2011年6月30日木曜日

SMBEからのメール

さっき、SMBEからのメールが来た。

Dear Mr. Matsumoto
で始まってた。いつもの一斉送信ではない(実際には一斉送信だと思うが)メール。
なんだろうと思いながら読んでいくと・・・

your abstract has been accepted

の文字が!!心臓が高鳴り、ものすごく興奮した!!

しかし、その後には
your abstract has been accepted for a poster presentation

なんだろう。このやり場のない感じ。
オーラルきたーーーー!(^^)!的なこの興奮はどう処理すれば。
勝手に期待したのは僕ですが・・・

隣でポスター作ってる、薄っぺらくて適当なU-kiに興奮を分けてあげよう。
でも彼は今、ポスターのサイズを初めて確認して(確認前に作り始めるのもどうかと・・・)
「90cm × 210cmってダサいですよ!!」って興奮してるからなぁ。

久々ですが、興奮冷めやらぬ感で投稿してみました。
合わせて、ポスターに採択された事をみなさまにお伝えします。

串焼き番長

7月5日のKPCの総合討論会場は串焼き番長に変更予定です。
こんなとこ。

広いし、串焼きはなかなか美味しく、お酒の種類も結構あった気がします。
ちなみに有機酸の後輩が働いている模様。

2011年6月29日水曜日

Impact Factor 2010

ようやく2009~2010までのIFが公開されました。

主な雑誌については以下の通り。

Nature 36.101
Science 31.364
PNAS 9.771
Plos One 4.411
Syst Biol 9.532
MBE 5.510 (何があったし)
Proceedings B 5.064
MPE 3.889
BMC Evol Biol 3.702
Evolutionary Bioinformatics 2.684
Gene 2.266
GBE 2.674
JME 2.311
Genome Res 13.588
Genome Biol 6.885
Curr Biol 10.025
J. Eukaryot Microbiol 2.397
Protist 3.329
Eur J. Protistol 2.322
Algorithm Mol Biol 2.800
Bioinformatics 4.877

ほか
Mar Micropaleontol 2.321
J. Syst Palaeontol 3.844
Paleobiology 3.045
Biol Letters 3.651
Environ Microbiol 5.537
J. Bacteriol 3.726
Biostatistics 2.769

大抵の雑誌では去年のIFとそんなに変わらずといったところですか。
MBEのIFがガクンと下がりましたが、まあこの雑誌のクオリティが下がったということにはならないでしょう。
あと、個人的にはEBのIFが上がってくれたことが嬉しい。この雑誌は自分の研究分野にぴったりの専門誌(レビューも早いらしい)であり、IF的にも妥当な感じになったので、いつか自分が投稿する時のためこれからもこのレベルを維持しておいてほしい。

暑くて解析ができない

自宅の話。

もうこの時期になると自宅PCで8コア回した日にゃとても人の住めるような環境にならない。PC自体にも負荷がかかるし。

かといってPC熱も含めた室温上昇を中和するためにクーラーをつけても、ブレーカーが簡単に落ちそうで怖い。何より電気代の爆上げは今の状況では痛い。

なので、CCSにあるPCを使うしかないが、これだけだと需要に対する供給がまるで足らない。


う~ん、困ったもんだねぃ。とりあえずは優先順序をちゃんと考えて解析計画を練るか・・・

2011年6月27日月曜日

春季クラブ対抗戦

昨日、有明テニスの森で東京都に所属するソフトテニスクラブのリーグ戦があった。

8チーム1部(同じ部の試合では8チームが2つのパートに分かれる。10部、11部は16,24チーム構成)として、上から順に1部から11部まであり、東京都の大会としては最大規模だ。

リーグの各パートで優勝すれば、上の部に昇格して、もっと強い相手と対戦することができる。さすがに学生時代にあった同様のリーグ戦と比べれば雰囲気が緩いところがあるが、どのチームも勝ち上がろうとして緊張感もあるので現役時代に戻った気分になる。

ちなみに自分は個人戦よりも団体戦の方が好きだ。勝ったときにチームメイトと盛り上がって喜びが倍増するし、団体戦ならではの雰囲気を利用した戦略や戦術を考えるのも楽しい。この大会は春季秋季と年二回あるので、この大会で試合することを目標にして今は練習をしている。

