2011年6月1日水曜日

GARLIメジャーアップデート

先々月ごろにver 2.0がリリースされていたようですね。

GARLIはRAxMLとかPHYMLと同じような最尤法による系統解析プログラムです。

主な特徴としては、遺伝的アルゴリズムを用いた尤度計算を行うことが出来、MPIを使うことで複数プロセッサを用いた解析が行えます。

新バージョンではpartitioned modelとmorphology-like datatypeが扱えるようになりました。

んで、RAxMLと何が違うかというと、上記の用に系統樹再構築の方法が違います。現時点では僕はあまり知りませんが。従ってRAxMLとGARLIどちらがより信頼性の高い結果を出力するのかも分かりません。

MPIの使い方も、用はstarting treeあるいはboot strap replicateをプロセッサーごとに分けるだけであって、各々での探索を高速化しているわけではありません。(例えば8本の初期系統樹からの探索を8コア使ってやるなら、1コアに一本の初期系統樹が割り当てられる)

なんで、あんま目新しい実用性の向上が見られたわけではないように思いますね。クラスタ使うならそれこそHYBLIDにしろよという話ですし。

まあ、NNI+SPRが使えて、かつPAMLに実装されているコドンモデルがbranch-siteモデルを除き使えるという点ではひじょーに限定された特定の分野では有用かもしれませんけど。

ちなみに、GARLIで使えるアミノ酸モデルは種類がかなり限られていますが、rate matrixを自前で用意してプログラムに読み込ませることも可能です。

続きはwikiで!!

https://www.nescent.org/wg_garli/Main_Page

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