2011年4月13日水曜日

WTAC1,2日目

筑波は大丈夫でしょうか?

kami様から人的被害は無かったと聞きましたが、詳しいことが分からないので、心配です。

自分の家は大丈夫かな・・・。この前の地震でも物が落ちるだけの程度の被害だったので、今回もそのくらいだと思いますが、解析をかけっぱなしで来たので、もしかしたら止まってるかもしれない・・・

ただ、こっちで心配してもどうしようもないので、あらゆることの無事を祈って、僕はこちらに集中することにします。


このコースは、思ったより真面目です。朝早くから夜遅くまでコンピュータの前に座ってレクチャー受けたり実習したりします。夜の酒飲みは有料で、お金がないのでチビチビ飲んでます。ビターは自分の口には合いませんでした。苦っ


内容については、コンピュータを使うだけならいつも通りなんですが、やっぱり英語が分かりません。何について話しているかは辛うじて分かりますが、具体的に何を言ってるかがよく分かりません。いろんな人と話しましたが、長文の会話が出来ないので、自分が英語出来ない奴というのは参加者の中で定着してしまったと思います。ただ、それならそれで、相手が合わせてくれるのでやりやすかったりもします。喋らなくてぼっちになるのは全力で避けたいところです。

一日目は、UNIXの基礎講座とアライメントエディタ、系統樹描画ソフトの使い方をやりました。JalViewとDendroscopeが思ったより使い勝手が良かったです。Seaview,Figtreeからこっちの方に乗り換えようかな。
また、夕食前にはTME先生の講義もありました。自分のことは覚えててくれました。彼も筑波のことを心配してたので、近況を話しました。
講義は真核生物のrootの決定とミトコンドリアの進化について。半分はDayhoff-codingだったりnhModelだったりでガチンコで自分のホームグラウンドだったので、良くわかったし、初めて英語で質問が出来ました。


二日目は、BLASTの理論と実習。実習自体はそんなに難しくないですが、「二人三人で話し合いながらやってね」というのが自分にとって最難関です。会話が・・・


明日は、AS先生の並列計算処理の講義と実習があります。思った通りsuper geekで、他のcomputer geekと一緒に並列処理とかGPGPUの話とかをすると、メチャクチャ熱くなって語り出します。

これまで、RAxMLのオプションについて何個か質問しました。RAxMLで分離モデルを使うときは-qと-Mを使わないと枝長が遺伝子ごとに最適化されないようです。というかマニュアルに書いてあったしorz


明日の実習では、自分のスクリプトとデータを使って、彼の大学のクラスタを使って解析することになりました。前にも書きましたが、ブートストラップ解析を行うときの初期系統樹の本数とサンプル数の関係についてです。彼の意見では単純な探索を沢山やる方がいいらしいですが、それを確かめてみようという話になりました。使うのは亜ピコのデータです。あれは配列の持つ情報が曖昧なところが系統樹の所々に現れるので、この解析に使えそうです。


あと、アミノ酸GTRモデルの云々についても話しました。これは後でOG先生にも聞く予定です。


真面目な方は結構充実しているのですが、ネータは中々出来ません。何しろ会話が十分に出来ないので

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