自分の所属するチームは現在4部、昨年秋5部から昇格したので、その勢いで今回も4部優勝3部昇格を目指した。でも、今回は人数が集まらなかったこともあり、4部残留という結果になった(自分は2勝1敗だった)。


学生時代と違うのは雰囲気だけでなく、試合の運び方も社会人のテニスは大分異なる。若い人も勿論いるが、30以上の人が多いので、当然どうしても身体が動かず、学生のように無茶できないところがある。だからその分、社会人は頭と経験を使った試合運びをする。すると、自分が現役時代と同じようにやっては通用しないところがある。対戦相手の中に東京都の個人戦を制したとか、大学時代一部校だったとかいう人もちらほらいるので、そういう人が社会人のテニスをするとなおさら手強い。

自分も早く社会人のテニスに慣れて、団体戦だけでなく個人戦でも勝ち上がっていけるような選手になりたい。

また、今回のリーグ戦では学生時代に同じリーグで戦った大学の選手にも会い、今自分よりも上の部のクラブに所属し、活躍している所を見た(ちなみに現在同じチームにも、同様に学生時代対戦したことのある大学の卒業生が数人いる)。

そいつらとまた対戦するためにも、秋は絶対優勝し、上の部に昇格したい。

2011年6月26日日曜日

第1回関東プロティスト倶楽部

関東プロティスト倶楽部(K.P.C.)についてですが、第一回の詳細が決まりました。今回は初回ということで世話人のグループから各1名の発表となっていますが、傍聴・質疑応答への参加は自由です。

日時:7月5日 15:30-18:00

場所:筑波大学計算科学研究センター 会議室A

演者:(1)国立感染症研究所 寄生動物部 ポスドク 牧内貴志 ←感染研の“エース”らしい

(2)筑波大学大学院生命環境科学研究科 D3 松本拓也 ←うちの“ジョーカー”?

総合討論会は百香亭(筑波大学店)で開催予定

総合討論の予約の都合があります。参加希望の方は6/28までに、いながいY@UTか、しつちょ@KKKまで知らせて下さい。

2011年6月25日土曜日

五里霧中

えっ?
Invited reviewでrejectて、意味分かりませんけど?
わざわざinviteして書かせた原稿、他にどこに出せいうねん!!!

、、、それともこんなこと当たり前なんでしょうか?
僕が未熟なだけ?

2011年6月24日金曜日

チケット手配

今日は午後から旅行会社に行って夏のカナダ往復チケットを予約した。
7月末まで京都にいて、その後すぐにカナダという中々ハードなスケジュールだ。

久方ぶりの5朗さんと奥さんやT朗、○ちゃんは元気だろうか。
ちなみに5朗さんとは京都でも会う。漫画喫茶には行かせないよ。
○artinともメールでしかやり取りしていないし、久しぶりにチェコ式乾杯で飲みたい。
まだ後1カ月以上も先だがウキウキしてきた。

暑い日本の夏を避けて涼しいカナダで過ごす夏。
いいデータを出したい。

2011年6月23日木曜日

スレートPCはまだ待ちか・・・

スレートPCは、タブレット型でありながらWindowsを搭載し、ラップトップPCと同じ環境(同じアプリケーションの使用)を実現できるものだ。

7月上旬に出る富士通のLIFEBOOK TH40/Dはこの完全なタブレット型にスライド式のキーボードを加えたもので、まさにノートPCとタブレットの中間型(必ずしも足して2で割ったものではない)の先駆けだろう。


タブレット型の長所を考えるならば、それはタッチパネルを使った直感的操作のしやすさだと思う。前はこの点だけを捉え、キーボード付きのタブレットを見たときにはノートPC買えばいいやんと思っていたが、最近考えが変わってきた。


そもそも自分は操作性という観点からラップトップならMacBook一択と考えてきたので、それなら画面を直でタッチして操作することできるノートPCがあるならそっちの方がいいと思うのは今になってみれば自然な流れだ。(タッチだけのただのタブレットは僕には必要ないが)


