2011年5月23日月曜日

凄い量のAとT

亜ピコの塩基配列を収集中。

AT含量の%の数字では知っていたけど、実際に配列を見てみると
そのぶっ飛び具合に再度驚く。


AAAAAAAAAAAAとかザラ。
なにこれ怖い。シミュレーション配列ですか?
う~ん、果たして塩基で解析が上手く行くことやら・・・
ちなみに、PAL2NALを使えば、解析に使うサイトの選択も含め、
アミノ酸配列のアライメントを参考にコドンアライメントを行うことが
可能らしい。
Clustal形式(.aln)で#でポジションを指定すればいい。

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