2011年12月1日木曜日

Mr. Bayes 3.2のインストール

遂にMr.Bayes 3.2がリリースされました。

前情報からはチェックポイントを作成できるようになって途中で解析がぶった切られても復元出来るようになったことなどがありましたが、マニュアルをざっと見てみると、このプログラム単独でBayes factorを使って樹形検定ができるようになった、などかなりいろんなことができるように拡張されたみたいです。

あの分厚いマニュアルと格闘する時間は今は無いですが、のちのちちゃんと調べて使いこなせるようになろう。

ちなみにちょっと前にはTreefinderもメジャーアップデートされて、MPIで使えるようになったなど新機能が搭載されてましたが、こっちと比べるとなんだか霞んで見えるような。。。^^;


とりあえずインストールは以下のとおり、

解凍して
> autoconf
> ./configure
> make

3.2ではデフォルトのインスコではBEAGLEのライブラリがないといけないみたいです。BEAGLEってのはNVIDIAのGPUでCUDA使ってGPGPUするために必要なもので、要はMr.BayesがGPGPUで走らせられるようになったということです。(これ実装するために遅くなったんじゃね?)

これはもう来年あたりGPGPUできるような計算機を買うしかないですね!(笑)
一応DD受かったらなおのこと必要だし。。。

 BEAGLEの導入は下記サイトを参照↓
http://code.google.com/p/beagle-lib/wiki/LinuxInstallInstructions

まあ、普通のだとこれはいらないので、インスコのときBEAGLEを使わないようにします。
> ./configure --with-beagle=no

また、MPIバージョンをインスコするときは
> ./configure --enable-mpi=yes

です。

とりあえずPeggy(Debian)ではインスコ成功。時間がある時に双子にも入れておきますかね。

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