しかも、キーボード搭載でありながらも同じディスプレイサイズのノートPCよりもコンパクトならばなおさら魅力的である。(しかもLIFEBOOK TH40/Dは外見もかっちょいいし


しかし、今回発売されるLIFEBOOK TH40/Dがすぐ買いの代物であるかというと、そこまでのものには感じない。


なぜなら、ハード的なスペックが低すぎるから。特にバッテリ。これならMacBook Airでも買ったほうがまだマシだろう。


ただ、今後このLIFEBOOK TH40/Dを皮切りにして、いわゆる中間型タブレットの数は増えるのかもしれない。Windows8の発表後は、OS側のUIの改善によりもっと開発が進むかもしれない。


なので、結論としてはそれまではまだ待ちの状態だろう。というか今のところProだけで十分だし。(そしてお金ないし)

フォーラム告知

第17回 つくば藻類・プロティストフォーラム

日時:6月27日(月) 16:00~18:00

場所:総合研究棟A110公開講義室

講演者及び演題:

大田修平 (山形大学 理学部 生物学科)
オスロフィヨルドのプロティストのフロラ・分類学的研究

中野賢太郎 (筑波大学 生命環境科学研究科)
繊毛虫テトラヒメナの細胞骨格の研究の最近の話題


終了後懇親会あり@総合研究棟A111教室

2011年6月22日水曜日

Q. 時間通り起きるためには

A. 布団でなくて床で寝る(枕は使用する)

この方法で失敗したことは今まで無い。事実今日もちゃんと起床できた。
(身体はちと痛いが)

たぶん眠りが浅くなるためだと思う。

あと、冬にこの方法をとるのはお勧めしない。凍死はないにせよ確実に風邪を引く。

体力に余裕のある人はお試しあれ。

2011年6月20日月曜日

今日の締め

今日は帰って○ビスビールを飲む。
「あの」配列を持つクローンを引き当てた自分へのご褒美。

てか、ぶっちゃけ疲れたし。

メモリの使い方

大規模配列データを使って系統解析をやりたい場合に問題になるのが、一つ目にはCPUの数(とその性能)、二つ目にはメモリの容量である。

去年筑波に来たMティンも、「クラスタで解析走らせようとしたらメモリが足りないって言われたんだ○ァック!」みたいなことを言っていた覚えがあるし、自分の解析でもメモリの問題には何度か直面したことがある。

特にMrBayesなんかはメモリ喰いだろう。そんなにでかくないデータでも、MCMCの本数や交換効率などを変化させると、10GB以下のメモリ容量では対処できないこともある。

昨今に至ってはメモリの容量など諭吉の数人も集まれば大方簡単に解決できる問題ではあるのだが、それでもソフトウェアを開発する側としては動的メモリアロケーションを如何に工夫するのかというのは根本的に重要な課題だと思う。

リンク先にある論文は、尤度計算の際にページング方式による動的メモリアロケーションを行うことで、メモリをより効率的に使うことが出来るようになることを示したもの。ページング形式では、簡単に言えばプログラムの使用するメモリ(論理メモリ及び物理メモリ)をページと呼ばれる細かい単位に分割して管理する。

この方式の利点は二つある。

一つには、ページング方式ではそれぞれのページが連続的に確保されなくてもよいため、細かな未使用領域が残ってしまうことによるメモリ断片化が起こらなくてすむということである。

二つ目には、ページング方式をとることで仮想記憶の概念が導入できることである。これにより、実際のメモリ容量よりもさらに大きな仮想メモリ空間を使用することが可能となる。(ここらへんコンピュータアーキテクチャの授業でやったけど忘れてもうた)

メモリ管理の効率を追求することは単に「データが解析できるできない」の境界線をずらすだけではなく、手持ちのデータをどれだけ高速に解析するかということ自体にも関わってくる。

現状存在する系統解析ソフトウェアがこの点をどれだけ意識したものなのかは自分の勉強不足故分からないが、この命題は解析するデータ量の増加、及び数値計算技術や計算機のハード的な進歩と共に、存在し続けるのだろうと思う。


2011年6月18日土曜日

色々行ってみる

先日大ボスから紹介があり、8/1~8/5まで神戸理研で開催されるサマースクールに参加することになりました。
といっても、参加人数の上限は40人程度、受付は早い者順、自分の受付番号は43なので微妙な所ではありますが・・・

