりました。クラスタを使った解析もやりました。qsubのためのコマンドファイルのサンプルが手に入ったので、今後自分でクラスタを操作するときの参考にします。


あと、今日は系統樹構築の基礎理論と置換モデルの解釈の講義もありました。系統学以外の分野、それも自分たちのようなdivergentな配列を使わないような人たちも多数いるので、「最節約法と最尤法どちらが優秀か」みたいな議論もあったりします。自分にとっては最節約法などは論外(最尤法がとても優秀という訳でもないけど)という感覚ですが、そこら辺全然違う考え方の人もいて面白いです。


明日は、Phylogeny関連オンリーの講義です。
ここに来てから、夜遅くまで飲んで自分の部屋に帰ってシャワーも浴びずベッドに倒れ込むという生活が続いているので、今日は早く寝ることにします。

2011年4月13日水曜日

WTAC1,2日目

筑波は大丈夫でしょうか?

kami様から人的被害は無かったと聞きましたが、詳しいことが分からないので、心配です。

自分の家は大丈夫かな・・・。この前の地震でも物が落ちるだけの程度の被害だったので、今回もそのくらいだと思いますが、解析をかけっぱなしで来たので、もしかしたら止まってるかもしれない・・・

ただ、こっちで心配してもどうしようもないので、あらゆることの無事を祈って、僕はこちらに集中することにします。


このコースは、思ったより真面目です。朝早くから夜遅くまでコンピュータの前に座ってレクチャー受けたり実習したりします。夜の酒飲みは有料で、お金がないのでチビチビ飲んでます。ビターは自分の口には合いませんでした。苦っ


内容については、コンピュータを使うだけならいつも通りなんですが、やっぱり英語が分かりません。何について話しているかは辛うじて分かりますが、具体的に何を言ってるかがよく分かりません。いろんな人と話しましたが、長文の会話が出来ないので、自分が英語出来ない奴というのは参加者の中で定着してしまったと思います。ただ、それならそれで、相手が合わせてくれるのでやりやすかったりもします。喋らなくてぼっちになるのは全力で避けたいところです。

一日目は、UNIXの基礎講座とアライメントエディタ、系統樹描画ソフトの使い方をやりました。JalViewとDendroscopeが思ったより使い勝手が良かったです。Seaview,Figtreeからこっちの方に乗り換えようかな。
また、夕食前にはTME先生の講義もありました。自分のことは覚えててくれました。彼も筑波のことを心配してたので、近況を話しました。
講義は真核生物のrootの決定とミトコンドリアの進化について。半分はDayhoff-codingだったりnhModelだったりでガチンコで自分のホームグラウンドだったので、良くわかったし、初めて英語で質問が出来ました。


二日目は、BLASTの理論と実習。実習自体はそんなに難しくないですが、「二人三人で話し合いながらやってね」というのが自分にとって最難関です。会話が・・・


明日は、AS先生の並列計算処理の講義と実習があります。思った通りsuper geekで、他のcomputer geekと一緒に並列処理とかGPGPUの話とかをすると、メチャクチャ熱くなって語り出します。

これまで、RAxMLのオプションについて何個か質問しました。RAxMLで分離モデルを使うときは-qと-Mを使わないと枝長が遺伝子ごとに最適化されないようです。というかマニュアルに書いてあったしorz


明日の実習では、自分のスクリプトとデータを使って、彼の大学のクラスタを使って解析することになりました。前にも書きましたが、ブートストラップ解析を行うときの初期系統樹の本数とサンプル数の関係についてです。彼の意見では単純な探索を沢山やる方がいいらしいですが、それを確かめてみようという話になりました。使うのは亜ピコのデータです。あれは配列の持つ情報が曖昧なところが系統樹の所々に現れるので、この解析に使えそうです。


あと、アミノ酸GTRモデルの云々についても話しました。これは後でOG先生にも聞く予定です。


真面目な方は結構充実しているのですが、ネータは中々出来ません。何しろ会話が十分に出来ないので

2011年4月11日月曜日

ケンブリッジ到着

今、Hinxtonの宿泊施設に着きました。とりあえず往路は無事に。

ヒースロー空港から降りてホリデイインに向かうとき、タクシーの運ちゃんに場所間違えられて倍の料金取られたり、ホリデイインにはインターネットサービスありって書いてあったのに有料だったり(しかも一日20ポンド強と檄高)、今朝にはホリデイインから歩いて空港行こうとしてたらポリスマンに捕まったりして、色々問題がありました。

