2011年5月18日水曜日

SOLiDシステムによる次世代シーケンス

TARAセンターであった講習会に行ってきました。

SOLiDでは、454などのパイロシーケンサの方法とは違い、二塩基を一セットとし、四色の蛍光色素によるカラーリングによって塩基の決定をやるみたいです。リード開始位置をずらして五回反復を行うことで、フラグメントの配列決定を行います。パイロシーケンスよりかなり精度はいいみたいです。

基本的に6レーンでリードをやりますが、何レーン使うか、レーンごとにサンプルを変えるか、1レーンに複数のサンプルを使うかなども勿論設定でき、レーンごとのランの管理も可能みたいです。


ランニングコストの方は、cDNAライブラリを使ったEST解析を想定し、1サンプル(1レーン、1億2000万リードくらい)で15万ほど。454の例しか知らないのでこのリード数が十分かどうか分かりませんが。

意外と安いんですね。これくらいだったら申請書で「3種類くらいESTやるぜ」って書いても大丈夫かな・・・別にゲノム決めるわけでもなし

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