このサマースクールでは、並列処理プログラミングの基礎的知識やテクニックの習得のため、座学・実習を行う予定です。

並列処理プログラミングを情報学以外の分野で使う人、そして並列処理プログラミングの経験がない人を対象にしているみたいです。一応Cプログラミングや行列計算などの基礎は学部生時代に一通りカバーしましたが、今の自分のレベルでは少し難易度が高いかもしれませんね。

ただ、どのみちしっかり勉強しないといけないことなので、 大ボスのメールに二つ返事で参加することに決めました。

7/25~7/31までSMBEで京都に行くので、少し長旅になりそうです。神戸に行くのは初めてなので、それはそれで楽しみなのでありますが。

そろそろ統計学、計算科学の専門分野にも本格的に手を出さないといけないと思っているので、今年は統計関連学連合大会にも参加するつもりです。こちらは9/4~9/7ですが、奇しくも開催場所が九大なので、帰省の傍ら参加したいと思います。発表は出来ないですけどね。

もう一つ、HPC研究会の大会にも行きたいけれど、こちらは修論やら試験やらと重なって今年は行けなさそう。残念。

ぼろぼろ

昨日は丸一日、地階のミーティングルームでプレゼンを作っていた。その後そのスライドを持ち、僕を含めおっさん7人は、ブクロにあるミッション系大学のBlack Rock大先生のところへ。夕方のラッシュアワーの満員の山手線、初めて乗った。まさかキータンの体温をあんなに感じることになるとは…

丸一日かけて作ったプレゼンは、BR大先生にズタボロにされた。丸一日といっても、急いで作ったまるで練れていない代物なので、当然といえば当然か。今週末は再度、スライドの作り直し。また明日、東京へ行く。

書類審査員の中にいたであろう、僕らの守護天使の期待を裏切らないためにも気合を入れ直す。

今日はチビスケの「親子ふれあいデー」、午後からは車の点検に行かねば。

2011年6月16日木曜日

JSEPレポート by いながいY

JSEPではkamiさまがBest Presentation Awardを獲得した。3連覇。予想はしてた。

他のMEMメンバーの発表も練習の甲斐があり、これまでで一番だったと思う。ただそれぞれ反省点もあると思うので、それは次回発表で生かせるように気をつけよう。第1の反省点は前日の酒が残っていたことだと思う。これは簡単に直せるようで、なかなか難しい。学会前日の夜は久しぶりにフルメンバーがそろい、皆のテンションも高かった(下の写真参照)。

2年後はおそらく滋賀県で行われると思われる。興味のある人はどうぞ。

学会後のサンプリングは、JAMSTECのI谷くん、Y吹くん、Nくんといっしょだった。I谷くんは学部生時代4年間富山で過ごしたのに、富山への愛が全く感じられない発言を連発し楽しませてくれた。N口くんもなかなかユニークな技術があることがわかり、今後もその技術を生かすことを期待する。

残念なのは本当のブラックラーメンを食べ損ねたことか。あと「きときと寿司」も行けなかった。

下の写真は滑川市のとある河口付近でのサンプリング

こちらは山間の河川でのサンプリング

これはサンプリングをした魚津市の海岸

おまけ。帰りの上信越自動車道・東部湯の丸サービスエリアで、有機酸くんが食べた「山賊メガバーガー」である。手にした携帯と比較するとその大きさが分かると思う。

サンプリング中に残念なお知らせも受け取った。H22年度に引き続きH23年度も応募していたゲノム支援の選定から漏れたのである。とっかかりは作ってもらったので、あとは自分たちで何とかしろということだろう。仕方がない。