まあ、全部自分の英語が下手なせいですが(涙)ここらへんはまた帰ってからで。

とにかく、全て大事には至らず、ヒースロー空港からの高速バスでケンブリッジに着きました。

現地は、思ったよりかなり暖かいです。今の筑波とあんまり変わらないと思います。厚手のジャケット持ってきて損したかな?ケンブリッジで乗ったタクシーの運ちゃんは今日が特別暑いと言っていましたが。

ケンブリッジでは、昼食も兼ねて二時間くらい観光しました。

荷物の量を計り間違えて馬鹿でかいケースを引きずりながらだったので、とても疲れました。

ちなみに、ラボメンバーの分のお土産はもう買ってしまいました。今後時間がとれるかわかんないし、食べ物ではないので。

Kami様とynagai先生にはご所望通りのもの。他の人にも全部別々のものを買いました。楽しみにしててね。


ケンブリッジは、すごくコンパクトに纏まった感じの街でした。市街の中心部にQ'tみたいなショッピングモールがあって、その周りには、古い町並みと数々のカレッジが並んでました。中心部にインフォメーションセンターがあったので、色々教えてもらいました。すごい便利でした。

今日は日曜日だったので、学生+観光客ですごく混んでました。
そういえば、上のショッピングモールでは、真っ昼間から学生同士のリアルファイトがありました。一人が大声で「おまえハイスラでぶっ飛ばしてやんよ(意訳)」みたいなこと叫んで挑発し、、もう一人と殴り合いをしてました。二人ともがっちりした体格で、ボクシングみたいなモーションで戦っていたので、不謹慎ながら見応えがありました。まあすぐその場を離れたんですが。若いもんは血の気が多くてや〜ね〜(棒)



それで今に至ります。
参加者の名簿をもらいましたが、日本人は自分だけみたいですね。

これから、wellcome drinksがあるので行ってきます。楽しみです。

2011年4月9日土曜日

FBのチカラ

Mちゃんの第2番目の投稿論文が、半年かかってようやく「分子系統学と進化」誌にacceptされた。

半年といっても最初のreviewに5カ月かかってしまったのだが。2人のreviewersのうち1人はまったくコメントを返さず、2ヶ月後からはeditorial officeやeditorをすかしたり、脅したり(?)。「reviewerの1人が返事をよこさないのよ~。催促はするけど他に何もできないわ」という他人事なeditor(♀)のヘタレメールに激怒、きつめのメールを送ったら、ガン無視された。

もうアカン、「分子系統学と進化」から取り下げて、別のジャーナルで「大人の事情」カードを切るしかねぇか、と思案していた。そんなとき、最近の中東で、独裁政権転覆のきっかけとなったSNS「顔の本」に、

「分子系統学と進化最悪!査読に5カ月かかるし、editorも使えねぇ。取り下げて別の雑誌に投稿する」とポストしたら、友人の一人・JBDが「いやまて。俺はあの雑誌のeditorになったので、EICと話して何とかしてやる。分子系統学と進化にこれからも投稿してよ。」と、思ってもみなかった助け船が。

ぼくと彼に共通の「顔の本」友達はほとんどが研究者である。そんなところで自分かeditorとして関わる雑誌の評判を下げるような言動をされたくなかったのであろう。まじめな子だし。

その後トントン拍子に査読は進み、minor revisionの後ようやくacceptされた。政権転覆から論文査読のスピードアップまで、「顔の本」は役に立つこともあるのだ。

今回の一件で、JBDが分子系統学と進化のprotist関連の原稿を一手に引き受けるeditorであることが分かった。なかなか便利なので、あの雑誌にはこれからも投稿させてもらうことにする。

reviewのコメントの1つは「分子系統学と進化に投稿しているのに、分子系統樹がないのはおかしい」と言ってきた。なにそれ?ってなコメントだが、今後投稿する際には注意しよう。ま、Mちゃんの今回の論文には系統樹はないけど。結局反論して、図は入れなかった。

2011年4月7日木曜日

スケジュール

昨日、Wellcome Trust Advanced Courseから正式なコーススケジュールが送られて来ました。

一応、こういうことをやってきますということで、Wikiにあげておきます。

仮スケジュールでは予定されてませんでしたが、RAxMLの作者が並列処理についての講義を半日くらいやるみたいです。

しかも、”希望者のみ”というのがいい(他は施設見学)。
濃いレクチャーを期待します。彼の考え方や知識などを学んできたいと思います。

あと、CATモデルとかPhyloBayesとか、系統解析での色々なモデルやソフトウェアを作っているLIRMMのグループから、O.Gascuel博士も来て講義をしてくれるみたいです。


LIRMMの他のメンバーも来るのかな?彼らと話せる機会があればいいな。

あとは、この分野では有名なZ.Yang博士やN.Goldman博士なども参加します。ISEPで会ったTME博士も来られるみたいです。(息子も来たりして)ISEPでは一緒のテーブルで飲みましたが、覚えていてくれているでしょうか?

