2011年4月17日日曜日

WTAC5,6日目

5日目は尤度計算と置換モデル、ベイズ法の講義がありました。

SH-Like aLRTの値とBP値の比較とかの話が面白かったです。十分なデータサイズのもとではBPの代わりに系統樹上の支持値として使えるかもしれないぐらいの値です。最近論文が出たみたいなので、あとでチェックしようと思います。


置換モデルの話では、Covarionモデルについて自分の理解が間違っていたことが確認できました。しかしながら、switch on/offの単純な変換でASRVの不均一性を表現することは可能なんでしょうか? あと組成の不均一性にcovarionはきくだろうという話も得ましたが、これもなんか怪しいように感じました。switch on/off以外での置換モデルが変化するわけではないので、そこがネックになるように思います。

ただ、nh-modelをMLに実装するのは、rootやbreak pointの推定をどう実装するかに大きな問題があるとのことだったので、covarionくらいまでがML解析での複雑な進化プロセスの推定の(現状での)限界かもしれませんね。


ベイズの話は恥ずかしながらさっぱり分かりませんでした。日本語で説明されても難しいのに、英語でとか無理ゲー。ベイズについては、Bootstrap resampling dataに対してベイズ解析を行って、consensus treeのconsenseを計算するのは、PPあるいはBPの適切さの改善にはなり得るか(そういう論文が幾つかあるので)ということも聞きましたが、どうもよろしくないみたいですね。やっぱりMCMCアルゴリズムの改善が必要なんでしょう。


6日目はfree dayで、ケンブリッジを半日観光しました。歩いてるとボートのツアーに誘ってくるあんちゃんが何回も寄ってきます。なんか早口でまくし立てられますが正直言って何言ってんのかわかんないし、「No thanks.」って言ってもまだしつこく誘ってくるのでメンドイです。

昼食はケンブリッジ大学から来ている人にfish&chipsの有名どころを教えてもらって、仲良くなった人と一緒に食べに行きました。fish&chipsは初めての経験でしたが、まあ可もなく不可もなく「いいファストフード」という感じでした。chipsは自分はてっきりポテトチップスみたいのが出てくるかと思ったんですが、ケンタッキーとかでみるフライドポテトが出てきたので意外でした。そのものには殆ど味がないから塩をかけないといけないですが、イギリスの塩は妙に辛いです。

あとは各カレッジを周り、セドウィック博物館と動物学博物館にも行きました。セドウィック博物館には恐竜の化石やら全身模型が沢山あったので、恐竜好きな自分にはこれまでで一番テンションの上がる経験でした。コンプソグナトゥスとかアロサウルスとかの化石があって、凄いかっこよかったです。また、動物学博物館には鯨の全身模型があったり、色んなOpisthokontの生の標本や骨格やらが並んでて面白かったです。さすがダーウィンの名を冠することはある。結構キモめなものが沢山ありましたが。


明日は、Z.Yangの講義があります。コドンモデルを使って、実際の配列の進化をどう考えるかを中心に話をするみたいです。自分のやっているシミュレーションの設定にも関係があることなので、頑張って聞きたいと思います。クラスターでやった解析も結果がでるので、楽しみです。

ちなみに、RAxMLでのブートストラップデータの生成について。RAxMLで-f jを使ってブートストラップデータを生成すると、アミノ酸データで一つの文字が馬鹿みたいに続くことがあって疑問に思っていたのですが、バグじゃなくて重複を許した抽出によって生成された配列の出力の仕方を工夫しているだけみたいです。ただ、RAxMLのrandom seed numberはseqbootのそれとは違うみたいですね。


このコース当然のことながら色んな国から人が来てますが、自分をのぞきみんな英語が達者です。ネイティブは除き、どれくらい英語を勉強したのだろう?自分は中学校から始めたと言ったら、遅いねと言われましたが。それか英語喋れる人が来ているのか・・・
どのみち自分はもっと精進せねばなりません・・・

最後に動物学博物館で撮った写真。オカピさんドアップ。ちっすちっす!

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