2011年6月15日水曜日

一区切り

6/10~6/14まで富山に遠征に赴き、JSEPの学会発表とサンプリングを行ってきました(写真は富山市の路面電車)。



今回は学会中に日記みたいなものを書く暇も気力もありませんでした。

家に帰った後は、泥のように寝ました。でも板張りの床にそのまま倒れてたので、今朝は体中が痛かったです。

運転手の皆様は、もっとお疲れだったと思います。長い道中有難うございました。僕も来年お金ができたら免許を取るつもりです・・・


学会に参加していつも思うのは、(誰しもそうだろうが)自分の立ち位置の調整の難しさ。

「智に働けば角が立つ。情に棹せば流される。意地を通せば窮屈だ。」

人間社会は兎にも角にも住みにくい。いわんや学会においてをや。

別にみんなで手を取り合って仲良しこよしをする必要はない。でも自分の超細かい研究分野の殻に籠もっているだけでは学会に行く意味もないし、今後の自分の成長にも良くない。

プレゼンの仕方等々違いはあれど、一番重要なのは自分がどんなことを研究し、どんな結果を出し、どんな思考回路で物事を考えているかを他人に知って貰うことだと思います。その中で当然対立が生まれることもあろうし、逆に共同研究者を見つけ新たなテーマに挑戦することだってできるはずです。

まあ、お堅いことはさておき、とても楽しい5日間でした。

そして、学振も出したし学会も終わったしで、ひとまずはこれで一区切り。
学振のことは半年間頭から完全削除しておきます。反省点は色々あれど、これで通らなくても後悔はない。(多分その時は気持ちは落ち込むんだろうけど)

これからは、また実験の方に傾倒することが出来るので、とても嬉しい。

まずは、JSEPの発表テーマに関して追加のシミュレーション解析。
同じような実験は前にもやったが、今度はそれをもっと現実データに近づけた設定をする。
この実験で思い通りの結果が出れば、今までの結果もまとめてどこかに出せる(はず)。
MPEくらい行きたいなあ。

それと、SMBEで発表するテーマについての大規模解析。
こちらは100個くらいデータセット作って、ソフトウェアに投げ込み続ければ何らかの結果は出るだろう。

しかし「みんなに使って貰いたいからwindowsのguiにした」というのは作者の言葉だが、それならなおさらUNIXベースのCUIにせーよと思わざるを得ない。コマンド打てない人はそもそもこのソフトウェアを使うような分野にはいないと思うのだが。おかげで自動化できずにデータをいちいち手で投げ込まなければならない。はあ

とりあえず夏の間はこの2つに集中だ。

2011年6月9日木曜日

でっぱつの前の日もあと30分

土曜日に行われるJSEP富山大会向けて明日出発する。

21時ごろに一足先にkomatsuさんが富山に旅立ったのを見送ってから、刻々と時は流れ今23時30分ごろ…kami様、Ishikawaさん、有機酸とともにまだラボにいる…

口頭発表の直しを行っているのだ。
これでは語弊があるので、正しくは有機酸と僕が直しを行っている。

取り合えず眠い。そしてまだサンプリングを含めたたびの準備をしていない。9時に駅前に行かなきゃならんのに…
まぁなんとかなると思うので"今"がんばろうと思う。

2011年6月7日火曜日

久々のpositive data

ここ最近、学生の実験や書類を見る(というか「やる」&「書く」)ことが日々の仕事になっている。
その合間をぬって自分のための作業も細々と続けてきたが、やはりそこは細々と言うだけあって、思うように進展しなかった。そのようなこともあり、ボスに愚痴を言った時もあった。ガタイのいい40代の男が、少々困った顔で慰めてくれていたのが思い出される。

しかし僕は、細々と、しかし着実に「答え」に近づいていたらしい。
今日出た成果は予想外であり、正直すこしガッカリなのだが、それでいてやはり前進だ。
自分でも何を書いているのかよく分からないのだが、とにかくガッツポーズが自然と出た。

ちなみに今は夜の11時45分。
薄暗いラボでこれを書いている。
今まで結果を何度も確認し、そして追加実験していた。
出張前に何をバタバタやっているんだという感じだが、それでもいい。
多少寝れなくてもかまわない。とにかく今は前へ進みたい。
でも今は飯を食いに家に帰ろう。さっきから腹が文字通り悲鳴を上げている。

ベイズ法における事後確率の過大評価の原因

今日のゼミ(皆様お疲れ様でした)で少し論点になったベイズ法による分子系統解析におけるPP(事後確率)の過大評価の点について、触れておきます。

最尤法におけるブートストラップ値と比べ、ベイズ法のPPが(correct,incorrectな枝問わず)過大評価された支持値を出力するのは、一言でいえば現状ベイズ法に実装されているMCMCMCアルゴリズムのせいです。あとは事前分布としてどのような確率分布を設定するかも影響しますが、今回は前者について。