仮スケジュールではJ.Huelsenbeck博士も講義をする予定でしたが、それは無くなってました。彼の名前は方法論的な論文で沢山見てきたので、来られなくなってしまったなら残念です。


何にせよ、とても楽しみです。

ただ、自分は初めての海外ですので、あんまりはしゃがないよう気をつけて行ってきます。
なので、今は地球の歩き方を見て勉強中(笑)

2011年4月5日火曜日

統計とると結構おもしろい

このサイトのアクセス解析は、これまであんまり見てなかったんですが、今日今までのアクセス履歴を見てみると、結構いろんな所からアクセスが来てました。

ここ1ヶ月のアクセス。

日本:2673 これは当然分かる。
カナダ:58 これも関係のある方がいる研究室があるので分かる。

イギリス:38 ?
アメリカ:21 ??
マレーシア:18 ???

あとスイスとかドイツとかチェコとかおそロシアとか。

結構いろんな所からアクセスが来ているんですね。日本語メインのサイトだし、ものっそいマイナなブログだからもっと範囲が狭いかと思った(どれだけアクセスがあれば広範囲なのか分かりませんが)。

ちょこちょこコンピュータ関係のことを書いているので、キーワード検索でちょっと覗いて行ったりするのかな。

あとは、このブログのややこしいタイトルのせいで、本来の目的とは別にひっかかってしまった人もいたんじゃないでしょうかw

ちなみにアクセスが一番多かったのは自分が一年半前くらいに書いたPerlの並列処理の記事です。これのビューがぶっちぎりで多かったんですが、あのスクリプト自体は自分は使ってないんですよねぇ。あれを組み込んでRAxML使って同じような処理を馬鹿みたいに繰り返す(10万回とかそんなレベルです)と、メモリリークが起きて10GB程度のPCだと飛んじゃうんですよね。最新版のRAxMLだとどうか分かんないですけど。
なんで自分はモジュールじゃなくてfork()で直にやってます。まあ誰かの参考になってるならいいんですが・・・

あと、アクセス元はinagaiさんの個人サイトからが一番多いです。あと研究室のHP。当たり前ですが。

学類生とかが結構アクセスしてるのかな?

まあ自分の記事は半分くらいはくだらないこと書いてますけど、当研究室に興味を持ってもらえれば嬉しい。

「更新頻度を生物学系の公式サイトの中で一番にする」というのが、当研究室ブログ設立時からの目標です。比較はできませんけどね(笑)

Salamander on line

PNASに出ました。

結構自分には馴染みのない方向にガチンコで偏ってますね。

Y崎のセミナー運営に期待。

2011年4月4日月曜日

科研費:1勝1敗

自分が代表の申請はできなかったが、ボスの今年の科研費の結果発表は・・・ 1勝1敗であった。

一番気合を入れた基盤Aが不採択、基盤B(海外学術)は採択。基盤Aはひそかに自信があったのに、クソっ。今年秋、再度挑戦だッ!

今年度は、基盤B、挑戦的萌芽、基盤B(海外学術)、学振特別研究員の研究費、と合計1000万円強ある。

でもこれはひとつのピークに過ぎない。新領域がヒアリングに進んだので、その申請書の追い込みである。地震もあり、それにともなう予算繰越の手続き、去年の科研費の報告書、今年の科研費交付のための申請書が重なり、さらにMちゃんの論文のrevisionがある。4月半ばからは授業も始まる。

ただ新領域はなんとしても・・・ 現UBCのYH君がイイことを言った。

「テッペンとるためには必要経費ですよ」

全くその通り。みなでテッペンをとるため、気合を入れ直す!でも今日は早く寝るかも。眠い!

2011年4月1日金曜日

4月のフォーラムの演者どうすっか?

ということで少し考えていたが、いい考えが。最近「顔の本」で「お友達に」なったTI大先輩を呼ぼうということで、今まさに交渉中(チャットで)。

TIさんと知り合ったのはDalhousie大。となりのあのMG研で6年間ポスドクをしたツワモノである。天体観測とかキャンプばかりしていたといううわさもある。現在は農水のお役人。

都合が合うといいなぁ。何を話してもらうかはまだ分からないが、protist関係ではないことは確実、多分小麦の話になるだろうな。

昔からイカれてて、いまもチャットで「若いもんをギャフンといわせたいね!」とか嘯いているが、何なんだ。たぶん酔っぱらっているからだろう。なんにしてもTI先輩に会うのは楽しみである。

チャット終了なう。で、来てもらえるかどうかは来週まで持ち越しとなった。また揺れてる~