そして、MCMCMCがなぜPPの過大評価に繋がるのかというと、各世代においてheat chainから提案された状態(置換モデルのパラメータ、トポロジー、枝長、尤度全て含む)をcold chainの状態と交換する際の採択率の設定の難しさがあるからです。

Metropolis-Hastingsのルールに従うと、状態の交換は、

1、提案された状態の尤度がもとの状態の尤度より大きければ確実に採択する。
2、提案された状態の尤度がもとの状態の尤度より小さくても、ある採択率αで採択する。

というルールで行われます。

上記の採択率の設定の難しさは、すなわちαの値の設定の難しさに直結するわけです。

α=0がなぜいけないかというと、分子系統解析において尤度の分布は多峰的になっているからです。つまり、今の状態がある尤度の山にあるとして、その山よりもさらに高い尤度をもつ山が存在する可能性がある。なので、提案されたある状態が、今いる状態よりも尤度が低いとしても、その状態を採択することによって最終的には最も尤度の高い山の頂上に到達できるかもしれません。

ただし、αをかなり大きめに設定して、何でもかんでも採択するようにすると、今度はMCMCMC自体がいつまで経っても収束しないという事態に陥ってしまいます(あの山に登ろうかな?それともこっちかな?というような優柔不断な状態)。

従って、MCMCMCが収束する範囲で、かつ広域な探索(により提案される状態の交換)が行えるよう、採択率αを調整する必要がありますが、その調整方法が難しいのです。

採択率αの調整には、MCMCMCで提案される状態がどのような確率分布(提案分布)に従うかということを推定する必要があります。これについては一様提案分布や正規提案分布、多変量提案分布、比例縮小・拡大法などの方法がありますが、そのいずれについても、上述したMCMCMCの収束と尤度の多峰的な分布がネックになっているようです。

今日議論にあった、「MrBayesの探索方法であるTBRを考慮した提案分布が想定されていない」というのもこの問題に含まれますね。TBRのやり方を考慮した提案分布を想定すれば、広い探索領域において状態交換を行えますが、そうするとMCMCMCの収束に難が出るのでしょう。

結果的に、現状では、計算科学的な資源のリミットから、MCMCMCの収束を優先した採択率の設定に寄らざるを得ず、それが結局広域な探索を邪魔してしまい。「近隣の樹形空間からの提案しか採択されない」という状況を引き起こし、PPの過大評価の原因となっているのだと思います。

(参考:分子系統学への統計的アプローチ 5.4章)

話は変わりますが、ベイズの定理って以外に知られていないのね。生物学では進化とか生態とか学ぶときには一回くらいは出てくるもんだとばかり思ってましたが。あとは薬学の分野とかでも。

まあ実際にはそんなに使われないのかもしれないですけどね。

2011年6月5日日曜日

長い!


スキンダイビングを初めて四年と半年にして、2回目のフィン買い替えに踏み切った。

今回買ったのはGullのバラクーダ。市販品としては世界最長を誇る全長735mmのラバーフィンは、これまで履いていたワープフィン630mmがまるで子供用に見えるくらいの存在感がある。

さっそくプールで使用してみたが、まず思ったよりフィンが柔らかいことに驚いた。柔らかいフィンはスピードを出すのに向いていないのだが、そこは長さでカバーしているのか、水面での体感速度はワープフィンと同じくらいだった。
圧巻なのは潜水中の推進力で、長いブレードをしならせることによって存分に水を押し出しているのが感じられた。それでいて脚への負担はワープとほとんど変わらないし、履いた時のフィット感も勝っている。

潜行距離が伸びるというのはとても魅力的なので、今年も式根の海が楽しみだ。

おまけ:最近クロスバイクの調子が良くなかったので、購入した店に持っていった。初回点検ということで点検費は無料だったが、ブレーキパッドが磨り減り過ぎということで交換することに。コイツもなかなかの金食い虫である。

地獄よりの使者()

線虫の生息範囲は今まで知られている中ではたかだか地下数メートルだったみたいですが、今回、地下1.3kmの地点から新たな線虫 Halicephalobus mephistoが発見されたとのこと。

Nature News June 1 

南アフリカの鉱床に存在する3,000~12,000年前の水脈にある岩の中から発見されたようです。


タイトル的な問題として地獄はそんなに浅いんか?
ていうのと名前的に、そんな廚二病くさい名前で大丈夫か?


・・・というのは脇に置いといて、線虫の生息範囲が数メートルから数キロに広がったのは衝撃的だと思いますし、こいつが本来線虫が住めないような温度の場所に生きているということも、そしてこいつが今まで発見されてきたような原核生物ではなく真核のそれも多細胞生物であることなども、非常に興味深いと思います。


著者の言っている「地球外の同じような環境にも虫がいるかもしれない!」というよりは、地球の地殻内部にも多様な生物圏が存在するかもしれない、という観点からですが。

こいつの遺伝子配列を使って分子系統解析やら分岐年代推定やらやってみたいですね。この種が線虫の多様化プロセスの中で発生した特殊な個体なのか、それとも祖先的な位置にある生物なのか・・・

2011年6月4日土曜日

頑張れ受賞者!

今日は休日。
ものすごく天気がいい。本当に梅雨なんだろうか?
カナダのAJRと新入りT朗から、ハリファックスの天気は最悪だというメールが届いているというのに。
T朗がいなくなったらバーツクの天気が良くなった、ということかな?

こんな日はバーツク山へ登るか、BBQか、、、
いやいや、薄暗いラボで実験のお手伝いです。
なぜなら受賞者Y崎がやる気満々だから。
これはものすごくいいことで、「ここぞ」、と言う時に集中して何かに取り組めるのは(アカデミックでもそれ以外でも)いい仕事をするために必要だと思う。
そして、今は「ここぞ」という時である。

ちなみに先週からすでに「ここぞ」と言う時だったのだが、単純な計算ミスと知識不足のために休日まで食い込んだ。いつまで「ここぞ」が続くのか???
そして僕の予定では今週からN村の「ここぞ」の予定であった。N君に対し、最近少し本人に任せ過ぎなので、申し訳ない。が、ここで中途半端にやめるわけにはいかない。

洗濯と布団干しとアイロンがけが終わったのでラボへ向かいます。

2011年6月1日水曜日

2011 → 2008に逆戻り

私に逆らうアプリケーションなどいらない。

まあ、2011は出たばかりなので(丁度キャンペーンで3000円で買えたから買っただけ)、こちらの方が円熟した機能を期待できるのだとも思います。

進歩と成熟は違うのである。

GARLIメジャーアップデート

先々月ごろにver 2.0がリリースされていたようですね。

GARLIはRAxMLとかPHYMLと同じような最尤法による系統解析プログラムです。

主な特徴としては、遺伝的アルゴリズムを用いた尤度計算を行うことが出来、MPIを使うことで複数プロセッサを用いた解析が行えます。

新バージョンではpartitioned modelとmorphology-like datatypeが扱えるようになりました。

んで、RAxMLと何が違うかというと、上記の用に系統樹再構築の方法が違います。現時点では僕はあまり知りませんが。従ってRAxMLとGARLIどちらがより信頼性の高い結果を出力するのかも分かりません。

MPIの使い方も、用はstarting treeあるいはboot strap replicateをプロセッサーごとに分けるだけであって、各々での探索を高速化しているわけではありません。(例えば8本の初期系統樹からの探索を8コア使ってやるなら、1コアに一本の初期系統樹が割り当てられる)

なんで、あんま目新しい実用性の向上が見られたわけではないように思いますね。クラスタ使うならそれこそHYBLIDにしろよという話ですし。

まあ、NNI+SPRが使えて、かつPAMLに実装されているコドンモデルがbranch-siteモデルを除き使えるという点ではひじょーに限定された特定の分野では有用かもしれませんけど。

ちなみに、GARLIで使えるアミノ酸モデルは種類がかなり限られていますが、rate matrixを自前で用意してプログラムに読み込ませることも可能です。

続きはwikiで!!

https://www.nescent.org/wg_garli/Main_Page